package info (click to toggle)
bcftools 1.16-1
  • links: PTS, VCS
  • area: main
  • in suites: bookworm
  • size: 20,252 kB
  • sloc: ansic: 60,589; perl: 5,818; python: 587; sh: 333; makefile: 284

Folder: test

d .. (parent)
d d rwxr-xr-x 4,096 csq
d d rwxr-xr-x 4,096 mpileup
d d rwxr-xr-x 4,096 trio-dnm
- - rw-r--r-- 287 23andme.fa
- - rw-r--r-- 1,190 aa.2.out
- - rw-r--r-- 1,124 aa.fa
- - rw-r--r-- 67 aa.hdr
- - rw-r--r-- 1,272 aa.out
- - rw-r--r-- 1,190 aa.vcf
- - rw-r--r-- 1,355 ad-bias.2.out
- - rw-r--r-- 2,663 ad-bias.2.vcf
- - rw-r--r-- 1,471 ad-bias.out
- - rw-r--r-- 32 ad-bias.samples
- - rw-r--r-- 2,591 ad-bias.vcf
- - rw-r--r-- 745 af-dist.out
- - rw-r--r-- 1,111 af-dist.vcf
- - rw-r--r-- 634 annotate.32.out
- - rw-r--r-- 259 annotate.hdr
- - rw-r--r-- 358 annotate.id.1.out
- - rw-r--r-- 358 annotate.id.2.out
- - rw-r--r-- 306 annotate.id.vcf
- - rw-r--r-- 636 annotate.missing-append.1.out
- - rw-r--r-- 302 annotate.missing-append.tab
- - rw-r--r-- 443 annotate.missing-append.vcf
- - rw-r--r-- 511 annotate.missing.1.out
- - rw-r--r-- 526 annotate.missing.2.out
- - rw-r--r-- 530 annotate.missing.3.out
- - rw-r--r-- 511 annotate.missing.4.out
- - rw-r--r-- 552 annotate.missing.5.out
- - rw-r--r-- 521 annotate.missing.6.out
- - rw-r--r-- 102 annotate.missing.tab
- - rw-r--r-- 432 annotate.missing.vcf
- - rw-r--r-- 262 annotate.multi.1.out
- - rw-r--r-- 63 annotate.multi.tab
- - rw-r--r-- 191 annotate.multi.vcf
- - rw-r--r-- 491 annotate.olap.1.out
- - rw-r--r-- 470 annotate.olap.2.out
- - rw-r--r-- 406 annotate.olap.vcf
- - rw-r--r-- 3,232 annotate.out
- - rw-r--r-- 700 annotate.tab
- - rw-r--r-- 2,651 annotate.vcf
- - rw-r--r-- 192 annotate10.hdr
- - rw-r--r-- 1,233 annotate10.out
- - rw-r--r-- 1,015 annotate10.vcf
- - rw-r--r-- 1,209 annotate11.out
- - rw-r--r-- 458 annotate11.vcf
- - rw-r--r-- 1,366 annotate12.out
- - rw-r--r-- 238 annotate12.vcf
- - rw-r--r-- 67 annotate13.hdr
- - rw-r--r-- 929 annotate13.out
- - rw-r--r-- 319 annotate13.vcf
- - rw-r--r-- 1,141 annotate14.out
- - rw-r--r-- 1,247 annotate14.vcf
- - rw-r--r-- 139 annotate15.hdr
- - rw-r--r-- 1,199 annotate15.out
- - rw-r--r-- 64 annotate15.tab
- - rw-r--r-- 203 annotate15.vcf
- - rw-r--r-- 1,291 annotate16.out
- - rw-r--r-- 96 annotate16.vcf
- - rw-r--r-- 438 annotate17.1.out
- - rw-r--r-- 20 annotate17.1.tab
- - rw-r--r-- 384 annotate17.1.vcf
- - rw-r--r-- 438 annotate17.2.out
- - rw-r--r-- 374 annotate17.2.vcf
- - rw-r--r-- 498 annotate17.3.out
- - rw-r--r-- 42 annotate17.3.tab
- - rw-r--r-- 398 annotate17.3.vcf
- - rw-r--r-- 1,161 annotate17.out
- - rw-r--r-- 693 annotate18.1.out
- - rw-r--r-- 40 annotate18.1.tab
- - rw-r--r-- 601 annotate18.1.vcf
- - rw-r--r-- 707 annotate18.2.out
- - rw-r--r-- 56 annotate18.2.tab
- - rw-r--r-- 591 annotate18.2.vcf
- - rw-r--r-- 1,271 annotate18.out
- - rw-r--r-- 435 annotate19.1.out
- - rw-r--r-- 519 annotate19.2.out
- - rw-r--r-- 221 annotate19.dst.vcf
- - rw-r--r-- 1,271 annotate19.out
- - rw-r--r-- 486 annotate19.src.vcf
- - rw-r--r-- 2,929 annotate2.out
- - rw-r--r-- 82 annotate2.tab
- - rw-r--r-- 1,115 annotate2.vcf
- - rw-r--r-- 262 annotate20.1.out
- - rw-r--r-- 262 annotate20.2.out
- - rw-r--r-- 262 annotate20.3.out
- - rw-r--r-- 210 annotate20.dst.vcf
- - rw-r--r-- 1,271 annotate20.out
- - rw-r--r-- 210 annotate20.src.vcf
- - rw-r--r-- 454 annotate21.out
- - rw-r--r-- 232 annotate21.txt
- - rw-r--r-- 1,233 annotate21.vcf
- - rw-r--r-- 3,103 annotate22.out
- - rw-r--r-- 252 annotate22.vcf
- - rw-r--r-- 460 annotate23.out
- - rw-r--r-- 89 annotate23.tab
- - rw-r--r-- 320 annotate23.vcf
- - rw-r--r-- 491 annotate24.1.out
- - rw-r--r-- 313 annotate24.dst.vcf
- - rw-r--r-- 456 annotate24.out
- - rw-r--r-- 580 annotate24.src.vcf
- - rw-r--r-- 404 annotate25.1.out
- - rw-r--r-- 1,186 annotate25.out
- - rw-r--r-- 89 annotate25.tab
- - rw-r--r-- 323 annotate25.vcf
- - rw-r--r-- 199 annotate26.1.out
- - rw-r--r-- 410 annotate26.out
- - rw-r--r-- 30 annotate26.tab
- - rw-r--r-- 147 annotate26.vcf
- - rw-r--r-- 410 annotate27.out
- - rw-r--r-- 113 annotate27.tab
- - rw-r--r-- 562 annotate27.vcf
- - rw-r--r-- 148 annotate28.out
- - rw-r--r-- 1,197 annotate29.out
- - rw-r--r-- 2,824 annotate3.out
- - rw-r--r-- 1,181 annotate3.vcf
- - rw-r--r-- 251 annotate30.out
- - rw-r--r-- 390 annotate31.out
- - rw-r--r-- 108 annotate4.hdr
- - rw-r--r-- 1,367 annotate4.out
- - rw-r--r-- 630 annotate4.vcf
- - rw-r--r-- 1,271 annotate5.out
- - rw-r--r-- 723 annotate6.out
- - rw-r--r-- 866 annotate7.out
- - rw-r--r-- 786 annotate8.out
- - rw-r--r-- 1,960 annotate9.out
- - rw-r--r-- 1,892 annotate9.vcf
- - rw-r--r-- 370 annots.id.vcf
