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#define DEFAULTGOP_B -1530
#define DEFAULTGEP_B -00
#define DEFAULTOFS_B -123 /* +10 -- -50 teido ka ? */
void BLOSUMmtx( int n, double **matrix, double *freq, char *amino, char *amino_grp )
{
/*
char locaminod[26] = "GASTPLIMVDNEQFYWKRHCXXX.-U";
*/
// char locaminod[] = "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX.-U";
char locaminod[] = "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX.-J";
char locgrpd[] =
{
0, 3, 2, 2, 5, 2, 2, 0, 3, 1, 1, 3, 1, 4, 0, 0, 0, 4, 4, 1, 2, 2,
6, 6, 6, 1,
};
double freqd[20] =
{
0.077,
0.051,
0.043,
0.052,
0.020,
0.041,
0.062,
0.074,
0.023,
0.052,
0.091,
0.059,
0.024,
0.040,
0.051,
0.069,
0.059,
0.014,
0.032,
0.066,
};
double tmpmtx30[] =
{
4,
-1, 8,
0, -2, 8,
0, -1, 1, 9,
-3, -2, -1, -3, 17,
1, 3, -1, -1, -2, 8,
0, -1, -1, 1, 1, 2, 6,
0, -2, 0, -1, -4, -2, -2, 8,
-2, -1, -1, -2, -5, 0, 0, -3, 14,
0, -3, 0, -4, -2, -2, -3, -1, -2, 6,
-1, -2, -2, -1, 0, -2, -1, -2, -1, 2, 4,
0, 1, 0, 0, -3, 0, 2, -1, -2, -2, -2, 4,
1, 0, 0, -3, -2, -1, -1, -2, 2, 1, 2, 2, 6,
-2, -1, -1, -5, -3, -3, -4, -3, -3, 0, 2, -1, -2, 10,
-1, -1, -3, -1, -3, 0, 1, -1, 1, -3, -3, 1, -4, -4, 11,
1, -1, 0, 0, -2, -1, 0, 0, -1, -1, -2, 0, -2, -1, -1, 4,
1, -3, 1, -1, -2, 0, -2, -2, -2, 0, 0, -1, 0, -2, 0, 2, 5,
-5, 0, -7, -4, -2, -1, -1, 1, -5, -3, -2, -2, -3, 1, -3, -3, -5, 20,
-4, 0, -4, -1, -6, -1, -2, -3, 0, -1, 3, -1, -1, 3, -2, -2, -1, 5, 9,
1, -1, -2, -2, -2, -3, -3, -3, -3, 4, 1, -2, 0, 1, -4, -1, 1, -3, 1, 5,
0, -2, 4, 5, -2, -1, 0, 0, -2, -2, -1, 0, -2, -3, -2, 0, 0, -5, -3, -2, 5,
0, 0, -1, 0, 0, 4, 5, -2, 0, -3, -1, 1, -1, -4, 0, -1, -1, -1, -2, -3, 0, 4,
0, -1, 0, -1, -2, 0, -1, -1, -1, 0, 0, 0, 0, -1, -1, 0, 0, -2, -1, 0, -1, 0, -1,
};
double tmpmtx45[] =
{
5,
-2, 7,
-1, 0, 6,
-2, -1, 2, 7,
-1, -3, -2, -3, 12,
-1, 1, 0, 0, -3, 6,
-1, 0, 0, 2, -3, 2, 6,
0, -2, 0, -1, -3, -2, -2, 7,
-2, 0, 1, 0, -3, 1, 0, -2, 10,
-1, -3, -2, -4, -3, -2, -3, -4, -3, 5,
-1, -2, -3, -3, -2, -2, -2, -3, -2, 2, 5,
-1, 3, 0, 0, -3, 1, 1, -2, -1, -3, -3, 5,
-1, -1, -2, -3, -2, 0, -2, -2, 0, 2, 2, -1, 6,
-2, -2, -2, -4, -2, -4, -3, -3, -2, 0, 1, -3, 0, 8,
-1, -2, -2, -1, -4, -1, 0, -2, -2, -2, -3, -1, -2, -3, 9,
1, -1, 1, 0, -1, 0, 0, 0, -1, -2, -3, -1, -2, -2, -1, 4,
0, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 2, 5,
-2, -2, -4, -4, -5, -2, -3, -2, -3, -2, -2, -2, -2, 1, -3, -4, -3, 15,
-2, -1, -2, -2, -3, -1, -2, -3, 2, 0, 0, -1, 0, 3, -3, -2, -1, 3, 8,
0, -2, -3, -3, -1, -3, -3, -3, -3, 3, 1, -2, 1, 0, -3, -1, 0, -3, -1, 5,
};
double tmpmtx50[] =
{
5,
-2, 7,
-1, -1, 7,
-2, -2, 2, 8,
