package info (click to toggle)
wise 2.4.1-21
  • links: PTS, VCS
  • area: main
  • in suites: bullseye, buster, sid
  • size: 27,140 kB
  • sloc: ansic: 276,365; makefile: 1,003; perl: 886; lex: 93; yacc: 81; sh: 24

Folder: models

d .. (parent)
- - rw-r--r-- 17,982 GNULICENSE
- - rw-r--r-- 130,264 abc.c
- - rw-r--r-- 1,252 abc.dy
- - rw-r--r-- 18,072 abc.h
- - rw-r--r-- 41,980 aligngenemodel.c
- - rw-r--r-- 25,221 aligngenemodel.dy
- - rw-r--r-- 15,837 aligngenemodel.h
- - rw-r--r-- 7,180 alignwise.c
- - rw-r--r-- 230,574 alignwisedp.c
- - rw-r--r-- 3,847 alignwisedp.dy
- - rw-r--r-- 20,977 alignwisedp.h
- - rw-r--r-- 3,960 amplimer_resolver.c
- - rw-r--r-- 250,078 bigdba.c
- - rw-r--r-- 3,761 bigdba.dy
- - rw-r--r-- 24,229 bigdba.h
- - rw-r--r-- 5,794 cdnawise.c
- - rw-r--r-- 302,626 cdnawise10.c
- - rw-r--r-- 5,548 cdnawise10.dy
- - rw-r--r-- 22,755 cdnawise10.h
- - rw-r--r-- 6,422 cdparser.c
- - rw-r--r-- 1,804 cdparser.dy
- - rw-r--r-- 5,796 cdparser.h
- - rw-r--r-- 1,360 cdparser.pod
- - rw-r--r-- 1,254 cdparser.tex
- - rw-r--r-- 246 cdparser.typemap
- - rw-r--r-- 695 cdparser.xs
- - rw-r--r-- 1,856 cdparser_api.h
- - rw-r--r-- 51 cdparser_api.t
- - rw-r--r-- 9,498 clonewise.c
- - rw-r--r-- 178,365 clonewisedp.c
- - rw-r--r-- 2,381 clonewisedp.dy
- - rw-r--r-- 22,217 clonewisedp.h
- - rw-r--r-- 217,603 dba.c
- - rw-r--r-- 3,120 dba.dy
- - rw-r--r-- 22,221 dba.h
- - rw-r--r-- 23,976 dbac.c
- - rw-r--r-- 10,336 dbadisplay.c
- - rw-r--r-- 8,688 dbadisplay.dy
- - rw-r--r-- 2,315 dbadisplay.h
- - rw-r--r-- 151,998 dnaalign.c
- - rw-r--r-- 4,854 dnaalign.dy
- - rw-r--r-- 23,180 dnaalign.h
- - rw-r--r-- 2,103 dnaalign.pod
- - rw-r--r-- 2,101 dnaalign.tex
- - rw-r--r-- 252 dnaalign.typemap
- - rw-r--r-- 1,072 dnaalign.xs
- - rw-r--r-- 3,012 dnaalign_api.h
- - rw-r--r-- 53 dnaalign_api.t
- - rw-r--r-- 24,197 dnahmm.c
- - rw-r--r-- 3,997 dnahmm.dy
- - rw-r--r-- 13,164 dnahmm.h
- - rw-r--r-- 3,695 dnal.c
- - rw-r--r-- 5,029 dnamatcher.c
- - rw-r--r-- 2,489 dnamatcher.dy
- - rw-r--r-- 2,804 dnamatcher.h
- - rw-r--r-- 27,089 dnaprofile.c
- - rw-r--r-- 6,565 dnaprofile.dy
- - rw-r--r-- 13,360 dnaprofile.h
- - rw-r--r-- 164,324 dnaprofiledp.c
- - rw-r--r-- 3,633 dnaprofiledp.dy
- - rw-r--r-- 24,506 dnaprofiledp.h
- - rw-r--r-- 41,687 dnaprofileengine.c
- - rw-r--r-- 17,042 dnaprofileengine.dy
- - rw-r--r-- 17,858 dnaprofileengine.h
- - rw-r--r-- 1,968 dnawise.c
- - rw-r--r-- 1,984 editdist.c
- - rw-r--r-- 112,009 editdistdp.c
- - rw-r--r-- 1,629 editdistdp.dy
- - rw-r--r-- 21,546 editdistdp.h
- - rw-r--r-- 25,609 est_evidence.c
- - rw-r--r-- 8,263 est_evidence.dy
- - rw-r--r-- 10,841 est_evidence.h
