1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
|
#define _ (-1)
static const char rcsid[] =
"$Id: encoding.c,v 1.3 2003/09/21 16:41:37 schwartz Exp $";
enum { Nfasta_bad=0, Nfasta_nt=1, Nfasta_ws=2, Nfasta_amb=3 };
extern const unsigned char nfasta_ctype[256];
const unsigned char nfasta_ctype[] = {
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 2, 0, 0,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 1, 3, 1, 3, 0, 0, 1, 3, 0, 0, 3, 0, 3, 1, 0,
0, 0, 3, 3, 1, 0, 3, 3, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 1, 3, 1, 3, 0, 0, 1, 3, 0, 0, 3, 0, 3, 1, 0,
0, 0, 3, 3, 1, 0, 3, 3, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
};
extern const unsigned char dna_complement[256];
const unsigned char dna_complement[] = {
' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',
' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',
' ','T','V','G','H',' ',' ','C','D',' ',' ','M',' ','K','N',' ',' ',' ','Y','S','A',' ','B','W','X','R',' ',' ',' ',' ',' ',' ',
' ','t','v','g','h',' ',' ','c','d',' ',' ','m',' ','k','n',' ',' ',' ','y','s','a',' ','b','w','x','r',' ',' ',' ',' ',' ',' ',
' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',
' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',
' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',
' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',' ',
};
/* Previously, but then the array would in fact have held 257 chars:
Changed 10/10/2012.
" "
" TVGH CD M KN YSA BWXR tvgh cd m kn ysa bwxr "
" "
" ";
*/
/* ................................................................ */
/* @ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ[\]^_`abcdefghijklmnopqrstuvwxyz{|}~. */
/* ................................................................ */
/* ................................................................ */
static const char *osx_linker_bug = "";
|
