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|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
XYS XYS 'XYLOPYRANOSE ' pyranose 20 10 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_XYS
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
XYS C1 C CH1 0.000 0.000 0.000 0.000
XYS H1 H H 0.000 1.015 0.304 -0.293
XYS O1 O OH1 0.000 -0.172 -1.394 -0.261
XYS HO1 H H 0.000 -0.042 -1.563 -1.204
XYS O5 O O2 0.000 -0.955 0.745 -0.754
XYS C5 C CH2 0.000 -2.243 0.198 -0.479
XYS H51 H H 0.000 -2.221 -0.880 -0.649
XYS H52 H H 0.000 -2.978 0.655 -1.145
XYS C4 C CH1 0.000 -2.624 0.480 0.976
XYS H4 H H 0.000 -2.623 1.565 1.152
XYS C3 C CH1 0.000 -1.603 -0.191 1.900
XYS H3 H H 0.000 -1.679 -1.283 1.801
XYS O3 O OH1 0.000 -1.856 0.186 3.255
XYS HO3 H H 0.000 -2.743 -0.103 3.509
XYS C2 C CH1 0.000 -0.199 0.266 1.493
XYS H2 H H 0.000 -0.090 1.341 1.693
XYS O2 O OH1 0.000 0.778 -0.461 2.241
XYS HO2 H H 0.000 1.663 -0.174 1.978
XYS O4 O OH1 0.000 -3.926 -0.045 1.238
XYS HO4 H H 0.000 -4.536 0.401 0.634
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
XYS C1 n/a O5 START
XYS H1 C1 . .
XYS O1 C1 HO1 .
XYS HO1 O1 . .
XYS O5 C1 . END
XYS C5 O5 C4 .
XYS H51 C5 . .
XYS H52 C5 . .
XYS C4 C5 O4 .
XYS H4 C4 . .
XYS C3 C4 C2 .
XYS H3 C3 . .
XYS O3 C3 HO3 .
XYS HO3 O3 . .
XYS C2 C3 O2 .
XYS H2 C2 . .
XYS O2 C2 HO2 .
XYS HO2 O2 . .
XYS O4 C4 . .
XYS HO4 O4 . .
XYS C1 C2 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
XYS C1 C2 single 1.524 0.020
XYS O1 C1 single 1.432 0.020
XYS O5 C1 single 1.426 0.020
XYS H1 C1 single 1.099 0.020
XYS C2 C3 single 1.524 0.020
XYS O2 C2 single 1.432 0.020
XYS H2 C2 single 1.099 0.020
XYS C3 C4 single 1.524 0.020
XYS O3 C3 single 1.432 0.020
XYS H3 C3 single 1.099 0.020
XYS C4 C5 single 1.524 0.020
XYS O4 C4 single 1.432 0.020
XYS H4 C4 single 1.099 0.020
XYS C5 O5 single 1.426 0.020
XYS H51 C5 single 1.092 0.020
XYS H52 C5 single 1.092 0.020
XYS HO1 O1 single 0.967 0.020
XYS HO2 O2 single 0.967 0.020
XYS HO3 O3 single 0.967 0.020
XYS HO4 O4 single 0.967 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
XYS H1 C1 O1 109.470 3.000
XYS H1 C1 O5 109.470 3.000
XYS O1 C1 O5 109.470 3.000
XYS H1 C1 C2 108.340 3.000
XYS O1 C1 C2 109.470 3.000
XYS O5 C1 C2 109.470 3.000
XYS C1 O1 HO1 109.470 3.000
XYS C1 O5 C5 111.800 3.000
XYS O5 C5 H51 109.470 3.000
XYS O5 C5 H52 109.470 3.000
XYS O5 C5 C4 109.470 3.000
XYS H51 C5 H52 107.900 3.000
XYS H51 C5 C4 109.470 3.000
XYS H52 C5 C4 109.470 3.000
XYS C5 C4 H4 108.340 3.000
XYS C5 C4 C3 111.000 3.000
XYS C5 C4 O4 109.470 3.000
XYS H4 C4 C3 108.340 3.000
XYS H4 C4 O4 109.470 3.000
XYS C3 C4 O4 109.470 3.000
XYS C4 C3 H3 108.340 3.000
XYS C4 C3 O3 109.470 3.000
XYS C4 C3 C2 111.000 3.000
XYS H3 C3 O3 109.470 3.000
XYS H3 C3 C2 108.340 3.000
XYS O3 C3 C2 109.470 3.000
XYS C3 O3 HO3 109.470 3.000
XYS C3 C2 H2 108.340 3.000
XYS C3 C2 O2 109.470 3.000
XYS C3 C2 C1 111.000 3.000
XYS H2 C2 O2 109.470 3.000
XYS H2 C2 C1 108.340 3.000
XYS O2 C2 C1 109.470 3.000
XYS C2 O2 HO2 109.470 3.000
XYS C4 O4 HO4 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
XYS var_1 O5 C1 O1 HO1 59.988 20.000 1
XYS var_2 C1 O5 C5 C4 60.000 20.000 1
XYS var_3 O5 C5 C4 O4 180.000 20.000 3
XYS var_4 C5 C4 C3 C2 60.000 20.000 3
XYS var_5 C4 C3 O3 HO3 60.621 20.000 1
XYS var_6 C4 C3 C2 O2 180.000 20.000 3
XYS var_7 C3 C2 C1 O5 60.000 20.000 3
XYS var_8 C3 C2 O2 HO2 179.655 20.000 1
XYS var_1 C5 O5 C1 C2 -60.000 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
XYS chir_01 C1 C2 O1 O5 negativ
XYS chir_02 C2 C1 C3 O2 negativ
XYS chir_03 C3 C2 C4 O3 positiv
XYS chir_04 C4 C3 C5 O4 negativ
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