package info
(click to toggle)
Folder: test
| .. (parent) | ||||
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | csq | |
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | mpileup | |
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | trio-dnm | |
| - | rw-r--r-- | 287 | 23andme.fa | |
| - | rw-r--r-- | 1,190 | aa.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,124 | aa.fa | |
| - | rw-r--r-- | 67 | aa.hdr | |
| - | rw-r--r-- | 1,272 | aa.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,190 | aa.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 1,355 | ad-bias.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 2,663 | ad-bias.2.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 1,471 | ad-bias.out | |
| - | rw-r--r-- | 32 | ad-bias.samples | |
| - | rw-r--r-- | 2,591 | ad-bias.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 745 | af-dist.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,111 | af-dist.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 634 | annotate.32.out | |
| - | rw-r--r-- | 259 | annotate.hdr | |
| - | rw-r--r-- | 358 | annotate.id.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 358 | annotate.id.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 306 | annotate.id.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 636 | annotate.missing-append.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 302 | annotate.missing-append.tab | |
| - | rw-r--r-- | 443 | annotate.missing-append.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 511 | annotate.missing.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 526 | annotate.missing.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 530 | annotate.missing.3.out | |
| - | rw-r--r-- | 511 | annotate.missing.4.out | |
| - | rw-r--r-- | 552 | annotate.missing.5.out | |
| - | rw-r--r-- | 521 | annotate.missing.6.out | |
| - | rw-r--r-- | 102 | annotate.missing.tab | |
| - | rw-r--r-- | 432 | annotate.missing.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 262 | annotate.multi.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 63 | annotate.multi.tab | |
| - | rw-r--r-- | 191 | annotate.multi.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 491 | annotate.olap.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 470 | annotate.olap.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 406 | annotate.olap.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 3,232 | annotate.out | |
| - | rw-r--r-- | 700 | annotate.tab | |
| - | rw-r--r-- | 2,651 | annotate.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 192 | annotate10.hdr | |
| - | rw-r--r-- | 1,233 | annotate10.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,015 | annotate10.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 1,209 | annotate11.out | |
| - | rw-r--r-- | 458 | annotate11.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 1,366 | annotate12.out | |
| - | rw-r--r-- | 238 | annotate12.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 67 | annotate13.hdr | |
| - | rw-r--r-- | 929 | annotate13.out | |
| - | rw-r--r-- | 319 | annotate13.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 1,141 | annotate14.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,247 | annotate14.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 139 | annotate15.hdr | |
| - | rw-r--r-- | 1,199 | annotate15.out | |
| - | rw-r--r-- | 64 | annotate15.tab | |
| - | rw-r--r-- | 203 | annotate15.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 1,291 | annotate16.out | |
| - | rw-r--r-- | 96 | annotate16.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 438 | annotate17.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 20 | annotate17.1.tab | |
| - | rw-r--r-- | 384 | annotate17.1.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 438 | annotate17.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 374 | annotate17.2.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 498 | annotate17.3.out | |
| - | rw-r--r-- | 42 | annotate17.3.tab | |
| - | rw-r--r-- | 398 | annotate17.3.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 1,161 | annotate17.out | |
| - | rw-r--r-- | 693 | annotate18.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 40 | annotate18.1.tab | |
| - | rw-r--r-- | 601 | annotate18.1.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 707 | annotate18.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 56 | annotate18.2.tab | |
| - | rw-r--r-- | 591 | annotate18.2.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 1,271 | annotate18.out | |
| - | rw-r--r-- | 435 | annotate19.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 519 | annotate19.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 221 | annotate19.dst.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 1,271 | annotate19.out | |
| - | rw-r--r-- | 486 | annotate19.src.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 2,929 | annotate2.out | |
| - | rw-r--r-- | 82 | annotate2.tab | |
| - | rw-r--r-- | 1,115 | annotate2.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 262 | annotate20.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 262 | annotate20.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 262 | annotate20.3.out | |
| - | rw-r--r-- | 210 | annotate20.dst.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 1,271 | annotate20.out | |
| - | rw-r--r-- | 210 | annotate20.src.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 454 | annotate21.out | |
| - | rw-r--r-- | 232 | annotate21.txt | |
| - | rw-r--r-- | 1,233 | annotate21.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 3,103 | annotate22.out | |
| - | rw-r--r-- | 252 | annotate22.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 460 | annotate23.out | |
| - | rw-r--r-- | 89 | annotate23.tab | |
| - | rw-r--r-- | 320 | annotate23.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 491 | annotate24.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 313 | annotate24.dst.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 456 | annotate24.out | |
| - | rw-r--r-- | 580 | annotate24.src.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 404 | annotate25.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,186 | annotate25.out | |
| - | rw-r--r-- | 89 | annotate25.tab | |
| - | rw-r--r-- | 323 | annotate25.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 199 | annotate26.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 410 | annotate26.out | |
| - | rw-r--r-- | 30 | annotate26.tab | |
| - | rw-r--r-- | 147 | annotate26.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 410 | annotate27.out | |
| - | rw-r--r-- | 113 | annotate27.tab | |
| - | rw-r--r-- | 562 | annotate27.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 148 | annotate28.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,197 | annotate29.out | |
| - | rw-r--r-- | 2,824 | annotate3.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,181 | annotate3.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 251 | annotate30.out | |
| - | rw-r--r-- | 390 | annotate31.out | |
| - | rw-r--r-- | 108 | annotate4.hdr | |
| - | rw-r--r-- | 1,367 | annotate4.out | |
| - | rw-r--r-- | 630 | annotate4.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 1,271 | annotate5.out | |
| - | rw-r--r-- | 723 | annotate6.out | |
| - | rw-r--r-- | 866 | annotate7.out | |
| - | rw-r--r-- | 786 | annotate8.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,960 | annotate9.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,892 | annotate9.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 370 | annots.id.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 51 | annots.olap.tab | |
