1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
V4O V4O 'CYCLO-TETRAMETAVANADATE ' non-polymer 16 16 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_V4O
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
V4O O11 O O -1.000 0.000 0.000 0.000
V4O V4 V V 0.000 -1.558 -0.466 0.534
V4O O10 O O 0.000 -1.425 -1.415 1.951
V4O O9 O O2 0.000 -2.570 1.037 0.881
V4O V1 V V 0.000 -2.460 2.315 -0.442
V4O O1 O O -1.000 -3.050 3.805 0.160
V4O O0 O O 0.000 -0.826 2.501 -0.915
V4O O8 O O2 0.000 -2.402 -1.432 -0.784
V4O V3 V V 0.000 -4.210 -1.624 -0.573
V4O O5 O O 0.000 -4.663 -1.072 0.983
V4O O7 O O -1.000 -4.623 -3.278 -0.727
V4O O6 O O2 0.000 -5.113 -0.650 -1.850
V4O V2 V V 0.000 -5.126 1.156 -1.501
V4O O2 O O 0.000 -5.484 1.425 0.151
V4O O3 O O2 0.000 -3.457 1.809 -1.891
V4O O4 O O -1.000 -6.297 1.928 -2.483
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
V4O O11 n/a V4 START
V4O V4 O11 O8 .
V4O O10 V4 . .
V4O O9 V4 V1 .
V4O V1 O9 O0 .
V4O O1 V1 . .
V4O O0 V1 . .
V4O O8 V4 V3 .
V4O V3 O8 O6 .
V4O O5 V3 . .
V4O O7 V3 . .
V4O O6 V3 V2 .
V4O V2 O6 O4 .
V4O O2 V2 . .
V4O O3 V2 . .
V4O O4 V2 . END
V4O V1 O3 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
V4O O0 V1 double 1.910 0.020
V4O O1 V1 single 1.910 0.020
V4O V1 O3 single 2.004 0.020
V4O V1 O9 single 2.004 0.020
V4O O2 V2 double 1.910 0.020
V4O O3 V2 single 2.004 0.020
V4O O4 V2 single 1.910 0.020
V4O V2 O6 single 2.004 0.020
V4O O5 V3 double 1.910 0.020
V4O O6 V3 single 2.004 0.020
V4O O7 V3 single 1.910 0.020
V4O V3 O8 single 2.004 0.020
V4O O8 V4 single 2.004 0.020
V4O O9 V4 single 2.004 0.020
V4O O10 V4 double 1.910 0.020
V4O V4 O11 single 1.910 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
V4O O11 V4 O10 109.783 3.000
V4O O11 V4 O9 109.666 3.000
V4O O11 V4 O8 109.716 3.000
V4O O10 V4 O9 109.794 3.000
V4O O10 V4 O8 109.736 3.000
V4O O9 V4 O8 108.123 3.000
V4O V4 O9 V1 120.000 3.000
V4O O9 V1 O1 109.317 3.000
V4O O9 V1 O0 109.339 3.000
V4O O9 V1 O3 110.129 3.000
V4O O1 V1 O0 109.339 3.000
V4O O1 V1 O3 109.356 3.000
V4O O0 V1 O3 109.345 3.000
V4O V4 O8 V3 120.000 3.000
V4O O8 V3 O5 109.389 3.000
V4O O8 V3 O7 109.217 3.000
V4O O8 V3 O6 110.399 3.000
V4O O5 V3 O7 109.272 3.000
V4O O5 V3 O6 109.268 3.000
V4O O7 V3 O6 109.278 3.000
V4O V3 O6 V2 120.000 3.000
V4O O6 V2 O2 109.815 3.000
V4O O6 V2 O3 107.625 3.000
V4O O6 V2 O4 109.803 3.000
V4O O2 V2 O3 109.869 3.000
V4O O2 V2 O4 109.826 3.000
V4O O3 V2 O4 109.872 3.000
V4O V2 O3 V1 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
V4O var_1 O11 V4 O9 V1 45.980 20.000 1
V4O var_2 V4 O9 V1 O0 -44.406 20.000 1
V4O var_3 O9 V1 O3 V2 45.028 20.000 1
V4O var_4 O11 V4 O8 V3 -164.320 20.000 1
V4O var_5 V4 O8 V3 O6 110.367 20.000 1
V4O var_6 O8 V3 O6 V2 -75.876 20.000 1
V4O var_7 V3 O6 V2 O4 -165.527 20.000 1
V4O var_8 O6 V2 O3 V1 -109.568 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
V4O chir_01 V1 O9 O1 O0 both
V4O chir_02 V2 O6 O2 O3 both
V4O chir_03 V3 O8 O5 O7 both
V4O chir_04 V4 O11 O10 O9 both
# ------------------------------------------------------
|