package info (click to toggle)
staden 2.0.0%2Bb11-4
  • links: PTS, VCS
  • area: main
  • in suites: bookworm, bullseye, buster
  • size: 21,556 kB
  • sloc: ansic: 240,603; tcl: 65,360; cpp: 12,854; makefile: 11,201; sh: 2,952; fortran: 2,033; perl: 63; awk: 46

Folder: gap4

d .. (parent)
- - rw-r--r-- 23,660 GTAGDB
- - rw-r--r-- 45,538 IO1.c
- - rw-r--r-- 16,832 IO1.h
- - rw-r--r-- 28,299 IO2.c
- - rw-r--r-- 2,765 IO2.h
- - rw-r--r-- 14,796 IO3.c
- - rw-r--r-- 157,984 Makefile
- - rw-r--r-- 1,007 NOTEDB
- - rw-r--r-- 664 QueueInterface.h
- - rw-r--r-- 2,004 SeqQueueTypes.h
- - rw-r--r-- 52,944 acd2tag.tcl
- - rw-r--r-- 7,427 actf.c
- - rw-r--r-- 701 actf.h
- - rw-r--r-- 1,882 active_tags.c
- - rw-r--r-- 656 active_tags.h
- - rw-r--r-- 3,703 alter_rel.c
- - rw-r--r-- 256 alter_rel.h
- - rw-r--r-- 27,524 alter_rel.tcl
- - rw-r--r-- 32,553 assemble_direct.c
- - rw-r--r-- 1,260 assemble_direct.h
- - rw-r--r-- 3,971 assemble_direct.tcl
- - rw-r--r-- 8,182 auto_assemble.c
- - rw-r--r-- 1,189 auto_assemble.h
- - rw-r--r-- 22,947 auto_assemble.tcl
- - rw-r--r-- 31,913 auto_break.c
- - rw-r--r-- 213 auto_break.h
- - rw-r--r-- 916 break_contig.c
- - rw-r--r-- 58 break_contig.h
- - rw-r--r-- 1,280 break_contig.tcl
- - rw-r--r-- 5,776 bubbl3.c
- - rw-r--r-- 2,186 cap2rc
- - rw-r--r-- 4,428 cap3rc
- - rw-r--r-- 17,905 check_assembly.c
- - rw-r--r-- 426 check_assembly.h
- - rw-r--r-- 4,733 check_assembly.tcl
- - rw-r--r-- 482 checked.gif
- - rw-r--r-- 30,531 clip.c
- - rw-r--r-- 389 clip.h
- - rw-r--r-- 6,335 clip.tcl
- - rw-r--r-- 7,533 clones.c
- - rw-r--r-- 342 clones.h
- - rw-r--r-- 5,520 complement.c
- - rw-r--r-- 346 complement.h
- - rw-r--r-- 1,097 complement.tcl
- - rw-r--r-- 18,959 confidence_graph.c
- - rw-r--r-- 702 confidence_graph.h
- - rw-r--r-- 9,133 confidence_graph.tcl
- - rw-r--r-- 14,820 configure.tcl
- - rw-r--r-- 56,164 consen.c
- - rw-r--r-- 6,924 consen.h
- - rw-r--r-- 17,180 consen.tcl
- - rw-r--r-- 4,868 consistency_canvas_box.c
- - rw-r--r-- 446 consistency_canvas_box.h
- - rw-r--r-- 33,887 consistency_display.c
- - rw-r--r-- 1,892 consistency_display.h
- - rw-r--r-- 14,337 consistency_display.tcl
- - rw-r--r-- 20,771 contigEditor.c
- - rw-r--r-- 695 contigEditor.h
- - rw-r--r-- 86,972 contig_editor.tcl
- - rw-r--r-- 6,728 contig_id.tcl
- - rw-r--r-- 31,023 contig_order.c
- - rw-r--r-- 171 contig_order.h
- - rw-r--r-- 3,878 contig_order.tcl
- - rw-r--r-- 32,289 contig_selector.c