-1, -4, -2, -4, 13,
-1, 1, 0, 0, -3, 7,
-1, 0, 0, 2, -3, 2, 6,
0, -3, 0, -1, -3, -2, -3, 8,
-2, 0, 1, -1, -3, 1, 0, -2, 10,
-1, -4, -3, -4, -2, -3, -4, -4, -4, 5,
-2, -3, -4, -4, -2, -2, -3, -4, -3, 2, 5,
-1, 3, 0, -1, -3, 2, 1, -2, 0, -3, -3, 6,
-1, -2, -2, -4, -2, 0, -2, -3, -1, 2, 3, -2, 7,
-3, -3, -4, -5, -2, -4, -3, -4, -1, 0, 1, -4, 0, 8,
-1, -3, -2, -1, -4, -1, -1, -2, -2, -3, -4, -1, -3, -4, 10,
1, -1, 1, 0, -1, 0, -1, 0, -1, -3, -3, 0, -2, -3, -1, 5,
0, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 2, 5,
-3, -3, -4, -5, -5, -1, -3, -3, -3, -3, -2, -3, -1, 1, -4, -4, -3, 15,
-2, -1, -2, -3, -3, -1, -2, -3, 2, -1, -1, -2, 0, 4, -3, -2, -2, 2, 8,
0, -3, -3, -4, -1, -3, -3, -4, -4, 4, 1, -3, 1, -1, -3, -2, 0, -3, -1, 5,
};
double tmpmtx62[] =
{
6,
-2, 8,
-2, -1, 8,
-3, -2, 2, 9,
-1, -5, -4, -5, 13,
-1, 1, 0, 0, -4, 8,
-1, 0, 0, 2, -5, 3, 7,
0, -3, -1, -2, -4, -3, -3, 8,
-2, 0, 1, -2, -4, 1, 0, -3, 11,
-2, -4, -5, -5, -2, -4, -5, -6, -5, 6,
-2, -3, -5, -5, -2, -3, -4, -5, -4, 2, 6,
-1, 3, 0, -1, -5, 2, 1, -2, -1, -4, -4, 7,
-1, -2, -3, -5, -2, -1, -3, -4, -2, 2, 3, -2, 8,
-3, -4, -4, -5, -4, -5, -5, -5, -2, 0, 1, -5, 0, 9,
-1, -3, -3, -2, -4, -2, -2, -3, -3, -4, -4, -2, -4, -5, 11,
2, -1, 1, 0, -1, 0, 0, 0, -1, -4, -4, 0, -2, -4, -1, 6,
0, -2, 0, -2, -1, -1, -1, -2, -3, -1, -2, -1, -1, -3, -2, 2, 7,
-4, -4, -6, -6, -3, -3, -4, -4, -4, -4, -2, -4, -2, 1, -5, -4, -4, 16,
-3, -3, -3, -5, -4, -2, -3, -5, 3, -2, -2, -3, -1, 4, -4, -3, -2, 3, 10,
0, -4, -4, -5, -1, -3, -4, -5, -5, 4, 1, -3, 1, -1, -4, -2, 0, -4, -2, 6,
};
double tmpmtx80[] =
{
7,
-3, 9,
-3, -1, 9,
-3, -3, 2, 10,
-1, -6, -5, -7, 13,
-2, 1, 0, -1, -5, 9,
-2, -1, -1, 2, -7, 3, 8,
0, -4, -1, -3, -6, -4, -4, 9,
-3, 0, 1, -2, -7, 1, 0, -4, 12,
-3, -5, -6, -7, -2, -5, -6, -7, -6, 7,
-3, -4, -6, -7, -3, -4, -6, -7, -5, 2, 6,
-1, 3, 0, -2, -6, 2, 1, -3, -1, -5, -4, 8,
-2, -3, -4, -6, -3, -1, -4, -5, -4, 2, 3, -3, 9,
-4, -5, -6, -6, -4, -5, -6, -6, -2, -1, 0, -5, 0, 10,
-1, -3, -4, -3, -6, -3, -2, -5, -4, -5, -5, -2, -4, -6, 12,
2, -2, 1, -1, -2, -1, -1, -1, -2, -4, -4, -1, -3, -4, -2, 7,
0, -2, 0, -2, -2, -1, -2, -3, -3, -2, -3, -1, -1, -4, -3, 2, 8,
-5, -5, -7, -8, -5, -4, -6, -6, -4, -5, -4, -6, -3, 0, -7, -6, -5, 16,
-4, -4, -4, -6, -5, -3, -5, -6, 3, -3, -2, -4, -3, 4, -6, -3, -3, 3, 11,
-1, -4, -5, -6, -2, -4, -4, -6, -5, 4, 1, -4, 1, -2, -4, -3, 0, -5, -3, 7,
};
double tmpmtx0[] =
{
2.4,
-0.6, 4.7,
-0.3, 0.3, 3.8,
-0.3, -0.3, 2.2, 4.7,
0.5, -2.2, -1.8, -3.2, 11.5,
-0.2, 1.5, 0.7, 0.9, -2.4, 2.7,
0.0, 0.4, 0.9, 2.7, -3.0, 1.7, 3.6,
0.5, -1.0, 0.4, 0.1, -2.0, -1.0, -0.8, 6.6,