| - | rw-r--r-- | 2,648 | annots.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 148 | annots10.tab | |
| - | rw-r--r-- | 76 | annots11.tab | |
| - | rw-r--r-- | 1,147 | annots11.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 1,291 | annots12.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 60 | annots13.tab | |
| - | rw-r--r-- | 1,154 | annots2.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 156 | annots4.tab | |
| - | rw-r--r-- | 752 | annots4.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 134 | annots9.tab | |
| - | rw-r--r-- | 1,927 | annots9.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 4,351 | atomize.split.1.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 4,093 | atomize.split.1.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 2,768 | atomize.split.1.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 946 | atomize.split.2.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 936 | atomize.split.2.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 616 | atomize.split.2.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 268 | atomize.split.3.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 194 | atomize.split.3.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 2,725 | call-G.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 3,638 | call-G.2.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 3,262 | call-G.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 3,725 | call-G.2.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 2,878 | call-G.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 1,589 | call.af-fixation.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,935 | call.af-fixation.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 2,521 | call.af-fixation.3.out | |
| - | rw-r--r-- | 595 | call.af-fixation.txt | |
| - | rw-r--r-- | 2,426 | call.af-fixation.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 4,204 | check.chk | |
| - | rw-r--r-- | 642 | check.gs.chrom.gen | |
| - | rw-r--r-- | 36 | check.gs.chrom.samples | |
| - | rw-r--r-- | 471 | check.gs.vcfids.gen | |
| - | rw-r--r-- | 36 | check.gs.vcfids.samples | |
| - | rw-r--r-- | 491 | check.gs.vcfids_chrom.gen | |
| - | rw-r--r-- | 36 | check.gs.vcfids_chrom.samples | |
| - | rw-r--r-- | 2,742 | check.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 2,088 | check_merge.chk | |
| - | rw-r--r-- | 78 | checkploidy.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 355 | checkploidy.2.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 113 | checkploidy.3.out | |
| - | rw-r--r-- | 89 | checkploidy.out | |
| - | rw-r--r-- | 241 | checkploidy.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 1,619 | concat.1.a.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 981 | concat.1.b.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 2,001 | concat.1.bcf.out | |
| - | rw-r--r-- | 2,001 | concat.1.vcf.out | |
| - | rw-r--r-- | 743 | concat.2.a.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 1,194 | concat.2.b.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 1,598 | concat.2.bcf.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,598 | concat.2.vcf.out | |
| - | rw-r--r-- | 410 | concat.3.0.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 1,414 | concat.3.a.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 15,636 | concat.3.b.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 18,457 | concat.3.bcf.out | |
| - | rw-r--r-- | 942 | concat.3.c.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 866 | concat.3.d.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 866 | concat.3.e.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 866 | concat.3.f.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 18,457 | concat.3.vcf.out | |
| - | rw-r--r-- | 206 | concat.4.a.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 232 | concat.4.b.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 1,443 | concat.4.bcf.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,443 | concat.4.vcf.out | |
| - | rw-r--r-- | 450 | concat.5.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 487 | concat.5.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 180 | concat.5.a.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 206 | concat.5.b.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 206 | concat.5.c.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 456 | concat.5.out | |
| - | rw-r--r-- | 132 | consensus.1.chain | |
| - | rw-r--r-- | 1,026 | consensus.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 468 | consensus.10.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 26 | consensus.11.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 26 | consensus.11.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 34 | consensus.11.fa | |
| - | rw-r--r-- | 246 | consensus.11.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 1,031 | consensus.12.fa | |
| - | rw-r--r-- | 1,026 | consensus.12.out | |
| - | rw-r--r-- | 949 | consensus.12.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 40 | consensus.13.fa | |
| - | rw-r--r-- | 34 | consensus.13.out | |
| - | rw-r--r-- | 492 | consensus.13.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 8 | consensus.14.fa | |
| - | rw-r--r-- | 7 | consensus.14.out | |
| - | rw-r--r-- | 132 | consensus.14.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 14 | consensus.15.fa | |
| - | rw-r--r-- | 1,042 | consensus.15.out | |
| - | rw-r--r-- | 295 | consensus.15.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 1,026 | consensus.16.out | |
| - | rw-r--r-- | 839 | consensus.16.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 29 | consensus.17.bed | |
| - | rw-r--r-- | 16 | consensus.17.out | |
| - | rw-r--r-- | 229 | consensus.17.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 513 | consensus.18.fa | |
| - | rw-r--r-- | 1,027 | consensus.18.out | |
| - | rw-r--r-- | 814 | consensus.18.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 135 | consensus.19.fa | |
| - | rw-r--r-- | 803 | consensus.19.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 106 | consensus.2.chain | |
| - | rw-r--r-- | 1,024 | consensus.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 132 | consensus.3.chain | |
| - | rw-r--r-- | 1,026 | consensus.3.out | |
| - | rw-r--r-- | 106 | consensus.4.chain | |
| - | rw-r--r-- | 1,024 | consensus.4.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,031 | consensus.5.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,026 | consensus.8a.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,026 | consensus.8b.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,031 | consensus.8c.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,036 | consensus.8d.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,026 | consensus.8e.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,026 | consensus.8f.out | |
| - | rw-r--r-- | 230 | consensus.9.1.fa | |
| - | rw-r--r-- | 233 | consensus.9.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 184 | consensus.9.2.fa | |
| - | rw-r--r-- | 187 | consensus.9.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 468 | consensus.9.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 1,031 | consensus.fa | |
| - | rw-r--r-- | 31 | consensus.tab | |
| - | rw-r--r-- | 801 | consensus.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 260 | consensus17.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 513 | consensus18.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 136 | consensus19.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 260 | consensus2.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 270 | consensus2.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 260 | consensus2.fa | |