- - rw-r--r-- 51 annots.olap.tab
- - rw-r--r-- 2,648 annots.vcf
- - rw-r--r-- 148 annots10.tab
- - rw-r--r-- 76 annots11.tab
- - rw-r--r-- 1,147 annots11.vcf
- - rw-r--r-- 1,291 annots12.vcf
- - rw-r--r-- 60 annots13.tab
- - rw-r--r-- 1,154 annots2.vcf
- - rw-r--r-- 156 annots4.tab
- - rw-r--r-- 752 annots4.vcf
- - rw-r--r-- 134 annots9.tab
- - rw-r--r-- 1,927 annots9.vcf
- - rw-r--r-- 4,351 atomize.split.1.1.out
- - rw-r--r-- 4,093 atomize.split.1.2.out
- - rw-r--r-- 2,768 atomize.split.1.vcf
- - rw-r--r-- 946 atomize.split.2.1.out
- - rw-r--r-- 936 atomize.split.2.2.out
- - rw-r--r-- 616 atomize.split.2.vcf
- - rw-r--r-- 268 atomize.split.3.1.out
- - rw-r--r-- 194 atomize.split.3.vcf
- - rw-r--r-- 2,725 call-G.1.out
- - rw-r--r-- 3,638 call-G.2.1.out
- - rw-r--r-- 3,262 call-G.2.out
- - rw-r--r-- 3,725 call-G.2.vcf
- - rw-r--r-- 2,878 call-G.vcf
- - rw-r--r-- 1,589 call.af-fixation.1.out
- - rw-r--r-- 1,935 call.af-fixation.2.out
- - rw-r--r-- 2,521 call.af-fixation.3.out
- - rw-r--r-- 595 call.af-fixation.txt
- - rw-r--r-- 2,426 call.af-fixation.vcf
- - rw-r--r-- 4,204 check.chk
- - rw-r--r-- 642 check.gs.chrom.gen
- - rw-r--r-- 36 check.gs.chrom.samples
- - rw-r--r-- 471 check.gs.vcfids.gen
- - rw-r--r-- 36 check.gs.vcfids.samples
- - rw-r--r-- 491 check.gs.vcfids_chrom.gen
- - rw-r--r-- 36 check.gs.vcfids_chrom.samples
- - rw-r--r-- 2,742 check.vcf
- - rw-r--r-- 2,088 check_merge.chk
- - rw-r--r-- 78 checkploidy.2.out
- - rw-r--r-- 355 checkploidy.2.vcf
- - rw-r--r-- 113 checkploidy.3.out
- - rw-r--r-- 89 checkploidy.out
- - rw-r--r-- 241 checkploidy.vcf
- - rw-r--r-- 1,619 concat.1.a.vcf
- - rw-r--r-- 981 concat.1.b.vcf
- - rw-r--r-- 2,001 concat.1.bcf.out
- - rw-r--r-- 2,001 concat.1.vcf.out
- - rw-r--r-- 743 concat.2.a.vcf
- - rw-r--r-- 1,194 concat.2.b.vcf
- - rw-r--r-- 1,598 concat.2.bcf.out
- - rw-r--r-- 1,598 concat.2.vcf.out
- - rw-r--r-- 410 concat.3.0.vcf
- - rw-r--r-- 1,414 concat.3.a.vcf
- - rw-r--r-- 15,636 concat.3.b.vcf
- - rw-r--r-- 18,457 concat.3.bcf.out
- - rw-r--r-- 942 concat.3.c.vcf
- - rw-r--r-- 866 concat.3.d.vcf
- - rw-r--r-- 866 concat.3.e.vcf
- - rw-r--r-- 866 concat.3.f.vcf
- - rw-r--r-- 18,457 concat.3.vcf.out
- - rw-r--r-- 206 concat.4.a.vcf
- - rw-r--r-- 232 concat.4.b.vcf
- - rw-r--r-- 1,443 concat.4.bcf.out
- - rw-r--r-- 1,443 concat.4.vcf.out
- - rw-r--r-- 450 concat.5.1.out
- - rw-r--r-- 487 concat.5.2.out
- - rw-r--r-- 180 concat.5.a.vcf
- - rw-r--r-- 206 concat.5.b.vcf
- - rw-r--r-- 206 concat.5.c.vcf
- - rw-r--r-- 456 concat.5.out
- - rw-r--r-- 132 consensus.1.chain
- - rw-r--r-- 1,026 consensus.1.out
- - rw-r--r-- 468 consensus.10.vcf
- - rw-r--r-- 26 consensus.11.1.out
- - rw-r--r-- 26 consensus.11.2.out
- - rw-r--r-- 34 consensus.11.fa
- - rw-r--r-- 246 consensus.11.vcf
- - rw-r--r-- 1,031 consensus.12.fa
- - rw-r--r-- 1,026 consensus.12.out
- - rw-r--r-- 949 consensus.12.vcf
- - rw-r--r-- 40 consensus.13.fa
- - rw-r--r-- 34 consensus.13.out
- - rw-r--r-- 492 consensus.13.vcf
- - rw-r--r-- 8 consensus.14.fa
- - rw-r--r-- 7 consensus.14.out
- - rw-r--r-- 132 consensus.14.vcf
- - rw-r--r-- 14 consensus.15.fa
- - rw-r--r-- 1,042 consensus.15.out
- - rw-r--r-- 295 consensus.15.vcf
- - rw-r--r-- 1,026 consensus.16.out
- - rw-r--r-- 839 consensus.16.vcf
- - rw-r--r-- 29 consensus.17.bed
- - rw-r--r-- 16 consensus.17.out
- - rw-r--r-- 229 consensus.17.vcf
- - rw-r--r-- 513 consensus.18.fa
- - rw-r--r-- 1,027 consensus.18.out
- - rw-r--r-- 814 consensus.18.vcf
- - rw-r--r-- 135 consensus.19.fa
- - rw-r--r-- 803 consensus.19.vcf
- - rw-r--r-- 106 consensus.2.chain
- - rw-r--r-- 1,024 consensus.2.out
- - rw-r--r-- 132 consensus.3.chain
- - rw-r--r-- 1,026 consensus.3.out
- - rw-r--r-- 106 consensus.4.chain
- - rw-r--r-- 1,024 consensus.4.out
- - rw-r--r-- 1,031 consensus.5.out
- - rw-r--r-- 1,026 consensus.8a.out
- - rw-r--r-- 1,026 consensus.8b.out
- - rw-r--r-- 1,031 consensus.8c.out
- - rw-r--r-- 1,036 consensus.8d.out
- - rw-r--r-- 1,026 consensus.8e.out
- - rw-r--r-- 1,026 consensus.8f.out
- - rw-r--r-- 230 consensus.9.1.fa
- - rw-r--r-- 233 consensus.9.1.out
- - rw-r--r-- 184 consensus.9.2.fa
- - rw-r--r-- 187 consensus.9.2.out
- - rw-r--r-- 468 consensus.9.vcf
- - rw-r--r-- 1,031 consensus.fa
- - rw-r--r-- 31 consensus.tab
- - rw-r--r-- 801 consensus.vcf
- - rw-r--r-- 260 consensus17.1.out
- - rw-r--r-- 513 consensus18.1.out
- - rw-r--r-- 136 consensus19.1.out
- - rw-r--r-- 260 consensus2.1.out
- - rw-r--r-- 270 consensus2.2.out
- - rw-r--r-- 260 consensus2.fa
- - rw-r--r-- 634 consensus2.vcf
- - rw-r--r-- 271 consensus3.2.out
- - rw-r--r-- 259 consensus3.out
- - rw-r--r-- 617 consensus3.vcf
