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323
324
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
VOR VOR '(2R,3S)-2-(2,4-difluorophenyl)-3-(5-' non-polymer 39 25 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_VOR
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
VOR F3 F F 0.000 0.000 0.000 0.000
VOR C22 C CR6 0.000 -1.340 0.124 -0.112
VOR C19 C CR16 0.000 -2.080 0.628 0.945
VOR H19 H H 0.000 -1.585 0.922 1.862
VOR C16 C CR6 0.000 -3.454 0.754 0.827
VOR F1 F F 0.000 -4.177 1.246 1.858
VOR C20 C CR16 0.000 -1.976 -0.258 -1.282
VOR H20 H H 0.000 -1.398 -0.657 -2.107
VOR C17 C CR16 0.000 -3.347 -0.131 -1.397
VOR H17 H H 0.000 -3.844 -0.429 -2.313
VOR C13 C CR6 0.000 -4.086 0.377 -0.345
VOR C10 C CT 0.000 -5.581 0.514 -0.471
VOR O4 O OH1 0.000 -5.993 0.063 -1.764
VOR HO4 H H 0.000 -5.561 0.597 -2.444
VOR C12 C CH2 0.000 -6.264 -0.330 0.606
VOR H12 H H 0.000 -7.346 -0.300 0.460
VOR H12A H H 0.000 -6.020 0.071 1.592
VOR N5 N NR5 0.000 -5.795 -1.715 0.510
VOR C21 C CR15 0.000 -5.248 -2.449 1.494
VOR H21 H H 0.000 -5.071 -2.119 2.510
VOR N8 N NRD5 0.000 -4.969 -3.633 1.011
VOR C25 C CR15 0.000 -5.317 -3.689 -0.274
VOR H25 H H 0.000 -5.193 -4.548 -0.922
VOR N7 N NRD5 0.000 -5.832 -2.541 -0.626
VOR C11 C CH1 0.000 -5.976 1.982 -0.294
VOR H11 H H 0.000 -5.659 2.329 0.699
VOR C14 C CH3 0.000 -5.292 2.827 -1.371
VOR H14B H H 0.000 -5.564 3.844 -1.249
VOR H14A H H 0.000 -4.241 2.731 -1.283
VOR H14 H H 0.000 -5.597 2.494 -2.330
VOR C15 C CR6 0.000 -7.471 2.120 -0.421
VOR C18 C CR6 0.000 -8.223 2.624 0.631
VOR F2 F F 0.000 -7.633 2.999 1.786
VOR C23 C CR16 0.000 -9.597 2.731 0.466
VOR H23 H H 0.000 -10.217 3.119 1.265
VOR N9 N NRD6 0.000 -10.139 2.354 -0.680
VOR C24 C CR16 0.000 -9.392 1.879 -1.657
VOR H24 H H 0.000 -9.866 1.578 -2.583
VOR N6 N NRD6 0.000 -8.085 1.762 -1.538
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
VOR F3 n/a C22 START
VOR C22 F3 C20 .
VOR C19 C22 C16 .
VOR H19 C19 . .
VOR C16 C19 F1 .
VOR F1 C16 . .
VOR C20 C22 C17 .
VOR H20 C20 . .
VOR C17 C20 C13 .
VOR H17 C17 . .
VOR C13 C17 C10 .
VOR C10 C13 C11 .
VOR O4 C10 HO4 .
VOR HO4 O4 . .
VOR C12 C10 N5 .
VOR H12 C12 . .
VOR H12A C12 . .
VOR N5 C12 C21 .
VOR C21 N5 N8 .
VOR H21 C21 . .
VOR N8 C21 C25 .
VOR C25 N8 N7 .
VOR H25 C25 . .
VOR N7 C25 . .
VOR C11 C10 C15 .
VOR H11 C11 . .
VOR C14 C11 H14 .
VOR H14B C14 . .
VOR H14A C14 . .
VOR H14 C14 . .
VOR C15 C11 C18 .
VOR C18 C15 C23 .
VOR F2 C18 . .
VOR C23 C18 N9 .
VOR H23 C23 . .
VOR N9 C23 C24 .
VOR C24 N9 N6 .