| - | rw-r--r-- | 634 | consensus2.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 271 | consensus3.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 259 | consensus3.out | |
| - | rw-r--r-- | 617 | consensus3.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 264 | consensus4.out | |
| - | rw-r--r-- | 570 | consensus4.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 33 | consensus5.fa | |
| - | rw-r--r-- | 37 | consensus5.out | |
| - | rw-r--r-- | 423 | consensus5.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 233 | consensus6.fa | |
| - | rw-r--r-- | 226 | consensus6.out | |
| - | rw-r--r-- | 346 | consensus6.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 36 | consensus7.fa | |
| - | rw-r--r-- | 405 | consensus7.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 36 | consensus7a.out | |
| - | rw-r--r-- | 36 | consensus7b.out | |
| - | rw-r--r-- | 36 | consensus7c.out | |
| - | rw-r--r-- | 36 | consensus7d.out | |
| - | rw-r--r-- | 949 | consensus8.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 571 | contrast.1.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 417 | contrast.1.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 507 | contrast.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 257 | contrast.1.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 943 | contrast.out | |
| - | rw-r--r-- | 282 | contrast.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 4 | contrast0.txt | |
| - | rw-r--r-- | 2 | contrast1.txt | |
| - | rw-r--r-- | 440 | convert.23andme | |
| - | rw-r--r-- | 1,019 | convert.23andme.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 3,236 | convert.gs.gt.gen | |
| - | rw-r--r-- | 3,004 | convert.gs.gt.ids.3N6.gen | |
| - | rw-r--r-- | 2,940 | convert.gs.gt.ids.gen | |
| - | rw-r--r-- | 2,940 | convert.gs.gt.ids.gen.rev | |
| - | rw-r--r-- | 3,004 | convert.gs.gt.ids.gen6 | |
| - | rw-r--r-- | 204 | convert.gs.gt.samples | |
| - | rw-r--r-- | 4,242 | convert.gs.noids.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 9,661 | convert.gs.pl.gen | |
| - | rw-r--r-- | 204 | convert.gs.pl.samples | |
| - | rw-r--r-- | 4,337 | convert.gs.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 2,228 | convert.gt.noHead.ids.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 2,356 | convert.gt.noHead.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 2,677 | convert.gt.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 28,679 | convert.gvcf.out | |
| - | rw-r--r-- | 9,347 | convert.gvcf.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 60 | convert.hap-missing.haps | |
| - | rw-r--r-- | 390 | convert.hap-missing.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 1,402 | convert.hls.gt.hap | |
| - | rw-r--r-- | 986 | convert.hls.gt.legend | |
| - | rw-r--r-- | 288 | convert.hls.gt.samples | |
| - | rw-r--r-- | 1,282 | convert.hls.haps | |
| - | rw-r--r-- | 568 | convert.hls.ids.legend | |
| - | rw-r--r-- | 864 | convert.hls.legend | |
| - | rw-r--r-- | 288 | convert.hls.samples | |
| - | rw-r--r-- | 2,893 | convert.hs.gt.hap | |
| - | rw-r--r-- | 2,287 | convert.hs.gt.ids.hap | |
| - | rw-r--r-- | 204 | convert.hs.gt.samples | |
| - | rw-r--r-- | 2,192 | convert.hs.hap | |
| - | rw-r--r-- | 2,287 | convert.hs.ids.hap | |
| - | rw-r--r-- | 204 | convert.hs.sample | |
| - | rw-r--r-- | 8,113 | convert.vcf | |
| - | rwxr-xr-x | 4,002 | create-bam-test | |
| - | rw-r--r-- | 4,523 | csq.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 7,117 | csq.2.gff | |
| - | rw-r--r-- | 3,060 | csq.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 300 | csq.2.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 4,896 | csq.3.out | |
| - | rw-r--r-- | 2,631 | csq.chr.gff3 | |
| - | rw-r--r-- | 1,840 | csq.fa | |
| - | rw-r--r-- | 2,529 | csq.gff3 | |
| - | rw-r--r-- | 3,365 | csq.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 161 | dosage.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 161 | dosage.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 121 | dosage.3.out | |
| - | rw-r--r-- | 699 | dosage.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 0 | empty.idx.out | |
| - | rw-r--r-- | 2 | empty.idx_count.out | |
| - | rw-r--r-- | 272 | empty.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 3,778 | ex1.gtf.gz | |
| - | rw-r--r-- | 1,725 | ex2.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 794 | ex3.sam | |
| - | rw-r--r-- | 2,560 | fill-AN-AC.out | |
| - | rw-r--r-- | 516 | fill-tags-AD.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 515 | fill-tags-AD.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 535 | fill-tags-AD.3.out | |
| - | rw-r--r-- | 626 | fill-tags-AD.4.out | |
| - | rw-r--r-- | 343 | fill-tags-AD.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 1,978 | fill-tags-AN0.out | |
| - | rw-r--r-- | 835 | fill-tags-AN0.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 571 | fill-tags-VAF.out | |
| - | rw-r--r-- | 263 | fill-tags-VAF.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 743 | fill-tags-func.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,637 | fill-tags-hemi.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,637 | fill-tags-hemi.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 412 | fill-tags-hemi.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 1,837 | fill-tags-hwe.out | |
| - | rw-r--r-- | 571 | fill-tags-hwe.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 6,161 | fill-tags.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 5,956 | fill-tags.3.out | |
| - | rw-r--r-- | 36 | fill-tags.3.smpl | |
| - | rw-r--r-- | 1,213 | fill-tags.4.out | |
| - | rw-r--r-- | 6,018 | fill-tags.5.out | |
| - | rw-r--r-- | 3,208 | fill-tags.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,876 | filter-missing-floats.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 2,023 | filter.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 2,308 | filter.1.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 682 | filter.10.out | |
| - | rw-r--r-- | 438 | filter.10.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 1,666 | filter.11.out | |
| - | rw-r--r-- | 354 | filter.11.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 14 | filter.12.out | |
| - | rw-r--r-- | 428 | filter.12.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 32 | filter.13.out | |
| - | rw-r--r-- | 126 | filter.14.out | |
| - | rw-r--r-- | 32 | filter.15.out | |
| - | rw-r--r-- | 48 | filter.16.out | |
| - | rw-r--r-- | 48 | filter.17.out | |
| - | rw-r--r-- | 174 | filter.18.out | |
| - | rw-r--r-- | 14 | filter.19.out | |
| - | rw-r--r-- | 2,648 | filter.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 2,472 | filter.2.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 51 | filter.20.out | |
| - | rw-r--r-- | 17 | filter.21.out | |
| - | rw-r--r-- | 17 | filter.22.out | |
| - | rw-r--r-- | 51 | filter.23.out | |
| - | rw-r--r-- | 34 | filter.24.out | |
| - | rw-r--r-- | 17 | filter.25.out | |
| - | rw-r--r-- | 30 | filter.26.out | |
| - | rw-r--r-- | 80 | filter.27.out | |
| - | rw-r--r-- | 8 | filter.28.out | |
| - | rw-r--r-- | 769 | filter.29.out | |
| - | rw-r--r-- | 20 | filter.3.out | |
| - | rw-r--r-- | 3,676 | filter.3.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 405 | filter.30.out | |
| - | rw-r--r-- | 408 | filter.31.out | |
| - | rw-r--r-- | 405 | filter.32.out | |
| - | rw-r--r-- | 405 | filter.33.out | |
| - | rw-r--r-- | 405 | filter.34.out | |
| - | rw-r--r-- | 462 | filter.35.out | |
| - | rw-r--r-- | 405 | filter.36.out | |
| - | rw-r--r-- | 405 | filter.37.out | |
