File: t0_expected_alignment.blast

package info (click to toggle)
sortmerna 4.3.7-3
  • links: PTS, VCS
  • area: main
  • in suites: forky, sid
  • size: 134,048 kB
  • sloc: cpp: 24,424; ansic: 15,923; python: 1,453; sh: 224; makefile: 31
file content (104 lines) | stat: -rw-r--r-- 6,516 bytes parent folder | download | duplicates (3)
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
Sequence ID: Unc49508
Query ID: AB271211
Score: 2430 bits (2069)	Expect: 0	strand: +

Target:        1    TAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTC--A    58
                    |||||||||||||||||||||||*|||||||||||||||||*|||||||||||||||  |
Query:        58    TAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCGAA    117

Target:       59    CGGGGGCCCGCAAGGGT--AACCGGCGAACGGGTGCGTAACACGTGAGCAATCTGCCGTC    116
                    ||||***|**|  ||*|  *|**||||*|||||||*|||||*|||*|| |||||**|*||
Query:       118    CGGGAATCTTC--GGATTCTAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTAAG-AATCTAACTTC    174

Target:      117    --CACTGGGGGATAGCCG-GCCCAACGGCCGGGTAATACCGCATACGTTCCCTTGCCGGC    173
                      *||  |||||*|*|*| |***||| |*|*|*|||||||     ||*|   *|||||**
Query:       175    AGGAC--GGGGACAACAGTGGGAAAC-GACTGCTAATACC-----CGAT---GTGCCGCG    223

Target:      174    ATCGGTGGGGGAGGAAACCTCCGGGGGTGGACGAGGAGCTCGCGGCCTATCAGCTAGTTG    233
                    |  |||       |||||||****||***||*||||||||*|||*|**||*|||||||||
Query:       224    A--GGT-------GAAACCTAATTGGCCTGAAGAGGAGCTTGCGTCTGATTAGCTAGTTG    274

Target:      234    GTGGGGTCACGGCCTACCAAGGCGATGACGGGTAGCTGGTCTGAGAGGATGGCCAGCCAC    293
                    |||||||*|**||||||||||||||*||***||||||||||||||||||||**|||||||
Query:       275    GTGGGGTAAGAGCCTACCAAGGCGACGATCAGTAGCTGGTCTGAGAGGATGAGCAGCCAC    334

Target:      294    ATTGGGACTGAGATACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCGCAA    353
                    |*|||||||||||*|||||||||||||||||||||||||||||||||||||*||*|||||
Query:       335    ACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATTTTCCGCAA    394

Target:      354    TGGCCGCAAGGCTGACGCAGCGACGCCGCGTGAGGGAGGAAGGTCTTTGGATTGTAAACC    413
                    |||*||*|||*||||||*|||*||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Query:       395    TGGGCGAAAGCCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGGGAGGAAGGTCTTTGGATTGTAAACC    454

Target:      414    TCTTTTCTCAAGGAAGAAGTTCTGACGGTACTTGAGGAATCAGCCTCGGCTAACTCCGTG    473
                    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Query:       455    TCTTTTCTCAAGGAAGAAGTTCTGACGGTACTTGAGGAATCAGCCTCGGCTAACTCCGTG    514

Target:      474    CCAGCAGCCGCGGTAATACGGGGGAGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCG    533
                    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Query:       515    CCAGCAGCCGCGGTAATACGGGGGAGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCG    574

Target:      534    TCCGCAGGTGGTCAGCCAAGTCTGCCGTCAAATCAGGTTGCTTAACGACCTAAAGGCGGT    593
                    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Query:       575    TCCGCAGGTGGTCAGCCAAGTCTGCCGTCAAATCAGGTTGCTTAACGACCTAAAGGCGGT    634

