1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
|
@HD VN:1.0 SO:unsorted
@SQ SN:chr3 LN:999950
@SQ SN:chr4 LN:999950
@SQ SN:chr5 LN:999950
@PG ID:subread PN:subread VN:1.4.0b4
chr3_271603_272081_0:0:0_0:0:0_2 99 chr3 271603 199 3000M1000N7000M = 271982 479 CAGGGAAAAGCAGGTGGAAAAACAGAAATCGAACATAAAGATGGTAGACTCCAACCCAAACACTCTAACACCTACATTAAATACAAATGGTTAAATTAAA IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII SB:i:10 SC:i:10 SD:i:0 SN:i:0
chr3_271603_272081_0:0:0_0:0:0_2 147 chr3 271982 199 1000M500N9000M = 271603 -479 GAAGAACTGAAAACCAGGACTCCAAGAGACATTTGTACAACCATATCTTAGCAGCATTGTTCACCACAACCACCATGTCTTAGTGAAAGGTGACAACATG IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII SB:i:10 SC:i:10 SD:i:0 SN:i:0
chr3_827607_828091_0:0:0_0:0:0_3 83 chr3 827992 199 10000M = 827607 -485 CCCACAGAGCTGGGATCATAGGCGTGAGCCACCACACCCAGATGAAATATTTTTAAGTAAATTACAGGTATCATGACATCTCACCCCTGAGTACTTCAGC IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII SB:i:10 SC:i:10 SD:i:0 SN:i:1
chr3_827607_828091_0:0:0_0:0:0_3 163 chr3 827607 199 10000M = 827992 485 TGGGTCTGGAGGCTGGGTGGGGTTGGGGGACTCAGCGTCACGGTGACATCAGCCCTGCGGCCAGCAGCTCGGCTGACCCCGGGTCTGGAGGCCAGGATGG IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII SB:i:10 SC:i:10 SD:i:0 SN:i:1
chr3_720214_720690_0:0:0_0:0:0_4 99 chr3 720214 199 10000M = 720591 477 CTGGCCACAGGCACTGGAGCCACGAAAGCAACAGCCCTGGGCAGCCCAGCACCATCCTGGGTTCCCTGCTGCCGGCGCCAGCCCCACGTACCCCCGACCA IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII SB:i:10 SC:i:10 SD:i:0 SN:i:2
chr3_720214_720690_0:0:0_0:0:0_4 147 chr3 720591 199 10000M = 720214 -477 CAGCCATGCCCCTGCCACACACACAGAAGACTCCCCACATCAGAGGGGAGGTCAGAGGTCTCAAAGGTCAGGTTAGAGCTGGGTCAATCCGTTTCCATGG IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII SB:i:10 SC:i:10 SD:i:0 SN:i:2
chr3_447928_448462_0:0:0_0:0:0_5 99 chr3 447928 199 1000M2000N9000M = 448363 535 GACAGTGAGGCCACCTGGATATCTAGGGTCCCACAGTAGACAGGGATGGGGTGGTCCTGGGGGACAGGGACACCTGCCTTCCACACAACCGCACTGGGGC IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII SB:i:10 SC:i:10 SD:i:0 SN:i:3
chr3_447928_448462_0:0:0_0:0:0_5 147 chr3 448363 199 10000M = 447928 -535 CACCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCGTGTTAGGCAGGATGGTCTCAAACTCCTGACCTTGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCA IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII SB:i:10 SC:i:9 SD:i:0 SN:i:3
chr3_260025_260490_0:0:0_0:0:0_6 83 chr3 260391 199 10000M = 260025 -466 CATTTCTTTCCTTATGTATAAACAGTTGCTAAAAAGACTTTTCTTTCCATGTGGAATTACGTTGACATCTTCATTGAAAATCAATGGACTATAGAGGTGG IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII SB:i:10 SC:i:10 SD:i:0 SN:i:4
chr3_260025_260490_0:0:0_0:0:0_6 163 chr3 260025 199 10000M = 260391 466 TATTTTTAGTAGAGACGGGGTTGCACCATGTTGGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACTTTGTGATCCGCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTA IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII SB:i:10 SC:i:10 SD:i:0 SN:i:4
chr3_665069_665608_0:0:0_0:0:0_7 99 chr3 665069 199 10000M = 665509 540 AGTTTTGCCTTGTAGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCAATCTCTGGTCACTGCAACCTCCGCCTGCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTTCCTCAGCCTTCC IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII SB:i:10 SC:i:10 SD:i:0 SN:i:5
