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########################## Trinity PBS job submission with multi part dependencies ########################################
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### Author: Josh Bowden, Alexie Papanicolaou, CSIRO
### Version 1.0
### Inchworm P1 script
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if [[ $MEM_P1 =~ ^([0-9]+) ]]; then
let MEM_BASE="${BASH_REMATCH[1]}"
JM_MEM="$MEM_BASE"G
else
echo No memory given for kmer counter: "$MEM_P1"
exit 1
fi
JOBSTRING1=""$HASHBANG"
"$NODESCPUS"
cd "$OUTPUTDIR"
export OMP_NUM_THREADS="$NCPU_P1"
export KMP_AFFINITY=compact
# this runs Inchworm only
"$STANDARD_JOB_DETAILS" --JM "$JM_MEM" --CPU "$NCPU_P1" --no_run_chrysalis
"
# Write the JOBSTRING1 to a file for later execution
echo "${JOBSTRING1}" | cat -> ""$JOBNAME1".sh"
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