- - rw-r--r-- 264 consensus4.out
- - rw-r--r-- 570 consensus4.vcf
- - rw-r--r-- 33 consensus5.fa
- - rw-r--r-- 37 consensus5.out
- - rw-r--r-- 423 consensus5.vcf
- - rw-r--r-- 233 consensus6.fa
- - rw-r--r-- 226 consensus6.out
- - rw-r--r-- 346 consensus6.vcf
- - rw-r--r-- 36 consensus7.fa
- - rw-r--r-- 405 consensus7.vcf
- - rw-r--r-- 36 consensus7a.out
- - rw-r--r-- 36 consensus7b.out
- - rw-r--r-- 36 consensus7c.out
- - rw-r--r-- 36 consensus7d.out
- - rw-r--r-- 949 consensus8.vcf
- - rw-r--r-- 571 contrast.1.1.out
- - rw-r--r-- 417 contrast.1.2.out
- - rw-r--r-- 507 contrast.1.out
- - rw-r--r-- 257 contrast.1.vcf
- - rw-r--r-- 943 contrast.out
- - rw-r--r-- 282 contrast.vcf
- - rw-r--r-- 4 contrast0.txt
- - rw-r--r-- 2 contrast1.txt
- - rw-r--r-- 440 convert.23andme
- - rw-r--r-- 1,019 convert.23andme.vcf
- - rw-r--r-- 3,236 convert.gs.gt.gen
- - rw-r--r-- 3,004 convert.gs.gt.ids.3N6.gen
- - rw-r--r-- 2,940 convert.gs.gt.ids.gen
- - rw-r--r-- 2,940 convert.gs.gt.ids.gen.rev
- - rw-r--r-- 3,004 convert.gs.gt.ids.gen6
- - rw-r--r-- 204 convert.gs.gt.samples
- - rw-r--r-- 4,242 convert.gs.noids.vcf
- - rw-r--r-- 9,661 convert.gs.pl.gen
- - rw-r--r-- 204 convert.gs.pl.samples
- - rw-r--r-- 4,337 convert.gs.vcf
- - rw-r--r-- 2,228 convert.gt.noHead.ids.vcf
- - rw-r--r-- 2,356 convert.gt.noHead.vcf
- - rw-r--r-- 2,677 convert.gt.vcf
- - rw-r--r-- 28,679 convert.gvcf.out
- - rw-r--r-- 9,347 convert.gvcf.vcf
- - rw-r--r-- 60 convert.hap-missing.haps
- - rw-r--r-- 390 convert.hap-missing.vcf
- - rw-r--r-- 1,402 convert.hls.gt.hap
- - rw-r--r-- 986 convert.hls.gt.legend
- - rw-r--r-- 288 convert.hls.gt.samples
- - rw-r--r-- 1,282 convert.hls.haps
- - rw-r--r-- 568 convert.hls.ids.legend
- - rw-r--r-- 864 convert.hls.legend
- - rw-r--r-- 288 convert.hls.samples
- - rw-r--r-- 2,893 convert.hs.gt.hap
- - rw-r--r-- 2,287 convert.hs.gt.ids.hap
- - rw-r--r-- 204 convert.hs.gt.samples
- - rw-r--r-- 2,192 convert.hs.hap
- - rw-r--r-- 2,287 convert.hs.ids.hap
- - rw-r--r-- 204 convert.hs.sample
- - rw-r--r-- 8,113 convert.vcf
- - rwxr-xr-x 4,002 create-bam-test
- - rw-r--r-- 4,523 csq.1.out
- - rw-r--r-- 7,117 csq.2.gff
- - rw-r--r-- 3,060 csq.2.out
- - rw-r--r-- 300 csq.2.vcf
- - rw-r--r-- 4,896 csq.3.out
- - rw-r--r-- 2,631 csq.chr.gff3
- - rw-r--r-- 1,840 csq.fa
- - rw-r--r-- 2,529 csq.gff3
- - rw-r--r-- 3,365 csq.vcf
- - rw-r--r-- 161 dosage.1.out
- - rw-r--r-- 161 dosage.2.out
- - rw-r--r-- 121 dosage.3.out
- - rw-r--r-- 699 dosage.vcf
- - rw-r--r-- 0 empty.idx.out
- - rw-r--r-- 2 empty.idx_count.out
- - rw-r--r-- 272 empty.vcf
- - rw-r--r-- 3,778 ex1.gtf.gz
- - rw-r--r-- 1,725 ex2.vcf
- - rw-r--r-- 794 ex3.sam
- - rw-r--r-- 2,560 fill-AN-AC.out
- - rw-r--r-- 516 fill-tags-AD.1.out
- - rw-r--r-- 515 fill-tags-AD.2.out
- - rw-r--r-- 535 fill-tags-AD.3.out
- - rw-r--r-- 626 fill-tags-AD.4.out
- - rw-r--r-- 343 fill-tags-AD.vcf
- - rw-r--r-- 1,978 fill-tags-AN0.out
- - rw-r--r-- 835 fill-tags-AN0.vcf
- - rw-r--r-- 571 fill-tags-VAF.out
- - rw-r--r-- 263 fill-tags-VAF.vcf
- - rw-r--r-- 743 fill-tags-func.out
- - rw-r--r-- 1,637 fill-tags-hemi.1.out
- - rw-r--r-- 1,637 fill-tags-hemi.2.out
- - rw-r--r-- 412 fill-tags-hemi.vcf
- - rw-r--r-- 1,837 fill-tags-hwe.out
- - rw-r--r-- 571 fill-tags-hwe.vcf
- - rw-r--r-- 6,161 fill-tags.2.out
- - rw-r--r-- 5,956 fill-tags.3.out
- - rw-r--r-- 36 fill-tags.3.smpl
- - rw-r--r-- 1,213 fill-tags.4.out
- - rw-r--r-- 6,018 fill-tags.5.out
- - rw-r--r-- 3,208 fill-tags.out
- - rw-r--r-- 1,876 filter-missing-floats.vcf
- - rw-r--r-- 2,023 filter.1.out
- - rw-r--r-- 2,308 filter.1.vcf
- - rw-r--r-- 682 filter.10.out
- - rw-r--r-- 438 filter.10.vcf
- - rw-r--r-- 1,666 filter.11.out
- - rw-r--r-- 354 filter.11.vcf
- - rw-r--r-- 14 filter.12.out
- - rw-r--r-- 428 filter.12.vcf
- - rw-r--r-- 32 filter.13.out
- - rw-r--r-- 126 filter.14.out
- - rw-r--r-- 32 filter.15.out
- - rw-r--r-- 48 filter.16.out
- - rw-r--r-- 48 filter.17.out
- - rw-r--r-- 174 filter.18.out
- - rw-r--r-- 14 filter.19.out
- - rw-r--r-- 2,648 filter.2.out
- - rw-r--r-- 2,472 filter.2.vcf
- - rw-r--r-- 51 filter.20.out
- - rw-r--r-- 17 filter.21.out
- - rw-r--r-- 17 filter.22.out
- - rw-r--r-- 51 filter.23.out
- - rw-r--r-- 34 filter.24.out
- - rw-r--r-- 17 filter.25.out
- - rw-r--r-- 30 filter.26.out
- - rw-r--r-- 80 filter.27.out
- - rw-r--r-- 8 filter.28.out
- - rw-r--r-- 769 filter.29.out
- - rw-r--r-- 20 filter.3.out
- - rw-r--r-- 3,676 filter.3.vcf
- - rw-r--r-- 405 filter.30.out
- - rw-r--r-- 408 filter.31.out
- - rw-r--r-- 405 filter.32.out
- - rw-r--r-- 405 filter.33.out
- - rw-r--r-- 405 filter.34.out
- - rw-r--r-- 462 filter.35.out
