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Folder: SNAPLib
| .. (parent) | ||||
| - | rw-r--r-- | 16,102 | AffineGap.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 17,514 | AffineGap.h | |
| - | rw-r--r-- | 41,494 | AffineGapVectorized.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 59,581 | AffineGapVectorized.h | |
| - | rw-r--r-- | 31,692 | AlignerContext.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 5,323 | AlignerContext.h | |
| - | rw-r--r-- | 59,075 | AlignerOptions.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 7,486 | AlignerOptions.h | |
| - | rw-r--r-- | 3,685 | AlignerStats.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 2,106 | AlignerStats.h | |
| - | rw-r--r-- | 8,265 | AlignmentAdjuster.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 671 | AlignmentAdjuster.h | |
| - | rw-r--r-- | 2,772 | AlignmentResult.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 6,686 | AlignmentResult.h | |
| - | rw-r--r-- | 827 | ApproximateCounter.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 689 | ApproximateCounter.h | |
| - | rw-r--r-- | 134,033 | Bam.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 15,333 | Bam.h | |
| - | rw-r--r-- | 117,593 | BaseAligner.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 20,143 | BaseAligner.h | |
| - | rw-r--r-- | 19,989 | BigAlloc.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 4,558 | BigAlloc.h | |
| - | rw-r--r-- | 6,047 | BufferedAsync.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 1,904 | BufferedAsync.h | |
| - | rw-r--r-- | 22,033 | ChimericPairedEndAligner.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 5,710 | ChimericPairedEndAligner.h | |
| - | rw-r--r-- | 5,768 | CommandProcessor.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 492 | CommandProcessor.h | |
| - | rw-r--r-- | 75,295 | Compat.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 16,264 | Compat.h | |
| - | rw-r--r-- | 98,927 | DataReader.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 6,778 | DataReader.h | |
| - | rw-r--r-- | 31,777 | DataWriter.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 8,852 | DataWriter.h | |
| - | rw-r--r-- | 2,358 | Error.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 412 | Error.h | |
| - | rw-r--r-- | 12,246 | FASTA.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 1,164 | FASTA.h | |
| - | rw-r--r-- | 22,019 | FASTQ.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 6,599 | FASTQ.h | |
| - | rw-r--r-- | 5,017 | FileFormat.h | |
| - | rw-r--r-- | 8,445 | FixedSizeMap.h | |
| - | rw-r--r-- | 3,398 | FixedSizeSet.h | |
| - | rw-r--r-- | 1,459 | FixedSizeVector.h | |
| - | rwxr-xr-x | 1,815 | GenericFile.cpp | |
| - | rwxr-xr-x | 1,678 | GenericFile.h | |
| - | rw-r--r-- | 2,282 | GenericFile_Blob.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 1,478 | GenericFile_Blob.h | |
| - | rwxr-xr-x | 8,382 | GenericFile_HDFS.cpp | |
| - | rwxr-xr-x | 2,329 | GenericFile_HDFS.h | |
| - | rw-r--r-- | 1,500 | GenericFile_map.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 736 | GenericFile_map.h | |
| - | rwxr-xr-x | 1,356 | GenericFile_stdio.cpp | |
| - | rwxr-xr-x | 723 | GenericFile_stdio.h | |
| - | rwxr-xr-x | 26,039 | Genome.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 22,570 | Genome.h | |
| - | rw-r--r-- | 98,532 | GenomeIndex.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 12,464 | GenomeIndex.h | |
| - | rw-r--r-- | 15,017 | GzipDataWriter.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 2,541 | GzipDataWriter.h | |
| - | rwxr-xr-x | 10,444 | HashTable.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 7,362 | HashTable.h | |
| - | rw-r--r-- | 2,045 | Histogram.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 985 | Histogram.h | |
| - | rw-r--r-- | 4,183 | HitDepth.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 143 | HitDepth.h | |
| - | rw-r--r-- | 222,067 | IntersectingPairedEndAligner.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 36,602 | IntersectingPairedEndAligner.h | |
| - | rw-r--r-- | 25,369 | LandauVishkin.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 18,613 | LandauVishkin.h | |
| - | rw-r--r-- | 10,061 | MultiInputReadSupplier.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 2,899 | MultiInputReadSupplier.h | |
| - | rw-r--r-- | 44,110 | PairedAligner.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 3,197 | PairedAligner.h | |
| - | rw-r--r-- | 2,587 | PairedEndAligner.h | |
| - | rw-r--r-- | 16,937 | PairedReadMatcher.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 3,976 | ParallelTask.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 7,820 | ParallelTask.h | |
| - | rw-r--r-- | 3,349 | PriorityQueue.h | |
| - | rw-r--r-- | 5,425 | ProbabilityDistance.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 2,167 | ProbabilityDistance.h | |
| - | rw-r--r-- | 8,652 | RangeSplitter.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 3,763 | RangeSplitter.h | |
| - | rw-r--r-- | 1,083 | Read.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 41,133 | Read.h | |
| - | rw-r--r-- | 1,257 | ReadReader.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 27,024 | ReadSupplierQueue.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 6,959 | ReadSupplierQueue.h | |
| - | rw-r--r-- | 32,074 | ReadWriter.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 163,546 | SAM.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 19,813 | SAM.h | |
| - | rw-r--r-- | 14,403 | SNAPLib.vcxproj | |
| - | rw-r--r-- | 12,024 | SNAPLib.vcxproj.filters | |
| - | rw-r--r-- | 887 | Seed.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 5,172 | Seed.h | |
| - | rw-r--r-- | 2,867 | SeedSequencer.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 11,473 | SeedSequencer.h | |
| - | rw-r--r-- | 14,280 | SingleAligner.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 1,219 | SingleAligner.h | |
| - | rw-r--r-- | 44,630 | SortedDataWriter.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 3,520 | Tables.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 2,267 | Tables.h | |
| - | rw-r--r-- | 9,108 | Util.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 13,135 | Util.h | |
| - | rw-r--r-- | 17,601 | VariableSizeMap.h | |
| - | rw-r--r-- | 6,220 | VariableSizeVector.h | |
| - | rw-r--r-- | 471 | WindowsFileMapper.h | |
| - | rw-r--r-- | 519 | directions.h | |
| - | rw-r--r-- | 792 | exit.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 369 | exit.h | |
| - | rw-r--r-- | 750 | mapq.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 1,865 | mapq.h | |
| - | rw-r--r-- | 1,150 | options.h | |
| - | rw-r--r-- | 286 | stdafx.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 1,014 | stdafx.h | |
| - | rw-r--r-- | 306 | targetver.h |
