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|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
VD2 VD2 '5-{2-[1-(5-HYDROXY-1,5-DIMETHYL-HEXY' non-polymer 76 30 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_VD2
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
VD2 O1 O OH1 0.000 0.000 0.000 0.000
VD2 HO1 H H 0.000 -0.857 -0.197 -0.402
VD2 C1 C CH1 0.000 0.551 -1.195 0.557
VD2 H1 H H 0.000 0.681 -1.943 -0.237
VD2 C10 C CH2 0.000 -0.399 -1.749 1.631
VD2 H102 H H 0.000 -0.028 -2.707 2.001
VD2 H101 H H 0.000 -1.399 -1.884 1.213
VD2 C2 C CH1 0.000 1.906 -0.885 1.192
VD2 H2 H H 0.000 2.299 -1.790 1.675
VD2 C28 C CH3 0.000 2.881 -0.424 0.107
VD2 H283 H H 0.000 2.505 0.450 -0.359
VD2 H282 H H 0.000 3.823 -0.213 0.542
VD2 H281 H H 0.000 2.991 -1.189 -0.618
VD2 C3 C CH1 0.000 1.749 0.220 2.238
VD2 H3 H H 0.000 1.297 1.106 1.769
VD2 O2 O OH1 0.000 3.031 0.563 2.766
VD2 HO2 H H 0.000 2.931 1.261 3.427
VD2 C4 C CH2 0.000 0.845 -0.275 3.370
VD2 H41 H H 0.000 0.646 0.539 4.069
VD2 H42 H H 0.000 1.330 -1.098 3.899
VD2 C5 C C 0.000 -0.457 -0.756 2.770
VD2 C6 C C1 0.000 -1.623 -0.322 3.237
VD2 H6 H H 0.000 -1.650 0.452 3.986
VD2 C7 C C1 0.000 -2.879 -0.898 2.730
VD2 H7 H H 0.000 -2.857 -1.614 1.926
VD2 C8 C C 0.000 -4.039 -0.535 3.265
VD2 C14 C CH1 0.000 -5.351 -1.088 2.791
VD2 H14 H H 0.000 -5.853 -1.644 3.595
VD2 C15 C CH2 0.000 -5.323 -1.909 1.500
VD2 H151 H H 0.000 -5.076 -2.959 1.673
VD2 H152 H H 0.000 -4.643 -1.495 0.752
VD2 C16 C CH2 0.000 -6.787 -1.797 0.991
VD2 H162 H H 0.000 -7.382 -2.651 1.319
VD2 H161 H H 0.000 -6.819 -1.730 -0.099
VD2 C9 C CH2 0.000 -4.134 0.472 4.402
VD2 H91 H H 0.000 -3.153 0.928 4.551
VD2 H92 H H 0.000 -4.432 -0.052 5.312
VD2 C11 C CH2 0.000 -5.158 1.558 4.078
VD2 H111 H H 0.000 -4.739 2.204 3.304
VD2 H112 H H 0.000 -5.335 2.143 4.983
VD2 C12 C CH2 0.000 -6.486 0.960 3.585
VD2 H121 H H 0.000 -7.188 1.758 3.336
VD2 H122 H H 0.000 -6.920 0.322 4.358
VD2 C13 C CT 0.000 -6.202 0.138 2.355
VD2 C18 C CH3 0.000 -5.365 0.964 1.377
VD2 H183 H H 0.000 -5.153 0.384 0.516
VD2 H182 H H 0.000 -5.904 1.830 1.094
VD2 H181 H H 0.000 -4.457 1.250 1.842
VD2 C17 C CH1 0.000 -7.364 -0.495 1.607
VD2 H17 H H 0.000 -8.182 -0.732 2.303
VD2 C20 C CH1 0.000 -7.860 0.440 0.504
VD2 H20 H H 0.000 -7.036 0.658 -0.189
VD2 C21 C CH3 0.000 -8.359 1.745 1.128
VD2 H213 H H 0.000 -7.568 2.211 1.655
VD2 H212 H H 0.000 -8.704 2.393 0.364
VD2 H211 H H 0.000 -9.153 1.536 1.797
VD2 C22 C CH2 0.000 -9.004 -0.230 -0.259
VD2 H221 H H 0.000 -9.822 -0.447 0.431
VD2 H222 H H 0.000 -8.647 -1.161 -0.704
VD2 C23 C CH2 0.000 -9.500 0.706 -1.362
VD2 H231 H H 0.000 -8.680 0.922 -2.050
VD2 H232 H H 0.000 -9.855 1.637 -0.915
VD2 C24 C CH2 0.000 -10.644 0.036 -2.124
VD2 H241 H H 0.000 -11.462 -0.181 -1.433
VD2 H242 H H 0.000 -10.288 -0.896 -2.568
VD2 C25 C CT 0.000 -11.141 0.972 -3.228
VD2 C26 C CH3 0.000 -11.640 2.276 -2.603
VD2 H263 H H 0.000 -10.848 2.741 -2.074
VD2 H262 H H 0.000 -11.983 2.926 -3.366
VD2 H261 H H 0.000 -12.435 2.068 -1.934
VD2 C27 C CH3 0.000 -12.285 0.302 -3.990
VD2 H273 H H 0.000 -11.942 -0.602 -4.422
VD2 H272 H H 0.000 -13.081 0.093 -3.322
VD2 H271 H H 0.000 -12.629 0.950 -4.754
VD2 O3 O OH1 0.000 -10.069 1.255 -4.129
VD2 HO3 H H 0.000 -9.754 0.430 -4.524
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
VD2 O1 n/a C1 START
VD2 HO1 O1 . .
