package info
(click to toggle)
Folder: gap4
| .. (parent) | ||||
| - | rw-r--r-- | 23,660 | GTAGDB | |
| - | rw-r--r-- | 45,538 | IO1.c | |
| - | rw-r--r-- | 16,832 | IO1.h | |
| - | rw-r--r-- | 28,299 | IO2.c | |
| - | rw-r--r-- | 2,765 | IO2.h | |
| - | rw-r--r-- | 14,796 | IO3.c | |
| - | rw-r--r-- | 157,984 | Makefile | |
| - | rw-r--r-- | 1,007 | NOTEDB | |
| - | rw-r--r-- | 664 | QueueInterface.h | |
| - | rw-r--r-- | 2,004 | SeqQueueTypes.h | |
| - | rw-r--r-- | 52,944 | acd2tag.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 7,427 | actf.c | |
| - | rw-r--r-- | 701 | actf.h | |
| - | rw-r--r-- | 1,882 | active_tags.c | |
| - | rw-r--r-- | 656 | active_tags.h | |
| - | rw-r--r-- | 3,703 | alter_rel.c | |
| - | rw-r--r-- | 256 | alter_rel.h | |
| - | rw-r--r-- | 27,524 | alter_rel.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 32,553 | assemble_direct.c | |
| - | rw-r--r-- | 1,260 | assemble_direct.h | |
| - | rw-r--r-- | 3,971 | assemble_direct.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 8,182 | auto_assemble.c | |
| - | rw-r--r-- | 1,189 | auto_assemble.h | |
| - | rw-r--r-- | 22,947 | auto_assemble.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 31,913 | auto_break.c | |
| - | rw-r--r-- | 213 | auto_break.h | |
| - | rw-r--r-- | 916 | break_contig.c | |
| - | rw-r--r-- | 58 | break_contig.h | |
| - | rw-r--r-- | 1,280 | break_contig.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 5,776 | bubbl3.c | |
| - | rw-r--r-- | 2,186 | cap2rc | |
| - | rw-r--r-- | 4,428 | cap3rc | |
| - | rw-r--r-- | 17,905 | check_assembly.c | |
| - | rw-r--r-- | 426 | check_assembly.h | |
| - | rw-r--r-- | 4,733 | check_assembly.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 482 | checked.gif | |
| - | rw-r--r-- | 30,531 | clip.c | |
| - | rw-r--r-- | 389 | clip.h | |
| - | rw-r--r-- | 6,335 | clip.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 7,533 | clones.c | |
| - | rw-r--r-- | 342 | clones.h | |
| - | rw-r--r-- | 5,520 | complement.c | |
| - | rw-r--r-- | 346 | complement.h | |
| - | rw-r--r-- | 1,097 | complement.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 18,959 | confidence_graph.c | |
| - | rw-r--r-- | 702 | confidence_graph.h | |
| - | rw-r--r-- | 9,133 | confidence_graph.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 14,820 | configure.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 56,164 | consen.c | |
| - | rw-r--r-- | 6,924 | consen.h | |
| - | rw-r--r-- | 17,180 | consen.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 4,868 | consistency_canvas_box.c | |
| - | rw-r--r-- | 446 | consistency_canvas_box.h | |
| - | rw-r--r-- | 33,887 | consistency_display.c | |
| - | rw-r--r-- | 1,892 | consistency_display.h | |
| - | rw-r--r-- | 14,337 | consistency_display.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 20,771 | contigEditor.c | |
| - | rw-r--r-- | 695 | contigEditor.h | |
| - | rw-r--r-- | 86,972 | contig_editor.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 6,728 | contig_id.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 31,023 | contig_order.c | |
| - | rw-r--r-- | 171 | contig_order.h | |
| - | rw-r--r-- | 3,878 | contig_order.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 32,289 | contig_selector.c | |
| - | rw-r--r-- | 2,814 | contig_selector.h | |
| - | rw-r--r-- | 40,826 | contig_selector.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 17,131 | copy_db.c | |
| - | rw-r--r-- | 736 | copy_db.h | |
| - | rw-r--r-- | 3,092 | copy_db_main.c | |
