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|
/* codatay.y - CODATA sequence parser */
%{
#ifdef HAVE_CONFIG_H
# include <config.h>
#endif
#ifdef STDC_HEADERS
# include <stdlib.h>
#endif
#include "sequence.h"
#include "sequence/parse.h"
#include "sequence/codatay.h"
void codataset_in(FILE *);
int codatalex(YYSTYPE *);
int codatalex_destroy(void);
static void yyerror(sequence_t *, const char *);
sequence_t *codatay_parse(FILE *);
int codatay_check(FILE *);
%}
%pure-parser
%parse-param { sequence_t *seq }
%union { char *str; }
%destructor { free($$); } <str>
%token CNT EOL ERR INT NUL NXT SEP SPC TXT
%token EN ENTXT
%token <str> ENNAM
%token TI
%token <str> TITXT
%token AL
%token CT
%token OR
%token DA
%token AC
%token <str> ACNUM
%token RE
%token CO
%token GE
%token FU
%token CX
%token CL
%token KE
%token FE
%token SU
%token SE
%token SN
%token SEQ
%token <str> BAS
%token END
%%
codata : annots sequence end { return 0; /*NOTREACHED*/ }
| NUL { return -1; /*NOTREACHED*/ }
;
annots : entry title altnam contain organi date access refs comms genetic
complex function classif kwords feats ;
entry : enline ;
enline : EN ennam entxt EOL ;
ennam : ENNAM { parse_namadd(seq, $1); }
;
entxt : entxt ENTXT | ;
title : tiline1 tilines | ;
tilines : tilines tiline2 | ;
tiline1 : TI titxt EOL ;
tiline2 : NXT titxt EOL ;
titxt : titxt TITXT { parse_dscadd2(seq, $2); }
| TITXT { parse_dscadd1(seq, $1); }
;
altnam : alline1 allines | ;
allines : allines alline2 | ;
alline1 : AL altxt EOL ;
alline2 : NXT altxt EOL ;
altxt : altxt TXT | TXT ;
contain : ctline1 ctlines | ;
ctlines : ctlines ctline2 | ;
ctline1 : CT cttxt EOL ;
ctline2 : NXT cttxt EOL ;
cttxt : cttxt TXT | TXT ;
organi : orline1 orlines | ;
orlines : orlines orline2 | ;
orline1 : OR ortxt EOL ;
orline2 : NXT ortxt EOL ;
ortxt : ortxt TXT | TXT ;
date : daline1 dalines | ;
dalines : dalines daline2 | daline2 ;
daline1 : DA datxt EOL ;
daline2 : NXT datxt EOL ;
datxt : datxt TXT | TXT ;
access : acline1 aclines acline3 | acline | ;
aclines : aclines acline2 | ;
acline : AC aclist EOL ;
acline1 : AC aclist CNT EOL ;
acline2 : NXT aclist CNT EOL ;
acline3 : NXT aclist EOL ;
aclist : aclist SEP ACNUM { parse_accadd(seq, $3); }
| ACNUM { parse_accadd(seq, $1); }
;
refs : refs refent | ;
refent : reline1 relines ;
relines : relines reline2 | reline2 ;
reline1 : RE retxt EOL ;
reline2 : NXT retxt EOL ;
retxt : retxt TXT | TXT ;
comms : comms coment | ;
coment : coline1 colines ;
colines : colines coline2 | ;
coline1 : CO cotxt EOL ;
coline2 : NXT cotxt EOL ;
cotxt : cotxt TXT | TXT ;
genetic : genetic genent | ;
genent : geline1 gelines ;
gelines : gelines geline2 | geline2 ;
geline1 : GE getxt EOL | GE EOL ;
geline2 : NXT getxt EOL ;
getxt : getxt TXT | TXT ;
complex : complex cmpent | ;
cmpent : cxline1 cxlines ;
cxlines : cxlines cxline2 | ;
cxline1 : CX cxtxt EOL ;
cxline2 : NXT cxtxt EOL ;
cxtxt : cxtxt TXT | TXT ;
function : function funent | ;
funent : fuline1 fulines ;
fulines : fulines fuline2 | ;
fuline1 : FU futxt EOL | FU EOL ;
fuline2 : NXT futxt EOL ;
futxt : futxt TXT | TXT ;
classif : clline1 cllines | ;
cllines : cllines clline2 | ;
clline1 : CL cltxt EOL ;
clline2 : NXT cltxt EOL ;
cltxt : cltxt TXT | TXT ;
kwords : keline1 kelines | ;
kelines : kelines keline2 | ;
keline1 : KE ketxt EOL ;
keline2 : NXT ketxt EOL ;
ketxt : ketxt TXT | TXT ;
feats : feline1 felines | ;
felines : felines feline2 | feline2 ;
feline1 : FE EOL ;
feline2 : NXT fetxt EOL ;
fetxt : fetxt TXT | TXT ;
sequence : seqhead seqdata ;
seqhead : suline seline snline ;
suline : SU sutxt EOL | ;
sutxt : sutxt TXT | TXT ;
seline : SE EOL ;
snline : SN snlist EOL ;
snlist : snlist SPC INT | INT ;
seqdata : seqdata seqline | seqline ;
seqline : SEQ INT seqlist seqsep EOL ;
seqlist : seqlist SEP BAS { parse_stradd(seq, $3); }
| SEP BAS { parse_stradd(seq, $2); }
;
seqsep : SEP | ;
end : END EOL ;
%%
/* Checks CODATA sequence */
int codatay_check(FILE *f) {
int i;
codataset_in(f);
i = yyparse(NULL);
if (i == 0) { return i; }
codatalex_destroy();
return i; }
/* Parse CODATA sequence */
sequence_t *codatay_parse(FILE *f) {
int i;
sequence_t *seq;
seq = sequence_new();
if (seq == NULL) { return seq; }
codataset_in(f);
i = yyparse((void *)seq);
if (i == 0) { return seq; }
codatalex_destroy();
sequence_free(seq);
return NULL; }
/* Helpers ... */
/*ARGSUSED*/
static void yyerror(sequence_t *seq, const char *s) { return; }
|
