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########################## Trinity PBS job submission with multi part dependencies ########################################
########################## ########################################
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### Author: Josh Bowden, Alexie Papanicolaou, CSIRO
### Version 1.0
### QuantifyGraph p4b Script
##################################################################################################################################
JOBSTRING4b=""$HASHBANG"
"$NODESCPUS"
if [[ ! \$JOB_INDEX_PADDED ]];then
echo \"Error: not a proper submission\"
exit 255
fi
echo \"Processing quantifyGraph_commands index \$JOB_INDEX_PADDED \"
cd "$OUTPUTDIR"
export OMP_NUM_THREADS=1
COREFILENAME=""$OUTPUTDIR"/chrysalis/quantifyGraph_commands.pbs"
MYJOBQ=\$COREFILENAME.\$JOB_INDEX_PADDED
JOB_FILESIZE=\$(stat -c%s \"$MYJOBQ\")
if [ -s \"\$MYJOBQ.completed\" ] ; then
JOB_COMPLETED_FILESIZE=\$(stat -c%s \"\$MYJOBQ.completed\")
if [ \"\$JOB_FILESIZE\" != \"\$JOB_COMPLETED_FILESIZE\" ] ; then
trap \" echo \\\"Please check \$MYJOBQ Chrysalis QuantifyGraph processes had enough walltime.\\\"; exit 255 \" INT TERM
"$TRINITYPATH"/trinity-plugins/parafly/bin/ParaFly -CPU "$NCPU_P4" -v -failed_cmds \$MYJOBQ.failed -c \$MYJOBQ
trap - INT TERM EXIT
fi
else
trap \" echo \\\"Please check \$MYJOBQ Chrysalis QuantifyGraph processes had enough walltime.\\\"; exit 255 \" INT TERM
"$TRINITYPATH"/trinity-plugins/parafly/bin/ParaFly -CPU "$NCPU_P4" -v -failed_cmds \$MYJOBQ.failed -c \$MYJOBQ
trap - INT TERM EXIT
fi
sleep 30 # IO friendship for following butterfly job - sometimes butterfly fails to find output if io is overwhelmed
exit
"
# Write the above script to a file for later execution
echo "${JOBSTRING4b}" | cat -> "$JOBPREFIX"_p4b.sh
|