| - | rw-r--r-- | 13,909 | cs-object.c | |
| - | rw-r--r-- | 7,424 | cs-object.h | |
| - | rw-r--r-- | 25,318 | dbcheck.c | |
| - | rw-r--r-- | 74 | dbcheck.h | |
| - | rw-r--r-- | 18,172 | dis_readings.c | |
| - | rw-r--r-- | 1,775 | dis_readings.h | |
| - | rw-r--r-- | 5,891 | dis_readings.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 12,741 | do_fij.c | |
| - | rw-r--r-- | 29,523 | dstrand.c | |
| - | rw-r--r-- | 331 | dstrand.h | |
| - | rw-r--r-- | 2,266 | dstrand.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 10,113 | edCommands.c | |
| - | rw-r--r-- | 369 | edCommands.h | |
| - | rw-r--r-- | 10,672 | edExtend.c | |
| - | rw-r--r-- | 63,922 | edInterface.c | |
| - | rw-r--r-- | 48,343 | edMutations.c | |
| - | rw-r--r-- | 11,360 | edStructs.h | |
| - | rw-r--r-- | 26,135 | edUtils.h | |
| - | rw-r--r-- | 119,415 | edUtils2.c | |
| - | rw-r--r-- | 15,299 | editor_search.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 2,628 | enter_tags.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 637 | extend.h | |
| - | rw-r--r-- | 16,452 | extract.c | |
| - | rw-r--r-- | 1,614 | extract.h | |
| - | rw-r--r-- | 2,419 | extract.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 7,557 | f2c.c | |
| - | rw-r--r-- | 619 | f2c.h | |
| - | rw-r--r-- | 4,116 | fak2rc | |
| - | rw-r--r-- | 13,342 | fij.c | |
| - | rw-r--r-- | 834 | fij.h | |
| - | rw-r--r-- | 14,587 | fij.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 6,246 | find_fragments.c | |
| - | rw-r--r-- | 2,134 | find_fragments.h | |
| - | rw-r--r-- | 28,201 | find_oligo.c | |
| - | rw-r--r-- | 330 | find_oligo.h | |
| - | rw-r--r-- | 6,534 | find_oligo.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 14,162 | find_repeats.c | |
| - | rw-r--r-- | 245 | find_repeats.h | |
| - | rw-r--r-- | 5,894 | find_repeats.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 281 | follow.bitmap | |
| - | rw-r--r-- | 6,293 | fort.h | |
| - | rw-r--r-- | 634 | fortran.h | |
| - | rw-r--r-- | 10,821 | gap-create.c | |
| - | rw-r--r-- | 646 | gap-create.h | |
| - | rw-r--r-- | 4,030 | gap-dbstruct.c | |
| - | rw-r--r-- | 8,059 | gap-dbstruct.h | |
| - | rw-r--r-- | 469 | gap-defaults.h | |
| - | rw-r--r-- | 3,165 | gap-error.c | |
| - | rw-r--r-- | 923 | gap-error.h | |
| - | rw-r--r-- | 3,674 | gap-if.c | |
| - | rw-r--r-- | 2,547 | gap-if.h | |
| - | rw-r--r-- | 1,093 | gap-init.c | |
| - | rw-r--r-- | 543 | gap-init.h | |
| - | rw-r--r-- | 3,958 | gap-io.c | |
| - | rw-r--r-- | 699 | gap-io.h | |
| - | rw-r--r-- | 5,060 | gap-local.c | |
| - | rw-r--r-- | 2,087 | gap-local.h | |
| - | rw-r--r-- | 3,502 | gap-remote.c | |
| - | rw-r--r-- | 2,114 | gap-remote.h | |
| - | rw-r--r-- | 41,572 | gap-tcl.c | |
| - | rw-r--r-- | 100 | gap-tcl.h | |
| - | rw-r--r-- | 9,621 | gap-thrash.c | |
| - | rw-r--r-- | 2,315 | gap-thrash2.c | |
| - | rw-r--r-- | 2,251 | gap-thrash2bug.c | |
| - | rw-r--r-- | 4,713 | gap-thrash3.c | |
| - | rw-r--r-- | 301 | gap-thrash_main.c | |
| - | rw-r--r-- | 21,764 | gap.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 51 | gap4.bat | |
| - | rwxr-xr-x | 1,857 | gap4.in | |
| - | rw-r--r-- | 1,778 | gap_array.c | |
| - | rw-r--r-- | 852 | gap_array.h | |
| - | rw-r--r-- | 6,747 | gap_canvas_box.c | |
| - | rw-r--r-- | 863 | gap_canvas_box.h | |
| - | rw-r--r-- | 4,423 | gap_canvas_box.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 5,042 | gap_cli_arg.c | |
| - | rw-r--r-- | 1,150 | gap_cli_arg.h | |
| - | rw-r--r-- | 6,915 | gap_globals.c | |