- - rw-r--r-- 262,701 estfrag3.c
- - rw-r--r-- 6,008 estfrag3.dy
- - rw-r--r-- 18,857 estfrag3.h
- - rw-r--r-- 291,930 estloop3.c
- - rw-r--r-- 6,230 estloop3.dy
- - rw-r--r-- 18,569 estloop3.h
- - rw-r--r-- 156,073 estquick3.c
- - rw-r--r-- 2,759 estquick3.dy
- - rw-r--r-- 18,897 estquick3.h
- - rw-r--r-- 177,888 estslim3.c
- - rw-r--r-- 3,090 estslim3.dy
- - rw-r--r-- 18,568 estslim3.h
- - rw-r--r-- 213,925 estslimloop.c
- - rw-r--r-- 3,895 estslimloop.dy
- - rw-r--r-- 19,642 estslimloop.h
- - rw-r--r-- 20,200 estwise.c
- - rw-r--r-- 263,442 estwise3.c
- - rw-r--r-- 5,587 estwise3.dy
- - rw-r--r-- 18,568 estwise3.h
- - rw-r--r-- 31,770 estwisedb.c
- - rw-r--r-- 13,388 estwrap.c
- - rw-r--r-- 10,167 estwrap.dy
- - rw-r--r-- 7,987 estwrap.h
- - rw-r--r-- 4,559 estwrap.pod
- - rw-r--r-- 4,991 estwrap.tex
- - rw-r--r-- 0 estwrap.typemap
- - rw-r--r-- 1,776 estwrap.xs
- - rw-r--r-- 5,731 estwrap_api.h
- - rw-r--r-- 0 estwrap_api.t
- - rw-r--r-- 9,048 evopairwise.c
- - rw-r--r-- 3,679 fivestar.c
- - rw-r--r-- 2,837 fivestarscan.c
- - rw-r--r-- 2,766 fivestarsearch.c
- - rw-r--r-- 222,779 fivestate.c
- - rw-r--r-- 3,165 fivestate.dy
- - rw-r--r-- 20,046 fivestate.h
- - rw-r--r-- 60,873 fivestatemodel.c
- - rw-r--r-- 16,538 fivestatemodel.dy
- - rw-r--r-- 27,040 fivestatemodel.h
- - rw-r--r-- 19,010 genedisplay.c
- - rw-r--r-- 17,191 genedisplay.dy
- - rw-r--r-- 5,536 genedisplay.h
- - rw-r--r-- 1,838 genedisplay.pod
- - rw-r--r-- 2,030 genedisplay.tex
- - rw-r--r-- 0 genedisplay.typemap
- - rw-r--r-- 702 genedisplay.xs
- - rw-r--r-- 2,184 genedisplay_api.h
- - rw-r--r-- 0 genedisplay_api.t
- - rw-r--r-- 46,385 genefrequency.c
- - rw-r--r-- 21,282 genefrequency.dy
- - rw-r--r-- 18,812 genefrequency.h
- - rw-r--r-- 7,635 genefrequency.pod
- - rw-r--r-- 2,851 genefrequency.tex
- - rw-r--r-- 810 genefrequency.typemap
- - rw-r--r-- 4,854 genefrequency.xs
- - rw-r--r-- 11,318 genefrequency_api.h
- - rw-r--r-- 177 genefrequency_api.t
- - rw-r--r-- 665,643 geneloop21.c
- - rw-r--r-- 17,550 geneloop21.dy
- - rw-r--r-- 20,502 geneloop21.h
- - rw-r--r-- 292,307 geneloop6.c
- - rw-r--r-- 6,738 geneloop6.dy
- - rw-r--r-- 18,861 geneloop6.h
- - rw-r--r-- 7,885 geneoutput.c
- - rw-r--r-- 2,880 geneoutput.dy
- - rw-r--r-- 4,672 geneoutput.h
- - rw-r--r-- 18,801 geneparameter.c
- - rw-r--r-- 7,654 geneparameter.dy
- - rw-r--r-- 8,954 geneparameter.h
- - rw-r--r-- 1,821 geneparameter.pod
- - rw-r--r-- 1,427 geneparameter.tex
- - rw-r--r-- 276 geneparameter.typemap
- - rw-r--r-- 667 geneparameter.xs
- - rw-r--r-- 1,400 geneparameter_api.h
- - rw-r--r-- 61 geneparameter_api.t