VOR H24 C24 . .
VOR N6 C24 . END
VOR N5 N7 . ADD
VOR N6 C15 . ADD
VOR C13 C16 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
VOR F1 C16 single 1.345 0.020
VOR F2 C18 single 1.345 0.020
VOR C22 F3 single 1.345 0.020
VOR O4 C10 single 1.432 0.020
VOR N5 N7 single 1.402 0.020
VOR N5 C12 single 1.462 0.020
VOR C21 N5 single 1.337 0.020
VOR N6 C15 double 1.350 0.020
VOR N6 C24 single 1.337 0.020
VOR N7 C25 double 1.350 0.020
VOR N8 C21 double 1.350 0.020
VOR C25 N8 single 1.350 0.020
VOR N9 C23 single 1.337 0.020
VOR C24 N9 double 1.337 0.020
VOR C11 C10 single 1.524 0.020
VOR C12 C10 single 1.524 0.020
VOR C10 C13 single 1.500 0.020
VOR C14 C11 single 1.524 0.020
VOR C15 C11 single 1.480 0.020
VOR C13 C16 double 1.487 0.020
VOR C13 C17 single 1.390 0.020
VOR C18 C15 single 1.487 0.020
VOR C16 C19 single 1.390 0.020
VOR C17 C20 double 1.390 0.020
VOR C23 C18 double 1.390 0.020
VOR C19 C22 double 1.390 0.020
VOR C20 C22 single 1.390 0.020
VOR HO4 O4 single 0.967 0.020
VOR H11 C11 single 1.099 0.020
VOR H12 C12 single 1.092 0.020
VOR H12A C12 single 1.092 0.020
VOR H14 C14 single 1.059 0.020
VOR H14A C14 single 1.059 0.020
VOR H14B C14 single 1.059 0.020
VOR H17 C17 single 1.083 0.020
VOR H19 C19 single 1.083 0.020
VOR H20 C20 single 1.083 0.020
VOR H21 C21 single 1.083 0.020
VOR H23 C23 single 1.083 0.020
VOR H24 C24 single 1.083 0.020
VOR H25 C25 single 1.083 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
VOR F3 C22 C19 120.000 3.000
VOR F3 C22 C20 120.000 3.000
VOR C19 C22 C20 120.000 3.000
VOR C22 C19 H19 120.000 3.000
VOR C22 C19 C16 120.000 3.000
VOR H19 C19 C16 120.000 3.000
VOR C19 C16 F1 120.000 3.000
VOR C19 C16 C13 120.000 3.000
VOR F1 C16 C13 120.000 3.000
VOR C22 C20 H20 120.000 3.000
VOR C22 C20 C17 120.000 3.000
VOR H20 C20 C17 120.000 3.000
VOR C20 C17 H17 120.000 3.000
VOR C20 C17 C13 120.000 3.000
VOR H17 C17 C13 120.000 3.000
VOR C17 C13 C10 120.000 3.000
VOR C17 C13 C16 120.000 3.000
VOR C10 C13 C16 120.000 3.000
VOR C13 C10 O4 109.500 3.000
VOR C13 C10 C12 109.500 3.000
VOR C13 C10 C11 109.500 3.000
VOR O4 C10 C12 109.470 3.000
VOR O4 C10 C11 109.470 3.000
VOR C12 C10 C11 111.000 3.000
VOR C10 O4 HO4 109.470 3.000
VOR C10 C12 H12 109.470 3.000
VOR C10 C12 H12A 109.470 3.000
VOR C10 C12 N5 109.500 3.000
VOR H12 C12 H12A 107.900 3.000
VOR H12 C12 N5 109.500 3.000
VOR H12A C12 N5 109.500 3.000
VOR C12 N5 C21 126.000 3.000
VOR C12 N5 N7 108.000 3.000
VOR C21 N5 N7 108.000 3.000
VOR N5 C21 H21 126.000 3.000
VOR N5 C21 N8 108.000 3.000
VOR H21 C21 N8 126.000 3.000
VOR C21 N8 C25 108.000 3.000
VOR N8 C25 H25 126.000 3.000
VOR N8 C25 N7 108.000 3.000
VOR H25 C25 N7 126.000 3.000
VOR C25 N7 N5 108.000 3.000