| - | rw-r--r-- | 454 | filter.38.out | |
| - | rw-r--r-- | 454 | filter.39.out | |
| - | rw-r--r-- | 42 | filter.4.out | |
| - | rw-r--r-- | 624 | filter.4.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 2,463 | filter.40.out | |
| - | rw-r--r-- | 2,462 | filter.41.out | |
| - | rw-r--r-- | 2,463 | filter.42.out | |
| - | rw-r--r-- | 2,450 | filter.43.out | |
| - | rw-r--r-- | 46 | filter.5.out | |
| - | rw-r--r-- | 737 | filter.5.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 43 | filter.6.out | |
| - | rw-r--r-- | 317 | filter.6.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 47 | filter.7.out | |
| - | rw-r--r-- | 590 | filter.7.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 18 | filter.8.out | |
| - | rw-r--r-- | 353 | filter.8.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 18 | filter.9.out | |
| - | rw-r--r-- | 407 | filter.9.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 1,221 | fixploidy.out | |
| - | rw-r--r-- | 216 | fixploidy.ploidy | |
| - | rw-r--r-- | 12 | fixploidy.samples | |
| - | rw-r--r-- | 1,131 | fixploidy.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 1,446 | fixref.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 432 | fixref.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 380 | fixref.2a.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 331 | fixref.2b.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 200 | fixref.3.fa | |
| - | rw-r--r-- | 568 | fixref.3.out | |
| - | rw-r--r-- | 516 | fixref.3.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 432 | fixref.4.out | |
| - | rw-r--r-- | 432 | fixref.5.out | |
| - | rw-r--r-- | 432 | fixref.6.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,506 | fixref.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 504 | gtcheck.1.gts.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 26 | gtcheck.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 504 | gtcheck.1.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 37 | gtcheck.10.out | |
| - | rw-r--r-- | 37 | gtcheck.11.out | |
| - | rw-r--r-- | 350 | gtcheck.12.out | |
| - | rw-r--r-- | 26 | gtcheck.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 465 | gtcheck.2.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 240 | gtcheck.3.out | |
| - | rw-r--r-- | 60 | gtcheck.3.pairs | |
| - | rw-r--r-- | 607 | gtcheck.3.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 72 | gtcheck.4.out | |
| - | rw-r--r-- | 18 | gtcheck.4.pairs | |
| - | rw-r--r-- | 866 | gtcheck.4.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 255 | gtcheck.5.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 529 | gtcheck.5.gts.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 24 | gtcheck.5.out | |
| - | rw-r--r-- | 555 | gtcheck.5.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 48 | gtcheck.6.out | |
| - | rw-r--r-- | 26 | gtcheck.7.out | |
| - | rw-r--r-- | 116 | gtcheck.8.out | |
| - | rw-r--r-- | 240 | gtcheck.9.out | |
| - | rw-r--r-- | 234 | gtcheck.ntop.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 78 | gtcheck.ntop.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 475 | gtcheck.ntop.gts.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 342 | gtcheck.ntop.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 262 | guess-ploidy.GL.out | |
| - | rw-r--r-- | 262 | guess-ploidy.PL.out | |
| - | rw-r--r-- | 472 | gvcf.fa | |
| - | rw-r--r-- | 2,749 | gvcf.merge.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 2,418 | gvcf.merge.1.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 2,408 | gvcf.merge.2.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 2,407 | gvcf.merge.3.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 188 | gvcfz.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 172 | gvcfz.2.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 752 | gvcfz.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 164,159 | gvcfz.2.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 180,194 | gvcfz.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 84 | idx.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 256 | idx.1.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 36 | idx.2.bed | |
| - | rw-r--r-- | 70 | idx.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 130 | idx.2.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 104 | idx.3.bed | |
| - | rw-r--r-- | 81 | idx.3.out | |
| - | rw-r--r-- | 195 | idx.3.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 50 | idx.4.bed | |
| - | rw-r--r-- | 50 | idx.4.out | |
| - | rw-r--r-- | 335 | idx.4.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 56 | idx.out | |
| - | rw-r--r-- | 701 | idx.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 3 | idx_count.out | |
| - | rw-r--r-- | 2,438 | indel-stats.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 2,432 | indel-stats.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 2,432 | indel-stats.3.out | |
| - | rw-r--r-- | 949 | indel-stats.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 44 | isec-miss.1.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 156 | isec-miss.1.1.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 194 | isec-miss.1.2.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 212 | isec-miss.1.3.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 31 | isec-miss.1.regs.txt | |
| - | rw-r--r-- | 179 | isec-miss.2.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 156 | isec-miss.2.1.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 329 | isec-miss.2.2.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 407 | isec-miss.2.3.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 1,865 | isec.a.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 69 | isec.ab.C.out | |
| - | rw-r--r-- | 181 | isec.ab.any.out | |
| - | rw-r--r-- | 181 | isec.ab.both.out | |
| - | rw-r--r-- | 36 | isec.ab.flt.out | |
| - | rw-r--r-- | 55 | isec.ab.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,797 | isec.b.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 90 | isec.tab | |
| - | rw-r--r-- | 1,644 | isec.tab.out | |
| - | rw-r--r-- | 288 | large_chrom.20.1.2147483647.out | |
| - | rw-r--r-- | 288 | large_chrom_csi_limit.20.1.2147483647.out | |
| - | rw-r--r-- | 622 | large_chrom_csi_limit.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 915 | many-alts.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 652 | many.alleles.trim.out | |
| - | rw-r--r-- | 2,436 | many.alleles.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 1,421 | mendelian.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 947 | mendelian.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 767 | mendelian.3.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,650 | mendelian.4.out | |
| - | rw-r--r-- | 357 | mendelian.5.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,369 | mendelian.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 366 | merge.10.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 307 | merge.10.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 327 | merge.10.3.out | |
| - | rw-r--r-- | 221 | merge.10.a.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 223 | merge.10.b.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 1,935 | merge.2.a.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 2,187 | merge.2.all.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,938 | merge.2.b.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 2,249 | merge.2.both.out | |
| - | rw-r--r-- | 2,529 | merge.2.none.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,667 | merge.3.a.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 1,672 | merge.3.b.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 1,764 | merge.3.out | |