- - rw-r--r-- 405 filter.36.out
- - rw-r--r-- 405 filter.37.out
- - rw-r--r-- 454 filter.38.out
- - rw-r--r-- 454 filter.39.out
- - rw-r--r-- 42 filter.4.out
- - rw-r--r-- 624 filter.4.vcf
- - rw-r--r-- 2,463 filter.40.out
- - rw-r--r-- 2,462 filter.41.out
- - rw-r--r-- 2,463 filter.42.out
- - rw-r--r-- 2,450 filter.43.out
- - rw-r--r-- 46 filter.5.out
- - rw-r--r-- 737 filter.5.vcf
- - rw-r--r-- 43 filter.6.out
- - rw-r--r-- 317 filter.6.vcf
- - rw-r--r-- 47 filter.7.out
- - rw-r--r-- 590 filter.7.vcf
- - rw-r--r-- 18 filter.8.out
- - rw-r--r-- 353 filter.8.vcf
- - rw-r--r-- 18 filter.9.out
- - rw-r--r-- 407 filter.9.vcf
- - rw-r--r-- 1,221 fixploidy.out
- - rw-r--r-- 216 fixploidy.ploidy
- - rw-r--r-- 12 fixploidy.samples
- - rw-r--r-- 1,131 fixploidy.vcf
- - rw-r--r-- 1,446 fixref.1.out
- - rw-r--r-- 432 fixref.2.out
- - rw-r--r-- 380 fixref.2a.vcf
- - rw-r--r-- 331 fixref.2b.vcf
- - rw-r--r-- 200 fixref.3.fa
- - rw-r--r-- 568 fixref.3.out
- - rw-r--r-- 516 fixref.3.vcf
- - rw-r--r-- 432 fixref.4.out
- - rw-r--r-- 432 fixref.5.out
- - rw-r--r-- 432 fixref.6.out
- - rw-r--r-- 1,506 fixref.vcf
- - rw-r--r-- 504 gtcheck.1.gts.vcf
- - rw-r--r-- 26 gtcheck.1.out
- - rw-r--r-- 504 gtcheck.1.vcf
- - rw-r--r-- 37 gtcheck.10.out
- - rw-r--r-- 37 gtcheck.11.out
- - rw-r--r-- 350 gtcheck.12.out
- - rw-r--r-- 26 gtcheck.2.out
- - rw-r--r-- 465 gtcheck.2.vcf
- - rw-r--r-- 240 gtcheck.3.out
- - rw-r--r-- 60 gtcheck.3.pairs
- - rw-r--r-- 607 gtcheck.3.vcf
- - rw-r--r-- 72 gtcheck.4.out
- - rw-r--r-- 18 gtcheck.4.pairs
- - rw-r--r-- 866 gtcheck.4.vcf
- - rw-r--r-- 255 gtcheck.5.1.out
- - rw-r--r-- 529 gtcheck.5.gts.vcf
- - rw-r--r-- 24 gtcheck.5.out
- - rw-r--r-- 555 gtcheck.5.vcf
- - rw-r--r-- 48 gtcheck.6.out
- - rw-r--r-- 26 gtcheck.7.out
- - rw-r--r-- 116 gtcheck.8.out
- - rw-r--r-- 240 gtcheck.9.out
- - rw-r--r-- 234 gtcheck.ntop.1.out
- - rw-r--r-- 78 gtcheck.ntop.2.out
- - rw-r--r-- 475 gtcheck.ntop.gts.vcf
- - rw-r--r-- 342 gtcheck.ntop.vcf
- - rw-r--r-- 262 guess-ploidy.GL.out
- - rw-r--r-- 262 guess-ploidy.PL.out
- - rw-r--r-- 472 gvcf.fa
- - rw-r--r-- 2,749 gvcf.merge.1.out
- - rw-r--r-- 2,418 gvcf.merge.1.vcf
- - rw-r--r-- 2,408 gvcf.merge.2.vcf
- - rw-r--r-- 2,407 gvcf.merge.3.vcf
- - rw-r--r-- 188 gvcfz.1.out
- - rw-r--r-- 172 gvcfz.2.1.out
- - rw-r--r-- 752 gvcfz.2.out
- - rw-r--r-- 164,159 gvcfz.2.vcf
- - rw-r--r-- 180,194 gvcfz.vcf
- - rw-r--r-- 84 idx.1.out
- - rw-r--r-- 256 idx.1.vcf
- - rw-r--r-- 36 idx.2.bed
- - rw-r--r-- 70 idx.2.out
- - rw-r--r-- 130 idx.2.vcf
- - rw-r--r-- 104 idx.3.bed
- - rw-r--r-- 81 idx.3.out
- - rw-r--r-- 195 idx.3.vcf
- - rw-r--r-- 50 idx.4.bed
- - rw-r--r-- 50 idx.4.out
- - rw-r--r-- 335 idx.4.vcf
- - rw-r--r-- 56 idx.out
- - rw-r--r-- 701 idx.vcf
- - rw-r--r-- 3 idx_count.out
- - rw-r--r-- 2,438 indel-stats.1.out
- - rw-r--r-- 2,432 indel-stats.2.out
- - rw-r--r-- 2,432 indel-stats.3.out
- - rw-r--r-- 949 indel-stats.vcf
- - rw-r--r-- 44 isec-miss.1.1.out
- - rw-r--r-- 156 isec-miss.1.1.vcf
- - rw-r--r-- 194 isec-miss.1.2.vcf
- - rw-r--r-- 212 isec-miss.1.3.vcf
- - rw-r--r-- 31 isec-miss.1.regs.txt
- - rw-r--r-- 179 isec-miss.2.1.out
- - rw-r--r-- 156 isec-miss.2.1.vcf
- - rw-r--r-- 329 isec-miss.2.2.vcf
- - rw-r--r-- 407 isec-miss.2.3.vcf
- - rw-r--r-- 1,865 isec.a.vcf
- - rw-r--r-- 69 isec.ab.C.out
- - rw-r--r-- 181 isec.ab.any.out
- - rw-r--r-- 181 isec.ab.both.out
- - rw-r--r-- 36 isec.ab.flt.out
- - rw-r--r-- 55 isec.ab.out
- - rw-r--r-- 1,797 isec.b.vcf
- - rw-r--r-- 90 isec.tab
- - rw-r--r-- 1,644 isec.tab.out
- - rw-r--r-- 288 large_chrom.20.1.2147483647.out
- - rw-r--r-- 288 large_chrom_csi_limit.20.1.2147483647.out
- - rw-r--r-- 622 large_chrom_csi_limit.vcf
- - rw-r--r-- 915 many-alts.vcf
- - rw-r--r-- 652 many.alleles.trim.out
- - rw-r--r-- 2,436 many.alleles.vcf
- - rw-r--r-- 1,421 mendelian.1.out
- - rw-r--r-- 947 mendelian.2.out
- - rw-r--r-- 767 mendelian.3.out
- - rw-r--r-- 1,650 mendelian.4.out
- - rw-r--r-- 357 mendelian.5.out
- - rw-r--r-- 1,369 mendelian.vcf
- - rw-r--r-- 366 merge.10.1.out
- - rw-r--r-- 307 merge.10.2.out
- - rw-r--r-- 327 merge.10.3.out
- - rw-r--r-- 221 merge.10.a.vcf
- - rw-r--r-- 223 merge.10.b.vcf
- - rw-r--r-- 1,935 merge.2.a.vcf
- - rw-r--r-- 2,187 merge.2.all.out
- - rw-r--r-- 1,938 merge.2.b.vcf
- - rw-r--r-- 2,249 merge.2.both.out
- - rw-r--r-- 2,529 merge.2.none.out
- - rw-r--r-- 1,667 merge.3.a.vcf
- - rw-r--r-- 1,672 merge.3.b.vcf
- - rw-r--r-- 1,764 merge.3.out
- - rw-r--r-- 2,293 merge.4.a.vcf
- - rw-r--r-- 2,228 merge.4.b.vcf
- - rw-r--r-- 2,665 merge.4.out
- - rw-r--r-- 347 merge.5.a.vcf
- - rw-r--r-- 306 merge.5.b.vcf