VOR C10 C11 H11 108.340 3.000
VOR C10 C11 C14 111.000 3.000
VOR C10 C11 C15 109.470 3.000
VOR H11 C11 C14 108.340 3.000
VOR H11 C11 C15 109.470 3.000
VOR C14 C11 C15 109.470 3.000
VOR C11 C14 H14B 109.470 3.000
VOR C11 C14 H14A 109.470 3.000
VOR C11 C14 H14 109.470 3.000
VOR H14B C14 H14A 109.470 3.000
VOR H14B C14 H14 109.470 3.000
VOR H14A C14 H14 109.470 3.000
VOR C11 C15 C18 120.000 3.000
VOR C11 C15 N6 120.000 3.000
VOR C18 C15 N6 120.000 3.000
VOR C15 C18 F2 120.000 3.000
VOR C15 C18 C23 120.000 3.000
VOR F2 C18 C23 120.000 3.000
VOR C18 C23 H23 120.000 3.000
VOR C18 C23 N9 120.000 3.000
VOR H23 C23 N9 120.000 3.000
VOR C23 N9 C24 120.000 3.000
VOR N9 C24 H24 120.000 3.000
VOR N9 C24 N6 120.000 3.000
VOR H24 C24 N6 120.000 3.000
VOR C24 N6 C15 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
VOR CONST_1 F3 C22 C19 C16 180.000 0.000 0
VOR CONST_2 C22 C19 C16 F1 180.000 0.000 0
VOR CONST_3 F3 C22 C20 C17 180.000 0.000 0
VOR CONST_4 C22 C20 C17 C13 0.000 0.000 0
VOR CONST_5 C20 C17 C13 C10 180.000 0.000 0
VOR CONST_6 C17 C13 C16 C19 0.000 0.000 0
VOR var_1 C17 C13 C10 C11 -120.281 20.000 1
VOR var_2 C13 C10 O4 HO4 -59.946 20.000 1
VOR var_3 C13 C10 C12 N5 -55.056 20.000 1
VOR var_4 C10 C12 N5 C21 125.300 20.000 1
VOR CONST_7 C12 N5 N7 C25 180.000 0.000 0
VOR CONST_8 C12 N5 C21 N8 180.000 0.000 0
VOR CONST_9 N5 C21 N8 C25 0.000 0.000 0
VOR CONST_10 C21 N8 C25 N7 0.000 0.000 0
VOR CONST_11 N8 C25 N7 N5 0.000 0.000 0
VOR var_5 C13 C10 C11 C15 179.993 20.000 1
VOR var_6 C10 C11 C14 H14 60.034 20.000 3
VOR var_7 C10 C11 C15 C18 120.013 20.000 1
VOR CONST_12 C11 C15 C18 C23 180.000 0.000 0
VOR CONST_13 C15 C18 C23 N9 0.000 0.000 0
VOR CONST_14 C18 C23 N9 C24 0.000 0.000 0
VOR CONST_15 C23 N9 C24 N6 0.000 0.000 0
VOR CONST_16 N9 C24 N6 C15 0.000 0.000 0
VOR CONST_17 C24 N6 C15 C11 180.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
VOR chir_01 C10 O4 C11 C12 negativ
VOR chir_02 C11 C10 C14 C15 negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
VOR plan-1 N5 0.020
VOR plan-1 N7 0.020
VOR plan-1 C12 0.020
VOR plan-1 C21 0.020
VOR plan-1 N8 0.020
VOR plan-1 C25 0.020
VOR plan-1 H21 0.020
VOR plan-1 H25 0.020
VOR plan-2 N6 0.020
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VOR plan-2 N9 0.020
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VOR plan-2 H24 0.020
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VOR plan-3 C10 0.020
VOR plan-3 C16 0.020
VOR plan-3 C17 0.020
VOR plan-3 C19 0.020
VOR plan-3 C20 0.020
VOR plan-3 C22 0.020
VOR plan-3 F1 0.020
VOR plan-3 H17 0.020
VOR plan-3 H19 0.020
VOR plan-3 H20 0.020
VOR plan-3 F3 0.020
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