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#!/bin/bash -ve
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## Run Trinity to Generate Transcriptome Assemblies ##
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CPU=$(nproc || sysctl -n hw.physicalcpu)
## use jellyfish
../../Trinity \
--seqType fq \
--max_memory 2G \
--left reads.left.fq.gz \
--right reads.right.fq.gz \
--SS_lib_type RF \
--CPU ${CPU} \
--no_cleanup \
--use_bowtie2 \
--output test_trinity_bowtie2
##### Done Running Trinity #####
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