1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
|
#!/usr/bin/python3
import shasta
import argparse
parser = argparse.ArgumentParser()
parser.add_argument('--segmentId', type=int, required=True)
parser.add_argument('--minVertexCount', type=int, required=True)
parser.add_argument('--minEdgeCount', type=int, required=True)
arguments = parser.parse_args()
a = shasta.Assembler()
a.accessAssemblyGraphEdges()
a.accessAssemblyGraphOrientedReadsByEdge()
a.colorGfaBySimilarityToSegment(
arguments.segmentId, arguments.minVertexCount, arguments.minEdgeCount)
|
