1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
VIO VIO 'N5-(1-IMINO-3-BUTENYL)-L-ORNITHINE ' non-polymer 33 14 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_VIO
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
VIO OXT O OC -0.500 0.000 0.000 0.000
VIO C C C 0.000 -0.747 -0.391 0.925
VIO O O OC -0.500 -0.361 -0.321 2.112
VIO CA C CH1 0.000 -2.111 -0.946 0.607
VIO HA H H 0.000 -2.051 -1.575 -0.292
VIO N N NH2 0.000 -2.587 -1.753 1.739
VIO HN2 H H 0.000 -3.488 -1.562 2.161
VIO H H H 0.000 -2.017 -2.507 2.106
VIO CB C CH2 0.000 -3.086 0.208 0.359
VIO HB1 H H 0.000 -2.687 0.859 -0.422
VIO HB2 H H 0.000 -3.213 0.781 1.279
VIO CG C CH2 0.000 -4.439 -0.355 -0.084
VIO HG1 H H 0.000 -4.836 -1.006 0.697
VIO HG2 H H 0.000 -4.311 -0.929 -1.005
VIO CD C CH2 0.000 -5.413 0.799 -0.332
VIO HD1 H H 0.000 -5.014 1.450 -1.113
VIO HD2 H H 0.000 -5.539 1.372 0.589
VIO NE N NH1 0.000 -6.707 0.261 -0.757
VIO HE H H 0.000 -6.836 -0.737 -0.843
VIO CZ C C 0.000 -7.744 1.112 -1.038
VIO NH2 N NH2 1.000 -7.579 2.390 -0.929
VIO HH22 H H 0.000 -8.345 3.002 -1.137
VIO HH21 H H 0.000 -6.688 2.745 -0.638
VIO CH1 C CH2 0.000 -9.076 0.559 -1.475
VIO HH11 H H 0.000 -9.873 1.231 -1.151
VIO HH12 H H 0.000 -9.226 -0.425 -1.026
VIO C1 C CH2 0.000 -9.101 0.434 -3.000
VIO H11 H H 0.000 -8.303 -0.238 -3.322
VIO H12 H H 0.000 -8.950 1.419 -3.447
VIO C2 C CH3 0.000 -10.454 -0.127 -3.444
VIO H23 H H 0.000 -10.475 -0.214 -4.500
VIO H22 H H 0.000 -10.603 -1.084 -3.011
VIO H21 H H 0.000 -11.230 0.523 -3.131
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
VIO OXT n/a C START
VIO C OXT CA .
VIO O C . .
VIO CA C CB .
VIO HA CA . .
VIO N CA H .
VIO HN2 N . .
VIO H N . .
VIO CB CA CG .
VIO HB1 CB . .
VIO HB2 CB . .
VIO CG CB CD .
VIO HG1 CG . .
VIO HG2 CG . .
VIO CD CG NE .
VIO HD1 CD . .
VIO HD2 CD . .
VIO NE CD CZ .
VIO HE NE . .
VIO CZ NE CH1 .
VIO NH2 CZ HH21 .
VIO HH22 NH2 . .
VIO HH21 NH2 . .
VIO CH1 CZ C1 .
VIO HH11 CH1 . .
VIO HH12 CH1 . .
VIO C1 CH1 C2 .
VIO H11 C1 . .
VIO H12 C1 . .
VIO C2 C1 H21 .
VIO H23 C2 . .
VIO H22 C2 . .
