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#!/bin/bash -ve
if [ -e top100k.Left.fq.gz ] && ! [ -e top100k.Left.fq ]
then
gunzip -c top100k.Left.fq.gz > top100k.Left.fq
fi
if [ -e top100k.Right.fq.gz ] && ! [ -e top100k.Right.fq ]
then
gunzip -c top100k.Right.fq.gz > top100k.Right.fq
fi
if [ -e top100k.genome.gz ] && ! [ -e top100k.genome ]
then
gunzip -c top100k.genome.gz > top100k.genome
fi
../../Trinity --genome_guided_max_intron 1000 --genome_guided_bam SP2.chr.bam --max_memory 2G --output test_GG_use_bam_trinity_outdir
|
