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file(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/tests DESTINATION ${CMAKE_BINARY_DIR})
file(MAKE_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/tests/test_output)
set(RELION_INPUT_DIR_RYR "/nethome/projects/RELION/refData/inputData/ryr")
set(RELION_INPUT_DIR_EMP "/nethome/projects/RELION/refData/inputData/empiar")
set(RELION_INPUT_DIR_TAG "/nethome/projects/RELION/refData/inputData/tagcase")
#--------------------------------------------------------------------
add_test(NAME GPU-2Dc_small
WORKING_DIRECTORY ${PROJECT_BINARY_DIR}/tests
COMMAND refine --o test_output/gpu2Dc_small
--i "${RELION_INPUT_DIR_EMP}/particles_rh15_100_L.star"
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--iter 3
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--K 10
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--random_seed 1993
--perturb 0
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#--------------------------------------------------------------------
add_test(NAME CPU-2Dc_small
WORKING_DIRECTORY ${PROJECT_BINARY_DIR}/tests
COMMAND refine --o test_output/cpu2Dc_small
--i "${RELION_INPUT_DIR_EMP}/particles_rh15_100_L.star"
--particle_diameter 200
--angpix 1.77
--iter 3
--tau2_fudge 2
--K 10
--ctf
--flatten_solvent
--zero_mask
--oversampling 1
--psi_step 11.25
--offset_range 5
--offset_step 2
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--j 1
--onthefly_shifts
--random_seed 1993
--perturb 0)
#--------------------------------------------------------------------
add_test(NAME GPU-2Dc_medium
WORKING_DIRECTORY ${PROJECT_BINARY_DIR}/tests
COMMAND refine --o test_output/gpu2Dc_medium
--i "${RELION_INPUT_DIR_EMP}/particles_rh15_600_L.star"
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add_test(NAME CPU-2Dc_medium
WORKING_DIRECTORY ${PROJECT_BINARY_DIR}/tests
COMMAND refine --o test_output/cpu2Dc_medium
--i "${RELION_INPUT_DIR_EMP}/particles_rh15_600_L.star"
--particle_diameter 200
--angpix 1.77
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COMMAND refine --o test_output/gpu3Dc_small
--i "${RELION_INPUT_DIR_RYR}/benchmark_ryr_10_local.star"
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COMMAND refine --o test_output/cpu3Dc_small
--i "${RELION_INPUT_DIR_RYR}/benchmark_ryr_10_local.star"
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WORKING_DIRECTORY ${PROJECT_BINARY_DIR}/tests
COMMAND refine --o test_output/gpu3Dc_medium
--i "${RELION_INPUT_DIR_RYR}/benchmark_ryr_500_local.star"
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COMMAND refine --o test_output/cpu3Dc_medium
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WORKING_DIRECTORY ${PROJECT_BINARY_DIR}/tests
COMMAND refine --o test_output/gpu3Dc_large
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#--------------------------------------------------------------------
add_test(NAME CPU-3Dc_large
WORKING_DIRECTORY ${PROJECT_BINARY_DIR}/tests
COMMAND refine --o test_output/cpu3Dc_large
--i "${RELION_INPUT_DIR_RYR}/benchmark_ryr_2k_local.star"
--j 5
--particle_diameter 400
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--iter 2
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--zero_mask
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--perturb 0)
#--------------------------------------------------------------------
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WORKING_DIRECTORY ${PROJECT_BINARY_DIR}/tests
COMMAND refine --o test_output/cpu_2Dc_tag_helix
--i "${RELION_INPUT_DIR_TAG}/helixtest.star"
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WORKING_DIRECTORY ${PROJECT_BINARY_DIR}/tests
COMMAND refine --o test_output/gpu_2Dc_tag_helix
--i "${RELION_INPUT_DIR_TAG}/helixtest.star"
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--flatten_solvent
--psi_step 5.625
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--oversampling 1
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--random_seed 1
--helical_outer_diameter 100
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--sigma_psi 3.3333
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