| - | rw-r--r-- | 2,480 | gap_globals.h | |
| - | rw-r--r-- | 5,834 | gap_hash.c | |
| - | rw-r--r-- | 971 | gap_hash.h | |
| - | rw-r--r-- | 9,246 | gap_nav.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 9,612 | gap_prefinish.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 17,471 | gap_restriction_enzymes.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 3,868 | gap_utils.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 47,084 | gaprc | |
| - | rw-r--r-- | 27,767 | gaprc_menu_full | |
| - | rw-r--r-- | 23,942 | gaprc_menu_mito | |
| - | rw-r--r-- | 1,762 | hash.c | |
| - | rw-r--r-- | 491 | hash.h | |
| - | rw-r--r-- | 51,129 | hash_lib.c | |
| - | rw-r--r-- | 2,382 | hash_lib.h | |
| - | rw-r--r-- | 0 | help_exp.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 1,619 | init.c | |
| - | rw-r--r-- | 25,853 | io-reg.c | |
| - | rw-r--r-- | 12,924 | io-reg.h | |
| - | rw-r--r-- | 2,889 | io_handle.c | |
| - | rw-r--r-- | 202 | io_handle.h | |
| - | rw-r--r-- | 16,439 | io_utils.c | |
| - | rw-r--r-- | 3,805 | io_utils.h | |
| - | rw-r--r-- | 23,613 | join.c | |
| - | rw-r--r-- | 97,303 | legacy.f | |
| - | rw-r--r-- | 194,436 | legacy_f2c.c | |
| - | rw-r--r-- | 3,492 | list.c | |
| - | rw-r--r-- | 2,882 | list.h | |
| - | rw-r--r-- | 8,582 | list_contigs.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 4,860 | list_proc.c | |
| - | rw-r--r-- | 1,368 | list_proc.h | |
| - | rw-r--r-- | 32,274 | list_proc.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 628 | mess.c | |
| - | rw-r--r-- | 149,821 | newgap_cmds.c | |
| - | rw-r--r-- | 327 | newgap_cmds.h | |
| - | rw-r--r-- | 9,015 | newgap_structs.h | |
| - | rw-r--r-- | 8,182 | ng_fb_cmds.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 3,389 | notedb.c | |
| - | rw-r--r-- | 702 | notedb.h | |
| - | rw-r--r-- | 23,818 | notes.c | |
| - | rw-r--r-- | 2,241 | notes.h | |
| - | rw-r--r-- | 16,909 | notes.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 35,973 | oligo.c | |
| - | rw-r--r-- | 1,560 | oligo.h | |
| - | rw-r--r-- | 14,306 | oligo_param.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 16,746 | oligo_sel.c | |
| - | rw-r--r-- | 192 | oligo_sel.h | |
| - | rw-r--r-- | 13,409 | parse_ft.c | |
| - | rw-r--r-- | 5,085 | parse_ft.h | |
| - | rw-r--r-- | 11,430 | pcr_primers.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 1,145 | phraprc | |
| - | rw-r--r-- | 3,662 | plot_quality.c | |
| - | rw-r--r-- | 157 | plot_quality.h | |
| - | rw-r--r-- | 12,694 | preass.c | |
| - | rw-r--r-- | 84 | preass.h | |
| - | rw-r--r-- | 1,788 | preass.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 7,569 | primlib.c | |
| - | rw-r--r-- | 1,201 | primlib.h | |
| - | rw-r--r-- | 12,491 | probe.c | |
| - | rw-r--r-- | 1,218 | probe.h | |
| - | rw-r--r-- | 8,977 | probe.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 83,710 | qual.c | |
| - | rw-r--r-- | 3,965 | qual.h | |
| - | rw-r--r-- | 3,064 | qual.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 9,463 | qualIO.c | |
| - | rw-r--r-- | 314 | qualIO.h | |
| - | rw-r--r-- | 851 | qualP.h | |
| - | rw-r--r-- | 25,718 | quality_plot.c | |
| - | rw-r--r-- | 1,343 | quality_plot.h | |
| - | rw-r--r-- | 14,596 | quality_plot.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 14,124 | reactions.c | |
| - | rw-r--r-- | 225 | reactions.h | |
| - | rw-r--r-- | 4,164 | reactions.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 20,802 | reading_coverage.c | |