- - rw-r--r-- 2,814 contig_selector.h
- - rw-r--r-- 40,826 contig_selector.tcl
- - rw-r--r-- 17,131 copy_db.c
- - rw-r--r-- 736 copy_db.h
- - rw-r--r-- 3,092 copy_db_main.c
- - rw-r--r-- 13,909 cs-object.c
- - rw-r--r-- 7,424 cs-object.h
- - rw-r--r-- 25,318 dbcheck.c
- - rw-r--r-- 74 dbcheck.h
- - rw-r--r-- 18,172 dis_readings.c
- - rw-r--r-- 1,775 dis_readings.h
- - rw-r--r-- 5,891 dis_readings.tcl
- - rw-r--r-- 12,741 do_fij.c
- - rw-r--r-- 29,523 dstrand.c
- - rw-r--r-- 331 dstrand.h
- - rw-r--r-- 2,266 dstrand.tcl
- - rw-r--r-- 10,113 edCommands.c
- - rw-r--r-- 369 edCommands.h
- - rw-r--r-- 10,672 edExtend.c
- - rw-r--r-- 63,922 edInterface.c
- - rw-r--r-- 48,343 edMutations.c
- - rw-r--r-- 11,360 edStructs.h
- - rw-r--r-- 26,135 edUtils.h
- - rw-r--r-- 119,415 edUtils2.c
- - rw-r--r-- 15,299 editor_search.tcl
- - rw-r--r-- 2,628 enter_tags.tcl
- - rw-r--r-- 637 extend.h
- - rw-r--r-- 16,452 extract.c
- - rw-r--r-- 1,614 extract.h
- - rw-r--r-- 2,419 extract.tcl
- - rw-r--r-- 7,557 f2c.c
- - rw-r--r-- 619 f2c.h
- - rw-r--r-- 4,116 fak2rc
- - rw-r--r-- 13,342 fij.c
- - rw-r--r-- 834 fij.h
- - rw-r--r-- 14,587 fij.tcl
- - rw-r--r-- 6,246 find_fragments.c
- - rw-r--r-- 2,134 find_fragments.h
- - rw-r--r-- 28,201 find_oligo.c
- - rw-r--r-- 330 find_oligo.h
- - rw-r--r-- 6,534 find_oligo.tcl
- - rw-r--r-- 14,162 find_repeats.c
- - rw-r--r-- 245 find_repeats.h
- - rw-r--r-- 5,894 find_repeats.tcl
- - rw-r--r-- 281 follow.bitmap
- - rw-r--r-- 6,293 fort.h
- - rw-r--r-- 634 fortran.h
- - rw-r--r-- 10,821 gap-create.c
- - rw-r--r-- 646 gap-create.h
- - rw-r--r-- 4,030 gap-dbstruct.c
- - rw-r--r-- 8,059 gap-dbstruct.h
- - rw-r--r-- 469 gap-defaults.h
- - rw-r--r-- 3,165 gap-error.c
- - rw-r--r-- 923 gap-error.h
- - rw-r--r-- 3,674 gap-if.c
- - rw-r--r-- 2,547 gap-if.h
- - rw-r--r-- 1,093 gap-init.c
- - rw-r--r-- 543 gap-init.h
- - rw-r--r-- 3,958 gap-io.c
- - rw-r--r-- 699 gap-io.h
- - rw-r--r-- 5,060 gap-local.c
- - rw-r--r-- 2,087 gap-local.h
- - rw-r--r-- 3,502 gap-remote.c
- - rw-r--r-- 2,114 gap-remote.h
- - rw-r--r-- 41,572 gap-tcl.c
- - rw-r--r-- 100 gap-tcl.h
- - rw-r--r-- 9,621 gap-thrash.c
- - rw-r--r-- 2,315 gap-thrash2.c
- - rw-r--r-- 2,251 gap-thrash2bug.c
- - rw-r--r-- 4,713 gap-thrash3.c
- - rw-r--r-- 301 gap-thrash_main.c
- - rw-r--r-- 21,764 gap.tcl
- - rw-r--r-- 51 gap4.bat
- - rwxr-xr-x 1,857 gap4.in
- - rw-r--r-- 1,778 gap_array.c
- - rw-r--r-- 852 gap_array.h
- - rw-r--r-- 6,747 gap_canvas_box.c
