File: convert.gt.vcf

package info (click to toggle)
bcftools 1.16-1
  • links: PTS, VCS
  • area: main
  • in suites: bookworm
  • size: 20,252 kB
  • sloc: ansic: 60,589; perl: 5,818; python: 587; sh: 333; makefile: 284
file content (44 lines) | stat: -rw-r--r-- 2,677 bytes parent folder | download | duplicates (5)
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
##fileformat=VCFv4.1
##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed">
##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
##reference=file://some/path/human_g1k_v37.fasta
##contig=<ID=X,assembly=b37,length=155270560>
##bcftools_normVersion=1.2+htslib-1.2.1
##bcftools_normCommand=norm -m - convert.vcf
##bcftools_annotateVersion=1.2+htslib-1.2.1
##bcftools_annotateCommand=annotate -x FORMAT,QUAL
#CHROM	POS	ID	REF	ALT	QUAL	FILTER	INFO	FORMAT	NA00001	NA00002	NA00003	NA00004	NA00005	NA00006	NA00007	NA00008	NA00009	NA00010
X	2698560	.	G	A	.	.	.	GT	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0
X	2698630	.	A	G	.	.	.	GT	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0
X	2698758	.	CAA	C	.	.	.	GT	0|0	0|1	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0
X	2698769	.	AAG	A	.	.	.	GT	1|0	1|1	0|1	1|0	1|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0
X	2698770	.	AG	A	.	.	.	GT	0|0	0|1	0|0	0|0	1|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0
X	2698770	.	AG	AAGG	.	.	.	GT	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0
X	2698789	.	C	G	.	.	.	GT	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0
X	2698822	.	A	C	.	.	.	GT	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0
X	2698831	.	G	A	.	.	.	GT	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0
X	2698889	.	T	C	.	.	.	GT	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0
X	2698923	.	G	A	.	.	.	GT	1|0	0|1	0|1	1|0	1|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0
X	2698953	.	A	AGG	.	.	.	GT	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0
X	2698954	.	G	A	.	.	.	GT	1|0	1|1	0|1	1|0	1|0	0|0	0|0	0|1	0|0	0|0
X	2699002	.	C	A	.	.	.	GT	0|0	0|0	.|.	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0
X	2699025	.	T	C	.	.	.	GT	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0
X	2699091	.	G	A	.	.	.	GT	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0
X	2699187	.	T	C	.	.	.	GT	0|0	0|0	1|0	0|0	0|1	1|0	1|0	0|0	0|0	0/1
X	2699188	.	G	C	.	.	.	GT	0|0	0|0	1|0	0|0	0|1	1|0	1|0	0|0	0|0	0|1
X	2699189	.	T	C	.	.	.	GT	0|0	0|0	1|0	0|0	0|1	1|0	1|0	0|0	0|0	0|1
X	2699217	.	C	T	.	.	.	GT	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0
X	2699246	.	C	A	.	.	.	GT	1|0	1|1	0|1	1|1	1|0	0|1	0|0	0|1	0|0	1|0
X	2699275	.	T	G	.	.	.	GT	0|0	0|0	1|0	0|0	0|1	1|1	1|0	0|0	0|0	0|1
X	2699350	.	A	T	.	.	.	GT	0|0	0|0	1|0	0|0	0|1	1|0	1|0	0|0	0|0	0|1
X	2699360	.	T	C	.	.	.	GT	0|0	0|0	1|0	0|0	0|1	1|0	1|0	0|0	0|0	0|1
X	2699450	.	A	C	.	.	.	GT	0|0	0|0	1|0	0|0	0|1	1|0	1|0	0|0	0|0	0|1
X	2699507	.	T	C	.	.	.	GT	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0
X	2699555	.	C	A	.	.	.	GT	0	1	1	0	1	1|1	1|0	0|1	0|0	0|1
X	2699645	.	G	T	.	.	.	GT	0	1	0	0	0	0|0	0|0	0|1	0|0	0|0
X	2699676	.	G	A	.	.	.	GT	0	0	1	0	1	1|0	1|0	0|0	0|0	0|1
X	2699728	.	C	T	.	.	.	GT	0	0	0	0	0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0
X	2699775	.	C	A	.	.	.	GT	0	0	0	0	0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0
X	2699898	.	C	CT	.	.	.	GT	0	0	1	0	1	1|0	1|0	0|0	0|0	0|1
X	2699968	.	A	G	.	.	.	GT	.	0	0	1	0	0|1	0|0	0|0	0|1	1|0
X	2699970	.	T	C	.	.	.	GT	0	0	0	0	0	0|0	0|0	0|0	0|0	0|0