package info (click to toggle)
vg 1.30.0%2Bds-1
  • links: PTS, VCS
  • area: main
  • in suites: bullseye
  • size: 267,848 kB
  • sloc: cpp: 446,974; ansic: 116,148; python: 22,805; cs: 17,888; javascript: 11,031; sh: 5,866; makefile: 4,039; java: 1,415; perl: 1,303; xml: 442; lisp: 242

Folder: src

d .. (parent)
d d rwxr-xr-x 4,096 algorithms
d d rwxr-xr-x 4,096 io
d d rwxr-xr-x 4,096 subcommand
d d rwxr-xr-x 4,096 unittest
- - rw-r--r-- 106,971 aligner.cpp
- - rw-r--r-- 30,311 aligner.hpp
- - rw-r--r-- 87,887 alignment.cpp
- - rw-r--r-- 16,305 alignment.hpp
- - rw-r--r-- 10,520 annotation.hpp
- - rw-r--r-- 56,104 augment.cpp
- - rw-r--r-- 10,166 augment.hpp
- - rw-r--r-- 120,256 banded_global_aligner.cpp
- - rw-r--r-- 16,275 banded_global_aligner.hpp
- - rw-r--r-- 6,478 benchmark.cpp
- - rw-r--r-- 1,979 benchmark.hpp
- - rw-r--r-- 1,529 build_index.cpp
- - rw-r--r-- 721 build_index.hpp
- - rw-r--r-- 44,513 cactus.cpp
- - rw-r--r-- 1,455 cactus.hpp
- - rw-r--r-- 17,607 cactus_snarl_finder.cpp
- - rw-r--r-- 2,528 cactus_snarl_finder.hpp
- - rw-r--r-- 16,942 chunker.cpp
- - rw-r--r-- 2,367 chunker.hpp
- - rw-r--r-- 187,495 cluster.cpp
- - rw-r--r-- 36,034 cluster.hpp
- - rw-r--r-- 1,027 colors.hpp
- - rw-r--r-- 112,522 constructor.cpp
- - rw-r--r-- 13,498 constructor.hpp
- - rw-r--r-- 513 convert.hpp
- - rw-r--r-- 8,339 crash.cpp
- - rw-r--r-- 600 crash.hpp
- - rw-r--r-- 16,435 dagified_graph.cpp
- - rw-r--r-- 6,072 dagified_graph.hpp
- - rw-r--r-- 21,122 deconstructor.cpp
- - rw-r--r-- 3,496 deconstructor.hpp
- - rw-r--r-- 9,265 deletion_aligner.cpp
- - rw-r--r-- 2,533 deletion_aligner.hpp
- - rw-r--r-- 3,084 dinucleotide_machine.cpp
- - rw-r--r-- 1,415 dinucleotide_machine.hpp
- - rw-r--r-- 34,534 dozeu_interface.cpp
- - rw-r--r-- 15,494 dozeu_interface.hpp
- - rw-r--r-- 7,859 dozeu_pinning_overlay.cpp
- - rw-r--r-- 4,770 dozeu_pinning_overlay.hpp
- - rw-r--r-- 2,738 endianness.hpp
- - rw-r--r-- 482 entropy.cpp
- - rw-r--r-- 296 entropy.hpp
- - rw-r--r-- 7,509 extra_node_graph.cpp
- - rw-r--r-- 4,895 extra_node_graph.hpp
- - rw-r--r-- 5,671 feature_set.cpp
- - rw-r--r-- 2,793 feature_set.hpp
- - rw-r--r-- 33,698 filter.cpp
- - rw-r--r-- 5,639 filter.hpp
- - rw-r--r-- 34,056 flow_sort.cpp
- - rw-r--r-- 4,600 flow_sort.hpp
- - rw-r--r-- 16,227 funnel.cpp
- - rw-r--r-- 10,735 funnel.hpp
