1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
TYY TYY '3-(4-HYDROXY-3-IMINO-6-OXO-CYCLOHEXA' peptide 24 15 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_TYY
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
TYY N N NH2 0.000 0.000 0.000 0.000
TYY HN1 H H 0.000 0.984 -0.142 0.196
TYY HN2 H H 0.000 -0.282 0.329 -0.916
TYY CA C CH1 0.000 -1.008 -0.268 1.034
TYY HA H H 0.000 -1.507 0.672 1.311
TYY CB C CH2 0.000 -2.044 -1.253 0.493
TYY HB2 H H 0.000 -2.793 -1.452 1.262
TYY HB3 H H 0.000 -1.548 -2.187 0.219
TYY CG C CR6 0.000 -2.713 -0.664 -0.721
TYY CD2 C CR16 0.000 -2.197 -0.882 -1.942
TYY HD2 H H 0.000 -1.302 -1.480 -2.058
TYY CE2 C CR6 0.000 -2.862 -0.299 -3.124
TYY N5 N N 0.000 -2.379 -0.500 -4.317
TYY HN5 H H 0.000 -2.820 -0.118 -5.060
TYY CZ C CR6 0.000 -4.085 0.514 -2.936
TYY OH O OH1 0.000 -4.712 1.057 -4.006
TYY HH H H 0.000 -5.486 1.552 -3.707
TYY CE1 C CR16 0.000 -4.574 0.711 -1.690
TYY HE1 H H 0.000 -5.467 1.309 -1.553
TYY CD1 C CR6 0.000 -3.931 0.143 -0.566
TYY OZ O O 0.000 -4.388 0.333 0.549
TYY C C C 0.000 -0.339 -0.857 2.249
TYY O O OC -0.500 0.696 -1.548 2.119
TYY OXT O OC -0.500 -0.818 -0.654 3.386
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
TYY N n/a CA START
TYY HN1 N . .
TYY HN2 N . .
TYY CA N C .
TYY HA CA . .
TYY CB CA CG .
TYY HB2 CB . .
TYY HB3 CB . .
TYY CG CB CD2 .
TYY CD2 CG CE2 .
TYY HD2 CD2 . .
TYY CE2 CD2 CZ .
TYY N5 CE2 HN5 .
TYY HN5 N5 . .
TYY CZ CE2 CE1 .
TYY OH CZ HH .
TYY HH OH . .
TYY CE1 CZ CD1 .
TYY HE1 CE1 . .
TYY CD1 CE1 OZ .
TYY OZ CD1 . .
TYY C CA . END
TYY O C . .
TYY OXT C . .
TYY CG CD1 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
TYY CA N single 1.450 0.020
TYY C CA single 1.500 0.020
TYY CB CA single 1.524 0.020
TYY HA CA single 1.099 0.020
TYY O C deloc 1.250 0.020
TYY OXT C deloc 1.250 0.020
TYY CG CB single 1.511 0.020
TYY HB2 CB single 1.092 0.020
TYY HB3 CB single 1.092 0.020
TYY CG CD1 single 1.487 0.020
TYY CD2 CG double 1.390 0.020
TYY CD1 CE1 single 1.390 0.020
TYY OZ CD1 double 1.250 0.020
TYY CE2 CD2 single 1.390 0.020
TYY HD2 CD2 single 1.083 0.020
TYY CE1 CZ double 1.390 0.020
TYY HE1 CE1 single 1.083 0.020
TYY CZ CE2 single 1.487 0.020
TYY N5 CE2 double 1.355 0.020
TYY OH CZ single 1.362 0.020
TYY HH OH single 0.967 0.020
TYY HN1 N single 1.010 0.020
TYY HN2 N single 1.010 0.020
TYY HN5 N5 single 0.954 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
TYY HN1 N HN2 120.000 3.000
TYY HN1 N CA 120.000 3.000
TYY HN2 N CA 120.000 3.000
TYY N CA HA 109.470 3.000
TYY N CA CB 109.470 3.000
TYY N CA C 109.470 3.000
TYY HA CA CB 108.340 3.000
TYY HA CA C 108.810 3.000
TYY CB CA C 109.470 3.000
TYY CA CB HB2 109.470 3.000
TYY CA CB HB3 109.470 3.000
TYY CA CB CG 109.470 3.000
TYY HB2 CB HB3 107.900 3.000
TYY HB2 CB CG 109.470 3.000
TYY HB3 CB CG 109.470 3.000
TYY CB CG CD2 120.000 3.000
TYY CB CG CD1 120.000 3.000
TYY CD2 CG CD1 120.000 3.000
TYY CG CD2 HD2 120.000 3.000
TYY CG CD2 CE2 120.000 3.000
TYY HD2 CD2 CE2 120.000 3.000
TYY CD2 CE2 N5 120.000 3.000
TYY CD2 CE2 CZ 120.000 3.000
TYY N5 CE2 CZ 120.000 3.000
TYY CE2 N5 HN5 120.000 3.000
TYY CE2 CZ OH 120.000 3.000
TYY CE2 CZ CE1 120.000 3.000
TYY OH CZ CE1 120.000 3.000
TYY CZ OH HH 109.470 3.000
TYY CZ CE1 HE1 120.000 3.000
TYY CZ CE1 CD1 120.000 3.000
TYY HE1 CE1 CD1 120.000 3.000
TYY CE1 CD1 OZ 120.000 3.000
TYY CE1 CD1 CG 120.000 3.000
TYY OZ CD1 CG 120.000 3.000
TYY CA C O 118.500 3.000
TYY CA C OXT 118.500 3.000
TYY O C OXT 123.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
TYY var_1 HN2 N CA C 175.000 20.000 1
TYY var_2 N CA CB CG -59.959 20.000 3
TYY var_3 CA CB CG CD2 90.014 20.000 2
TYY CONST_1 CB CG CD1 CE1 180.000 0.000 0
TYY CONST_2 CB CG CD2 CE2 180.000 0.000 0
TYY CONST_3 CG CD2 CE2 CZ 0.000 0.000 0
TYY CONST_4 CD2 CE2 N5 HN5 180.000 0.000 0
TYY CONST_5 CD2 CE2 CZ CE1 0.000 0.000 0
TYY var_4 CE2 CZ OH HH -179.969 20.000 1
TYY CONST_6 CE2 CZ CE1 CD1 0.000 0.000 0
TYY CONST_7 CZ CE1 CD1 OZ 180.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
TYY chir_01 CA N C CB positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
TYY plan-1 N 0.020
TYY plan-1 CA 0.020
TYY plan-1 HN1 0.020
TYY plan-1 HN2 0.020
TYY plan-2 C 0.020
TYY plan-2 CA 0.020
TYY plan-2 O 0.020
TYY plan-2 OXT 0.020
TYY plan-3 CG 0.020
TYY plan-3 CB 0.020
TYY plan-3 CD1 0.020
TYY plan-3 CD2 0.020
TYY plan-3 CE1 0.020
TYY plan-3 CE2 0.020
TYY plan-3 CZ 0.020
TYY plan-3 OZ 0.020
TYY plan-3 HD2 0.020
TYY plan-3 HE1 0.020
TYY plan-3 N5 0.020
TYY plan-3 OH 0.020
TYY plan-3 HN5 0.020
# ------------------------------------------------------
|