- - rw-r--r-- 11,995 geneparser21.c
- - rw-r--r-- 7,637 geneparser21.dy
- - rw-r--r-- 6,747 geneparser21.h
- - rw-r--r-- 6,861 geneparser4.c
- - rw-r--r-- 2,479 geneparser4.dy
- - rw-r--r-- 4,676 geneparser4.h
- - rw-r--r-- 358,117 genephase6.c
- - rw-r--r-- 11,505 genephase6.dy
- - rw-r--r-- 20,328 genephase6.h
- - rw-r--r-- 38,795 genestats.c
- - rw-r--r-- 20,528 genestats.dy
- - rw-r--r-- 18,745 genestats.h
- - rw-r--r-- 319,822 genestretch6.c
- - rw-r--r-- 7,605 genestretch6.dy
- - rw-r--r-- 20,635 genestretch6.h
- - rw-r--r-- 31,147 geneutil.c
- - rw-r--r-- 28,001 geneutil.dy
- - rw-r--r-- 6,292 geneutil.h
- - rw-r--r-- 31,327 genewise.c
- - rw-r--r-- 738,129 genewise21.c
- - rw-r--r-- 20,263 genewise21.dy
- - rw-r--r-- 20,502 genewise21.h
- - rw-r--r-- 252,199 genewise4.c
- - rw-r--r-- 5,958 genewise4.dy
- - rw-r--r-- 18,860 genewise4.h
- - rw-r--r-- 283,693 genewise6.c
- - rw-r--r-- 6,664 genewise6.dy
- - rw-r--r-- 18,860 genewise6.h
- - rw-r--r-- 39,653 genewisedb.c
- - rw-r--r-- 22,027 genewisehsp.c
- - rw-r--r-- 8,931 genewisehsp.dy
- - rw-r--r-- 9,330 genewisehsp.h
- - rw-r--r-- 50,857 genewisemodel.c
- - rw-r--r-- 23,196 genewisemodel.dy
- - rw-r--r-- 24,772 genewisemodel.h
- - rw-r--r-- 16,063 genewisemodeldb.c
- - rw-r--r-- 9,400 genewisemodeldb.dy
- - rw-r--r-- 10,050 genewisemodeldb.h
- - rw-r--r-- 10,704 genome_evidence.c
- - rw-r--r-- 2,536 genome_evidence.dy
- - rw-r--r-- 8,728 genome_evidence.h
- - rw-r--r-- 5,875 genomewise.c
- - rw-r--r-- 316,482 genomewise9.c
- - rw-r--r-- 5,720 genomewise9.dy
- - rw-r--r-- 21,685 genomewise9.h
- - rw-r--r-- 264,664 gwlite.c
- - rw-r--r-- 6,214 gwlite.dy
- - rw-r--r-- 19,878 gwlite.h
- - rw-r--r-- 25,990 gwlitemodel.c
- - rw-r--r-- 6,067 gwlitemodel.dy
- - rw-r--r-- 13,910 gwlitemodel.h
- - rw-r--r-- 5,422 gwquickdb.c
- - rw-r--r-- 1,956 gwquickdb.dy
- - rw-r--r-- 5,507 gwquickdb.h
- - rw-r--r-- 23,798 gwrap.c
- - rw-r--r-- 19,309 gwrap.dy
- - rw-r--r-- 12,399 gwrap.h
- - rw-r--r-- 511 hmminfo.c
- - rw-r--r-- 20,492 hsp2aln_sw.c
- - rw-r--r-- 8,257 hsp2aln_sw.dy
- - rw-r--r-- 9,798 hsp2aln_sw.h
- - rw-r--r-- 163,272 largeblockdp.c
- - rw-r--r-- 1,932 largeblockdp.dy
- - rw-r--r-- 22,798 largeblockdp.h
- - rw-r--r-- 3,677 lba.c
- - rw-r--r-- 28,751 localcishit.c
- - rw-r--r-- 15,870 localcishit.dy
- - rw-r--r-- 11,420 localcishit.h
- - rw-r--r-- 7,373 localcispara.c
- - rw-r--r-- 2,174 localcispara.dy
- - rw-r--r-- 4,877 localcispara.h
- - rw-r--r-- 166,789 localclonewisedp.c
- - rw-r--r-- 2,040 localclonewisedp.dy
- - rw-r--r-- 23,560 localclonewisedp.h
- - rw-r--r-- 239,979 localdba.c
- - rw-r--r-- 3,617 localdba.dy
- - rw-r--r-- 20,490 localdba.h