| - | rw-r--r-- | 2,293 | merge.4.a.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 2,228 | merge.4.b.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 2,665 | merge.4.out | |
| - | rw-r--r-- | 347 | merge.5.a.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 306 | merge.5.b.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 418 | merge.5.out | |
| - | rw-r--r-- | 428 | merge.6.a.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 550 | merge.6.b.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 641 | merge.6.out | |
| - | rw-r--r-- | 267 | merge.7.a.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 267 | merge.7.b.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 330 | merge.8.a.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 330 | merge.8.b.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 386 | merge.8.out | |
| - | rw-r--r-- | 470 | merge.9.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 470 | merge.9.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 414 | merge.9.a.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 392 | merge.9.b.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 387 | merge.9.out | |
| - | rw-r--r-- | 2,057 | merge.LPL.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,982 | merge.LPL.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 2,144 | merge.LPL.3.out | |
| - | rw-r--r-- | 2,288 | merge.LPL.4.out | |
| - | rw-r--r-- | 2,288 | merge.LPL.5.out | |
| - | rw-r--r-- | 2,288 | merge.LPL.6.out | |
| - | rw-r--r-- | 909 | merge.LPL.a.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 909 | merge.LPL.b.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 909 | merge.LPL.c.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 1,545 | merge.a.chk | |
| - | rw-r--r-- | 2,491 | merge.a.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 5,415 | merge.abc.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 5,425 | merge.abc.3.out | |
| - | rw-r--r-- | 5,411 | merge.abc.out | |
| - | rw-r--r-- | 3,272 | merge.b.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 3,258 | merge.c.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 257 | merge.gvcf.10.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 274 | merge.gvcf.10.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 274 | merge.gvcf.10.3.out | |
| - | rw-r--r-- | 270 | merge.gvcf.10.4.out | |
| - | rw-r--r-- | 274 | merge.gvcf.10.5.out | |
| - | rw-r--r-- | 255 | merge.gvcf.10.a.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 167 | merge.gvcf.10.b.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 11 | merge.gvcf.10.fa | |
| - | rw-r--r-- | 11 | merge.gvcf.10.ref | |
| - | rw-r--r-- | 1,859 | merge.gvcf.2.a.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 1,769 | merge.gvcf.2.b.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 830 | merge.gvcf.2.c.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 3,229 | merge.gvcf.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 373 | merge.gvcf.3.a.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 429 | merge.gvcf.3.b.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 513 | merge.gvcf.3.out | |
| - | rw-r--r-- | 986 | merge.gvcf.4.a.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 3,420 | merge.gvcf.4.b.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 3,608 | merge.gvcf.4.out | |
| - | rw-r--r-- | 404 | merge.gvcf.7.a.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 375 | merge.gvcf.7.b.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 445 | merge.gvcf.7.out | |
| - | rw-r--r-- | 346 | merge.gvcf.8.a.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 312 | merge.gvcf.8.b.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 515 | merge.gvcf.8.out | |
| - | rw-r--r-- | 469 | merge.gvcf.9.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 459 | merge.gvcf.9.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 616 | merge.gvcf.9.3.out | |
| - | rw-r--r-- | 473 | merge.gvcf.9.4.out | |
| - | rw-r--r-- | 375 | merge.gvcf.9a.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 350 | merge.gvcf.9b.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 375 | merge.gvcf.9c.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 375 | merge.gvcf.9d.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 350 | merge.gvcf.9e.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 234 | merge.join.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 178 | merge.join.a.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 167 | merge.join.b.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 518 | merge.noidx.a.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 754 | merge.noidx.abc.out | |
| - | rw-r--r-- | 634 | merge.noidx.b.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 634 | merge.noidx.c.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 1,227 | missing.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 2,269 | missing2ref.out | |
| - | rw-r--r-- | 4,533 | mpileup.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 5,438 | mpileup.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 30 | mpileup.2.samples | |
| - | rw-r--r-- | 96 | mpileup.2.tab | |
| - | rw-r--r-- | 3,127 | mpileup.2.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 4,533 | mpileup.3.out | |
| - | rw-r--r-- | 24 | mpileup.3.samples | |
| - | rw-r--r-- | 52 | mpileup.3.tab | |
| - | rw-r--r-- | 26,172 | mpileup.3.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 4,533 | mpileup.4.out | |
| - | rw-r--r-- | 24 | mpileup.4.samples | |
| - | rw-r--r-- | 65 | mpileup.4.tab | |
| - | rw-r--r-- | 8,800 | mpileup.4.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 4,324 | mpileup.5.out | |
| - | rw-r--r-- | 16 | mpileup.5.samples | |
| - | rw-r--r-- | 78 | mpileup.5.tab | |
| - | rw-r--r-- | 54,647 | mpileup.5.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 248 | mpileup.6.tab | |
| - | rw-r--r-- | 213 | mpileup.7.tab | |
| - | rw-r--r-- | 2,221 | mpileup.NA19213.NA19129.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 4,473 | mpileup.X.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 4,495 | mpileup.X.out | |
| - | rw-r--r-- | 643,355 | mpileup.X.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 5,562 | mpileup.c.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 5,506 | mpileup.c.X.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 5,527 | mpileup.c.X.out | |
| - | rw-r--r-- | 643,355 | mpileup.c.X.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 647,459 | mpileup.c.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 3,097 | mpileup.cAls.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,169 | mpileup.cAls.3.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,251 | mpileup.cAls.4.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,221 | mpileup.cAls.5.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,875 | mpileup.cAls.6.out | |
| - | rw-r--r-- | 3,311 | mpileup.cAls.7.out | |
| - | rw-r--r-- | 3,966 | mpileup.cAls.out | |
| - | rw-r--r-- | 18 | mpileup.cals.1.tab | |
| - | rw-r--r-- | 2,604 | mpileup.cals.1.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 263 | mpileup.cals.2.tab | |
| - | rw-r--r-- | 1,214 | mpileup.cals.2.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 2,565 | mpileup.cals.8.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,416 | mpileup.cals.9.out | |
| - | rw-r--r-- | 2,213 | mpileup.hwe.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 2,213 | mpileup.hwe.1b.out | |
| - | rw-r--r-- | 3,415 | mpileup.hwe.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 4,320 | mpileup.hwe.3.out | |
