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343
344
|
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_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
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loop_
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_chem_comp.three_letter_code
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_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
VAM VAM 'METHYL 4-O-(4-THIO-BETA-D-GLUCOPYRAN' non-polymer 48 24 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_VAM
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
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_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
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VAM H4 C4 . .
VAM C3 C4 C2 .
VAM H3 C3 . .
VAM C2 C3 O2 .
VAM H2C1 C2 . .
VAM H2C2 C2 . .
VAM O2 C2 H2 .
VAM H2 O2 . .
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VAM H5 C5 . .
VAM O6 C5 H6 .
VAM H6 O6 . .
VAM C6 C5 C70 .
VAM HD C6 . .
VAM O5 C6 HE .
VAM HE O5 . .
VAM C70 C6 O9 .
VAM H70 C70 . .
VAM O3 C70 . .
VAM O9 C70 C10 .
VAM C10 O9 C9 .
VAM HA C10 . .
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VAM H11 C11 . .
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VAM H122 C12 . .
VAM O10 C12 H10 .
VAM H10 O10 . .
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VAM H9 C9 . .
VAM O1 C9 H1 .
VAM H1 O1 . .
VAM C8 C9 C7 .
VAM H8 C8 . .
VAM O8 C8 HB .
VAM HB O8 . .
VAM C7 C8 O7 .
VAM H7 C7 . .
VAM O11 C7 . .
VAM O7 C7 CM .
VAM CM O7 HMC1 .
VAM HMC3 CM . .
VAM HMC2 CM . .
VAM HMC1 CM . END
VAM C11 O11 . ADD
VAM C3 O3 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
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loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
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_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
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VAM HA C10 C9 108.340 3.000
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VAM HMC2 CM HMC1 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
VAM var_1 HC S10 C4 C5 60.254 20.000 1
VAM var_2 S10 C4 C3 C2 60.000 20.000 3
VAM var_3 C4 C3 O3 C70 60.000 20.000 1
VAM var_4 C4 C3 C2 O2 -175.061 20.000 3
VAM var_5 C3 C2 O2 H2 179.981 20.000 1
VAM var_6 S10 C4 C5 C6 180.000 20.000 3
VAM var_7 C4 C5 O6 H6 -179.995 20.000 1
VAM var_8 C4 C5 C6 C70 -60.000 20.000 3
VAM var_9 C5 C6 O5 HE 179.954 20.000 1
VAM var_10 C5 C6 C70 O9 180.000 20.000 3
VAM var_11 C6 C70 O3 C3 -60.000 20.000 1
VAM var_12 C6 C70 O9 C10 175.108 20.000 1
VAM var_13 C70 O9 C10 C9 90.279 20.000 1
VAM var_14 O9 C10 C11 C12 60.000 20.000 3
VAM var_15 C10 C11 O11 C7 60.000 20.000 1
VAM var_16 C10 C11 C12 O10 -175.032 20.000 3
VAM var_17 C11 C12 O10 H10 179.982 20.000 1
VAM var_18 O9 C10 C9 C8 180.000 20.000 3
VAM var_19 C10 C9 O1 H1 -179.970 20.000 1
VAM var_20 C10 C9 C8 C7 -60.000 20.000 3
VAM var_21 C9 C8 O8 HB 179.708 20.000 1
VAM var_22 C9 C8 C7 O7 180.000 20.000 3
VAM var_23 C8 C7 O11 C11 -60.000 20.000 1
VAM var_24 C8 C7 O7 CM 175.033 20.000 1
VAM var_25 C7 O7 CM HMC1 -60.003 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
VAM chir_01 C11 C12 O11 C10 negativ
VAM chir_02 C7 O11 O7 C8 negativ
VAM chir_03 C10 C11 O9 C9 negativ
VAM chir_04 C9 C10 C8 O1 negativ
VAM chir_05 C8 C7 C9 O8 negativ
VAM chir_06 C3 C2 O3 C4 negativ
VAM chir_07 C4 C3 C5 S10 positiv
VAM chir_08 C5 O6 C4 C6 negativ
VAM chir_09 C6 C5 C70 O5 positiv
VAM chir_10 C70 O9 O3 C6 positiv
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