- - rw-r--r-- 18,544 makefile
- - rw-r--r-- 304 makepwm.c
- - rw-r--r-- 433 makerandomdb.c
- - rw-r--r-- 779 makeseqerror.c
- - rw-r--r-- 25,404 mapstruct.c
- - rw-r--r-- 7,607 mapstruct.dy
- - rw-r--r-- 12,279 mapstruct.h
- - rw-r--r-- 32,171 matchsum.c
- - rw-r--r-- 5,598 matchsum.dy
- - rw-r--r-- 14,075 matchsum.h
- - rw-r--r-- 11,308 matchsum.pod
- - rw-r--r-- 3,454 matchsum.tex
- - rw-r--r-- 534 matchsum.typemap
- - rw-r--r-- 5,937 matchsum.xs
- - rw-r--r-- 15,928 matchsum_api.h
- - rw-r--r-- 116 matchsum_api.t
- - rw-r--r-- 4,541 motifcluster.c
- - rw-r--r-- 8,514 motifdiff.c
- - rw-r--r-- 15,317 motifmatrix.c
- - rw-r--r-- 4,948 motifmatrix.dy
- - rw-r--r-- 7,734 motifmatrix.h
- - rw-r--r-- 164,573 motifmatrixdp.c
- - rw-r--r-- 2,556 motifmatrixdp.dy
- - rw-r--r-- 20,552 motifmatrixdp.h
- - rw-r--r-- 4,207 motifwise.c
- - rw-r--r-- 956 mutatedna.c
- - rw-r--r-- 15,859 oldpostwise.c
- - rw-r--r-- 5,593 pairwiseshortdna.c
- - rw-r--r-- 3,082 pairwiseshortdna.dy
- - rw-r--r-- 2,822 pairwiseshortdna.h
- - rw-r--r-- 176,327 pba.c
- - rw-r--r-- 1,952 pba.dy
- - rw-r--r-- 23,738 pba.h
- - rw-r--r-- 25,487 pfamhmmer1db.c
- - rw-r--r-- 4,765 pfamhmmer1db.dy
- - rw-r--r-- 11,045 pfamhmmer1db.h
- - rw-r--r-- 7,788 pfamhmmer1db.pod
- - rw-r--r-- 1,648 pfamhmmer1db.tex
- - rw-r--r-- 534 pfamhmmer1db.typemap
- - rw-r--r-- 4,528 pfamhmmer1db.xs
- - rw-r--r-- 10,889 pfamhmmer1db_api.h
- - rw-r--r-- 116 pfamhmmer1db_api.t
- - rw-r--r-- 48,144 phasemodel.c
- - rw-r--r-- 9,799 phasemodel.dy
- - rw-r--r-- 23,980 phasemodel.h
- - rw-r--r-- 1,646 promotercluster.c
- - rw-r--r-- 6,273 promoterwise.c
- - rw-r--r-- 134,047 proteinsw.c
- - rw-r--r-- 1,044 proteinsw.dy
- - rw-r--r-- 19,413 proteinsw.h
- - rw-r--r-- 7,245 pseudowise.c
- - rw-r--r-- 300,838 pseudowise7.c
- - rw-r--r-- 6,766 pseudowise7.dy
- - rw-r--r-- 19,860 pseudowise7.h
- - rw-r--r-- 6,812 psw.c
- - rw-r--r-- 13,217 pswdb.c
- - rw-r--r-- 29,673 pwmdna.c
- - rw-r--r-- 6,910 pwmdna.dy
- - rw-r--r-- 16,959 pwmdna.h
- - rw-r--r-- 303 revcomp.c
- - rw-r--r-- 17,153 scanwisep.c
- - rw-r--r-- 8,140 seqaligndisplay.c
- - rw-r--r-- 6,251 seqaligndisplay.dy
- - rw-r--r-- 4,476 seqaligndisplay.h
- - rw-r--r-- 2,144 seqaligndisplay.pod
- - rw-r--r-- 2,452 seqaligndisplay.tex
- - rw-r--r-- 0 seqaligndisplay.typemap
- - rw-r--r-- 813 seqaligndisplay.xs
- - rw-r--r-- 2,601 seqaligndisplay_api.h
- - rw-r--r-- 0 seqaligndisplay_api.t
- - rw-r--r-- 18,175 seqerror.c
- - rw-r--r-- 4,412 seqerror.dy
- - rw-r--r-- 10,494 seqerror.h
- - rw-r--r-- 33,497 seqhit.c
- - rw-r--r-- 6,289 seqhit.dy
- - rw-r--r-- 14,421 seqhit.h
- - rw-r--r-- 9,891 seqhit.pod
