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\documentclass[a4paper,12pt]{scrartcl}
%Wir arbeiten mit PDF-Latex.
%Bei Texmaker unter Werkzeuge > PDFLaTeX (F6)
\usepackage[utf8x]{inputenc}
%Für deutsche Schriften:
%\usepackage[ngerman]{babel}
%\usepackage{sistyle}
%\SIstyle{German}
%\usepackage{icomma} % Komma als Dezimaltrenner (im Mathe Modus)
% Standardmäßig läßt LaTeX im Mathe Modus immer etwas
% Platz nach einem Komma, für 3,45 etc. ist das falsch.
% Mit icomma gilt:
% Wenn auf das Komma ein Leerzeichen folgt, soll auch
% eins kommen, wenn nicht, schreibe es als Operator:
% z.B. $f(x, y) = 3,45$
%Für englische Schriften:
\usepackage[english]{babel}
\usepackage{sistyle}
\usepackage[top = 2cm, left = 2.5cm, right = 2cm, bottom = 2.5cm]{geometry}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{amssymb}
\usepackage{array}
\usepackage{cite} %Für Zitate und Quellen
\usepackage{url}
\urlstyle{tt}
%\usepackage{longtable} % mehrseitige Tabellen
%\usepackage{multirow} %Zusammenfassen von Spalten/Zeilen
\usepackage{subfig} % Vereinen von Bildern in gesamte Figure
%Schönere Unterschriften für Bilder und Tabellen
%Setze captions mit Kommas und Beschriftungen
\DeclareCaptionLabelFormat{mycaption}{#1 #2}
\DeclareCaptionLabelSeparator{comma}{, }
\captionsetup{font=small,labelfont=bf,labelformat=mycaption,labelsep=comma}
\setcapindent{0pt} % Zeileneinzug ab zweiter Zeile
\newcommand{\mycaption}[2]{\caption[~#1]{\textbf{#1:} #2}}
\usepackage{tabularx}
\usepackage{textcomp} % Sonderzeichen
\usepackage{wrapfig}
\usepackage[svgnames]{xcolor} %Farben wie DarkBlue
%%
%%
%% Definitionen für schöne Links innerhalb des Dokuments
%%% graphicx: support for graphics
\usepackage[pdftex]{graphicx}
\pdfcompresslevel=9
%%% hyperref (hyperlinks in PDF): for more options or more detailed
%%% explanations, see the documentation of the hyperref-package
\usepackage[%
%%% general options
pdftex=true, %% sets up hyperref for use with the pdftex program
%plainpages=false, %% set it to false, if pdflatex complains: ``destination with same identifier already exists''
%
pdfstartview={XYZ 0 0 1.0} , %% Startet das PDF mit 100% Zoom, also Originalgroesse
%%% extension options
backref, %% adds a backlink text to the end of each item in the bibliography
pagebackref=false, %% if true, creates backward references as a list of page numbers in the bibliography
colorlinks=true, %% turn on colored links (true is better for on-screen reading, false is better for printout versions)
linkcolor=DarkBlue, %% Aendern der Linkfarbe
urlcolor=DarkBlue, %% Aendern der Url-Linkfarbe und andere serioese Farben
anchorcolor = black,
citecolor = DarkGreen,
filecolor = black,
urlcolor = DarkBlue,
breaklinks=false,
%
%%% PDF-specific display options
bookmarks=true, %% if true, generate PDF bookmarks (requires two passes of pdflatex)
bookmarksopen=true, %% if true, show all PDF bookmarks expanded
bookmarksnumbered=false, %% if true, add the section numbers to the bookmarks
%pdfstartpage={1}, %% determines, on which page the PDF file is opened
%pdfpagemode=None %% None, UseOutlines (=show bookmarks), UseThumbs (show thumbnails), FullScreen
]{hyperref}
%%% provide all graphics (also) in this format, so you don't have
%%% to add the file extensions to the \includegraphics-command
%%% and/or you don't have to distinguish between generating
%%% dvi/ps (through latex) and pdf (through pdflatex)
% \DeclareGraphicsExtensions{.pdf}
%%
%%
%\newcommand{\kommentar}[1]{\marginpar{\textcolor{red}{#1}}} % Kommentarkommando
%\newcommand{\fehler}[3]{\SI{(#1}{}\SI{\pm #2)}{#3}} % Fehlerkommando
%Ort für mögliche Bilddateien (Unterordner)
\graphicspath{{bilder/}{messwerte/}{auswertung/}}
%Neue Befehle
\newcommand{\hyref}[2]{\hyperref[#2]{#1~\ref{#2}}} %Schönerer link statt "link zu Bild \ref{im:bild}" -> "\hyref{link zu Bild}{im:bild}"
\newcommand{\mytilde}{\raisebox{-0.9ex}{\~{ }}}
% Tell latex how to break the program names
\hyphenation{Py-Corr-Fit Py-Scan-FCS}
\usepackage{doi}
\begin{document}
\noindent
\begin{tabularx}{\linewidth}{Xr}
\textbf{PyScanFCS \newline Data evaluation for perpendicular line scanning FCS} \newline \textit{Software Guide} &
\raisebox{-2em}{\includegraphics[angle=0,width=40mm]{Images/PyScanFCS_logo_dark.pdf}} \\
\\
Paul Müller & \\
Biotechnology Center of the TU Dresden & \\
\today & \\
\end{tabularx}
\vspace{2em}
\tableofcontents
\newpage
\graphicspath{{Images/}}
\include{PyScanFCS_doc_content}
\section*{Acknowledgements}
\addcontentsline{toc}{section}{Acknowledgements}
I thank Eugene Petrov and Fabian Heinemann (MPI Biochem, Martinsried, Germany) for discussions on the implementation of the multiple-$\tau$ algorithm. I thank André Scholich (TU Dresden, Germany) for initial proof reading of the manuscript. The idea of a kymograph and the Fourier analysis method are adopted from a Matlab script written on the same issue by Jonas Ries.
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
% Literaturverzeichnis
\pagestyle{plain} % nur Nummerierung in der Fußzeile
\bibliographystyle{plainurl} % Zitierstil: alphadin = [Nam88] apt-get install bibtex-extras
\bibliography{Bibliography} % BibTeX-Datei name.bib ohne .bib hier einfgen
%\nocite{*} % Listet alle Eintrge der Datei auf, wenn aktiv
\end{document}
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