- - rw-r--r-- 38,595 gapless_extender.cpp
- - rw-r--r-- 8,800 gapless_extender.hpp
- - rw-r--r-- 10,561 gbwt_helper.cpp
- - rw-r--r-- 5,457 gbwt_helper.hpp
- - rw-r--r-- 39,868 genome_state.cpp
- - rw-r--r-- 13,792 genome_state.hpp
- - rw-r--r-- 26,576 genotypekit.cpp
- - rw-r--r-- 15,568 genotypekit.hpp
- - rw-r--r-- 105,224 genotyper.cpp
- - rw-r--r-- 17,939 genotyper.hpp
- - rw-r--r-- 3,381 gfa.cpp
- - rw-r--r-- 527 gfa.hpp
- - rw-r--r-- 3,350 gff_reader.cpp
- - rw-r--r-- 1,315 gff_reader.hpp
- - rw-r--r-- 4,399 graph.cpp
- - rw-r--r-- 1,405 graph.hpp
- - rw-r--r-- 61,118 graph_caller.cpp
- - rw-r--r-- 13,983 graph_caller.hpp
- - rw-r--r-- 15,926 graph_synchronizer.cpp
- - rw-r--r-- 8,425 graph_synchronizer.hpp
- - rw-r--r-- 3,329 handle.hpp
- - rw-r--r-- 8,984 haplotype_extracter.cpp
- - rw-r--r-- 3,069 haplotype_extracter.hpp
- - rw-r--r-- 21,285 haplotype_indexer.cpp
- - rw-r--r-- 5,095 haplotype_indexer.hpp
- - rw-r--r-- 26,954 haplotypes.cpp
- - rw-r--r-- 23,754 haplotypes.hpp
- - rw-r--r-- 6,088 hash_map.hpp
- - rw-r--r-- 6,839 homogenizer.cpp
- - rw-r--r-- 1,773 homogenizer.hpp
- - rw-r--r-- 32,862 hts_alignment_emitter.cpp
- - rw-r--r-- 11,491 hts_alignment_emitter.hpp
- - rw-r--r-- 2,014 identity_overlay.cpp
- - rw-r--r-- 3,706 identity_overlay.hpp
- - rw-r--r-- 8,744 incremental_subgraph.cpp
- - rw-r--r-- 6,770 incremental_subgraph.hpp
- - rw-r--r-- 16,266 index_manager.cpp
- - rw-r--r-- 7,799 index_manager.hpp
- - rw-r--r-- 50,157 index_registry.cpp
- - rw-r--r-- 7,911 index_registry.hpp
- - rw-r--r-- 18,993 indexed_vg.cpp
- - rw-r--r-- 8,547 indexed_vg.hpp
- - rw-r--r-- 94,456 integrated_snarl_finder.cpp
- - rw-r--r-- 3,823 integrated_snarl_finder.hpp
- - rw-r--r-- 15,606 kmer.cpp
- - rw-r--r-- 2,480 kmer.hpp
- - rw-r--r-- 3,050 main.cpp
- - rw-r--r-- 234,651 mapper.cpp
- - rw-r--r-- 34,157 mapper.hpp
- - rw-r--r-- 19,558 mcmc_caller.cpp
- - rw-r--r-- 3,180 mcmc_caller.hpp
- - rw-r--r-- 11,995 mcmc_genotyper.cpp
- - rw-r--r-- 2,213 mcmc_genotyper.hpp
- - rw-r--r-- 6,265 mem.cpp
- - rw-r--r-- 3,633 mem.hpp
- - rw-r--r-- 8,245 memoizing_graph.cpp
- - rw-r--r-- 10,741 memoizing_graph.hpp
- - rw-r--r-- 1,914 memusage.cpp
- - rw-r--r-- 690 memusage.hpp
- - rw-r--r-- 126,208 min_distance.cpp
- - rw-r--r-- 25,892 min_distance.hpp
- - rw-r--r-- 181,460 minimizer_mapper.cpp
- - rw-r--r-- 32,880 minimizer_mapper.hpp