- - rw-r--r-- 2,786 seqhit.tex
- - rw-r--r-- 810 seqhit.typemap
- - rw-r--r-- 6,072 seqhit.xs
- - rw-r--r-- 14,720 seqhit_api.h
- - rw-r--r-- 177 seqhit_api.t
- - rw-r--r-- 327 seqlist.c
- - rw-r--r-- 137,618 slimdba.c
- - rw-r--r-- 1,444 slimdba.dy
- - rw-r--r-- 21,862 slimdba.h
- - rw-r--r-- 6,591 splicesitemodeler.c
- - rw-r--r-- 3,998 splicesitemodeler.dy
- - rw-r--r-- 3,684 splicesitemodeler.h
- - rw-r--r-- 4,240 standardout.c
- - rw-r--r-- 1,743 standardout.dy
- - rw-r--r-- 3,117 standardout.h
- - rw-r--r-- 3,410 statwise.c
- - rw-r--r-- 140,957 statwise10.c
- - rw-r--r-- 16,594 sw_wrap.c
- - rw-r--r-- 11,718 sw_wrap.dy
- - rw-r--r-- 10,656 sw_wrap.h
- - rw-r--r-- 6,765 sw_wrap.pod
- - rw-r--r-- 7,731 sw_wrap.tex
- - rw-r--r-- 0 sw_wrap.typemap
- - rw-r--r-- 2,980 sw_wrap.xs
- - rw-r--r-- 8,788 sw_wrap_api.h
- - rw-r--r-- 0 sw_wrap_api.t
- - rw-r--r-- 21,909 syexonmodel.c
- - rw-r--r-- 1,960 syexonmodel.dy
- - rw-r--r-- 11,884 syexonmodel.h
- - rw-r--r-- 9,984 sywise.c
- - rw-r--r-- 368,829 sywise20.c
- - rw-r--r-- 7,425 sywise20.dy
- - rw-r--r-- 22,199 sywise20.h
- - rw-r--r-- 850 test_aligng.c
- - rw-r--r-- 479 test_gwhsp.c
- - rw-r--r-- 895 test_splice.c
- - rw-r--r-- 493 testdna.c
- - rw-r--r-- 740 testgenestat.c
- - rw-r--r-- 21,876 threestatedb.c
- - rw-r--r-- 14,582 threestatedb.dy
- - rw-r--r-- 13,016 threestatedb.h
- - rw-r--r-- 6,408 threestatedb.pod
- - rw-r--r-- 5,828 threestatedb.tex
- - rw-r--r-- 258 threestatedb.typemap
- - rw-r--r-- 1,981 threestatedb.xs
- - rw-r--r-- 5,391 threestatedb_api.h
- - rw-r--r-- 55 threestatedb_api.t
- - rw-r--r-- 156,742 threestatedp.c
- - rw-r--r-- 1,776 threestatedp.dy
- - rw-r--r-- 20,330 threestatedp.h
- - rw-r--r-- 168,339 threestateloop.c
- - rw-r--r-- 2,057 threestateloop.dy
- - rw-r--r-- 19,531 threestateloop.h
- - rw-r--r-- 75,957 threestatemodel.c
- - rw-r--r-- 38,442 threestatemodel.dy
- - rw-r--r-- 30,093 threestatemodel.h
- - rw-r--r-- 10,045 threestatemodel.pod
- - rw-r--r-- 5,781 threestatemodel.tex
- - rw-r--r-- 546 threestatemodel.typemap
- - rw-r--r-- 5,540 threestatemodel.xs
- - rw-r--r-- 13,825 threestatemodel_api.h
- - rw-r--r-- 120 threestatemodel_api.t
- - rw-r--r-- 58,771 transfactor.c
- - rw-r--r-- 20,744 transfactor.dy
- - rw-r--r-- 26,949 transfactor.h
- - rw-r--r-- 28,237 transregion.c
- - rw-r--r-- 8,931 transregion.dy
- - rw-r--r-- 12,555 transregion.h
- - rw-r--r-- 126,143 transregiondp.c
- - rw-r--r-- 3,361 transregiondp.dy
- - rw-r--r-- 24,669 transregiondp.h
- - rw-r--r-- 118 version.h
- - rw-r--r-- 12,069 wise2xhmmer2.c
- - rw-r--r-- 9,632 wise2xhmmer2.dy
- - rw-r--r-- 4,505 wise2xhmmer2.h