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912
|
#
# Makefile for spin routines
#
LIBS = spin
PROGS = lib$(LIBS)
PROGLIBS=$(L)/$(SHLIB_PREFIX)$(LIBS)$(SHLIB_SUFFIX)
SRCROOT=$(SRC)/..
include $(SRCROOT)/global.mk
include ../system.mk
INCLUDES_E += $(MISC_INC) $(TK_INC) $(TKUTILS_INC) $(SEQUTILS_INC) $(IOLIB_INC)
CFLAGS += $(SHLIB_CFLAGS)
OBJS = \
seq_reg.o \
seq_reg_cmds.o \
raster_cmds.o \
seq_raster.o \
sequtils.o \
seq_results.o \
seq_sendto.o \
spin_globals.o \
seq_plot_funcs.o\
seqed.o\
tkSeqed.o \
tkSeqedUtils.o \
tkSeqedNames.o \
seqed_write.o \
seqedInterface.o\
seqed_translate.o\
seqed_restriction_enzymes.o\
seqed_search.o\
sequence_pair_display.o\
emboss_input_funcs.o \
readpam.o\
compare_spans.o \
sip_hash.o \
sip_similar_spans.o\
sip_find_identity.o\
sip_quick_scan.o\
sip_align.o \
sip_globals.o \
sip_cmds.o \
sip_results.o \
rescan_matches.o \
probs.o \
sim.o \
sip_sim.o\
init.o\
nip_globals.o \
nip_cmds.o \
nip_base_comp.o \
nip_gene_search.o \
nip_trna_search.o\
codon_content.o \
nip_stop_codon.o \
trna_search.o \
splice_search.o \
nip_splice_search.o \
nip_string_search.o \
nip_wtmatrix_search.o \
nip_restriction_enzymes.o\
nip_canvas_box.o\
dinuc_freqs.o
#
# Main dependency
#
lib$(LIBS) : $(L)/$(SHLIB_PREFIX)$(LIBS)$(SHLIB_SUFFIX)
@
DEPS = $(TK_LIB) \
$(IOUTILS_LIB) \
$(TKUTILS_LIB) \
$(SEQUTILS_LIB) \
$(MISC_LIB)
$(L)/$(SHLIB_PREFIX)$(LIBS)$(SHLIB_SUFFIX): $(OBJS) $(DEF_FILE) $(L)/.dir
$(SHLIB_LD) $(SHLIB_LDFLAGS) $(SHLIB_OUTFLAG)$@ $(SHLIB_SONAME) $(OBJS) $(DEPS)
# 7/1/99 johnt - Rule used when $(DEF_FILE) defined - currently only for windows
$(L)/$(SHLIB_PREFIX)$(LIBS).def: $(OBJS)
$(MKDEFL) $@ $(OBJS)
DEPEND_OBJ = $(OBJS)
distsrc: distsrc_dirs
cp $(S)/*.[ch] $(S)/*.tcl $(S)/tclIndex $(DIRNAME)
cp $(S)/Makefile $(S)/spin.in $(S)/spin.bat $(DIRNAME)
cp $(S)/*.wts $(S)/niprc $(S)/siprc $(S)/spinrc $(DIRNAME)
install:
$(INSTALL) spin $(INSTALLBIN)
-mkdir $(INSTALLTCL)/spin
cp $(S)/*.tcl $(S)/tclIndex $(INSTALLTCL)/spin
cp $(PROGLIBS) $(INSTALLLIB)
cp $(S)/*.wts $(S)/niprc $(S)/siprc $(S)/spinrc $(INSTALLETC)
# DO NOT DELETE THIS LINE -- make depend depends on it.
codon_content.o: $(PWD)/staden_config.h
codon_content.o: $(SRCROOT)/Misc/array_arith.h
codon_content.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
codon_content.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
codon_content.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
codon_content.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
codon_content.o: $(SRCROOT)/seq_utils/edge.h
codon_content.o: $(SRCROOT)/seq_utils/genetic_code.h
codon_content.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h
codon_content.o: $(SRCROOT)/spin/codon_content.h
compare_spans.o: $(PWD)/staden_config.h
compare_spans.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
compare_spans.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
compare_spans.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
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compare_spans.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h
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compare_spans.o: $(SRCROOT)/seq_utils/edge.h
compare_spans.o: $(SRCROOT)/spin/readpam.h
compare_spans.o: $(SRCROOT)/spin/sip_hash.h
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