- - rw-r--r-- 14,979 msa_converter.cpp
- - rw-r--r-- 781 msa_converter.hpp
- - rw-r--r-- 195,337 multipath_alignment.cpp
- - rw-r--r-- 24,227 multipath_alignment.hpp
- - rw-r--r-- 15,449 multipath_alignment_emitter.cpp
- - rw-r--r-- 4,865 multipath_alignment_emitter.hpp
- - rw-r--r-- 274,382 multipath_alignment_graph.cpp
- - rw-r--r-- 20,543 multipath_alignment_graph.hpp
- - rw-r--r-- 319,321 multipath_mapper.cpp
- - rw-r--r-- 42,167 multipath_mapper.hpp
- - rw-r--r-- 906 name_mapper.cpp
- - rw-r--r-- 1,421 name_mapper.hpp
- - rw-r--r-- 13,316 nested_traversal_finder.cpp
- - rw-r--r-- 3,195 nested_traversal_finder.hpp
- - rw-r--r-- 4,437 nodeside.hpp
- - rw-r--r-- 3,430 nodetraversal.hpp
- - rw-r--r-- 2,541 null_masking_graph.cpp
- - rw-r--r-- 3,456 null_masking_graph.hpp
- - rw-r--r-- 9,787 option.cpp
- - rw-r--r-- 15,172 option.hpp
- - rw-r--r-- 38,311 packer.cpp
- - rw-r--r-- 8,769 packer.hpp
- - rw-r--r-- 97,213 path.cpp
- - rw-r--r-- 25,308 path.hpp
- - rw-r--r-- 3,963 path_component_index.cpp
- - rw-r--r-- 1,390 path_component_index.hpp
- - rw-r--r-- 23,795 path_index.cpp
- - rw-r--r-- 6,236 path_index.hpp
- - rw-r--r-- 11,349 path_subgraph.cpp
- - rw-r--r-- 4,535 path_subgraph.hpp
- - rw-r--r-- 26,758 phase_unfolder.cpp
- - rw-r--r-- 7,070 phase_unfolder.hpp
- - rw-r--r-- 34,814 phased_genome.cpp
- - rw-r--r-- 24,598 phased_genome.hpp
- - rw-r--r-- 4,145 pictographs.hpp
- - rw-r--r-- 2,512 position.cpp
- - rw-r--r-- 3,041 position.hpp
- - rw-r--r-- 104 preflight.cpp
- - rw-r--r-- 889 preflight.hpp
- - rw-r--r-- 2,733 progressive.cpp
- - rw-r--r-- 2,660 progressive.hpp
- - rw-r--r-- 4,530 qual_adj_xdrop_aligner.cpp
- - rw-r--r-- 7,386 rare_variant_simplifier.cpp
- - rw-r--r-- 1,258 rare_variant_simplifier.hpp
- - rw-r--r-- 1,762 readfilter.cpp
- - rw-r--r-- 47,203 readfilter.hpp
- - rw-r--r-- 2,165 region.cpp
- - rw-r--r-- 1,185 region.hpp
- - rw-r--r-- 7,481 region_expander.cpp
- - rw-r--r-- 622 region_expander.hpp
- - rw-r--r-- 2,569 reverse_graph.cpp
- - rw-r--r-- 4,391 reverse_graph.hpp
- - rw-r--r-- 73,851 sampler.cpp
- - rw-r--r-- 15,453 sampler.hpp
- - rw-r--r-- 4,355 scanner.cpp
- - rw-r--r-- 4,116 scanner.hpp
- - rw-r--r-- 131,407 seed_clusterer.cpp
- - rw-r--r-- 14,215 seed_clusterer.hpp
- - rw-r--r-- 3,045 sequence_complexity.hpp
- - rw-r--r-- 4,853 small_bitset.hpp
