1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
XUL XUL 'D-XYLULOSE ' non-polymer 20 10 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_XUL
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
XUL O2 O O 0.000 0.000 0.000 0.000
XUL C2 C C 0.000 -0.701 0.685 0.705
XUL C1 C CH2 0.000 -0.077 1.591 1.734
XUL H11 H H 0.000 -0.433 1.311 2.728
XUL H12 H H 0.000 -0.359 2.625 1.526
XUL O1 O OH1 0.000 1.344 1.464 1.682
XUL HO1 H H 0.000 1.743 2.045 2.343
XUL C3 C CH1 0.000 -2.198 0.634 0.555
XUL H3 H H 0.000 -2.627 1.609 0.825
XUL O3 O OH1 0.000 -2.531 0.325 -0.801
XUL HO3 H H 0.000 -2.153 -0.532 -1.038
XUL C4 C CH1 0.000 -2.767 -0.446 1.476
XUL H4 H H 0.000 -2.512 -0.209 2.518
XUL O4 O OH1 0.000 -2.210 -1.714 1.125
XUL HO4 H H 0.000 -2.435 -1.922 0.208
XUL C5 C CH2 0.000 -4.288 -0.499 1.324
XUL H51 H H 0.000 -4.541 -0.733 0.288
XUL H52 H H 0.000 -4.713 0.470 1.591
XUL O5 O OH1 0.000 -4.820 -1.508 2.185
XUL HO5 H H 0.000 -5.781 -1.539 2.088
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
XUL O2 n/a C2 START
XUL C2 O2 C3 .
XUL C1 C2 O1 .
XUL H11 C1 . .
XUL H12 C1 . .
XUL O1 C1 HO1 .
XUL HO1 O1 . .
XUL C3 C2 C4 .
XUL H3 C3 . .
XUL O3 C3 HO3 .
XUL HO3 O3 . .
XUL C4 C3 C5 .
XUL H4 C4 . .
XUL O4 C4 HO4 .
XUL HO4 O4 . .
XUL C5 C4 O5 .
XUL H51 C5 . .
XUL H52 C5 . .
XUL O5 C5 HO5 .
XUL HO5 O5 . END
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
XUL C1 C2 single 1.510 0.020
XUL O1 C1 single 1.432 0.020
XUL H11 C1 single 1.092 0.020
XUL H12 C1 single 1.092 0.020
XUL C3 C2 single 1.500 0.020
XUL C2 O2 double 1.220 0.020
XUL C4 C3 single 1.524 0.020
XUL O3 C3 single 1.432 0.020
XUL H3 C3 single 1.099 0.020
XUL C5 C4 single 1.524 0.020
XUL O4 C4 single 1.432 0.020
XUL H4 C4 single 1.099 0.020
XUL O5 C5 single 1.432 0.020
XUL H51 C5 single 1.092 0.020
XUL H52 C5 single 1.092 0.020
XUL HO1 O1 single 0.967 0.020
XUL HO3 O3 single 0.967 0.020
XUL HO4 O4 single 0.967 0.020
XUL HO5 O5 single 0.967 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
XUL O2 C2 C1 120.500 3.000
XUL O2 C2 C3 120.500 3.000
XUL C1 C2 C3 120.000 3.000
XUL C2 C1 H11 109.470 3.000
XUL C2 C1 H12 109.470 3.000
XUL C2 C1 O1 109.500 3.000
XUL H11 C1 H12 107.900 3.000
XUL H11 C1 O1 109.470 3.000
XUL H12 C1 O1 109.470 3.000
XUL C1 O1 HO1 109.470 3.000
XUL C2 C3 H3 108.810 3.000
XUL C2 C3 O3 109.470 3.000
XUL C2 C3 C4 109.470 3.000
XUL H3 C3 O3 109.470 3.000
XUL H3 C3 C4 108.340 3.000
XUL O3 C3 C4 109.470 3.000
XUL C3 O3 HO3 109.470 3.000
XUL C3 C4 H4 108.340 3.000
XUL C3 C4 O4 109.470 3.000
XUL C3 C4 C5 111.000 3.000
XUL H4 C4 O4 109.470 3.000
XUL H4 C4 C5 108.340 3.000
XUL O4 C4 C5 109.470 3.000
XUL C4 O4 HO4 109.470 3.000
XUL C4 C5 H51 109.470 3.000
XUL C4 C5 H52 109.470 3.000
XUL C4 C5 O5 109.470 3.000
XUL H51 C5 H52 107.900 3.000
XUL H51 C5 O5 109.470 3.000
XUL H52 C5 O5 109.470 3.000
XUL C5 O5 HO5 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
XUL var_1 O2 C2 C1 O1 0.014 20.000 3
XUL var_2 C2 C1 O1 HO1 -179.979 20.000 1
XUL var_3 O2 C2 C3 C4 90.024 20.000 3
XUL var_4 C2 C3 O3 HO3 59.934 20.000 1
XUL var_5 C2 C3 C4 C5 -179.974 20.000 3
XUL var_6 C3 C4 O4 HO4 -60.053 20.000 1
XUL var_7 C3 C4 C5 O5 -179.969 20.000 3
XUL var_8 C4 C5 O5 HO5 179.989 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
XUL chir_01 C3 C2 C4 O3 positiv
XUL chir_02 C4 C3 C5 O4 negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
XUL plan-1 C2 0.020
XUL plan-1 C1 0.000
XUL plan-1 C3 0.000
XUL plan-1 O2 0.000
# ------------------------------------------------------
|
