1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
V20 V20 'N6^-[(1R)-2-[(1S)-1-CARBOXY-2-(METHY' non-polymer 44 24 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_V20
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
V20 OAH O OC -0.500 0.000 0.000 0.000
V20 CAS C C 0.000 -0.022 -0.276 -1.220
V20 OAD O OC -0.500 0.931 0.064 -1.955
V20 CAX C CH1 0.000 -1.198 -1.015 -1.804
V20 HAX H H 0.000 -1.584 -0.441 -2.658
V20 CAN C CH2 0.000 -0.739 -2.386 -2.306
V20 HAN1 H H 0.000 -0.407 -2.991 -1.459
V20 HAN2 H H 0.000 0.088 -2.258 -3.007
V20 SAQ S S2 0.000 -2.119 -3.216 -3.141
V20 CAA C CH3 0.000 -1.393 -4.797 -3.655
V20 HAA3 H H 0.000 -0.571 -4.625 -4.306
V20 HAA2 H H 0.000 -1.051 -5.335 -2.805
V20 HAA1 H H 0.000 -2.118 -5.383 -4.165
V20 OAP O O2 -0.500 -2.279 -1.123 -0.776
V20 CAU C C 0.000 -3.140 -0.222 -0.674
V20 OAF O O -0.500 -3.098 0.773 -1.432
V20 CAW C CH1 0.000 -4.228 -0.333 0.363
V20 HAW H H 0.000 -3.776 -0.384 1.364
V20 CAK C CH2 0.000 -5.048 -1.600 0.109
V20 HAK1 H H 0.000 -4.395 -2.473 0.169
V20 HAK2 H H 0.000 -5.495 -1.549 -0.886
V20 SAI S SH1 0.000 -6.357 -1.733 1.357
V20 HAI H H 0.000 -6.871 -2.871 0.898
V20 NAO N NH1 0.000 -5.103 0.840 0.281
V20 HAO H H 0.000 -5.179 1.353 -0.585
V20 CAT C C 0.000 -5.806 1.232 1.362
V20 OAE O O 0.000 -5.714 0.616 2.401
V20 CAL C CH2 0.000 -6.706 2.438 1.277
V20 HAL1 H H 0.000 -7.467 2.271 0.512
V20 HAL2 H H 0.000 -6.113 3.317 1.012
V20 CAJ C CH2 0.000 -7.382 2.666 2.630
V20 HAJ1 H H 0.000 -6.619 2.831 3.394
V20 HAJ2 H H 0.000 -7.973 1.786 2.893
V20 CB C CH2 0.000 -8.295 3.890 2.545
V20 HBC1 H H 0.000 -9.056 3.723 1.780
V20 HBC2 H H 0.000 -7.702 4.768 2.281
V20 CA C CH1 0.000 -8.971 4.118 3.898
V20 HA H H 0.000 -8.205 4.197 4.682
V20 N N NH2 0.000 -9.862 2.989 4.197
V20 HN2 H H 0.000 -9.714 2.426 5.026
V20 HN1 H H 0.000 -10.632 2.767 3.576
V20 C C C 0.000 -9.774 5.393 3.851
V20 O O OC -0.500 -9.203 6.497 3.985
V20 OXT O OC -0.500 -11.012 5.345 3.676
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
V20 OAH n/a CAS START
V20 CAS OAH CAX .
V20 OAD CAS . .
V20 CAX CAS OAP .
V20 HAX CAX . .
V20 CAN CAX SAQ .
V20 HAN1 CAN . .
V20 HAN2 CAN . .
V20 SAQ CAN CAA .
V20 CAA SAQ HAA1 .
V20 HAA3 CAA . .
V20 HAA2 CAA . .
V20 HAA1 CAA . .
V20 OAP CAX CAU .
V20 CAU OAP CAW .
V20 OAF CAU . .
V20 CAW CAU NAO .
V20 HAW CAW . .
V20 CAK CAW SAI .
V20 HAK1 CAK . .
V20 HAK2 CAK . .
V20 SAI CAK HAI .
V20 HAI SAI . .
V20 NAO CAW CAT .
V20 HAO NAO . .
V20 CAT NAO CAL .
V20 OAE CAT . .
V20 CAL CAT CAJ .
V20 HAL1 CAL . .
V20 HAL2 CAL . .
V20 CAJ CAL CB .
V20 HAJ1 CAJ . .
V20 HAJ2 CAJ . .
V20 CB CAJ CA .