- - rw-r--r-- 35,547 small_snarl_simplifier.cpp
- - rw-r--r-- 2,381 small_snarl_simplifier.hpp
- - rw-r--r-- 43,398 snarl_caller.cpp
- - rw-r--r-- 12,608 snarl_caller.hpp
- - rw-r--r-- 92,409 snarls.cpp
- - rw-r--r-- 41,613 snarls.hpp
- - rw-r--r-- 11,383 source_sink_overlay.cpp
- - rw-r--r-- 6,252 source_sink_overlay.hpp
- - rw-r--r-- 70,146 splicing.cpp
- - rw-r--r-- 10,498 splicing.hpp
- - rw-r--r-- 3,070 split_strand_graph.cpp
- - rw-r--r-- 3,926 split_strand_graph.hpp
- - rw-r--r-- 3,977 srpe.cpp
- - rw-r--r-- 6,316 srpe.hpp
- - rw-r--r-- 4,631 ssw_aligner.cpp
- - rw-r--r-- 957 ssw_aligner.hpp
- - rw-r--r-- 24,568 statistics.cpp
- - rw-r--r-- 40,265 statistics.hpp
- - rw-r--r-- 24,311 stream_index.cpp
- - rw-r--r-- 39,748 stream_index.hpp
- - rw-r--r-- 212 stream_sorter.cpp
- - rw-r--r-- 20,778 stream_sorter.hpp
- - rw-r--r-- 3,459 subgraph.cpp
- - rw-r--r-- 4,730 subgraph.hpp
- - rw-r--r-- 7,183 subgraph_overlay.cpp
- - rw-r--r-- 9,115 subgraph_overlay.hpp
- - rw-r--r-- 2,874 surjecting_alignment_emitter.cpp
- - rw-r--r-- 2,913 surjecting_alignment_emitter.hpp
- - rw-r--r-- 129,016 surjector.cpp
- - rw-r--r-- 11,535 surjector.hpp
- - rw-r--r-- 525 swap_remove.hpp
- - rw-r--r-- 70,839 transcriptome.cpp
- - rw-r--r-- 12,048 transcriptome.hpp
- - rw-r--r-- 5,803 translator.cpp
- - rw-r--r-- 1,515 translator.hpp
- - rw-r--r-- 150,425 traversal_finder.cpp
- - rw-r--r-- 26,599 traversal_finder.hpp
- - rw-r--r-- 26,039 traversal_support.cpp
- - rw-r--r-- 7,590 traversal_support.hpp
- - rw-r--r-- 6,288 tree_subgraph.cpp
- - rw-r--r-- 5,764 tree_subgraph.hpp
- - rw-r--r-- 2,912 types.hpp
- - rw-r--r-- 22,427 utility.cpp
- - rw-r--r-- 18,396 utility.hpp
- - rw-r--r-- 49,816 variant_adder.cpp
- - rw-r--r-- 8,057 variant_adder.hpp
- - rw-r--r-- 18,708 variant_recall.cpp
- - rw-r--r-- 1,677 variant_recall.hpp
- - rw-r--r-- 11,107 vcf_buffer.cpp
- - rw-r--r-- 8,142 vcf_buffer.hpp
- - rw-r--r-- 4,745 vectorizer.cpp
- - rw-r--r-- 2,332 vectorizer.hpp
- - rw-r--r-- 3,709 version.cpp
- - rw-r--r-- 1,577 version.hpp
- - rw-r--r-- 272,567 vg.cpp
- - rw-r--r-- 67,968 vg.hpp
- - rw-r--r-- 14,113 vg_set.cpp
- - rw-r--r-- 2,240 vg_set.hpp
- - rw-r--r-- 11,591 viz.cpp
- - rw-r--r-- 1,578 viz.hpp
- - rw-r--r-- 634 wang_hash.hpp
- - rw-r--r-- 4,847 watchdog.cpp
- - rw-r--r-- 3,613 watchdog.hpp
- - rw-r--r-- 3,194 xdrop_aligner.cpp