| - | rw-r--r-- | 3,415 | mpileup.hwe.4.out | |
| - | rw-r--r-- | 2,496 | mpileup.hwe.samples | |
| - | rw-r--r-- | 129,947 | mpileup.hwe.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 72 | mpileup.ped | |
| - | rw-r--r-- | 49 | mpileup.ploidy | |
| - | rw-r--r-- | 30 | mpileup.samples | |
| - | rw-r--r-- | 127 | mpileup.tab | |
| - | rw-r--r-- | 647,534 | mpileup.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 92 | mplp.10.samples | |
| - | rw-r--r-- | 10 | mplp.11.rgs | |
| - | rw-r--r-- | 32 | mplp.9.samples | |
| - | rw-r--r-- | 16 | mplp.samples | |
| - | rw-r--r-- | 46 | norm.2.fa | |
| - | rw-r--r-- | 236 | norm.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 184 | norm.2.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 25 | norm.3.fa | |
| - | rw-r--r-- | 183 | norm.3.out | |
| - | rw-r--r-- | 132 | norm.3.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 294 | norm.4.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 272 | norm.4.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 308 | norm.4.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 1,202 | norm.fa | |
| - | rw-r--r-- | 55 | norm.iupac.fa | |
| - | rw-r--r-- | 162 | norm.iupac.out | |
| - | rw-r--r-- | 112 | norm.iupac.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 2,563 | norm.merge.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 2,701 | norm.merge.2.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 3,260 | norm.merge.3.out | |
| - | rw-r--r-- | 3,238 | norm.merge.3.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 4,786 | norm.merge.out | |
| - | rw-r--r-- | 4,785 | norm.merge.strict.out | |
| - | rw-r--r-- | 5,489 | norm.merge.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 4,966 | norm.out | |
| - | rw-r--r-- | 378 | norm.rmdup.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,028 | norm.rmdup.2.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 800 | norm.rmdup.2.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 462 | norm.rmdup.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,028 | norm.rmdup.2.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 332 | norm.rmdup.3.out | |
| - | rw-r--r-- | 310 | norm.rmdup.4.out | |
| - | rw-r--r-- | 464 | norm.rmdup.5.out | |
| - | rw-r--r-- | 484 | norm.rmdup.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 2,959 | norm.setref.out | |
| - | rw-r--r-- | 2,959 | norm.setref.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 2,994 | norm.split.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 2,496 | norm.split.2.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 2,707 | norm.split.3.out | |
| - | rw-r--r-- | 3,029 | norm.split.3.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 922 | norm.split.4.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 928 | norm.split.4.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 770 | norm.split.4.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 5,389 | norm.split.and.norm.out | |
| - | rw-r--r-- | 5,626 | norm.split.out | |
| - | rw-r--r-- | 4,803 | norm.split.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 157 | norm.telomere.out | |
| - | rw-r--r-- | 106 | norm.telomere.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 5,250 | norm.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 291 | overlap.0.out | |
| - | rw-r--r-- | 439 | overlap.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 387 | overlap.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 388 | overlap.neg0.out | |
| - | rw-r--r-- | 240 | overlap.neg1.out | |
| - | rw-r--r-- | 292 | overlap.neg2.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,013 | overlap.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 25 | parental-origin.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 25 | parental-origin.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 25 | parental-origin.3.out | |
| - | rw-r--r-- | 25 | parental-origin.4.out | |
| - | rw-r--r-- | 25 | parental-origin.5.out | |
| - | rw-r--r-- | 767 | parental-origin.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 3,366 | perl-flt.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 2,157 | plugin-missing2ref.out.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 2,054 | plugin-missing2ref.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 2,269 | plugin1.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 1,663 | prune.1.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,074 | prune.1.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 687 | prune.1.3.out | |
| - | rw-r--r-- | 490 | prune.1.4.out | |
| - | rw-r--r-- | 490 | prune.1.5.out | |
| - | rw-r--r-- | 490 | prune.1.6.out | |
| - | rw-r--r-- | 490 | prune.1.7.out | |
| - | rw-r--r-- | 590 | prune.1.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 1,402 | prune.2.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 585 | prune.2.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 16 | query.10.out | |
| - | rw-r--r-- | 32 | query.11.out | |
| - | rw-r--r-- | 515 | query.12.out | |
| - | rw-r--r-- | 48 | query.13.out | |
| - | rw-r--r-- | 48 | query.14.out | |
| - | rw-r--r-- | 48 | query.15.out | |
| - | rw-r--r-- | 48 | query.16.out | |
| - | rw-r--r-- | 8 | query.17.out | |
| - | rw-r--r-- | 20 | query.18.out | |
| - | rw-r--r-- | 32 | query.19.out | |
| - | rw-r--r-- | 15 | query.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 663 | query.2.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 20 | query.20.out | |
| - | rw-r--r-- | 34 | query.21.out | |
| - | rw-r--r-- | 20 | query.22.out | |
| - | rw-r--r-- | 35 | query.23.out | |
| - | rw-r--r-- | 33 | query.24.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,059 | query.25.out | |
| - | rw-r--r-- | 12 | query.26.out | |
| - | rw-r--r-- | 27 | query.27.out | |
| - | rw-r--r-- | 53 | query.28.out | |
| - | rw-r--r-- | 38 | query.29.out | |
| - | rw-r--r-- | 18 | query.3.out | |
| - | rw-r--r-- | 389 | query.30.out | |
| - | rw-r--r-- | 256 | query.31.out | |
| - | rw-r--r-- | 30 | query.32.out | |
| - | rw-r--r-- | 16 | query.33.out | |
| - | rw-r--r-- | 38 | query.34.out | |
| - | rw-r--r-- | 23 | query.35.out | |
| - | rw-r--r-- | 45 | query.36.out | |
| - | rw-r--r-- | 49 | query.37.out | |
| - | rw-r--r-- | 49 | query.38.out | |
| - | rw-r--r-- | 38 | query.39.out | |
| - | rw-r--r-- | 24 | query.4.out | |
| - | rw-r--r-- | 42 | query.40.out | |
| - | rw-r--r-- | 39 | query.41.out | |
| - | rw-r--r-- | 26 | query.42.out | |
| - | rw-r--r-- | 87 | query.43.out | |
| - | rw-r--r-- | 14 | query.44.out | |
| - | rw-r--r-- | 39 | query.45.out | |
| - | rw-r--r-- | 51 | query.46.out | |
| - | rw-r--r-- | 14 | query.47.out | |
| - | rw-r--r-- | 13 | query.48.out | |
| - | rw-r--r-- | 18 | query.49.out | |
| - | rw-r--r-- | 30 | query.5.out | |
| - | rw-r--r-- | 32 | query.50.out | |
| - | rw-r--r-- | 44 | query.51.out | |
| - | rw-r--r-- | 23 | query.52.out | |
| - | rw-r--r-- | 48 | query.53.out | |
| - | rw-r--r-- | 36 | query.54.out | |
| - | rw-r--r-- | 132 | query.55.out | |
| - | rw-r--r-- | 30 | query.56.out | |
| - | rw-r--r-- | 66 | query.57.out | |
| - | rw-r--r-- | 132 | query.58.out | |
| - | rw-r--r-- | 47 | query.59.out | |
| - | rw-r--r-- | 67 | query.6.out | |
| - | rw-r--r-- | 20 | query.60.out | |
| - | rw-r--r-- | 220 | query.61.out | |
| - | rw-r--r-- | 340 | query.62.out | |
| - | rw-r--r-- | 78 | query.63.out | |
| - | rw-r--r-- | 814 | query.64.out | |
| - | rw-r--r-- | 269 | query.65.out | |
| - | rw-r--r-- | 28 | query.66.out | |
| - | rw-r--r-- | 12 | query.67.out | |
| - | rw-r--r-- | 18 | query.68.out | |
| - | rw-r--r-- | 11 | query.69.out | |
| - | rw-r--r-- | 10 | query.7.out | |