V20 HBC1 CB . .
V20 HBC2 CB . .
V20 CA CB C .
V20 HA CA . .
V20 N CA HN1 .
V20 HN2 N . .
V20 HN1 N . .
V20 C CA OXT .
V20 O C . .
V20 OXT C . END
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
V20 O C deloc 1.250 0.020
V20 OXT C deloc 1.250 0.020
V20 C CA single 1.500 0.020
V20 N CA single 1.450 0.020
V20 CA CB single 1.524 0.020
V20 CB CAJ single 1.524 0.020
V20 CAJ CAL single 1.524 0.020
V20 CAL CAT single 1.510 0.020
V20 OAE CAT double 1.220 0.020
V20 CAT NAO single 1.330 0.020
V20 NAO CAW single 1.450 0.020
V20 CAK CAW single 1.524 0.020
V20 CAW CAU single 1.500 0.020
V20 SAI CAK single 1.810 0.020
V20 OAF CAU deloc 1.220 0.020
V20 CAU OAP deloc 1.454 0.020
V20 OAP CAX single 1.426 0.020
V20 CAX CAS single 1.500 0.020
V20 CAN CAX single 1.524 0.020
V20 OAD CAS deloc 1.250 0.020
V20 CAS OAH deloc 1.250 0.020
V20 SAQ CAN single 1.762 0.020
V20 CAA SAQ single 1.762 0.020
V20 HA CA single 1.099 0.020
V20 HN1 N single 1.010 0.020
V20 HN2 N single 1.010 0.020
V20 HBC1 CB single 1.092 0.020
V20 HBC2 CB single 1.092 0.020
V20 HAJ1 CAJ single 1.092 0.020
V20 HAJ2 CAJ single 1.092 0.020
V20 HAL1 CAL single 1.092 0.020
V20 HAL2 CAL single 1.092 0.020
V20 HAO NAO single 1.010 0.020
V20 HAW CAW single 1.099 0.020
V20 HAK1 CAK single 1.092 0.020
V20 HAK2 CAK single 1.092 0.020
V20 HAI SAI single 1.330 0.020
V20 HAX CAX single 1.099 0.020
V20 HAN1 CAN single 1.092 0.020
V20 HAN2 CAN single 1.092 0.020
V20 HAA1 CAA single 1.059 0.020
V20 HAA2 CAA single 1.059 0.020
V20 HAA3 CAA single 1.059 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
V20 OAH CAS OAD 123.000 3.000
V20 OAH CAS CAX 118.500 3.000
V20 OAD CAS CAX 118.500 3.000
V20 CAS CAX HAX 108.810 3.000
V20 CAS CAX CAN 109.470 3.000
V20 CAS CAX OAP 109.470 3.000
V20 HAX CAX CAN 108.340 3.000
V20 HAX CAX OAP 109.470 3.000
V20 CAN CAX OAP 109.470 3.000
V20 CAX CAN HAN1 109.470 3.000
V20 CAX CAN HAN2 109.470 3.000
V20 CAX CAN SAQ 109.500 3.000
V20 HAN1 CAN HAN2 107.900 3.000
V20 HAN1 CAN SAQ 109.500 3.000
V20 HAN2 CAN SAQ 109.500 3.000
V20 CAN SAQ CAA 102.983 3.000
V20 SAQ CAA HAA3 109.500 3.000
V20 SAQ CAA HAA2 109.500 3.000
V20 SAQ CAA HAA1 109.500 3.000
V20 HAA3 CAA HAA2 109.470 3.000
V20 HAA3 CAA HAA1 109.470 3.000
V20 HAA2 CAA HAA1 109.470 3.000
V20 CAX OAP CAU 111.800 3.000
V20 OAP CAU OAF 119.000 3.000
V20 OAP CAU CAW 120.000 3.000
V20 OAF CAU CAW 120.500 3.000
V20 CAU CAW HAW 108.810 3.000
V20 CAU CAW CAK 109.470 3.000
V20 CAU CAW NAO 111.600 3.000
V20 HAW CAW CAK 108.340 3.000
V20 HAW CAW NAO 108.550 3.000
V20 CAK CAW NAO 110.000 3.000
V20 CAW CAK HAK1 109.470 3.000
V20 CAW CAK HAK2 109.470 3.000
V20 CAW CAK SAI 112.500 3.000
V20 HAK1 CAK HAK2 107.900 3.000
