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Folder: SNAPLib
| .. (parent) | ||||
| - | rw-r--r-- | 16,576 | AlignerContext.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 4,477 | AlignerContext.h | |
| - | rw-r--r-- | 38,361 | AlignerOptions.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 4,565 | AlignerOptions.h | |
| - | rw-r--r-- | 2,339 | AlignerStats.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 1,644 | AlignerStats.h | |
| - | rw-r--r-- | 2,760 | AlignmentResult.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 3,390 | AlignmentResult.h | |
| - | rw-r--r-- | 827 | ApproximateCounter.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 689 | ApproximateCounter.h | |
| - | rw-r--r-- | 64,211 | Bam.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 13,410 | Bam.h | |
| - | rw-r--r-- | 69,567 | BaseAligner.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 12,992 | BaseAligner.h | |
| - | rw-r--r-- | 4,830,264 | BiasTables.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 17,396 | BigAlloc.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 4,165 | BigAlloc.h | |
| - | rw-r--r-- | 6,047 | BufferedAsync.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 1,904 | BufferedAsync.h | |
| - | rw-r--r-- | 7,386 | ChimericPairedEndAligner.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 3,787 | ChimericPairedEndAligner.h | |
| - | rw-r--r-- | 4,922 | CommandProcessor.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 481 | CommandProcessor.h | |
| - | rw-r--r-- | 56,973 | Compat.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 15,997 | Compat.h | |
| - | rw-r--r-- | 81,999 | DataReader.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 6,599 | DataReader.h | |
| - | rw-r--r-- | 25,210 | DataWriter.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 8,248 | DataWriter.h | |
| - | rw-r--r-- | 1,913 | Error.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 412 | Error.h | |
| - | rw-r--r-- | 6,279 | FASTA.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 925 | FASTA.h | |
| - | rw-r--r-- | 21,346 | FASTQ.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 6,599 | FASTQ.h | |
| - | rw-r--r-- | 3,249 | FileFormat.h | |
| - | rw-r--r-- | 8,445 | FixedSizeMap.h | |
| - | rw-r--r-- | 3,398 | FixedSizeSet.h | |
| - | rw-r--r-- | 1,459 | FixedSizeVector.h | |
| - | rwxr-xr-x | 1,815 | GenericFile.cpp | |
| - | rwxr-xr-x | 1,677 | GenericFile.h | |
| - | rw-r--r-- | 2,282 | GenericFile_Blob.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 1,478 | GenericFile_Blob.h | |
| - | rwxr-xr-x | 8,382 | GenericFile_HDFS.cpp | |
| - | rwxr-xr-x | 2,329 | GenericFile_HDFS.h | |
| - | rw-r--r-- | 1,378 | GenericFile_map.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 724 | GenericFile_map.h | |
| - | rwxr-xr-x | 1,356 | GenericFile_stdio.cpp | |
| - | rwxr-xr-x | 723 | GenericFile_stdio.h | |
| - | rwxr-xr-x | 14,200 | Genome.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 10,481 | Genome.h | |
| - | rw-r--r-- | 85,971 | GenomeIndex.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 12,134 | GenomeIndex.h | |
| - | rw-r--r-- | 12,422 | GzipDataWriter.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 2,541 | GzipDataWriter.h | |
| - | rwxr-xr-x | 10,444 | HashTable.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 7,362 | HashTable.h | |
| - | rw-r--r-- | 2,045 | Histogram.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 985 | Histogram.h | |
| - | rw-r--r-- | 73,492 | IntersectingPairedEndAligner.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 21,899 | IntersectingPairedEndAligner.h | |
| - | rw-r--r-- | 25,293 | LandauVishkin.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 17,623 | LandauVishkin.h | |
| - | rw-r--r-- | 10,061 | MultiInputReadSupplier.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 2,899 | MultiInputReadSupplier.h | |
| - | rw-r--r-- | 25,208 | PairedAligner.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 1,963 | PairedAligner.h | |
| - | rw-r--r-- | 1,569 | PairedEndAligner.h | |
| - | rw-r--r-- | 16,823 | PairedReadMatcher.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 3,976 | ParallelTask.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 7,738 | ParallelTask.h | |
| - | rw-r--r-- | 3,349 | PriorityQueue.h | |
| - | rw-r--r-- | 5,425 | ProbabilityDistance.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 2,167 | ProbabilityDistance.h | |
| - | rw-r--r-- | 8,652 | RangeSplitter.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 3,763 | RangeSplitter.h | |
| - | rw-r--r-- | 1,067 | Read.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 36,263 | Read.h | |
| - | rw-r--r-- | 1,257 | ReadReader.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 26,614 | ReadSupplierQueue.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 6,897 | ReadSupplierQueue.h | |
| - | rw-r--r-- | 21,587 | ReadWriter.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 60,188 | SAM.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 10,418 | SAM.h | |
| - | rw-r--r-- | 14,025 | SNAPLib.vcxproj | |
| - | rw-r--r-- | 11,327 | SNAPLib.vcxproj.filters | |
| - | rw-r--r-- | 888 | Seed.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 5,173 | Seed.h | |
| - | rw-r--r-- | 2,867 | SeedSequencer.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 11,473 | SeedSequencer.h | |
| - | rw-r--r-- | 9,622 | SingleAligner.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 1,159 | SingleAligner.h | |
| - | rw-r--r-- | 16,392 | SortedDataWriter.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 2,975 | Tables.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 2,267 | Tables.h | |
| - | rw-r--r-- | 3,416 | Util.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 12,361 | Util.h | |
| - | rw-r--r-- | 17,601 | VariableSizeMap.h | |
| - | rw-r--r-- | 6,176 | VariableSizeVector.h | |
| - | rw-r--r-- | 471 | WindowsFileMapper.h | |
| - | rw-r--r-- | 519 | directions.h | |
| - | rw-r--r-- | 792 | exit.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 369 | exit.h | |
| - | rw-r--r-- | 750 | mapq.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 1,865 | mapq.h | |
| - | rw-r--r-- | 537 | options.h | |
| - | rw-r--r-- | 286 | stdafx.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 995 | stdafx.h | |
| - | rw-r--r-- | 306 | targetver.h |
