1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
|
#!/bin/bash -ve
PROG=`dirname $0`/../PtR
if [ -e MLF_ESC_NPC.cuff.genes.fpkm.matrix.gz ] && [ ! -e MLF_ESC_NPC.cuff.genes.fpkm.matrix ]; then
gunzip -c MLF_ESC_NPC.cuff.genes.fpkm.matrix.gz > MLF_ESC_NPC.cuff.genes.fpkm.matrix
fi
# assessing read counts and genes mapped
$PROG --matrix MLF_ESC_NPC.cuff.genes.fpkm.matrix --samples samples.txt --boxplot_log2_dist 1 --output boxplots
# compare replicates
$PROG --matrix MLF_ESC_NPC.cuff.genes.fpkm.matrix --samples samples.txt --compare_replicates --log2 --output rep_compare
# correlation of expression across all samples
$PROG --matrix MLF_ESC_NPC.cuff.genes.fpkm.matrix --samples samples.txt --log2 --sample_cor_matrix --output sample_cor
# PCA analysis
$PROG --matrix MLF_ESC_NPC.cuff.genes.fpkm.matrix --samples samples.txt --log2 --prin_comp 4 --output prin_comp
# Most variably expressed genes
$PROG --matrix MLF_ESC_NPC.cuff.genes.fpkm.matrix --samples samples.txt --log2 --top_variable_genes 1000 --var_gene_method anova --heatmap --center_rows --output anovaTop1k
# combine analyses
$PROG --matrix MLF_ESC_NPC.cuff.genes.fpkm.matrix --samples samples.txt --log2 \
--top_variable_genes 1000 --var_gene_method anova --output anovaTop1k --heatmap --prin_comp 3 --add_prin_comp_heatmaps 30 \
--center_rows --output top1kvarPC3Gene30
|