V20 HAK1 CAK SAI 109.470 3.000
V20 HAK2 CAK SAI 109.470 3.000
V20 CAK SAI HAI 96.000 3.000
V20 CAW NAO HAO 118.500 3.000
V20 CAW NAO CAT 121.500 3.000
V20 HAO NAO CAT 120.000 3.000
V20 NAO CAT OAE 123.000 3.000
V20 NAO CAT CAL 116.500 3.000
V20 OAE CAT CAL 120.500 3.000
V20 CAT CAL HAL1 109.470 3.000
V20 CAT CAL HAL2 109.470 3.000
V20 CAT CAL CAJ 109.470 3.000
V20 HAL1 CAL HAL2 107.900 3.000
V20 HAL1 CAL CAJ 109.470 3.000
V20 HAL2 CAL CAJ 109.470 3.000
V20 CAL CAJ HAJ1 109.470 3.000
V20 CAL CAJ HAJ2 109.470 3.000
V20 CAL CAJ CB 111.000 3.000
V20 HAJ1 CAJ HAJ2 107.900 3.000
V20 HAJ1 CAJ CB 109.470 3.000
V20 HAJ2 CAJ CB 109.470 3.000
V20 CAJ CB HBC1 109.470 3.000
V20 CAJ CB HBC2 109.470 3.000
V20 CAJ CB CA 111.000 3.000
V20 HBC1 CB HBC2 107.900 3.000
V20 HBC1 CB CA 109.470 3.000
V20 HBC2 CB CA 109.470 3.000
V20 CB CA HA 108.340 3.000
V20 CB CA N 109.470 3.000
V20 CB CA C 109.470 3.000
V20 HA CA N 109.470 3.000
V20 HA CA C 108.810 3.000
V20 N CA C 109.470 3.000
V20 CA N HN2 120.000 3.000
V20 CA N HN1 120.000 3.000
V20 HN2 N HN1 120.000 3.000
V20 CA C O 118.500 3.000
V20 CA C OXT 118.500 3.000
V20 O C OXT 123.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
V20 var_1 OAH CAS CAX OAP 8.226 20.000 3
V20 var_2 CAS CAX CAN SAQ -175.021 20.000 3
V20 var_3 CAX CAN SAQ CAA -179.990 20.000 1
V20 var_4 CAN SAQ CAA HAA1 179.995 20.000 1
V20 var_5 CAS CAX OAP CAU 88.950 20.000 1
V20 var_6 CAX OAP CAU CAW -179.977 20.000 1
V20 var_7 OAP CAU CAW NAO -180.000 20.000 3
V20 var_8 CAU CAW CAK SAI -179.974 20.000 3
V20 var_9 CAW CAK SAI HAI -179.981 20.000 1
V20 var_10 CAU CAW NAO CAT -155.020 20.000 3
V20 CONST_1 CAW NAO CAT CAL 180.000 0.000 0
V20 var_11 NAO CAT CAL CAJ -179.997 20.000 3
V20 var_12 CAT CAL CAJ CB 179.984 20.000 3
V20 var_13 CAL CAJ CB CA 180.000 20.000 3
V20 var_14 CAJ CB CA C 174.993 20.000 3
V20 var_15 CB CA N HN1 -59.925 20.000 1
V20 var_16 CB CA C OXT 100.011 20.000 3
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
V20 chir_01 CA C N CB negativ
V20 chir_02 CAW NAO CAK CAU negativ
V20 chir_03 CAX OAP CAS CAN negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
V20 plan-1 C 0.020
V20 plan-1 O 0.020
V20 plan-1 OXT 0.020
V20 plan-1 CA 0.020
V20 plan-2 N 0.020
V20 plan-2 CA 0.020
V20 plan-2 HN1 0.020
V20 plan-2 HN2 0.020
V20 plan-3 CAT 0.020
V20 plan-3 CAL 0.020
V20 plan-3 OAE 0.020
V20 plan-3 NAO 0.020
V20 plan-3 HAO 0.020
V20 plan-4 NAO 0.020
V20 plan-4 CAT 0.020
V20 plan-4 CAW 0.020
V20 plan-4 HAO 0.020
V20 plan-5 CAU 0.020
V20 plan-5 CAW 0.020
V20 plan-5 OAF 0.020
V20 plan-5 OAP 0.020
V20 plan-6 CAS 0.020
V20 plan-6 CAX 0.020
V20 plan-6 OAD 0.020
V20 plan-6 OAH 0.020
# ------------------------------------------------------
|