- - rw-r--r-- 418 merge.5.out
- - rw-r--r-- 428 merge.6.a.vcf
- - rw-r--r-- 550 merge.6.b.vcf
- - rw-r--r-- 641 merge.6.out
- - rw-r--r-- 267 merge.7.a.vcf
- - rw-r--r-- 267 merge.7.b.vcf
- - rw-r--r-- 330 merge.8.a.vcf
- - rw-r--r-- 330 merge.8.b.vcf
- - rw-r--r-- 386 merge.8.out
- - rw-r--r-- 470 merge.9.1.out
- - rw-r--r-- 470 merge.9.2.out
- - rw-r--r-- 414 merge.9.a.vcf
- - rw-r--r-- 392 merge.9.b.vcf
- - rw-r--r-- 387 merge.9.out
- - rw-r--r-- 2,057 merge.LPL.1.out
- - rw-r--r-- 1,982 merge.LPL.2.out
- - rw-r--r-- 2,144 merge.LPL.3.out
- - rw-r--r-- 2,288 merge.LPL.4.out
- - rw-r--r-- 2,288 merge.LPL.5.out
- - rw-r--r-- 2,288 merge.LPL.6.out
- - rw-r--r-- 909 merge.LPL.a.vcf
- - rw-r--r-- 909 merge.LPL.b.vcf
- - rw-r--r-- 909 merge.LPL.c.vcf
- - rw-r--r-- 1,545 merge.a.chk
- - rw-r--r-- 2,491 merge.a.vcf
- - rw-r--r-- 5,415 merge.abc.2.out
- - rw-r--r-- 5,425 merge.abc.3.out
- - rw-r--r-- 5,411 merge.abc.out
- - rw-r--r-- 3,272 merge.b.vcf
- - rw-r--r-- 3,258 merge.c.vcf
- - rw-r--r-- 257 merge.gvcf.10.1.out
- - rw-r--r-- 274 merge.gvcf.10.2.out
- - rw-r--r-- 274 merge.gvcf.10.3.out
- - rw-r--r-- 270 merge.gvcf.10.4.out
- - rw-r--r-- 274 merge.gvcf.10.5.out
- - rw-r--r-- 255 merge.gvcf.10.a.vcf
- - rw-r--r-- 167 merge.gvcf.10.b.vcf
- - rw-r--r-- 11 merge.gvcf.10.fa
- - rw-r--r-- 11 merge.gvcf.10.ref
- - rw-r--r-- 1,859 merge.gvcf.2.a.vcf
- - rw-r--r-- 1,769 merge.gvcf.2.b.vcf
- - rw-r--r-- 830 merge.gvcf.2.c.vcf
- - rw-r--r-- 3,229 merge.gvcf.2.out
- - rw-r--r-- 373 merge.gvcf.3.a.vcf
- - rw-r--r-- 429 merge.gvcf.3.b.vcf
- - rw-r--r-- 513 merge.gvcf.3.out
- - rw-r--r-- 986 merge.gvcf.4.a.vcf
- - rw-r--r-- 3,420 merge.gvcf.4.b.vcf
- - rw-r--r-- 3,608 merge.gvcf.4.out
- - rw-r--r-- 404 merge.gvcf.7.a.vcf
- - rw-r--r-- 375 merge.gvcf.7.b.vcf
- - rw-r--r-- 445 merge.gvcf.7.out
- - rw-r--r-- 346 merge.gvcf.8.a.vcf
- - rw-r--r-- 312 merge.gvcf.8.b.vcf
- - rw-r--r-- 515 merge.gvcf.8.out
- - rw-r--r-- 469 merge.gvcf.9.1.out
- - rw-r--r-- 459 merge.gvcf.9.2.out
- - rw-r--r-- 616 merge.gvcf.9.3.out
- - rw-r--r-- 473 merge.gvcf.9.4.out
- - rw-r--r-- 375 merge.gvcf.9a.vcf
- - rw-r--r-- 350 merge.gvcf.9b.vcf
- - rw-r--r-- 375 merge.gvcf.9c.vcf
- - rw-r--r-- 375 merge.gvcf.9d.vcf
- - rw-r--r-- 350 merge.gvcf.9e.vcf
- - rw-r--r-- 234 merge.join.1.out
- - rw-r--r-- 178 merge.join.a.vcf
- - rw-r--r-- 167 merge.join.b.vcf
- - rw-r--r-- 518 merge.noidx.a.vcf
- - rw-r--r-- 754 merge.noidx.abc.out
- - rw-r--r-- 634 merge.noidx.b.vcf
- - rw-r--r-- 634 merge.noidx.c.vcf
- - rw-r--r-- 1,227 missing.vcf
- - rw-r--r-- 2,269 missing2ref.out
- - rw-r--r-- 4,533 mpileup.1.out
- - rw-r--r-- 5,438 mpileup.2.out
- - rw-r--r-- 30 mpileup.2.samples
- - rw-r--r-- 96 mpileup.2.tab
- - rw-r--r-- 3,127 mpileup.2.vcf
- - rw-r--r-- 4,533 mpileup.3.out
- - rw-r--r-- 24 mpileup.3.samples
- - rw-r--r-- 52 mpileup.3.tab
- - rw-r--r-- 26,172 mpileup.3.vcf
- - rw-r--r-- 4,533 mpileup.4.out
- - rw-r--r-- 24 mpileup.4.samples
- - rw-r--r-- 65 mpileup.4.tab
- - rw-r--r-- 8,800 mpileup.4.vcf
- - rw-r--r-- 4,324 mpileup.5.out
- - rw-r--r-- 16 mpileup.5.samples
- - rw-r--r-- 78 mpileup.5.tab
- - rw-r--r-- 54,647 mpileup.5.vcf
- - rw-r--r-- 248 mpileup.6.tab
- - rw-r--r-- 213 mpileup.7.tab
- - rw-r--r-- 2,221 mpileup.NA19213.NA19129.vcf
- - rw-r--r-- 4,473 mpileup.X.2.out
- - rw-r--r-- 4,495 mpileup.X.out
- - rw-r--r-- 643,355 mpileup.X.vcf
- - rw-r--r-- 5,562 mpileup.c.1.out
- - rw-r--r-- 5,506 mpileup.c.X.2.out
- - rw-r--r-- 5,527 mpileup.c.X.out
- - rw-r--r-- 643,355 mpileup.c.X.vcf
- - rw-r--r-- 647,459 mpileup.c.vcf
- - rw-r--r-- 3,097 mpileup.cAls.2.out
- - rw-r--r-- 1,169 mpileup.cAls.3.out
- - rw-r--r-- 1,251 mpileup.cAls.4.out
- - rw-r--r-- 1,221 mpileup.cAls.5.out
- - rw-r--r-- 1,875 mpileup.cAls.6.out
- - rw-r--r-- 3,311 mpileup.cAls.7.out
- - rw-r--r-- 3,966 mpileup.cAls.out
- - rw-r--r-- 18 mpileup.cals.1.tab
- - rw-r--r-- 2,604 mpileup.cals.1.vcf
- - rw-r--r-- 263 mpileup.cals.2.tab
- - rw-r--r-- 1,214 mpileup.cals.2.vcf
- - rw-r--r-- 2,565 mpileup.cals.8.out
- - rw-r--r-- 1,416 mpileup.cals.9.out
- - rw-r--r-- 2,213 mpileup.hwe.1.out
- - rw-r--r-- 2,213 mpileup.hwe.1b.out
- - rw-r--r-- 3,415 mpileup.hwe.2.out
- - rw-r--r-- 4,320 mpileup.hwe.3.out
- - rw-r--r-- 3,415 mpileup.hwe.4.out
- - rw-r--r-- 2,496 mpileup.hwe.samples
- - rw-r--r-- 129,947 mpileup.hwe.vcf
- - rw-r--r-- 72 mpileup.ped
- - rw-r--r-- 49 mpileup.ploidy
- - rw-r--r-- 30 mpileup.samples
- - rw-r--r-- 127 mpileup.tab
- - rw-r--r-- 647,534 mpileup.vcf
- - rw-r--r-- 92 mplp.10.samples
- - rw-r--r-- 10 mplp.11.rgs
- - rw-r--r-- 32 mplp.9.samples
- - rw-r--r-- 16 mplp.samples
- - rw-r--r-- 46 norm.2.fa