VIO H21 C2 . END
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
VIO N CA single 1.450 0.020
VIO H N single 1.010 0.020
VIO HN2 N single 1.010 0.020
VIO CA C single 1.500 0.020
VIO CB CA single 1.524 0.020
VIO HA CA single 1.099 0.020
VIO O C deloc 1.250 0.020
VIO C OXT deloc 1.250 0.020
VIO CG CB single 1.524 0.020
VIO HB1 CB single 1.092 0.020
VIO HB2 CB single 1.092 0.020
VIO CD CG single 1.524 0.020
VIO HG1 CG single 1.092 0.020
VIO HG2 CG single 1.092 0.020
VIO NE CD single 1.450 0.020
VIO HD1 CD single 1.092 0.020
VIO HD2 CD single 1.092 0.020
VIO CZ NE single 1.330 0.020
VIO HE NE single 1.010 0.020
VIO CH1 CZ single 1.510 0.020
VIO NH2 CZ double 1.332 0.020
VIO C1 CH1 single 1.524 0.020
VIO HH11 CH1 single 1.092 0.020
VIO HH12 CH1 single 1.092 0.020
VIO HH21 NH2 single 1.010 0.020
VIO HH22 NH2 single 1.010 0.020
VIO C2 C1 single 1.513 0.020
VIO H11 C1 single 1.092 0.020
VIO H12 C1 single 1.092 0.020
VIO H21 C2 single 1.059 0.020
VIO H22 C2 single 1.059 0.020
VIO H23 C2 single 1.059 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
VIO OXT C O 123.000 3.000
VIO OXT C CA 118.500 3.000
VIO O C CA 118.500 3.000
VIO C CA HA 108.810 3.000
VIO C CA N 109.470 3.000
VIO C CA CB 109.470 3.000
VIO HA CA N 109.470 3.000
VIO HA CA CB 108.340 3.000
VIO N CA CB 109.470 3.000
VIO CA N HN2 120.000 3.000
VIO CA N H 120.000 3.000
VIO HN2 N H 120.000 3.000
VIO CA CB HB1 109.470 3.000
VIO CA CB HB2 109.470 3.000
VIO CA CB CG 111.000 3.000
VIO HB1 CB HB2 107.900 3.000
VIO HB1 CB CG 109.470 3.000
VIO HB2 CB CG 109.470 3.000
VIO CB CG HG1 109.470 3.000
VIO CB CG HG2 109.470 3.000
VIO CB CG CD 111.000 3.000
VIO HG1 CG HG2 107.900 3.000
VIO HG1 CG CD 109.470 3.000
VIO HG2 CG CD 109.470 3.000
VIO CG CD HD1 109.470 3.000
VIO CG CD HD2 109.470 3.000
VIO CG CD NE 112.000 3.000
VIO HD1 CD HD2 107.900 3.000
VIO HD1 CD NE 109.470 3.000
VIO HD2 CD NE 109.470 3.000
VIO CD NE HE 118.500 3.000
VIO CD NE CZ 121.500 3.000
VIO HE NE CZ 120.000 3.000
VIO NE CZ NH2 120.000 3.000
VIO NE CZ CH1 116.500 3.000
VIO NH2 CZ CH1 116.500 3.000
VIO CZ NH2 HH22 120.000 3.000
VIO CZ NH2 HH21 120.000 3.000
VIO HH22 NH2 HH21 120.000 3.000
VIO CZ CH1 HH11 109.470 3.000
VIO CZ CH1 HH12 109.470 3.000
VIO CZ CH1 C1 109.470 3.000
VIO HH11 CH1 HH12 107.900 3.000
VIO HH11 CH1 C1 109.470 3.000
VIO HH12 CH1 C1 109.470 3.000
VIO CH1 C1 H11 109.470 3.000
VIO CH1 C1 H12 109.470 3.000
VIO CH1 C1 C2 111.000 3.000
VIO H11 C1 H12 107.900 3.000
VIO H11 C1 C2 109.470 3.000
VIO H12 C1 C2 109.470 3.000
VIO C1 C2 H23 109.470 3.000
VIO C1 C2 H22 109.470 3.000
VIO C1 C2 H21 109.470 3.000
VIO H23 C2 H22 109.470 3.000
VIO H23 C2 H21 109.470 3.000
VIO H22 C2 H21 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
VIO var_1 OXT C CA CB -80.022 20.000 3
VIO var_2 C CA N H -53.861 20.000 1
VIO var_3 C CA CB CG 175.044 20.000 3
VIO var_4 CA CB CG CD 179.996 20.000 3
VIO var_5 CB CG CD NE 179.971 20.000 3
VIO var_6 CG CD NE CZ 179.986 20.000 3
VIO CONST_1 CD NE CZ CH1 180.000 0.000 0
VIO CONST_2 NE CZ NH2 HH21 0.000 0.000 0
VIO var_7 NE CZ CH1 C1 -89.945 20.000 3
VIO var_8 CZ CH1 C1 C2 -179.988 20.000 3
VIO var_9 CH1 C1 C2 H21 59.963 20.000 3
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
VIO chir_01 CA N C CB positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
VIO plan-1 N 0.020
VIO plan-1 CA 0.020
VIO plan-1 H 0.020
VIO plan-1 HN2 0.020
VIO plan-2 C 0.020
VIO plan-2 CA 0.020
VIO plan-2 O 0.020
VIO plan-2 OXT 0.020
VIO plan-3 NE 0.020
VIO plan-3 CD 0.020
VIO plan-3 CZ 0.020
VIO plan-3 HE 0.020
VIO plan-4 CZ 0.020
VIO plan-4 NE 0.020
VIO plan-4 CH1 0.020
VIO plan-4 NH2 0.020
VIO plan-4 HH21 0.020
VIO plan-4 HH22 0.020
VIO plan-4 HE 0.020
# ------------------------------------------------------
|