VD2 C1 O1 C2 .
VD2 H1 C1 . .
VD2 C10 C1 H101 .
VD2 H102 C10 . .
VD2 H101 C10 . .
VD2 C2 C1 C3 .
VD2 H2 C2 . .
VD2 C28 C2 H281 .
VD2 H283 C28 . .
VD2 H282 C28 . .
VD2 H281 C28 . .
VD2 C3 C2 C4 .
VD2 H3 C3 . .
VD2 O2 C3 HO2 .
VD2 HO2 O2 . .
VD2 C4 C3 C5 .
VD2 H41 C4 . .
VD2 H42 C4 . .
VD2 C5 C4 C6 .
VD2 C6 C5 C7 .
VD2 H6 C6 . .
VD2 C7 C6 C8 .
VD2 H7 C7 . .
VD2 C8 C7 C9 .
VD2 C14 C8 C15 .
VD2 H14 C14 . .
VD2 C15 C14 C16 .
VD2 H151 C15 . .
VD2 H152 C15 . .
VD2 C16 C15 H161 .
VD2 H162 C16 . .
VD2 H161 C16 . .
VD2 C9 C8 C11 .
VD2 H91 C9 . .
VD2 H92 C9 . .
VD2 C11 C9 C12 .
VD2 H111 C11 . .
VD2 H112 C11 . .
VD2 C12 C11 C13 .
VD2 H121 C12 . .
VD2 H122 C12 . .
VD2 C13 C12 C17 .
VD2 C18 C13 H181 .
VD2 H183 C18 . .
VD2 H182 C18 . .
VD2 H181 C18 . .
VD2 C17 C13 C20 .
VD2 H17 C17 . .
VD2 C20 C17 C22 .
VD2 H20 C20 . .
VD2 C21 C20 H211 .
VD2 H213 C21 . .
VD2 H212 C21 . .
VD2 H211 C21 . .
VD2 C22 C20 C23 .
VD2 H221 C22 . .
VD2 H222 C22 . .
VD2 C23 C22 C24 .
VD2 H231 C23 . .
VD2 H232 C23 . .
VD2 C24 C23 C25 .
VD2 H241 C24 . .
VD2 H242 C24 . .
VD2 C25 C24 O3 .
VD2 C26 C25 H261 .
VD2 H263 C26 . .
VD2 H262 C26 . .
VD2 H261 C26 . .
VD2 C27 C25 H271 .
VD2 H273 C27 . .
VD2 H272 C27 . .
VD2 H271 C27 . .
VD2 O3 C25 HO3 .