- - rw-r--r-- 236 norm.2.out
- - rw-r--r-- 184 norm.2.vcf
- - rw-r--r-- 25 norm.3.fa
- - rw-r--r-- 183 norm.3.out
- - rw-r--r-- 132 norm.3.vcf
- - rw-r--r-- 294 norm.4.1.out
- - rw-r--r-- 272 norm.4.2.out
- - rw-r--r-- 308 norm.4.vcf
- - rw-r--r-- 1,202 norm.fa
- - rw-r--r-- 55 norm.iupac.fa
- - rw-r--r-- 162 norm.iupac.out
- - rw-r--r-- 112 norm.iupac.vcf
- - rw-r--r-- 2,563 norm.merge.2.out
- - rw-r--r-- 2,701 norm.merge.2.vcf
- - rw-r--r-- 3,260 norm.merge.3.out
- - rw-r--r-- 3,238 norm.merge.3.vcf
- - rw-r--r-- 4,786 norm.merge.out
- - rw-r--r-- 4,785 norm.merge.strict.out
- - rw-r--r-- 5,489 norm.merge.vcf
- - rw-r--r-- 4,966 norm.out
- - rw-r--r-- 378 norm.rmdup.1.out
- - rw-r--r-- 1,028 norm.rmdup.2.1.out
- - rw-r--r-- 800 norm.rmdup.2.2.out
- - rw-r--r-- 462 norm.rmdup.2.out
- - rw-r--r-- 1,028 norm.rmdup.2.vcf
- - rw-r--r-- 332 norm.rmdup.3.out
- - rw-r--r-- 310 norm.rmdup.4.out
- - rw-r--r-- 464 norm.rmdup.5.out
- - rw-r--r-- 484 norm.rmdup.vcf
- - rw-r--r-- 2,959 norm.setref.out
- - rw-r--r-- 2,959 norm.setref.vcf
- - rw-r--r-- 2,994 norm.split.2.out
- - rw-r--r-- 2,496 norm.split.2.vcf
- - rw-r--r-- 2,707 norm.split.3.out
- - rw-r--r-- 3,029 norm.split.3.vcf
- - rw-r--r-- 922 norm.split.4.1.out
- - rw-r--r-- 928 norm.split.4.2.out
- - rw-r--r-- 770 norm.split.4.vcf
- - rw-r--r-- 5,389 norm.split.and.norm.out
- - rw-r--r-- 5,626 norm.split.out
- - rw-r--r-- 4,803 norm.split.vcf
- - rw-r--r-- 157 norm.telomere.out
- - rw-r--r-- 106 norm.telomere.vcf
- - rw-r--r-- 5,250 norm.vcf
- - rw-r--r-- 291 overlap.0.out
- - rw-r--r-- 439 overlap.1.out
- - rw-r--r-- 387 overlap.2.out
- - rw-r--r-- 388 overlap.neg0.out
- - rw-r--r-- 240 overlap.neg1.out
- - rw-r--r-- 292 overlap.neg2.out
- - rw-r--r-- 1,013 overlap.vcf
- - rw-r--r-- 25 parental-origin.1.out
- - rw-r--r-- 25 parental-origin.2.out
- - rw-r--r-- 25 parental-origin.3.out
- - rw-r--r-- 25 parental-origin.4.out
- - rw-r--r-- 25 parental-origin.5.out
- - rw-r--r-- 767 parental-origin.vcf
- - rw-r--r-- 3,366 perl-flt.vcf
- - rw-r--r-- 2,157 plugin-missing2ref.out.vcf
- - rw-r--r-- 2,054 plugin-missing2ref.vcf
- - rw-r--r-- 2,269 plugin1.vcf
- - rw-r--r-- 1,663 prune.1.1.out
- - rw-r--r-- 1,074 prune.1.2.out
- - rw-r--r-- 687 prune.1.3.out
- - rw-r--r-- 490 prune.1.4.out
- - rw-r--r-- 490 prune.1.5.out
- - rw-r--r-- 490 prune.1.6.out
- - rw-r--r-- 490 prune.1.7.out
- - rw-r--r-- 590 prune.1.vcf
- - rw-r--r-- 1,402 prune.2.1.out
- - rw-r--r-- 585 prune.2.vcf
- - rw-r--r-- 16 query.10.out
- - rw-r--r-- 32 query.11.out
- - rw-r--r-- 515 query.12.out
- - rw-r--r-- 48 query.13.out
- - rw-r--r-- 48 query.14.out
- - rw-r--r-- 48 query.15.out
- - rw-r--r-- 48 query.16.out
- - rw-r--r-- 8 query.17.out
- - rw-r--r-- 20 query.18.out
- - rw-r--r-- 32 query.19.out
- - rw-r--r-- 15 query.2.out
- - rw-r--r-- 663 query.2.vcf
- - rw-r--r-- 20 query.20.out
- - rw-r--r-- 34 query.21.out
- - rw-r--r-- 20 query.22.out
- - rw-r--r-- 35 query.23.out
- - rw-r--r-- 33 query.24.out
- - rw-r--r-- 1,059 query.25.out
- - rw-r--r-- 12 query.26.out
- - rw-r--r-- 27 query.27.out
- - rw-r--r-- 53 query.28.out
- - rw-r--r-- 38 query.29.out
- - rw-r--r-- 18 query.3.out
- - rw-r--r-- 389 query.30.out
- - rw-r--r-- 256 query.31.out
- - rw-r--r-- 30 query.32.out
- - rw-r--r-- 16 query.33.out
- - rw-r--r-- 38 query.34.out
- - rw-r--r-- 23 query.35.out
- - rw-r--r-- 45 query.36.out
- - rw-r--r-- 49 query.37.out
- - rw-r--r-- 49 query.38.out
- - rw-r--r-- 38 query.39.out
- - rw-r--r-- 24 query.4.out
- - rw-r--r-- 42 query.40.out
- - rw-r--r-- 39 query.41.out
- - rw-r--r-- 26 query.42.out
- - rw-r--r-- 87 query.43.out
- - rw-r--r-- 14 query.44.out
- - rw-r--r-- 39 query.45.out
- - rw-r--r-- 51 query.46.out
- - rw-r--r-- 14 query.47.out
- - rw-r--r-- 13 query.48.out
- - rw-r--r-- 18 query.49.out
- - rw-r--r-- 30 query.5.out
- - rw-r--r-- 32 query.50.out
- - rw-r--r-- 44 query.51.out
- - rw-r--r-- 23 query.52.out
- - rw-r--r-- 48 query.53.out
- - rw-r--r-- 36 query.54.out
- - rw-r--r-- 132 query.55.out
- - rw-r--r-- 30 query.56.out
- - rw-r--r-- 66 query.57.out
- - rw-r--r-- 132 query.58.out
- - rw-r--r-- 47 query.59.out
- - rw-r--r-- 67 query.6.out
- - rw-r--r-- 20 query.60.out
- - rw-r--r-- 220 query.61.out
- - rw-r--r-- 340 query.62.out
- - rw-r--r-- 78 query.63.out
- - rw-r--r-- 814 query.64.out
- - rw-r--r-- 269 query.65.out
- - rw-r--r-- 28 query.66.out
- - rw-r--r-- 12 query.67.out
- - rw-r--r-- 18 query.68.out
- - rw-r--r-- 11 query.69.out
- - rw-r--r-- 10 query.7.out
- - rw-r--r-- 12 query.70.out
- - rw-r--r-- 24 query.71.out
- - rw-r--r-- 24 query.72.out
- - rw-r--r-- 9 query.73.out
- - rw-r--r-- 9 query.74.out
