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Author: Andreas Tille <tille@debian.org>
Last-Update: Sat, 05 Sep 2015 07:13:34 +0200
Description: Build has problems with non-ASCII characters in comments
--- a/alter-lib/src/converter/ProgramOptions.java
+++ b/alter-lib/src/converter/ProgramOptions.java
@@ -22,7 +22,7 @@ import java.util.*;
/**
* Provides methods to check the supported programs and formats, as well as
* the possible options for each one of them.
- * @author Daniel Gonzalez Peña
+ * @author Daniel Gonzalez Pena
*/
public class ProgramOptions{
--- a/alter-lib/src/reader/ReaderUtils.java
+++ b/alter-lib/src/reader/ReaderUtils.java
@@ -38,7 +38,7 @@ public class ReaderUtils
public static void replaceMatch(Sequence seq, Sequence first) throws ParseException
{
if (seq.getData().contains("."))
- //Lanzar excepción si el caracter está en la primera secuencia
+ //Lanzar excepcion si el caracter esta en la primera secuencia
if (seq == first)
throw new ParseException("Match character \".\" in first sequence of MSA.");
else
--- a/alter-lib/src/writer/Writer.java
+++ b/alter-lib/src/writer/Writer.java
@@ -20,7 +20,7 @@ package writer;
import types.MSA;
/**
- * Define los métodos que deben implementar todos los escritores.
+ * Define los metodos que deben implementar todos los escritores.
* @author Daniel Gomez Blanco
* @version 1.1
*/
--- a/alter-lib/src/writer/FastaWriter.java
+++ b/alter-lib/src/writer/FastaWriter.java
@@ -145,7 +145,7 @@ public class FastaWriter implements Writ
//Mientras queden caracteres por escribir
while(!data.isEmpty())
{
- //Si hay caracteres para hacer una línea
+ //Si hay caracteres para hacer una linea
if (data.length() > 60)
{
outb.append(data.substring(0, 60));
--- a/alter-lib/src/writer/NexusWriter.java
+++ b/alter-lib/src/writer/NexusWriter.java
@@ -343,7 +343,7 @@ public class NexusWriter implements Writ
outb.append(id + WriterUtils.align(id.length(),longestId)
+ WriterUtils.align(longestId, 10) + " ");
- //Escribir una línea si es posible
+ //Escribir una linea si es posible
if (data[index].length() > 50)
{
outb.append(data[index].substring(0, 50));
--- a/alter-lib/src/writer/PhylipCodABCWriter.java
+++ b/alter-lib/src/writer/PhylipCodABCWriter.java
@@ -25,7 +25,7 @@ import types.Typeable;
/**
* Extends class PhylipWriter to adapt the output to CodABC.
- * @author Daniel Glez-Peña
+ * @author Daniel Glez-Pena
* @version 1.0
*/
--- a/alter-lib/src/writer/PirDnaSPWriter.java
+++ b/alter-lib/src/writer/PirDnaSPWriter.java
@@ -34,7 +34,7 @@ public class PirDnaSPWriter extends PirW
/**
* Constructor de la clase. Llama al constructor de la superclase.
* @param os Sistema operativo de salida.
- * @param lowerCase Salida en letras minúsculas.
+ * @param lowerCase Salida en letras minusculas.
* @param match Salida codificada con caracteres match.
* @param logger Nombre del logger a instanciar.
*/
@@ -45,7 +45,7 @@ public class PirDnaSPWriter extends PirW
/**
* Escribe un MSA en formato PIR adaptado a dnaSP. Para ello
- * comprueba que el MSA no sea de proteínas. Luego llama al método de la superclase.
+ * comprueba que el MSA no sea de proteinas. Luego llama al metodo de la superclase.
* @param msa MSA de entrada.
* @return Cadena con la el MSA en formato PIR.
*/
--- a/alter-lib/src/writer/PirWriter.java
+++ b/alter-lib/src/writer/PirWriter.java
@@ -114,10 +114,10 @@ public class PirWriter implements Writer
/**
* Devuelve una cadena con el identificador de la secuencia. En caso de
- * que el identificador de secuencia esté repetido se renombra.
+ * que el identificador de secuencia este repetido se renombra.
* @param seq Secuencia de la cual se desea obtener el identificador.
* @param ids Secuencias copiadas hasta el momento.
- * @return Identificador de secuencia único.
+ * @return Identificador de secuencia unico.
*/
protected String getId(Sequence seq, LinkedHashSet<String> ids)
{
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