VD2 HO3 O3 . END
VD2 C17 C16 . ADD
VD2 C13 C14 . ADD
VD2 C5 C10 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
VD2 O3 C25 single 1.432 0.020
VD2 HO3 O3 single 0.967 0.020
VD2 C27 C25 single 1.524 0.020
VD2 C26 C25 single 1.524 0.020
VD2 C25 C24 single 1.524 0.020
VD2 H271 C27 single 1.059 0.020
VD2 H272 C27 single 1.059 0.020
VD2 H273 C27 single 1.059 0.020
VD2 H261 C26 single 1.059 0.020
VD2 H262 C26 single 1.059 0.020
VD2 H263 C26 single 1.059 0.020
VD2 C24 C23 single 1.524 0.020
VD2 H241 C24 single 1.092 0.020
VD2 H242 C24 single 1.092 0.020
VD2 C23 C22 single 1.524 0.020
VD2 H231 C23 single 1.092 0.020
VD2 H232 C23 single 1.092 0.020
VD2 C22 C20 single 1.524 0.020
VD2 H221 C22 single 1.092 0.020
VD2 H222 C22 single 1.092 0.020
VD2 C21 C20 single 1.524 0.020
VD2 C20 C17 single 1.524 0.020
VD2 H20 C20 single 1.099 0.020
VD2 H211 C21 single 1.059 0.020
VD2 H212 C21 single 1.059 0.020
VD2 H213 C21 single 1.059 0.020
VD2 C17 C16 single 1.524 0.020
VD2 C17 C13 single 1.524 0.020
VD2 H17 C17 single 1.099 0.020
VD2 C16 C15 single 1.524 0.020
VD2 H161 C16 single 1.092 0.020
VD2 H162 C16 single 1.092 0.020
VD2 C18 C13 single 1.524 0.020
VD2 C13 C14 single 1.524 0.020
VD2 C13 C12 single 1.524 0.020
VD2 H181 C18 single 1.059 0.020
VD2 H182 C18 single 1.059 0.020
VD2 H183 C18 single 1.059 0.020
VD2 C15 C14 single 1.524 0.020
VD2 C14 C8 single 1.500 0.020
VD2 H14 C14 single 1.099 0.020
VD2 H151 C15 single 1.092 0.020
VD2 H152 C15 single 1.092 0.020
VD2 C12 C11 single 1.524 0.020
VD2 H121 C12 single 1.092 0.020
VD2 H122 C12 single 1.092 0.020
VD2 C11 C9 single 1.524 0.020
VD2 H111 C11 single 1.092 0.020
VD2 H112 C11 single 1.092 0.020
VD2 C9 C8 single 1.510 0.020
VD2 H91 C9 single 1.092 0.020
VD2 H92 C9 single 1.092 0.020
VD2 C8 C7 double 1.340 0.020
VD2 C7 C6 single 1.460 0.020
VD2 H7 C7 single 1.077 0.020
VD2 C6 C5 double 1.340 0.020
VD2 H6 C6 single 1.077 0.020
VD2 C5 C10 single 1.510 0.020
VD2 C5 C4 single 1.510 0.020
VD2 C10 C1 single 1.524 0.020
VD2 H101 C10 single 1.092 0.020
VD2 H102 C10 single 1.092 0.020
VD2 C4 C3 single 1.524 0.020
VD2 H41 C4 single 1.092 0.020
VD2 H42 C4 single 1.092 0.020
VD2 O2 C3 single 1.432 0.020
VD2 C3 C2 single 1.524 0.020
VD2 H3 C3 single 1.099 0.020
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VD2 C28 C2 single 1.524 0.020
VD2 C2 C1 single 1.524 0.020
VD2 H2 C2 single 1.099 0.020
VD2 H281 C28 single 1.059 0.020
VD2 H282 C28 single 1.059 0.020
VD2 H283 C28 single 1.059 0.020
VD2 C1 O1 single 1.432 0.020
VD2 H1 C1 single 1.099 0.020
VD2 HO1 O1 single 0.967 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
VD2 HO1 O1 C1 109.470 3.000
VD2 O1 C1 H1 109.470 3.000
VD2 O1 C1 C10 109.470 3.000
VD2 O1 C1 C2 109.470 3.000
VD2 H1 C1 C10 108.340 3.000
VD2 H1 C1 C2 108.340 3.000
VD2 C10 C1 C2 111.000 3.000
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VD2 C1 C2 C3 111.000 3.000
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VD2 H2 C2 C3 108.340 3.000
VD2 C28 C2 C3 111.000 3.000
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VD2 H283 C28 H281 109.470 3.000
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VD2 C2 C3 H3 108.340 3.000
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VD2 H3 C3 C4 108.340 3.000
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VD2 C3 O2 HO2 109.470 3.000
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VD2 H41 C4 C5 109.470 3.000
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VD2 C5 C6 C7 120.000 3.000
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VD2 C6 C7 H7 120.000 3.000
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VD2 H14 C14 C15 108.340 3.000
VD2 H14 C14 C13 108.340 3.000
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VD2 H161 C16 C17 109.470 3.000
VD2 C8 C9 H91 109.470 3.000
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VD2 C8 C9 C11 109.470 3.000