| - | rw-r--r-- | 12 | query.70.out | |
| - | rw-r--r-- | 24 | query.71.out | |
| - | rw-r--r-- | 24 | query.72.out | |
| - | rw-r--r-- | 9 | query.73.out | |
| - | rw-r--r-- | 9 | query.74.out | |
| - | rw-r--r-- | 382 | query.75.out | |
| - | rw-r--r-- | 6 | query.76.out | |
| - | rw-r--r-- | 25 | query.77.out | |
| - | rw-r--r-- | 15 | query.78.out | |
| - | rw-r--r-- | 16 | query.79.out | |
| - | rw-r--r-- | 112 | query.8.out | |
| - | rw-r--r-- | 18 | query.80.out | |
| - | rw-r--r-- | 36 | query.81.out | |
| - | rw-r--r-- | 38 | query.82.out | |
| - | rw-r--r-- | 38 | query.83.out | |
| - | rw-r--r-- | 7 | query.84.out | |
| - | rw-r--r-- | 2 | query.85.out | |
| - | rw-r--r-- | 12 | query.86.out | |
| - | rw-r--r-- | 4 | query.87.out | |
| - | rw-r--r-- | 17 | query.88.out | |
| - | rw-r--r-- | 10 | query.89.out | |
| - | rw-r--r-- | 20 | query.9.out | |
| - | rw-r--r-- | 11 | query.90.out | |
| - | rw-r--r-- | 4 | query.91.out | |
| - | rw-r--r-- | 20,928 | query.add-variantkey.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 6,104 | query.allele-length.tsv | |
| - | rw-r--r-- | 1,015 | query.filter-type.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 435 | query.filter.10.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 251 | query.filter.11.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 295 | query.filter.12.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 270 | query.filter.13.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 597 | query.filter.2.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 635 | query.filter.3.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 635 | query.filter.4.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 1,133 | query.filter.5.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 454 | query.filter.6.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 391 | query.filter.7.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 303 | query.filter.8.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 332 | query.filter.9.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 16 | query.filter.id.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 6 | query.filter.id.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 202 | query.filter.id.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 1,189 | query.filter.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 1,956 | query.negative.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 18,711 | query.nucleotide.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 536 | query.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,180 | query.pbinom.1.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 7 | query.smpl.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 3 | query.smpl.11.txt | |
| - | rw-r--r-- | 3 | query.smpl.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 7 | query.smpl.3.out | |
| - | rw-r--r-- | 3 | query.smpl.4.out | |
| - | rw-r--r-- | 14 | query.smpl.5.out | |
| - | rw-r--r-- | 6 | query.smpl.6.out | |
| - | rw-r--r-- | 6 | query.smpl.txt | |
| - | rw-r--r-- | 187 | query.smpl.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 163 | query.string.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 56 | query.string.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 453 | query.string.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 1,716 | query.variantkey.hex.out | |
| - | rw-r--r-- | 18,711 | query.variantkey.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 2,312 | query.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 1,141 | ref.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,141 | ref.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 147 | regions.out | |
| - | rw-r--r-- | 144 | regions.tab | |
| - | rw-r--r-- | 1,815 | regions.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 2,587 | reheader.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 2,587 | reheader.1.out.bcf | |
| - | rw-r--r-- | 2,783 | reheader.2.hdr | |
| - | rw-r--r-- | 3,961 | reheader.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 4,258 | reheader.2.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 3,963 | reheader.3.out | |
| - | rw-r--r-- | 3,964 | reheader.4.out | |
| - | rw-r--r-- | 4,876 | reheader.5.out | |
| - | rw-r--r-- | 255 | reheader.empty.hdr | |
| - | rw-r--r-- | 307 | reheader.empty.out | |
| - | rw-r--r-- | 715 | reheader.fai | |
| - | rw-r--r-- | 1,008 | reheader.hdr | |
| - | rw-r--r-- | 8 | reheader.samples | |
| - | rw-r--r-- | 24 | reheader.samples2 | |
| - | rw-r--r-- | 28 | reheader.samples3 | |
| - | rw-r--r-- | 11 | reheader.samples4 | |
| - | rw-r--r-- | 3,917 | reheader.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 240 | remove-overlaps.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 261 | remove-overlaps.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 527 | remove-overlaps.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 51 | roh.1.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 347 | roh.1.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 289 | roh.1.3.out | |
| - | rw-r--r-- | 405 | roh.1.4.out | |
| - | rw-r--r-- | 15,306 | roh.1.tab.gz | |
| - | rw-r--r-- | 9,546 | roh.1.tab.gz.tbi | |
| - | rw-r--r-- | 17,805 | roh.1.vcf.gz | |
| - | rw-r--r-- | 8,848 | roh.1.vcf.gz.csi | |
| - | rw-r--r-- | 409 | scatter.1.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 303 | scatter.1.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 409 | scatter.1.3.out | |
| - | rw-r--r-- | 512 | scatter.1.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 2,181 | setGT.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,210 | setGT.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,210 | setGT.2.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 367 | setGT.3.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 367 | setGT.3.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 355 | setGT.3.3.out | |
| - | rw-r--r-- | 373 | setGT.3.4.out | |
| - | rw-r--r-- | 373 | setGT.3.5.out | |
| - | rw-r--r-- | 391 | setGT.3.6.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,210 | setGT.3.out | |
| - | rw-r--r-- | 315 | setGT.3.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 475 | setGT.4.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 475 | setGT.4.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 437 | setGT.4.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 24 | setGT.samples.txt | |
| - | rw-r--r-- | 2,181 | setGT.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 1,486 | smpl-stats.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 176 | sort.out | |
| - | rw-r--r-- | 501 | sort.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 7,429 | split-vep.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 285 | split-vep.10.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,506 | split-vep.10.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 2,420 | split-vep.11.out | |
| - | rw-r--r-- | 2,456 | split-vep.12.out | |
| - | rw-r--r-- | 7,403 | split-vep.13.out | |
| - | rw-r--r-- | 15,767 | split-vep.14.out | |
| - | rw-r--r-- | 157 | split-vep.15.out | |
| - | rw-r--r-- | 125 | split-vep.16.out | |
| - | rw-r--r-- | 84 | split-vep.17.out | |
| - | rw-r--r-- | 25,468 | split-vep.18.out | |
| - | rw-r--r-- | 16,692 | split-vep.19.out | |
| - | rw-r--r-- | 620 | split-vep.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 6,289 | split-vep.2.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 1,573 | split-vep.20.out | |
| - | rw-r--r-- | 476 | split-vep.21.out | |
| - | rw-r--r-- | 287 | split-vep.22.out | |
| - | rw-r--r-- | 66 | split-vep.23.out | |
