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#!/bin/bash -ve
if [ -e reads.right.fq.gz ] && [ ! -e reads.right.fq ]; then
gunzip -c reads.right.fq.gz > reads.right.fq
fi
if [ -e reads.left.fq.gz ] && [ ! -e reads.left.fq ]; then
gunzip -c reads.left.fq.gz > reads.left.fq
fi
CPU=$(nproc || sysctl -n hw.physicalcpu)
#######################################################
## Run Trinity to Generate Transcriptome Assemblies ##
#######################################################
## use jellyfish
../../Trinity.pl --seqType fq --JM 2G --left reads.left.fq --right reads.right.fq --SS_lib_type RF --CPU ${CPU} --CuffFly
##### Done Running Trinity #####
if [ ! $* ]; then
exit 0
fi
sleep 2
###########################################
# use RSEM to estimate read abundance ####
###########################################
sleep 2
../../util/RSEM_util/run_RSEM_align_n_estimate.pl --transcripts trinity_out_dir/Trinity.fasta --seqType fq --left reads.left.fq --right reads.right.fq --SS_lib_type RF
###### Done running RSEM ########
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