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545
|
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_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
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loop_
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_chem_comp.three_letter_code
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_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
VDB VDB '(1R,2S,3R,5Z,7E)-17-{(1R)-1-[(2-ethy' non-polymer 80 34 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_VDB
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
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VDB H29 H H 0.000 -19.938 -5.189 -1.839
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
VDB O5 n/a C31 START
VDB HO5 O5 . .
VDB C31 O5 C30 .
VDB H31 C31 . .
VDB H31A C31 . .
VDB C30 C31 O4 .
VDB H30 C30 . .
VDB H30A C30 . .
VDB O4 C30 C2 .
VDB C2 O4 C3 .
VDB H2 C2 . .
VDB C1 C2 C10 .
VDB H1 C1 . .
VDB O1 C1 HO1 .
VDB HO1 O1 . .
VDB C10 C1 H10 .
VDB H10A C10 . .
VDB H10 C10 . .
VDB C3 C2 C4 .
VDB H3 C3 . .
VDB O2 C3 HO2 .
VDB HO2 O2 . .
VDB C4 C3 C5 .
VDB H4 C4 . .
VDB H4A C4 . .
VDB C5 C4 C6 .
VDB C6 C5 C7 .
VDB H6 C6 . .
VDB C7 C6 C8 .
VDB H7 C7 . .
VDB C8 C7 C9 .
VDB C14 C8 C15 .
VDB H14 C14 . .
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VDB H15 C15 . .
VDB H15A C15 . .
VDB C16 C15 H16 .
VDB H16 C16 . .
VDB C9 C8 C11 .
VDB H9 C9 . .
VDB H9A C9 . .
VDB C11 C9 C12 .
VDB H11 C11 . .
VDB H11A C11 . .
VDB C12 C11 C13 .
VDB H12 C12 . .
VDB H12A C12 . .
VDB C13 C12 C17 .
VDB C18 C13 H18 .
VDB H18B C18 . .
VDB H18A C18 . .
VDB H18 C18 . .
VDB C17 C13 C20 .
VDB C20 C17 S22 .
VDB H20 C20 . .
VDB C21 C20 H21 .
VDB H21B C21 . .
VDB H21A C21 . .
VDB H21 C21 . .
VDB S22 C20 C23 .
VDB C23 S22 C25 .
VDB H23 C23 . .
VDB H23A C23 . .
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VDB O3 C25 HO3 .
VDB HO3 O3 . .
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VDB H27 C27 . .
VDB H27A C27 . .
VDB C28 C27 H28 .
VDB H28B C28 . .
VDB H28A C28 . .
VDB H28 C28 . .
VDB C26 C25 C29 .
VDB H26 C26 . .
VDB H26A C26 . .
VDB C29 C26 H29 .
VDB H29B C29 . .
VDB H29A C29 . .
VDB H29 C29 . END
VDB C17 C16 . ADD
VDB C14 C13 . ADD
VDB C5 C10 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
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VDB C6 C5 double 1.340 0.020
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loop_
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_chem_comp_angle.atom_id_1
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_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
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loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
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_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
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VDB var_10 C2 C3 C4 C5 60.000 20.000 3
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VDB CONST_1 C4 C5 C6 C7 4.761 0.000 0
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VDB var_14 C7 C8 C14 C15 0.000 20.000 3
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VDB var_20 C9 C11 C12 C13 -60.000 20.000 3
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VDB var_34 C25 C26 C29 H29 179.981 20.000 3
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
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_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
VDB chir_01 C25 C26 C27 O3 negativ
VDB chir_02 C20 S22 C21 C17 positiv
VDB chir_03 C14 C15 C13 C8 positiv
VDB chir_04 C13 C17 C14 C18 negativ
VDB chir_05 C1 C10 O1 C2 negativ
VDB chir_06 C3 C4 O2 C2 negativ
VDB chir_07 C2 C1 C3 O4 negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
VDB plan-1 C17 0.020
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VDB plan-2 C16 0.020
VDB plan-2 C17 0.020
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VDB plan-2 H16 0.020
VDB plan-3 C8 0.020
VDB plan-3 C14 0.020
VDB plan-3 C9 0.020
VDB plan-3 C7 0.020
VDB plan-3 C6 0.020
VDB plan-3 H7 0.020
VDB plan-3 H6 0.020
VDB plan-4 C6 0.020
VDB plan-4 C7 0.020
VDB plan-4 C5 0.020
VDB plan-4 H6 0.020
VDB plan-4 C10 0.020
VDB plan-4 C4 0.020
VDB plan-4 H7 0.020
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