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staden 2.0.0%2Bb11-7
  • links: PTS, VCS
  • area: main
  • in suites: forky, sid
  • size: 21,584 kB
  • sloc: ansic: 240,605; tcl: 65,360; cpp: 12,854; makefile: 11,203; sh: 3,023; fortran: 2,033; perl: 63; awk: 46

Folder: mutlib

d .. (parent)
- - rw-r--r-- 18,565 Makefile
- - rw-r--r-- 9,286 align.cpp
- - rw-r--r-- 2,803 align.hpp
- - rw-r--r-- 11,728 array.hpp
- - rw-r--r-- 2,978 basecall.cpp
- - rw-r--r-- 1,754 basecall.hpp
- - rw-r--r-- 2,655 caller.cpp
- - rw-r--r-- 1,104 caller.hpp
- - rw-r--r-- 3,791 caller_base.cpp
- - rw-r--r-- 1,980 caller_base.hpp
- - rw-r--r-- 1,370 caller_level.cpp
- - rw-r--r-- 1,448 caller_level.hpp
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- - rw-r--r-- 1,330 caller_snr.hpp
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- - rw-r--r-- 974 dnatable.hpp
- - rw-r--r-- 5,041 list.hpp
- - rw-r--r-- 1,531 listitem.hpp
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- - rw-r--r-- 2,888 mutationtag.cpp
- - rw-r--r-- 3,534 mutationtag.hpp
- - rw-r--r-- 4,078 mutationtag_utils.cpp
- - rw-r--r-- 895 mutationtag_utils.hpp
- - rw-r--r-- 7,761 mutlib.h
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- - rw-r--r-- 840 mutscan.hpp
- - rw-r--r-- 17,250 mutscan_analysis.cpp
- - rw-r--r-- 2,680 mutscan_analysis.hpp
- - rw-r--r-- 908 mutscan_helper.cpp
- - rw-r--r-- 1,800 mutscan_parameters.cpp
- - rw-r--r-- 1,006 mutscan_parameters.hpp
- - rw-r--r-- 6,832 mutscan_preprocess.cpp
- - rw-r--r-- 1,945 mutscan_preprocess.hpp
- - rw-r--r-- 2,652 mutscan_validate.cpp
- - rw-r--r-- 5,231 muttag.cpp
- - rw-r--r-- 5,126 muttag.hpp
- - rw-r--r-- 2,694 parameter.hpp
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- - rw-r--r-- 700 pathutil.h
- - rw-r--r-- 3,122 peakcall.cpp
- - rw-r--r-- 1,294 peakcall.hpp
- - rw-r--r-- 3,558 read_matrix.cpp
- - rw-r--r-- 857 read_matrix.h
- - rw-r--r-- 153,936 sp_align_lib.cpp
- - rw-r--r-- 9,120 sp_align_lib.h
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- - rw-r--r-- 2,463 sp_hash_lib.h
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- - rw-r--r-- 1,457 stringlist.hpp
- - rw-r--r-- 2,178 tagarray.cpp
- - rw-r--r-- 1,507 tagarray.hpp
- - rw-r--r-- 34,326 trace.cpp
- - rw-r--r-- 5,818 trace.hpp
- - rw-r--r-- 18,509 tracealign.cpp
- - rw-r--r-- 1,390 tracealign.hpp
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- - rw-r--r-- 990 tracealign_cache.hpp
- - rw-r--r-- 1,605 tracealign_helper.cpp
- - rw-r--r-- 4,255 tracealign_interpolate.cpp
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- - rw-r--r-- 1,740 tracealign_preprocess.hpp
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- - rw-r--r-- 10,578 tracediff.cpp
- - rw-r--r-- 2,217 tracediff.hpp
- - rw-r--r-- 1,064 tracediff_helper.cpp
- - rw-r--r-- 14,079 tracediff_mutations.cpp
- - rw-r--r-- 1,781 tracediff_parameters.cpp
- - rw-r--r-- 1,020 tracediff_parameters.hpp
- - rw-r--r-- 1,323 tracediff_validate.cpp
- - rw-r--r-- 2,678 validate.cpp
- - rw-r--r-- 777 validate.hpp