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########################## Trinity PBS job submission with multi part dependencies ########################################
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### Author: Josh Bowden, Alexie Papanicolaou, CSIRO
### Version 1.0
### Chrysalis P3 script (only run if Chrysalis P3 has not completed)
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if [[ $MEM_P3 =~ ^([0-9]+) ]]; then
let MEM_BASE="${BASH_REMATCH[1]}"
let ALIGN_MEM=$MEM_BASE-5
if [ $ALIGN_MEM -le 0 ];then
let ALIGN_MEM=$MEM_BASE-2
if [ $ALIGN_MEM -le 0 ];then
echo "Memory requested for MEM_P3 is too low. Ask for at least 5 gigabytes"
exit 1
fi
fi
ALIGN_MEM="$ALIGN_MEM"G
else
echo No memory given: "$MEM_P3"
exit 1
fi
JOBSTRING3=""$HASHBANG"
"$NODESCPUS"
cd "$OUTPUTDIR"
ulimit -s unlimited
export OMP_NUM_THREADS="$NCPU_P3"
export KMP_AFFINITY=scatter
# this runs Chrysalis::ReadsToTranscripts if it has not completed in the previous step
"$STANDARD_JOB_DETAILS" --JM "$ALIGN_MEM" --CPU "$NCPU_P3" --no_run_quantifygraph
"
# Write the JOBSTRING3 to a file for later execution
echo "${JOBSTRING3}" | cat -> ""$JOBNAME3".sh"
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