| - | rw-r--r-- | 590 | reading_coverage.h | |
| - | rw-r--r-- | 9,989 | reading_coverage.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 18,405 | readpair.c | |
| - | rw-r--r-- | 304 | readpair.h | |
| - | rw-r--r-- | 1,396 | readpair.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 18,429 | readpair_coverage.c | |
| - | rw-r--r-- | 468 | readpair_coverage.h | |
| - | rw-r--r-- | 7,752 | readpair_coverage.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 33,842 | restriction_enzymes.c | |
| - | rw-r--r-- | 3,555 | restriction_enzymes.h | |
| - | rw-r--r-- | 5,830 | result_manager.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 2,972 | ruler_display.c | |
| - | rw-r--r-- | 597 | ruler_display.h | |
| - | rw-r--r-- | 13,050 | search.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 53,618 | searchUtils.c | |
| - | rw-r--r-- | 448 | select.h | |
| - | rw-r--r-- | 4,384 | select_contig.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 8,348 | sendto.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 18,989 | seqInfo.c | |
| - | rw-r--r-- | 1,189 | seqInfo.h | |
| - | rw-r--r-- | 3,552 | show_relationships.c | |
| - | rw-r--r-- | 214 | show_relationships.h | |
| - | rw-r--r-- | 2,446 | show_relationships.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 25,828 | shuffle_pads.c | |
| - | rw-r--r-- | 190 | shuffle_pads.h | |
| - | rw-r--r-- | 1,373 | shuffle_pads.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 6,688 | stack_dump.c | |
| - | rw-r--r-- | 100 | stack_dump.h | |
| - | rw-r--r-- | 17,885 | stop_codon.c | |
| - | rw-r--r-- | 1,040 | stop_codon.h | |
| - | rw-r--r-- | 15,308 | stop_codon.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 15,552 | strand_coverage.c | |
| - | rw-r--r-- | 582 | strand_coverage.h | |
| - | rw-r--r-- | 10,129 | strand_coverage.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 363 | tagDefs.h | |
| - | rw-r--r-- | 7,828 | tagEditor.c | |
| - | rw-r--r-- | 35,002 | tagU1.c | |
| - | rw-r--r-- | 43,516 | tagU2.c | |
| - | rw-r--r-- | 9,067 | tagUtils.h | |
| - | rw-r--r-- | 7,001 | tag_checklist.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 12,009 | tag_editor.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 3,113 | tagdb.c | |
| - | rw-r--r-- | 553 | tagdb.h | |
| - | rw-r--r-- | 16,091 | tclIndex | |
| - | rw-r--r-- | 40,602 | template.c | |
| - | rw-r--r-- | 6,400 | template.h | |
| - | rw-r--r-- | 90,572 | template_display.c | |
| - | rw-r--r-- | 7,391 | template_display.h | |
| - | rw-r--r-- | 43,442 | template_display.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 278 | text-io-reg.c | |
| - | rw-r--r-- | 35,318 | tk-io-reg.c | |
| - | rw-r--r-- | 4,471 | tk-io-reg.h | |
| - | rw-r--r-- | 4,302 | tkAppInit.c | |
| - | rw-r--r-- | 10,159 | tkEdNames.c | |
| - | rw-r--r-- | 386 | tkEdNames.h | |
| - | rw-r--r-- | 48,685 | tkEdUtils.c | |
| - | rw-r--r-- | 58,495 | tkEditor.c | |
| - | rw-r--r-- | 922 | tkEditor.h | |
| - | rw-r--r-- | 17,210 | tman_cons.c | |
| - | rw-r--r-- | 8,382 | tman_diff.c | |
| - | rw-r--r-- | 427 | tman_diff.h | |
| - | rw-r--r-- | 8,801 | tman_display.c | |
| - | rw-r--r-- | 1,149 | tman_display.h | |
| - | rw-r--r-- | 43,439 | tman_interface.c | |
| - | rw-r--r-- | 3,042 | tman_interface.h | |
| - | rw-r--r-- | 29,320 | trace_display.tcl | |
| - | rw-r--r-- | 466 | unchecked.gif | |
| - | rw-r--r-- | 15,820 | undo.c | |
| - | rw-r--r-- | 3,124 | undo.h | |
| - | rw-r--r-- | 14,163 | vseqs.c | |
| - | rw-r--r-- | 5,605 | vseqs.h |