| - | rw-r--r-- | 11 | split-vep.24.out | |
| - | rw-r--r-- | 11 | split-vep.25.out | |
| - | rw-r--r-- | 448 | split-vep.3.out | |
| - | rw-r--r-- | 6,402 | split-vep.3.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 108 | split-vep.4.out | |
| - | rw-r--r-- | 9,982 | split-vep.4.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 13 | split-vep.5.out | |
| - | rw-r--r-- | 9,122 | split-vep.5.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 28 | split-vep.6.out | |
| - | rw-r--r-- | 11,500 | split-vep.6.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 133 | split-vep.7.out | |
| - | rw-r--r-- | 2,468 | split-vep.7.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 163 | split-vep.8.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,004 | split-vep.8.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 249 | split-vep.9.out | |
| - | rw-r--r-- | 637 | split-vep.9.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 632,295 | split-vep.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 508 | split.1.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 249 | split.1.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 298 | split.1.3.out | |
| - | rw-r--r-- | 62 | split.1.4.out | |
| - | rw-r--r-- | 157 | split.1.5.out | |
| - | rw-r--r-- | 167 | split.1.6.out | |
| - | rw-r--r-- | 381 | split.1.7.out | |
| - | rw-r--r-- | 170 | split.1.8.out | |
| - | rw-r--r-- | 335 | split.1.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 532 | split.2.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 346 | split.2.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 52 | split.grp.1.1.txt | |
| - | rw-r--r-- | 24 | split.smpl.1.2.txt | |
| - | rw-r--r-- | 53 | split.smpl.1.3.txt | |
| - | rw-r--r-- | 90 | split.smpl.1.4.txt | |
| - | rw-r--r-- | 1,925 | stats.B.chk | |
| - | rw-r--r-- | 416 | stats.a.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 416 | stats.b.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 2,644 | stats.chk | |
| - | rw-r--r-- | 857 | stats.counts.chk | |
| - | rw-r--r-- | 813 | stats.counts.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 67 | tabix.1.3000151.out | |
| - | rw-r--r-- | 74 | tabix.2.3199812.out | |
| - | rw-r--r-- | 2,205 | test-rbuf.c | |
| - | rw-r--r-- | 15,484 | test-regidx.c | |
| - | rwxr-xr-x | 149,634 | test.pl | |
| - | rw-r--r-- | 2,068 | trio-stats.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 95 | trio-stats.2.ped | |
| - | rw-r--r-- | 1,793 | trio-stats.out | |
| - | rw-r--r-- | 190 | trio-stats.ped | |
| - | rw-r--r-- | 918 | trio-stats.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 384 | trio.out | |
| - | rw-r--r-- | 192 | trio.ped | |
| - | rw-r--r-- | 798 | trio.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 442 | variant-distance.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 269 | variant-distance.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 46 | variantkey-hex.out | |
| - | rw-r--r-- | 16 | vcf2sex.out | |
| - | rw-r--r-- | 859 | vcf2sex.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 139 | view-a.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,227 | view-a.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 32 | view-t.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 16 | view-t.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 223 | view-t.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 3,767 | view.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 3,116 | view.10.out | |
| - | rw-r--r-- | 3,114 | view.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 2,897 | view.3.out | |
| - | rw-r--r-- | 2,992 | view.4.out | |
| - | rw-r--r-- | 3,344 | view.5.out | |
| - | rw-r--r-- | 4,762 | view.6.out | |
| - | rw-r--r-- | 2,560 | view.7.out | |
| - | rw-r--r-- | 95 | view.8.out | |
| - | rw-r--r-- | 2,740 | view.9.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,923 | view.GL.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 2,391 | view.GP.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 1,865 | view.GT.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 716 | view.GTisec.H.out | |
| - | rw-r--r-- | 866 | view.GTisec.Hm.out | |
| - | rw-r--r-- | 866 | view.GTisec.Hmv.out | |
| - | rw-r--r-- | 716 | view.GTisec.Hv.out | |
| - | rw-r--r-- | 615 | view.GTisec.m.out | |
| - | rw-r--r-- | 781 | view.GTisec.mv.out | |
| - | rw-r--r-- | 443 | view.GTisec.out | |
| - | rw-r--r-- | 582 | view.GTisec.v.out | |
| - | rw-r--r-- | 3,721 | view.GTsubset.NA1.out | |
| - | rw-r--r-- | 4,383 | view.GTsubset.NA1NA2.out | |
| - | rw-r--r-- | 3,151 | view.GTsubset.NA1NA2NA3.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,777 | view.PL.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 2,902 | view.chrs.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,159 | view.chrs.tab | |
| - | rw-r--r-- | 3,193 | view.chrs.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 207 | view.dropgenotypes.noheader.out | |
| - | rw-r--r-- | 643 | view.dropgenotypes.out | |
| - | rw-r--r-- | 5,295 | view.exclude.out | |
| - | rw-r--r-- | 330 | view.filter.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 3,754 | view.filter.10.out | |
| - | rw-r--r-- | 3,754 | view.filter.11.out | |
| - | rw-r--r-- | 472 | view.filter.12.out | |
| - | rw-r--r-- | 330 | view.filter.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 420 | view.filter.2.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 330 | view.filter.3.out | |
| - | rw-r--r-- | 330 | view.filter.4.out | |
| - | rw-r--r-- | 330 | view.filter.5.out | |
| - | rw-r--r-- | 3,754 | view.filter.6.out | |
| - | rw-r--r-- | 3,754 | view.filter.7.out | |
| - | rw-r--r-- | 3,754 | view.filter.8.out | |
| - | rw-r--r-- | 3,754 | view.filter.9.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,418 | view.filter.annovar.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 966 | view.filter.annovar.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 966 | view.filter.annovar.3.out | |
| - | rw-r--r-- | 6,928 | view.filter.annovar.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 3,678 | view.filter.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 111 | view.minmaxac.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 111 | view.minmaxac.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 948 | view.minmaxac.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 1,263 | view.omitgenotypes.out | |
| - | rw-r--r-- | 1,159 | view.omitgenotypes.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 228 | view.sites.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 48 | view.sites.txt | |
| - | rw-r--r-- | 86 | view.sites.txt.gz | |
| - | rw-r--r-- | 96 | view.sites.txt.gz.tbi | |
| - | rw-r--r-- | 228 | view.sites.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 5,482 | view.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 2,058 | view.vectors.2.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 4,444 | view.vectors.A.out | |
| - | rw-r--r-- | 4,386 | view.vectors.B.out | |
| - | rw-r--r-- | 2,220 | view.vectors.C.out | |
| - | rw-r--r-- | 4,634 | view.vectors.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 136 | view64bit.1.out | |
| - | rw-r--r-- | 615 | view64bit.1.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 53 | view64bit.2.out | |
| - | rw-r--r-- | 483 | view64bit.2.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 63 | view64bit.3.out | |
| - | rw-r--r-- | 493 | view64bit.3.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 53 | view64bit.4.out | |
| - | rw-r--r-- | 403 | view64bit.4.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 245 | view64bit.5.out | |
| - | rw-r--r-- | 655 | view64bit.5.vcf |