- - rw-r--r-- 863 gap_canvas_box.h
- - rw-r--r-- 4,423 gap_canvas_box.tcl
- - rw-r--r-- 5,042 gap_cli_arg.c
- - rw-r--r-- 1,150 gap_cli_arg.h
- - rw-r--r-- 6,915 gap_globals.c
- - rw-r--r-- 2,480 gap_globals.h
- - rw-r--r-- 5,834 gap_hash.c
- - rw-r--r-- 971 gap_hash.h
- - rw-r--r-- 9,246 gap_nav.tcl
- - rw-r--r-- 9,612 gap_prefinish.tcl
- - rw-r--r-- 17,471 gap_restriction_enzymes.tcl
- - rw-r--r-- 3,868 gap_utils.tcl
- - rw-r--r-- 47,084 gaprc
- - rw-r--r-- 27,767 gaprc_menu_full
- - rw-r--r-- 23,942 gaprc_menu_mito
- - rw-r--r-- 1,762 hash.c
- - rw-r--r-- 491 hash.h
- - rw-r--r-- 51,129 hash_lib.c
- - rw-r--r-- 2,382 hash_lib.h
- - rw-r--r-- 0 help_exp.tcl
- - rw-r--r-- 1,619 init.c
- - rw-r--r-- 25,853 io-reg.c
- - rw-r--r-- 12,924 io-reg.h
- - rw-r--r-- 2,889 io_handle.c
- - rw-r--r-- 202 io_handle.h
- - rw-r--r-- 16,439 io_utils.c
- - rw-r--r-- 3,805 io_utils.h
- - rw-r--r-- 23,613 join.c
- - rw-r--r-- 97,303 legacy.f
- - rw-r--r-- 194,436 legacy_f2c.c
- - rw-r--r-- 3,492 list.c
- - rw-r--r-- 2,882 list.h
- - rw-r--r-- 8,582 list_contigs.tcl
- - rw-r--r-- 4,860 list_proc.c
- - rw-r--r-- 1,368 list_proc.h
- - rw-r--r-- 32,274 list_proc.tcl
- - rw-r--r-- 628 mess.c
- - rw-r--r-- 149,821 newgap_cmds.c
- - rw-r--r-- 327 newgap_cmds.h
- - rw-r--r-- 9,015 newgap_structs.h
- - rw-r--r-- 8,182 ng_fb_cmds.tcl
- - rw-r--r-- 3,389 notedb.c
- - rw-r--r-- 702 notedb.h
- - rw-r--r-- 23,818 notes.c
- - rw-r--r-- 2,241 notes.h
- - rw-r--r-- 16,909 notes.tcl
- - rw-r--r-- 35,973 oligo.c
- - rw-r--r-- 1,560 oligo.h
- - rw-r--r-- 14,306 oligo_param.tcl
- - rw-r--r-- 16,746 oligo_sel.c
- - rw-r--r-- 192 oligo_sel.h
- - rw-r--r-- 13,409 parse_ft.c
- - rw-r--r-- 5,085 parse_ft.h
- - rw-r--r-- 11,430 pcr_primers.tcl
- - rw-r--r-- 1,145 phraprc
- - rw-r--r-- 3,662 plot_quality.c
- - rw-r--r-- 157 plot_quality.h
- - rw-r--r-- 12,694 preass.c
- - rw-r--r-- 84 preass.h
- - rw-r--r-- 1,788 preass.tcl
- - rw-r--r-- 7,569 primlib.c
- - rw-r--r-- 1,201 primlib.h
- - rw-r--r-- 12,491 probe.c
- - rw-r--r-- 1,218 probe.h
- - rw-r--r-- 8,977 probe.tcl
- - rw-r--r-- 83,710 qual.c
- - rw-r--r-- 3,965 qual.h
- - rw-r--r-- 3,064 qual.tcl
- - rw-r--r-- 9,463 qualIO.c
- - rw-r--r-- 314 qualIO.h
- - rw-r--r-- 851 qualP.h
- - rw-r--r-- 25,718 quality_plot.c
- - rw-r--r-- 1,343 quality_plot.h
- - rw-r--r-- 14,596 quality_plot.tcl
- - rw-r--r-- 14,124 reactions.c
- - rw-r--r-- 225 reactions.h
- - rw-r--r-- 4,164 reactions.tcl