chr3_665069_665608_0:0:0_0:0:0_7 147 chr3 665509 199 4000M400N6000M = 665069 -540 GGCTAAGTTTTTGTATTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTACCAAGGCTGGTTGCAAACTCCTGAGCTCAGGCGATCCACCCGCCTCAGCCTCCCA IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII SB:i:10 SC:i:10 SD:i:0 SN:i:5
chr3_107489_107962_0:0:0_0:0:0_8 83 chr3 107863 199 10000M = 107489 -474 ACGGCTTCCTGCCCCCCGCGCAGGCGGAGATGTTCGCCTGGCAGCAGGAGCTCCTGCGGAAGCAGAACCTGGCCCGGTAGGTGCGGGGAGGCGGGCGGGG IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII SB:i:10 SC:i:10 SD:i:0 SN:i:6
chr3_107489_107962_0:0:0_0:0:0_8 163 chr3 107489 199 10000M = 107863 474 GGGGCCGGCAATTAGCGGAGGCGGCGGGGGAGGGGCGCCGGGGCCTTTACGGGAACGGGGGCGGGGGGGACGCCGCTCATTGCGCTGCCGTCCACAGGGA IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII SB:i:10 SC:i:10 SD:i:0 SN:i:6
chr3_552773_553208_0:0:0_0:0:0_9 83 chr3 553109 199 10000M = 552773 -436 CAAGACACACAAGCTCCAGGTTTAGAGAAACAAGAAACCACCTCAGGGTGAGAATGATTACCCCGAGGGACAGCCCCACCCCGGTATCGGCCTCCTGGGT IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII SB:i:10 SC:i:10 SD:i:0 SN:i:7
chr3_552773_553208_0:0:0_0:0:0_9 163 chr3 552773 199 8000M100N2000M = 553109 436 TGTAGTAATGACTTTTCTTCTTGTATTTTCCCGGATTATCCGCCCGCTCCCGTGACCTGCTTCGAGAACGGGAAGAACTCCGGCTCCGAGACTTGTGTGG IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII SB:i:10 SC:i:10 SD:i:0 SN:i:7
chr3_692297_692829_0:0:0_0:0:0_a 83 chr3 692730 199 10000M = 692297 -533 GGTCCTTCCCAGAGAGGCAAGGCTGGGGCCCTGCTGAGCCTCCAGTGAACCCGGGCCCCTGAGGTCCTGCTCCTGGCACGTGTGGGCGACTTCTCGACAT IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII SB:i:10 SC:i:10 SD:i:0 SN:i:8
chr3_692297_692829_0:0:0_0:0:0_a 163 chr3 692297 199 10000M = 692730 533 ATCGTGTGAGGCTCTGCTGGGTCTCCCTTGGAGGGTGTGTGTGCCCTGGGGTGGGAGATGGAGACAAGTTTGCTCCCACGGGAAGTTGGACACCAGCAGG IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII SB:i:10 SC:i:10 SD:i:0 SN:i:8
chr3_888926_889477_0:0:0_0:0:0_b 99 chr3 888926 199 3M1000N4000M5D5000M3000N7M = 889378 552 CAAGAATCATAGACAGCTACTACCACGGCTGCTTCGTTTGGACAAAAATAACCAGGAGGCATCCACGGGATTAGTTACACGGTATCAACTTACCACCACA IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII SB:i:10 SC:i:10 SD:i:0 SN:i:9
chr3_888926_889477_0:0:0_0:0:0_b 147 chr3 889378 199 10000M = 888926 -552 AAAAAGGACTGCCAGGCGGAACAGTTTCCAACCGAGTTTTCGTTGAGTGAGGATCCAGCAGCCATCAAACTCAAACATAGGGGCCCGCAGGGAAACTGGA IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII SB:i:10 SC:i:10 SD:i:0 SN:i:9
chr3_246890_247339_0:0:0_0:0:0_c 99 chr3 246890 199 10000M = 247240 450 CACCCCCACACTGCTGCCCCCCCAGATGGCCATGGCAGCCCTCCCGGGGCCCGTGTCTGCAGCCCCCACGCAGCCCGGCCGGCCGATGGAAACGCACACC IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII SB:i:10 SC:i:10 SD:i:0 SN:i:10
chr3_246890_247339_0:0:0_0:0:0_c 147 chr3 247240 199 9000M3000N1000M = 246890 -450 CATCCTACGGGAGAGAGCAGCTCGGAACGCAGCTTGAGTAATGCCGACTTTATATCAGCACACCCAGTGCCCCCACGTTCCCGCTGGCCCAGGTCCCGGA IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII SB:i:10 SC:i:10 SD:i:0 SN:i:10
chr3_843867_844485_0:0:0_0:0:0_d 81 chr3 844386 199 10000M = 843867 -619 GACCAATCTGGCCAACAAGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATATAAAAATTAGCCAGGTGTGGTTGTGGGCACCTGTAATCCCACCTACTCAAGAGGT IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII SB:i:10 SC:i:10 SD:i:0 SN:i:11
