1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
|
BASEML (in paml version 4.6, August 2012) Alignments/alignment.phylip TN93 dGamma (ncatG=5)
nparK: 4 K: 5
Frequencies..
T C A G
Homo_sapie 0.20270 0.16216 0.36937 0.26577
Pan_troglo 0.19820 0.16667 0.36937 0.26577
Gorilla_go 0.20721 0.15766 0.36937 0.26577
Pongo_pygm 0.20270 0.16216 0.36937 0.26577
Macaca_mul 0.19369 0.16667 0.37387 0.26577
Homogeneity statistic: X2 = 0.00092 G = 0.00092
Average 0.20090 0.16306 0.37027 0.26577
# constant sites: 218 (98.20%)
ln Lmax (unconstrained) = -316.049385
Distances: TN93 (kappa) (alpha set at 0.50)
This matrix is not used in later m.l. analysis.
Homo_sapie
Pan_troglo 0.0047(999.0000)
Gorilla_go 0.0047(999.0000) 0.0097(999.0000)
Pongo_pygm 0.0000(999.0000) 0.0047(999.0000) 0.0047(999.0000)
Macaca_mul 0.0093( 3.6925) 0.0145( 7.6730) 0.0145( 7.7118) 0.0093( 3.6925)
TREE # 1: (((1, 2), 3), 4, 5); MP score: 4.00
lnL(ntime: 7 np: 33): -320.889683 +0.000000
6..7 7..8 8..1 8..2 7..3 6..4 6..5
0.000004 0.000004 0.000004 0.004535 0.004543 0.000004 0.009204 21.559723 0.000010 0.995175 0.999043 1.002619 1.000625 0.170354 0.187038 0.194874 0.224865 0.172877 0.180087 0.206159 0.220346 0.178666 0.187016 0.197432 0.215511 0.193393 0.191358 0.196772 0.209883 0.215280 0.206093 0.210281 0.184654
tree length = 0.01830
(((Homo_sapie, Pan_troglo), Gorilla_go), Pongo_pygm, Macaca_mul);
(((Homo_sapie: 0.000004, Pan_troglo: 0.004535): 0.000004, Gorilla_go: 0.004543): 0.000004, Pongo_pygm: 0.000004, Macaca_mul: 0.009204);
Detailed output identifying parameters
Parameters (kappa) in the rate matrix (TN93) (Yang 1994 J Mol Evol 39:105-111):
21.55972 0.00001
rate: 0.99517 0.99904 1.00262 1.00062 1.00202
freq: 0.18683 0.19064 0.20119 0.21049 0.21086
transition probabilities between rate categories:
0.17035 0.18704 0.19487 0.22487 0.22287
0.17288 0.18009 0.20616 0.22035 0.22053
0.17867 0.18702 0.19743 0.21551 0.22137
0.19339 0.19136 0.19677 0.20988 0.20859
0.21528 0.20609 0.21028 0.18465 0.18369
check convergence..
|
