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|
#
# Makefile for seq_utils routines
#
LIBS = seq_utils
PROGS = $(LIBS)
PROGLIBS= $(L)/$(SHLIB_PREFIX)$(LIBS)$(SHLIB_SUFFIX)
SRCROOT=$(SRC)/..
include $(SRCROOT)/global.mk
include ../system.mk
CFLAGS += $(SHLIB_CFLAGS) $(SEQ_UTILS_DLL)
INCLUDES_E += $(MISC_INC) $(TEXTUTILS_INC)
#
# Objects
#
OBJS = \
align.o \
align_lib_old.o \
align_ss.o \
align_ss2.o \
align_sv.o \
dna_utils.o \
genetic_code.o \
renz_utils.o \
sequence_formats.o \
scramble.o \
base_comp.o \
open_reading_frames.o\
edge.o\
search_utils.o\
align_lib.o\
read_matrix.o\
filter_words.o
#SU_LIBS = \
# $(TKUTILS_LIB) \
# $(MISC_LIB) \
# $(TK_LIB)
SU_LIBS = \
$(TEXTUTILS_LIB) \
$(MISC_LIB) \
$(MATH_LIB)
#
# Main dependency
#
$(LIBS) : $(L)/$(SHLIB_PREFIX)$(LIBS)$(SHLIB_SUFFIX)
@
$(L)/$(SHLIB_PREFIX)$(LIBS)$(SHLIB_SUFFIX): $(OBJS) $(DEF_FILE) $(L)/.dir
$(SHLIB_LD) $(SHLIB_LDFLAGS) $(SHLIB_OUTFLAG)$@ $(SHLIB_SONAME) $(OBJS) $(SU_LIBS)
$(L)/$(SHLIB_PREFIX)$(LIBS).def: $(OBJS)
$(MKDEFL) $@ $(OBJS)
DEPEND_OBJ = $(OBJS)
distsrc: distsrc_dirs
cp $(S)/*.[ch] $(S)/*.gbl $(S)/Makefile $(DIRNAME)
cp $(S)/align_lib_nuc_matrix $(S)/nuc_matrix $(DIRNAME)
S=$(SRCROOT)/seq_utils
install:
cp $(PROGLIBS) $(INSTALLLIB)
cp $(S)/align_lib_nuc_matrix $(S)/nuc_matrix $(INSTALLETC)
# DO NOT DELETE THIS LINE -- make depend depends on it.
align.o: $(PWD)/staden_config.h
align.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
align.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
align.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
align.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align.h
align.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h
align_lib.o: $(PWD)/staden_config.h
align_lib.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
align_lib.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
align_lib.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
align_lib.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib.h
align_lib.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
align_lib.o: $(SRCROOT)/seq_utils/read_matrix.h
align_lib_old.o: $(PWD)/staden_config.h
align_lib_old.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
align_lib_old.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
align_lib_old.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
align_lib_old.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align.h
align_lib_old.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h
align_ss.o: $(PWD)/staden_config.h
align_ss.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
align_ss.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
align_ss.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
align_ss.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align.h
align_ss.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h
align_ss2.o: $(PWD)/staden_config.h
align_ss2.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
align_ss2.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
align_ss2.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
align_ss2.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align.h
align_ss2.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h
align_sv.o: $(PWD)/staden_config.h
align_sv.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
align_sv.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
align_sv.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
align_sv.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align.h
align_sv.o: $(SRCROOT)/seq_utils/align_lib_old.h
align_sv.o: $(SRCROOT)/seq_utils/uascii.gbl
base_comp.o: $(PWD)/staden_config.h
base_comp.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
base_comp.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
base_comp.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
base_comp.o: $(SRCROOT)/seq_utils/base_comp.h
base_comp.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
base_comp.o: $(SRCROOT)/seq_utils/edge.h
dna_utils.o: $(PWD)/staden_config.h
dna_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/FtoC.h
dna_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
dna_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
dna_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
dna_utils.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
edge.o: $(PWD)/staden_config.h
edge.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
edge.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
edge.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
edge.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
filter_words.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
filter_words.o: $(SRCROOT)/seq_utils/filter_words.h
genetic_code.o: $(PWD)/staden_config.h
genetic_code.o: $(SRCROOT)/Misc/array_arith.h
genetic_code.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
genetic_code.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
genetic_code.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
genetic_code.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
genetic_code.o: $(SRCROOT)/seq_utils/genetic_code.h
genetic_code.o: $(SRCROOT)/text_utils/text_output.h
open_reading_frames.o: $(PWD)/staden_config.h
open_reading_frames.o: $(SRCROOT)/Misc/array_arith.h
open_reading_frames.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
open_reading_frames.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
open_reading_frames.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
open_reading_frames.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
open_reading_frames.o: $(SRCROOT)/seq_utils/genetic_code.h
open_reading_frames.o: $(SRCROOT)/text_utils/text_output.h
read_matrix.o: $(PWD)/staden_config.h
read_matrix.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
read_matrix.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
read_matrix.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
read_matrix.o: $(SRCROOT)/seq_utils/read_matrix.h
renz_utils.o: $(PWD)/staden_config.h
renz_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/getfile.h
renz_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
renz_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
renz_utils.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
renz_utils.o: $(SRCROOT)/seq_utils/dna_utils.h
renz_utils.o: $(SRCROOT)/seq_utils/renz_utils.h
scramble.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h
search_utils.o: $(SRCROOT)/seq_utils/search_utils.h
sequence_formats.o: $(PWD)/staden_config.h
sequence_formats.o: $(SRCROOT)/Misc/array.h
sequence_formats.o: $(SRCROOT)/Misc/getfile.h
sequence_formats.o: $(SRCROOT)/Misc/misc.h
sequence_formats.o: $(SRCROOT)/Misc/os.h
sequence_formats.o: $(SRCROOT)/Misc/xalloc.h
sequence_formats.o: $(SRCROOT)/Misc/xerror.h
sequence_formats.o: $(SRCROOT)/seq_utils/sequence_formats.h
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