-0.8, 0.6, 1.2, 0.4, -1.3, 1.2, 0.4, -1.4, 6.0,
-0.8, -2.4, -2.8, -3.8, -1.1, -1.9, -2.7, -4.5, -2.2, 4.0,
-1.2, -2.2, -3.0, -4.0, -1.5, -1.6, -2.8, -4.4, -1.9, 2.8, 4.0,
-0.4, 2.7, 0.8, 0.5, -2.8, 1.5, 1.2, -1.1, 0.6, -2.1, -2.1, 3.2,
-0.7, -1.7, -2.2, -3.0, -0.9, -1.0, -2.0, -3.5, -1.3, 2.5, 2.8, -1.4, 4.3,
-2.3, -3.2, -3.1, -4.5, -0.8, -2.6, -3.9, -5.2, -0.1, 1.0, 2.0, -3.3, 1.6, 7.0,
0.3, -0.9, -0.9, -0.7, -3.1, -0.2, -0.5, -1.6, -1.1, -2.6, -2.3, -0.6, -2.4, -3.8, 7.6,
1.1, -0.2, 0.9, 0.5, 0.1, 0.2, 0.2, 0.4, -0.2, -1.8, -2.1, 0.1, -1.4, -2.8, 0.4, 2.2,
0.6, -0.2, 0.5, 0.0, -0.5, 0.0, -0.1, -1.1, -0.3, -0.6, -1.3, 0.1, -0.6, -2.2, 0.1, 1.5, 2.5,
-3.6, -1.6, -3.6, -5.2, -1.0, -2.7, -4.3, -4.0, -0.8, -1.8, -0.7, -3.5, -1.0, 3.6, -5.0, -3.3, -3.5, 14.2,
-2.2, -1.8, -1.4, -2.8, -0.5, -1.7, -2.7, -4.0, 2.2, -0.7, 0.0, -2.1, -0.2, 5.1, -3.1, -1.9, -1.9, 4.1, 7.8,
0.1, -2.0, -2.2, -2.9, 0.0, -1.5, -1.9, -3.3, -2.0, 3.1, 1.8, -1.7, 1.6, 0.1, -1.8, -1.0, 0.0, -2.6, -1.1, 3.4,
};
int i, j, count;
double av;
double *tmpmtx;
if( n == 30 ) tmpmtx = tmpmtx30;
else if( n == 45 ) tmpmtx = tmpmtx45;
else if( n == 50 ) tmpmtx = tmpmtx50;
else if( n == 62 ) tmpmtx = tmpmtx62;
else if( n == 80 ) tmpmtx = tmpmtx80;
else if( n == 0 ) tmpmtx = tmpmtx0;
else if( n == -1 ) tmpmtx = loadaamtx();
else
{
fprintf( stderr, "blosum %d ?\n", n );
exit( 1 );
}
count = 0;
for( i=0; i<20; i++ )
{
for( j=0; j<=i; j++ )
{
matrix[i][j] = matrix[j][i] = (double)tmpmtx[count++];
}
}
if( n == -1 && tmpmtx[400] != -1.0 )
{
for( i=0; i<20; i++ ) freq[i] = tmpmtx[400+i];
av = 0.0;
for( i=0; i<20; i++ ) av += freq[i];
for( i=0; i<20; i++ ) freq[i] /= av;
}
else
for( i=0; i<20; i++ ) freq[i] = freqd[i];
#if 0
av = 0.0;
for( i=0; i<20; i++ )
av += matrix[i][i];
av /= 20;
fprintf( stdout, "av = %f\n", av );
for( i=0; i<20; i++ ) for( j=0; j<20; j++ )
matrix[i][j] /= av;
av = wav = 0;
count = 0;
wcount = 0.0;
tmptmp = 0.0;
for( i=0; i<20; i++ )
{
fprintf( stdout, "freq[%d] = %f\n", i, freq[i] );
tmptmp += freq[i];
for( j=0; j<20; j++ )
{
av += matrix[i][j];
wav += freq[i] * freq[j] * matrix[i][j];
count++;
wcount += freq[i] * freq[j];
}
}
av /= count;
wav /= wcount;
fprintf( stdout, "av = %f\n", av );
fprintf( stdout, "wav = %f\n", wav );
fprintf( stdout, "wcount = %f\n", wcount );
fprintf( stdout, "tmptmp = %f\n", tmptmp );
for( i=0; i<20; i++ )
{
for( j=0; j<=i; j++ )
{
fprintf( stderr, "## %d-%d, %f\n", i, j, matrix[i][j] );
}
}
exit( 1 );
#endif
for( i=0; i<26; i++ ) amino[i] = locaminod[i];
for( i=0; i<26; i++ ) amino_grp[(int)amino[i]] = locgrpd[i];
}
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