- - rw-r--r-- 20,802 reading_coverage.c
- - rw-r--r-- 590 reading_coverage.h
- - rw-r--r-- 9,989 reading_coverage.tcl
- - rw-r--r-- 18,405 readpair.c
- - rw-r--r-- 304 readpair.h
- - rw-r--r-- 1,396 readpair.tcl
- - rw-r--r-- 18,429 readpair_coverage.c
- - rw-r--r-- 468 readpair_coverage.h
- - rw-r--r-- 7,752 readpair_coverage.tcl
- - rw-r--r-- 33,842 restriction_enzymes.c
- - rw-r--r-- 3,555 restriction_enzymes.h
- - rw-r--r-- 5,830 result_manager.tcl
- - rw-r--r-- 2,972 ruler_display.c
- - rw-r--r-- 597 ruler_display.h
- - rw-r--r-- 13,050 search.tcl
- - rw-r--r-- 53,618 searchUtils.c
- - rw-r--r-- 448 select.h
- - rw-r--r-- 4,384 select_contig.tcl
- - rw-r--r-- 8,348 sendto.tcl
- - rw-r--r-- 18,989 seqInfo.c
- - rw-r--r-- 1,189 seqInfo.h
- - rw-r--r-- 3,552 show_relationships.c
- - rw-r--r-- 214 show_relationships.h
- - rw-r--r-- 2,446 show_relationships.tcl
- - rw-r--r-- 25,828 shuffle_pads.c
- - rw-r--r-- 190 shuffle_pads.h
- - rw-r--r-- 1,373 shuffle_pads.tcl
- - rw-r--r-- 6,688 stack_dump.c
- - rw-r--r-- 100 stack_dump.h
- - rw-r--r-- 17,885 stop_codon.c
- - rw-r--r-- 1,040 stop_codon.h
- - rw-r--r-- 15,308 stop_codon.tcl
- - rw-r--r-- 15,552 strand_coverage.c
- - rw-r--r-- 582 strand_coverage.h
- - rw-r--r-- 10,129 strand_coverage.tcl
- - rw-r--r-- 363 tagDefs.h
- - rw-r--r-- 7,828 tagEditor.c
- - rw-r--r-- 35,002 tagU1.c
- - rw-r--r-- 43,516 tagU2.c
- - rw-r--r-- 9,067 tagUtils.h
- - rw-r--r-- 7,001 tag_checklist.tcl
- - rw-r--r-- 12,009 tag_editor.tcl
- - rw-r--r-- 3,113 tagdb.c
- - rw-r--r-- 553 tagdb.h
- - rw-r--r-- 16,091 tclIndex
- - rw-r--r-- 40,602 template.c
- - rw-r--r-- 6,400 template.h
- - rw-r--r-- 90,572 template_display.c
- - rw-r--r-- 7,391 template_display.h
- - rw-r--r-- 43,442 template_display.tcl
- - rw-r--r-- 278 text-io-reg.c
- - rw-r--r-- 35,318 tk-io-reg.c
- - rw-r--r-- 4,471 tk-io-reg.h
- - rw-r--r-- 4,302 tkAppInit.c
- - rw-r--r-- 10,159 tkEdNames.c
- - rw-r--r-- 386 tkEdNames.h
- - rw-r--r-- 48,685 tkEdUtils.c
- - rw-r--r-- 58,495 tkEditor.c
- - rw-r--r-- 922 tkEditor.h
- - rw-r--r-- 17,210 tman_cons.c
- - rw-r--r-- 8,382 tman_diff.c
- - rw-r--r-- 427 tman_diff.h
- - rw-r--r-- 8,801 tman_display.c
- - rw-r--r-- 1,149 tman_display.h
- - rw-r--r-- 43,439 tman_interface.c
- - rw-r--r-- 3,042 tman_interface.h
- - rw-r--r-- 29,320 trace_display.tcl
- - rw-r--r-- 466 unchecked.gif
- - rw-r--r-- 15,820 undo.c
- - rw-r--r-- 3,124 undo.h
- - rw-r--r-- 14,163 vseqs.c
- - rw-r--r-- 5,605 vseqs.h