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VD2 H91 C9 C11 109.470 3.000
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VD2 C9 C11 C12 111.000 3.000
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VD2 H111 C11 C12 109.470 3.000
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VD2 C11 C12 H121 109.470 3.000
VD2 C11 C12 H122 109.470 3.000
VD2 C11 C12 C13 111.000 3.000
VD2 H121 C12 H122 107.900 3.000
VD2 H121 C12 C13 109.470 3.000
VD2 H122 C12 C13 109.470 3.000
VD2 C12 C13 C18 111.000 3.000
VD2 C12 C13 C17 111.000 3.000
VD2 C12 C13 C14 111.000 3.000
VD2 C18 C13 C17 111.000 3.000
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VD2 H20 C20 C21 108.340 3.000
VD2 H20 C20 C22 108.340 3.000
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VD2 H213 C21 H211 109.470 3.000
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VD2 H221 C22 C23 109.470 3.000
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VD2 C22 C23 H232 109.470 3.000
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VD2 H231 C23 H232 107.900 3.000
VD2 H231 C23 C24 109.470 3.000
VD2 H232 C23 C24 109.470 3.000
VD2 C23 C24 H241 109.470 3.000
VD2 C23 C24 H242 109.470 3.000
VD2 C23 C24 C25 111.000 3.000
VD2 H241 C24 H242 107.900 3.000
VD2 H241 C24 C25 109.470 3.000
VD2 H242 C24 C25 109.470 3.000
VD2 C24 C25 C26 111.000 3.000
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VD2 C25 C26 H261 109.470 3.000
VD2 H263 C26 H262 109.470 3.000
VD2 H263 C26 H261 109.470 3.000
VD2 H262 C26 H261 109.470 3.000
VD2 C25 C27 H273 109.470 3.000
VD2 C25 C27 H272 109.470 3.000
VD2 C25 C27 H271 109.470 3.000
VD2 H273 C27 H272 109.470 3.000
VD2 H273 C27 H271 109.470 3.000
VD2 H272 C27 H271 109.470 3.000
VD2 C25 O3 HO3 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
VD2 var_1 HO1 O1 C1 C2 179.979 20.000 1
VD2 var_2 O1 C1 C10 C5 -60.000 20.000 3
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VD2 var_5 C1 C2 C3 C4 60.000 20.000 3
VD2 var_6 C2 C3 O2 HO2 -179.996 20.000 1
VD2 var_7 C2 C3 C4 C5 -60.000 20.000 3
VD2 var_8 C3 C4 C5 C6 -120.000 20.000 3
VD2 var_9 C4 C5 C10 C1 -60.000 20.000 3
VD2 CONST_1 C4 C5 C6 C7 -174.061 0.000 0
VD2 var_10 C5 C6 C7 C8 175.089 20.000 1
VD2 CONST_2 C6 C7 C8 C9 0.021 0.000 0
VD2 var_11 C7 C8 C14 C15 0.000 20.000 3
VD2 var_12 C8 C14 C15 C16 -150.000 20.000 3
VD2 var_13 C14 C15 C16 C17 30.000 20.000 3
VD2 var_14 C7 C8 C9 C11 120.000 20.000 3
VD2 var_15 C8 C9 C11 C12 60.000 20.000 3
VD2 var_16 C9 C11 C12 C13 -60.000 20.000 3
VD2 var_17 C11 C12 C13 C17 180.000 20.000 1
VD2 var_18 C12 C13 C14 C8 -60.000 20.000 1
VD2 var_19 C12 C13 C18 H181 59.265 20.000 1
VD2 var_20 C12 C13 C17 C20 90.000 20.000 1
VD2 var_21 C13 C17 C16 C15 0.000 20.000 3
VD2 var_22 C13 C17 C20 C22 178.524 20.000 3
VD2 var_23 C17 C20 C21 H211 -59.961 20.000 3
VD2 var_24 C17 C20 C22 C23 179.967 20.000 3
VD2 var_25 C20 C22 C23 C24 -179.967 20.000 3
VD2 var_26 C22 C23 C24 C25 -179.985 20.000 3
VD2 var_27 C23 C24 C25 O3 59.954 20.000 1
VD2 var_28 C24 C25 C26 H261 -60.092 20.000 1
VD2 var_29 C24 C25 C27 H271 -179.967 20.000 1
VD2 var_30 C24 C25 O3 HO3 60.089 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
VD2 chir_01 C25 O3 C27 C26 positiv
VD2 chir_02 C20 C22 C21 C17 negativ
VD2 chir_03 C17 C20 C16 C13 negativ
VD2 chir_04 C13 C17 C18 C14 positiv
VD2 chir_05 C14 C13 C15 C8 negativ
VD2 chir_06 C3 C4 O2 C2 negativ
VD2 chir_07 C2 C3 C28 C1 positiv
VD2 chir_08 C1 C10 C2 O1 positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
VD2 plan-1 C8 0.020
VD2 plan-1 C14 0.020
VD2 plan-1 C9 0.020
VD2 plan-1 C7 0.020
VD2 plan-1 C6 0.020
VD2 plan-1 H7 0.020
VD2 plan-1 H6 0.020
VD2 plan-2 C6 0.020
VD2 plan-2 C7 0.020
VD2 plan-2 C5 0.020
VD2 plan-2 H6 0.020
VD2 plan-2 C10 0.020
VD2 plan-2 C4 0.020
VD2 plan-2 H7 0.020
# ------------------------------------------------------
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