chr3_843867_844485_0:0:0_0:0:0_d 161 chr3 843867 199 10000M = 844386 619 GCAAACACCAAAAGAATGCCAACCTACGTGCCTGTCAACAGTAGAAACAAACACCTTATTGATGGAGCTGAAGCTACGATGGAAATGAGGGGCTCAGTCC IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII SB:i:10 SC:i:10 SD:i:0 SN:i:11
chr3_614905_615430_0:0:0_0:0:0_e 99 chr3 614905 199 2000M1000N4000M2000N4000M = 615331 526 CTTCTACAGGCTTATTTTTCTAGTTCTTTCTTTTGTAATTTGTGGTTAATATCTGGCCAACTGTTAGTGACAAATTCCTTGCCCAAGAGGATCCTCGACA IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII SB:i:10 SC:i:10 SD:i:0 SN:i:12
chr3_614905_615430_0:0:0_0:0:0_e 147 chr3 615331 199 10000M = 614905 -526 TTCCCCACTAGGAACAAAATGTAACTGAGGACGTTGTCAGATGCTTGTCCTCGTCACCCTGAGCTTGTTGGCTGCTATCTAATTCTTATTCTTTCATTTT IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII SB:i:10 SC:i:10 SD:i:0 SN:i:12
chr3_133529_134066_0:0:0_0:0:0_f 99 chr3 133529 199 10000M = 133967 538 TGAGCTGCGCTGCAGGGCCAGCTGTGTGGCCCTTCCTGGTCTGTGGCCTATTTTTCATGGGTGCCAACCCGGCATCAGTTCCCACGCTGGGTGTGGGTAC IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII SB:i:10 SC:i:10 SD:i:0 SN:i:13
chr3_133529_134066_0:0:0_0:0:0_f 147 chr3 133967 199 4000M4D6000M = 133529 -538 ATCCCAGGCCCTGTCTTAGGCTCTGGGGACACAGCAGTGAACGGAATAGACAACCCCTGTTCTGCTAGTGCTCCCATTCCCACGGCAGAGACACACGACG IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII SB:i:10 SC:i:10 SD:i:0 SN:i:13
chr3_604517_605016_0:0:0_0:0:0_10 99 chr3 604517 199 10000M = 604917 500 TGCACCACCCACAGACGCGATGCGGCCGCAGCAGCTCCATGCCACGGAGATCACGTCCAGCGGCTTCCGCCTGGCCTGGCCACCCCTGCTGACCGCAGAC IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII SB:i:10 SC:i:10 SD:i:0 SN:i:14
chr3_604517_605016_0:0:0_0:0:0_10 147 chr3 604917 199 10000M = 604517 -500 ATCTCCCACGCCCGGCCGCGCAGCCTCCGCGTGAGTTGGGCCCCAGCGCTGGGCTCAGCCGCGGCGCTCGGCTACCACGTGCAGTTCGGGCCGCTGCGGG IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII SB:i:10 SC:i:10 SD:i:0 SN:i:14
chr3_918655_919138_0:0:0_0:0:0_11 83 chr3 919039 199 10000M = 918655 -484 CATCACACGCAGGCTCAGGCCCACAACCCCCACCCGGGCACCACGCTGACCCAAGTGCACGCACCACAGCCCTTCCCAGCCCCCGGCCACTTGCCTGCCT IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII SB:i:10 SC:i:10 SD:i:0 SN:i:15
chr3_918655_919138_0:0:0_0:0:0_11 163 chr3 918655 199 10000M = 919039 484 GCACCCCAGGCCCCCTTCCCCCCTGCCCCGCGTGCCTCCATGAGGTGCGTGCAGAGCTCCTTGAACGGCTGCAGTAGGCTGGCATCTCTCATCTTCTTGA IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII SB:i:10 SC:i:10 SD:i:0 SN:i:15
chr3_267776_268278_0:0:0_0:0:0_12 99 chr3 267776 199 10000M = 268179 503 TCCCAGAGGCTCTGTTCATGGTTTTGTTTTATTTTCCTCCAATCACTTCCACCCTTTTTTTTTTTTCCAGCTTGGATGATTTCTATTCCTCTGTCTTTGA IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII SB:i:10 SC:i:10 SD:i:0 SN:i:16
chr3_267776_268278_0:0:0_0:0:0_12 147 chr3 268179 199 10000M = 267776 -503 CAGAAGTTGCAGTGAGACGAGATCGTGCCACTGAACTCCAGCCTGGGTGACAGAGTAGAACTGTCTCAAAAATAAATAAATAAAATAAAATTTCAGATCT IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII SB:i:10 SC:i:10 SD:i:0 SN:i:16
chr3_729587_730090_0:0:0_0:0:0_13 83 chr3 729991 199 10000M = 729587 -504 TGAACCCCACACCGTGTCTGTGCGCCTCACCACGCCTACTGCCATGGGTGGCACTGGAACTAACCCGTGGACGATCCGACGTGCACCAGGAATAGAAACC IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII SB:i:10 SC:i:10 SD:i:0 SN:i:17
|