Target:      594    GGAAACTGGCAGACTAGAGAGCAGTAGGGGTAGCAGGAATTCCCAGTGTAGCGGTGAAAT    653
                    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Query:       635    GGAAACTGGCAGACTAGAGAGCAGTAGGGGTAGCAGGAATTCCCAGTGTAGCGGTGAAAT    694

Target:      654    GCGTAGAGATTGGGAAGAACATCGGTGGCGAAAGCGTGCTACTGGGCTGTATCTGACACT    713
                    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Query:       695    GCGTAGAGATTGGGAAGAACATCGGTGGCGAAAGCGTGCTACTGGGCTGTATCTGACACT    754

Target:      714    CAGGGACGAAAGCTAGGGGAGCGAAAGGGATTAGATACCCCTGTAGTCCTAGCCGTAAAC    773
                    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Query:       755    CAGGGACGAAAGCTAGGGGAGCGAAAGGGATTAGATACCCCTGTAGTCCTAGCCGTAAAC    814

Target:      774    GATGGATACTAGGCGTGGCTTGTATCGACCCGAGCCGTGCCGAAGCTAACGCGTTAAGTA    833
                    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Query:       815    GATGGATACTAGGCGTGGCTTGTATCGACCCGAGCCGTGCCGAAGCTAACGCGTTAAGTA    874

Target:      834    TCCCGCCTGGGGAGTACGCACGCAAGTGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCAC    893
                    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Query:       875    TCCCGCCTGGGGAGTACGCACGCAAGTGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCAC    934

Target:      894    AAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGACTTGACA    953
                    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Query:       935    AAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGACTTGACA    994

Target:      954    TGTCGCGAACCCTGGTGAAAGCTGGGGGTGCCTTCGGGAGCGCGAACACAGGTGGTGCAT    1013
                    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Query:       995    TGTCGCGAACCCTGGTGAAAGCTGGGGGTGCCTTCGGGAGCGCGAACACAGGTGGTGCAT    1054

Target:     1014    GGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTC    1073
                    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Query:      1055    GGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTC    1114

Target:     1074    GTTCTTAGTTGCCAGCATTAAGTTGGGGACTCTAAGGAGACTGCCGGTGACAAACCGGAG    1133
                    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Query:      1115    GTTCTTAGTTGCCAGCATTAAGTTGGGGACTCTAAGGAGACTGCCGGTGACAAACCGGAG    1174

Target:     1134    GAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCAGCATGCCCCTTACGTCTTGGGCGACACACGTACTAC    1193
                    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Query:      1175    GAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCAGCATGCCCCTTACGTCTTGGGCGACACACGTACTAC    1234

Target:     1194    AATGGTCGGGACAAAGGGCAGCGAACTCGCGAGAGCCAGCGAATCCCAGCAAACCCGGCC    1253
                    |||||||||||||||||||||||||||*||||||||||||||||||||||||||||||||
Query:      1235    AATGGTCGGGACAAAGGGCAGCGAACTTGCGAGAGCCAGCGAATCCCAGCAAACCCGGCC    1294

Target:     1254    TCAGTTCAGATTGCAGGCTGCAACTCGCCTGCATGAAGGAGGAATCGCTAGTAATCGCCG    1313
                    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Query:      1295    TCAGTTCAGATTGCAGGCTGCAACTCGCCTGCATGAAGGAGGAATCGCTAGTAATCGCCG    1354

Target:     1314    GTCAGCATACGGCGGTGAATTCGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGG    1373
                    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Query:      1355    GTCAGCATACGGCGGTGAATTCGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGG    1414

Target:     1374    AAGCTGGTCACGCCCGAAGTCATTACCTCAACCGCAAGGAGGGGGATGCCTAAGGCAGGG    1433
                    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Query:      1415    AAGCTGGTCACGCCCGAAGTCATTACCTCAACCGCAAGGAGGGGGATGCCTAAGGCAGGG    1474

Target:     1434    CTAGTGACTGGGG    1446
                    |||||||||||||
Query:      1475    CTAGTGACTGGGG    1487