- - rw-r--r-- 382 query.75.out
- - rw-r--r-- 6 query.76.out
- - rw-r--r-- 25 query.77.out
- - rw-r--r-- 15 query.78.out
- - rw-r--r-- 16 query.79.out
- - rw-r--r-- 112 query.8.out
- - rw-r--r-- 18 query.80.out
- - rw-r--r-- 36 query.81.out
- - rw-r--r-- 38 query.82.out
- - rw-r--r-- 38 query.83.out
- - rw-r--r-- 7 query.84.out
- - rw-r--r-- 2 query.85.out
- - rw-r--r-- 12 query.86.out
- - rw-r--r-- 4 query.87.out
- - rw-r--r-- 17 query.88.out
- - rw-r--r-- 10 query.89.out
- - rw-r--r-- 20 query.9.out
- - rw-r--r-- 11 query.90.out
- - rw-r--r-- 4 query.91.out
- - rw-r--r-- 20,928 query.add-variantkey.vcf
- - rw-r--r-- 6,104 query.allele-length.tsv
- - rw-r--r-- 1,015 query.filter-type.vcf
- - rw-r--r-- 435 query.filter.10.vcf
- - rw-r--r-- 251 query.filter.11.vcf
- - rw-r--r-- 295 query.filter.12.vcf
- - rw-r--r-- 270 query.filter.13.vcf
- - rw-r--r-- 597 query.filter.2.vcf
- - rw-r--r-- 635 query.filter.3.vcf
- - rw-r--r-- 635 query.filter.4.vcf
- - rw-r--r-- 1,133 query.filter.5.vcf
- - rw-r--r-- 454 query.filter.6.vcf
- - rw-r--r-- 391 query.filter.7.vcf
- - rw-r--r-- 303 query.filter.8.vcf
- - rw-r--r-- 332 query.filter.9.vcf
- - rw-r--r-- 16 query.filter.id.1.out
- - rw-r--r-- 6 query.filter.id.2.out
- - rw-r--r-- 202 query.filter.id.vcf
- - rw-r--r-- 1,189 query.filter.vcf
- - rw-r--r-- 1,956 query.negative.vcf
- - rw-r--r-- 18,711 query.nucleotide.vcf
- - rw-r--r-- 536 query.out
- - rw-r--r-- 1,180 query.pbinom.1.vcf
- - rw-r--r-- 7 query.smpl.1.out
- - rw-r--r-- 3 query.smpl.11.txt
- - rw-r--r-- 3 query.smpl.2.out
- - rw-r--r-- 7 query.smpl.3.out
- - rw-r--r-- 3 query.smpl.4.out
- - rw-r--r-- 14 query.smpl.5.out
- - rw-r--r-- 6 query.smpl.6.out
- - rw-r--r-- 6 query.smpl.txt
- - rw-r--r-- 187 query.smpl.vcf
- - rw-r--r-- 163 query.string.1.out
- - rw-r--r-- 56 query.string.2.out
- - rw-r--r-- 453 query.string.vcf
- - rw-r--r-- 1,716 query.variantkey.hex.out
- - rw-r--r-- 18,711 query.variantkey.vcf
- - rw-r--r-- 2,312 query.vcf
- - rw-r--r-- 1,141 ref.out
- - rw-r--r-- 1,141 ref.vcf
- - rw-r--r-- 147 regions.out
- - rw-r--r-- 144 regions.tab
- - rw-r--r-- 1,815 regions.vcf
- - rw-r--r-- 2,587 reheader.1.out
- - rw-r--r-- 2,587 reheader.1.out.bcf
- - rw-r--r-- 2,783 reheader.2.hdr
- - rw-r--r-- 3,961 reheader.2.out
- - rw-r--r-- 4,258 reheader.2.vcf
- - rw-r--r-- 3,963 reheader.3.out
- - rw-r--r-- 3,964 reheader.4.out
- - rw-r--r-- 4,876 reheader.5.out
- - rw-r--r-- 255 reheader.empty.hdr
- - rw-r--r-- 307 reheader.empty.out
- - rw-r--r-- 715 reheader.fai
- - rw-r--r-- 1,008 reheader.hdr
- - rw-r--r-- 8 reheader.samples
- - rw-r--r-- 24 reheader.samples2
- - rw-r--r-- 28 reheader.samples3
- - rw-r--r-- 11 reheader.samples4
- - rw-r--r-- 3,917 reheader.vcf
- - rw-r--r-- 240 remove-overlaps.1.out
- - rw-r--r-- 261 remove-overlaps.2.out
- - rw-r--r-- 527 remove-overlaps.vcf
- - rw-r--r-- 51 roh.1.1.out
- - rw-r--r-- 347 roh.1.2.out
- - rw-r--r-- 289 roh.1.3.out
- - rw-r--r-- 405 roh.1.4.out
- - rw-r--r-- 15,306 roh.1.tab.gz
- - rw-r--r-- 9,546 roh.1.tab.gz.tbi
- - rw-r--r-- 17,805 roh.1.vcf.gz
- - rw-r--r-- 8,848 roh.1.vcf.gz.csi
- - rw-r--r-- 409 scatter.1.1.out
- - rw-r--r-- 303 scatter.1.2.out
- - rw-r--r-- 409 scatter.1.3.out
- - rw-r--r-- 512 scatter.1.vcf
- - rw-r--r-- 2,181 setGT.1.out
- - rw-r--r-- 1,210 setGT.2.out
- - rw-r--r-- 1,210 setGT.2.vcf
- - rw-r--r-- 367 setGT.3.1.out
- - rw-r--r-- 367 setGT.3.2.out
- - rw-r--r-- 355 setGT.3.3.out
- - rw-r--r-- 373 setGT.3.4.out
- - rw-r--r-- 373 setGT.3.5.out
- - rw-r--r-- 391 setGT.3.6.out
- - rw-r--r-- 1,210 setGT.3.out
- - rw-r--r-- 315 setGT.3.vcf
- - rw-r--r-- 475 setGT.4.1.out
- - rw-r--r-- 475 setGT.4.2.out
- - rw-r--r-- 437 setGT.4.vcf
- - rw-r--r-- 24 setGT.samples.txt
- - rw-r--r-- 2,181 setGT.vcf
- - rw-r--r-- 1,486 smpl-stats.1.out
- - rw-r--r-- 176 sort.out
- - rw-r--r-- 501 sort.vcf
- - rw-r--r-- 7,429 split-vep.1.out
- - rw-r--r-- 285 split-vep.10.out
- - rw-r--r-- 1,506 split-vep.10.vcf
- - rw-r--r-- 2,420 split-vep.11.out
- - rw-r--r-- 2,456 split-vep.12.out
- - rw-r--r-- 7,403 split-vep.13.out
- - rw-r--r-- 15,767 split-vep.14.out
- - rw-r--r-- 157 split-vep.15.out
- - rw-r--r-- 125 split-vep.16.out
- - rw-r--r-- 84 split-vep.17.out
- - rw-r--r-- 25,468 split-vep.18.out
- - rw-r--r-- 16,692 split-vep.19.out
- - rw-r--r-- 620 split-vep.2.out
- - rw-r--r-- 6,289 split-vep.2.vcf
- - rw-r--r-- 1,573 split-vep.20.out
- - rw-r--r-- 476 split-vep.21.out
- - rw-r--r-- 287 split-vep.22.out
- - rw-r--r-- 66 split-vep.23.out
- - rw-r--r-- 11 split-vep.24.out
- - rw-r--r-- 11 split-vep.25.out
- - rw-r--r-- 448 split-vep.3.out
- - rw-r--r-- 6,402 split-vep.3.vcf
