File: convert.gs.vcf

package info (click to toggle)
bcftools 1.16-1
  • links: PTS, VCS
  • area: main
  • in suites: bookworm
  • size: 20,252 kB
  • sloc: ansic: 60,589; perl: 5,818; python: 587; sh: 333; makefile: 284
file content (33 lines) | stat: -rw-r--r-- 4,337 bytes parent folder | download | duplicates (3)
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
#CHROM	POS	ID	REF	ALT	QUAL	FILTER	INFO	FORMAT	NA00001	NA00002	NA00003	NA00004	NA00005	NA00006	NA00007	NA00008	NA00009	NA00010
X	2698560	id9	G	A	.	.	.	GT:GP	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0
X	2698630	id10	A	G	.	.	.	GT:GP	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0
X	2698758	id11	CAA	C	.	.	.	GT:GP	0/0:1,0,0	0/1:0,1,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0
X	2698769	id12	AAG	A	.	.	.	GT:GP	0/1:0,1,0	1/1:0,0,1	0/1:0,1,0	0/1:0,1,0	0/1:0,1,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0
X	2698789	id14	C	G	.	.	.	GT:GP	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0
X	2698822	id15	A	C	.	.	.	GT:GP	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0
X	2698831	id16	G	A	.	.	.	GT:GP	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0
X	2698889	id17	T	C	.	.	.	GT:GP	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0
X	2698923	id18	G	A	.	.	.	GT:GP	0/1:0,1,0	0/1:0,1,0	0/1:0,1,0	0/1:0,1,0	0/1:0,1,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0
X	2698953	id19	A	AGG	.	.	.	GT:GP	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0
X	2698954	id20	G	A	.	.	.	GT:GP	0/1:0,1,0	1/1:0,0,1	0/1:0,1,0	0/1:0,1,0	0/1:0,1,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/1:0,1,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0
X	2699002	id21	C	A	.	.	.	GT:GP	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:0.33,0.33,0.33	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0
X	2699025	id22	T	C	.	.	.	GT:GP	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0
X	2699091	id23	G	A	.	.	.	GT:GP	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0
X	2699187	id24	T	C	.	.	.	GT:GP	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/1:0,1,0	0/0:1,0,0	0/1:0,1,0	0/1:0,1,0	0/1:0,1,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/1:0,1,0
X	2699188	id25	G	C	.	.	.	GT:GP	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/1:0,1,0	0/0:1,0,0	0/1:0,1,0	0/1:0,1,0	0/1:0,1,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/1:0,1,0
X	2699189	id26	T	C	.	.	.	GT:GP	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/1:0,1,0	0/0:1,0,0	0/1:0,1,0	0/1:0,1,0	0/1:0,1,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/1:0,1,0
X	2699217	id27	C	T	.	.	.	GT:GP	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0
X	2699246	id28	C	A	.	.	.	GT:GP	0/1:0,1,0	1/1:0,0,1	0/1:0,1,0	1/1:0,0,1	0/1:0,1,0	0/1:0,1,0	0/0:1,0,0	0/1:0,1,0	0/0:1,0,0	0/1:0,1,0
X	2699275	id29	T	G	.	.	.	GT:GP	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/1:0,1,0	0/0:1,0,0	0/1:0,1,0	1/1:0,0,1	0/1:0,1,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/1:0,1,0
X	2699350	id30	A	T	.	.	.	GT:GP	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/1:0,1,0	0/0:1,0,0	0/1:0,1,0	0/1:0,1,0	0/1:0,1,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/1:0,1,0
X	2699360	id31	T	C	.	.	.	GT:GP	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/1:0,1,0	0/0:1,0,0	0/1:0,1,0	0/1:0,1,0	0/1:0,1,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/1:0,1,0
X	2699450	id32	A	C	.	.	.	GT:GP	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/1:0,1,0	0/0:1,0,0	0/1:0,1,0	0/1:0,1,0	0/1:0,1,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/1:0,1,0
X	2699507	id33	T	C	.	.	.	GT:GP	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0
X	2699555	id34	C	A	.	.	.	GT:GP	0/0:1,0,0	1/1:0,0,1	1/1:0,0,1	0/0:1,0,0	1/1:0,0,1	1/1:0,0,1	0/1:0,1,0	0/1:0,1,0	0/0:1,0,0	0/1:0,1,0
X	2699645	id35	G	T	.	.	.	GT:GP	0/0:1,0,0	1/1:0,0,1	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/1:0,1,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0
X	2699676	id36	G	A	.	.	.	GT:GP	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	1/1:0,0,1	0/0:1,0,0	1/1:0,0,1	0/1:0,1,0	0/1:0,1,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/1:0,1,0
X	2699728	id37	C	T	.	.	.	GT:GP	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0
X	2699775	id38	C	A	.	.	.	GT:GP	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0
X	2699898	id39	C	CT	.	.	.	GT:GP	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	1/1:0,0,1	0/0:1,0,0	1/1:0,0,1	0/1:0,1,0	0/1:0,1,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/1:0,1,0
X	2699968	id40	A	G	.	.	.	GT:GP	0/0:0.5,0,0.5	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	1/1:0,0,1	0/0:1,0,0	0/1:0,1,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/1:0,1,0	0/1:0,1,0
X	2699970	id41	T	C	.	.	.	GT:GP	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0	0/0:1,0,0