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#!/bin/bash -ve
## Error: ./__test_runMe.singleFQ.sh: line 44: ../../util/RSEM_util/summarize_RSEM_fpkm.pl: No such file or directory
#######################################################
## Run Trinity to Generate Transcriptome Assemblies ##
#######################################################
../../Trinity.pl --seqType fq --single reads.left.fq.gz --JM 1G --CPU 4 --output trinity_single_outdir
sleep 2
######################################################
## align reads back to the transcripts using Bowtie ##
######################################################
sleep 2
../../util/alignReads.pl --single reads.left.fq --target trinity_single_outdir/Trinity.fasta --aligner bowtie --seqType fq -o bowtie_single_outdir
##### Done aligning reads #######
sleep 2
###########################################
# use RSEM to estimate read abundance ####
###########################################
sleep 2
../../util/RSEM_util/run_RSEM.pl --transcripts trinity_single_outdir/Trinity.fasta --name_sorted_bam bowtie_single_outdir/bowtie_single_outdir.nameSorted.bam
###### Done running RSEM ########
sleep 2
############################
# compute FPKM values ####
############################
sleep 2
../../util/RSEM_util/summarize_RSEM_fpkm.pl --transcripts trinity_single_outdir/Trinity.fasta --RSEM RSEM.isoforms.results --fragment_length 76 --group_by_component | tee Trinity.RSEM.fpkm
#############################
#### Done. ###############
#############################
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