- - rw-r--r-- 108 split-vep.4.out
- - rw-r--r-- 9,982 split-vep.4.vcf
- - rw-r--r-- 13 split-vep.5.out
- - rw-r--r-- 9,122 split-vep.5.vcf
- - rw-r--r-- 28 split-vep.6.out
- - rw-r--r-- 11,500 split-vep.6.vcf
- - rw-r--r-- 133 split-vep.7.out
- - rw-r--r-- 2,468 split-vep.7.vcf
- - rw-r--r-- 163 split-vep.8.out
- - rw-r--r-- 1,004 split-vep.8.vcf
- - rw-r--r-- 249 split-vep.9.out
- - rw-r--r-- 637 split-vep.9.vcf
- - rw-r--r-- 632,295 split-vep.vcf
- - rw-r--r-- 508 split.1.1.out
- - rw-r--r-- 249 split.1.2.out
- - rw-r--r-- 298 split.1.3.out
- - rw-r--r-- 62 split.1.4.out
- - rw-r--r-- 157 split.1.5.out
- - rw-r--r-- 167 split.1.6.out
- - rw-r--r-- 381 split.1.7.out
- - rw-r--r-- 170 split.1.8.out
- - rw-r--r-- 335 split.1.vcf
- - rw-r--r-- 532 split.2.1.out
- - rw-r--r-- 346 split.2.vcf
- - rw-r--r-- 52 split.grp.1.1.txt
- - rw-r--r-- 24 split.smpl.1.2.txt
- - rw-r--r-- 53 split.smpl.1.3.txt
- - rw-r--r-- 90 split.smpl.1.4.txt
- - rw-r--r-- 1,925 stats.B.chk
- - rw-r--r-- 416 stats.a.vcf
- - rw-r--r-- 416 stats.b.vcf
- - rw-r--r-- 2,644 stats.chk
- - rw-r--r-- 857 stats.counts.chk
- - rw-r--r-- 813 stats.counts.vcf
- - rw-r--r-- 67 tabix.1.3000151.out
- - rw-r--r-- 74 tabix.2.3199812.out
- - rw-r--r-- 2,205 test-rbuf.c
- - rw-r--r-- 15,484 test-regidx.c
- - rwxr-xr-x 149,634 test.pl
- - rw-r--r-- 2,068 trio-stats.2.out
- - rw-r--r-- 95 trio-stats.2.ped
- - rw-r--r-- 1,793 trio-stats.out
- - rw-r--r-- 190 trio-stats.ped
- - rw-r--r-- 918 trio-stats.vcf
- - rw-r--r-- 384 trio.out
- - rw-r--r-- 192 trio.ped
- - rw-r--r-- 798 trio.vcf
- - rw-r--r-- 442 variant-distance.1.out
- - rw-r--r-- 269 variant-distance.vcf
- - rw-r--r-- 46 variantkey-hex.out
- - rw-r--r-- 16 vcf2sex.out
- - rw-r--r-- 859 vcf2sex.vcf
- - rw-r--r-- 139 view-a.1.out
- - rw-r--r-- 1,227 view-a.vcf
- - rw-r--r-- 32 view-t.1.out
- - rw-r--r-- 16 view-t.2.out
- - rw-r--r-- 223 view-t.vcf
- - rw-r--r-- 3,767 view.1.out
- - rw-r--r-- 3,116 view.10.out
- - rw-r--r-- 3,114 view.2.out
- - rw-r--r-- 2,897 view.3.out
- - rw-r--r-- 2,992 view.4.out
- - rw-r--r-- 3,344 view.5.out
- - rw-r--r-- 4,762 view.6.out
- - rw-r--r-- 2,560 view.7.out
- - rw-r--r-- 95 view.8.out
- - rw-r--r-- 2,740 view.9.out
- - rw-r--r-- 1,923 view.GL.vcf
- - rw-r--r-- 2,391 view.GP.vcf
- - rw-r--r-- 1,865 view.GT.vcf
- - rw-r--r-- 716 view.GTisec.H.out
- - rw-r--r-- 866 view.GTisec.Hm.out
- - rw-r--r-- 866 view.GTisec.Hmv.out
- - rw-r--r-- 716 view.GTisec.Hv.out
- - rw-r--r-- 615 view.GTisec.m.out
- - rw-r--r-- 781 view.GTisec.mv.out
- - rw-r--r-- 443 view.GTisec.out
- - rw-r--r-- 582 view.GTisec.v.out
- - rw-r--r-- 3,721 view.GTsubset.NA1.out
- - rw-r--r-- 4,383 view.GTsubset.NA1NA2.out
- - rw-r--r-- 3,151 view.GTsubset.NA1NA2NA3.out
- - rw-r--r-- 1,777 view.PL.vcf
- - rw-r--r-- 2,902 view.chrs.out
- - rw-r--r-- 1,159 view.chrs.tab
- - rw-r--r-- 3,193 view.chrs.vcf
- - rw-r--r-- 207 view.dropgenotypes.noheader.out
- - rw-r--r-- 643 view.dropgenotypes.out
- - rw-r--r-- 5,295 view.exclude.out
- - rw-r--r-- 330 view.filter.1.out
- - rw-r--r-- 3,754 view.filter.10.out
- - rw-r--r-- 3,754 view.filter.11.out
- - rw-r--r-- 472 view.filter.12.out
- - rw-r--r-- 330 view.filter.2.out
- - rw-r--r-- 420 view.filter.2.vcf
- - rw-r--r-- 330 view.filter.3.out
- - rw-r--r-- 330 view.filter.4.out
- - rw-r--r-- 330 view.filter.5.out
- - rw-r--r-- 3,754 view.filter.6.out
- - rw-r--r-- 3,754 view.filter.7.out
- - rw-r--r-- 3,754 view.filter.8.out
- - rw-r--r-- 3,754 view.filter.9.out
- - rw-r--r-- 1,418 view.filter.annovar.1.out
- - rw-r--r-- 966 view.filter.annovar.2.out
- - rw-r--r-- 966 view.filter.annovar.3.out
- - rw-r--r-- 6,928 view.filter.annovar.vcf
- - rw-r--r-- 3,678 view.filter.vcf
- - rw-r--r-- 111 view.minmaxac.1.out
- - rw-r--r-- 111 view.minmaxac.2.out
- - rw-r--r-- 948 view.minmaxac.vcf
- - rw-r--r-- 1,263 view.omitgenotypes.out
- - rw-r--r-- 1,159 view.omitgenotypes.vcf
- - rw-r--r-- 228 view.sites.1.out
- - rw-r--r-- 48 view.sites.txt
- - rw-r--r-- 86 view.sites.txt.gz
- - rw-r--r-- 96 view.sites.txt.gz.tbi
- - rw-r--r-- 228 view.sites.vcf
- - rw-r--r-- 5,482 view.vcf
- - rw-r--r-- 2,058 view.vectors.2.vcf
- - rw-r--r-- 4,444 view.vectors.A.out
- - rw-r--r-- 4,386 view.vectors.B.out
- - rw-r--r-- 2,220 view.vectors.C.out
- - rw-r--r-- 4,634 view.vectors.vcf
- - rw-r--r-- 136 view64bit.1.out
- - rw-r--r-- 615 view64bit.1.vcf
- - rw-r--r-- 53 view64bit.2.out
- - rw-r--r-- 483 view64bit.2.vcf
- - rw-r--r-- 63 view64bit.3.out
- - rw-r--r-- 493 view64bit.3.vcf
- - rw-r--r-- 53 view64bit.4.out
- - rw-r--r-- 403 view64bit.4.vcf
- - rw-r--r-- 245 view64bit.5.out
- - rw-r--r-- 655 view64bit.5.vcf