package info
(click to toggle)
Folder: Tests
| .. (parent) | ||||
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | Abi | |
| d | rwxr-xr-x | 82 | Ace | |
| d | rwxr-xr-x | 70 | Affy | |
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | Align | |
| d | rwxr-xr-x | 120 | BWA | |
| d | rwxr-xr-x | 115 | BioSQL | |
| d | rwxr-xr-x | 8,192 | Blast | |
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | Blat | |
| d | rwxr-xr-x | 30 | CDAO | |
| d | rwxr-xr-x | 91 | Cellosaurus | |
| d | rwxr-xr-x | 148 | Clustalw | |
| d | rwxr-xr-x | 47 | Cluster | |
| d | rwxr-xr-x | 45 | CodonUsage | |
| d | rwxr-xr-x | 48 | Compass | |
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | EMBL | |
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | Emboss | |
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | Entrez | |
| d | rwxr-xr-x | 101 | Enzymes | |
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | Exonerate | |
| d | rwxr-xr-x | 34 | ExtendedPhylip | |
| d | rwxr-xr-x | 30 | FSSP | |
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | Fasta | |
| d | rwxr-xr-x | 129 | GFF | |
| d | rwxr-xr-x | 35 | Gck | |
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | GenBank | |
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | Geo | |
| d | rwxr-xr-x | 27 | Graphics | |
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | HHsuite | |
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | Hmmer | |
| d | rwxr-xr-x | 93 | IntelliGenetics | |
| d | rwxr-xr-x | 33 | InterProScan | |
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | KEGG | |
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | MAF | |
| d | rwxr-xr-x | 140 | Mauve | |
| d | rwxr-xr-x | 97 | Medline | |
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | MetaTool | |
| d | rwxr-xr-x | 120 | NBRF | |
| d | rwxr-xr-x | 55 | NMR | |
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | NeXML | |
| d | rwxr-xr-x | 57 | NeuralNetwork | |
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | Nexus | |
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | Nib | |
| d | rwxr-xr-x | 114 | PAML | |
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | PDB | |
| d | rwxr-xr-x | 29 | PQR | |
| d | rwxr-xr-x | 79 | Phd | |
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | Phylip | |
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | PhyloXML | |
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | PopGen | |
| d | rwxr-xr-x | 156 | Prosite | |
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | Quality | |
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | Rebase | |
| d | rwxr-xr-x | 69 | Registry | |
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | Roche | |
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | SCOP | |
| d | rwxr-xr-x | 29 | Saf | |
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | SamBam | |
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | SeqXML | |
| d | rwxr-xr-x | 81 | SnapGene | |
| d | rwxr-xr-x | 51 | Stockholm | |
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | SubsMat | |
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | SwissProt | |
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | TreeConstruction | |
| d | rwxr-xr-x | 83 | UniGene | |
| d | rwxr-xr-x | 150 | UniProt | |
| d | rwxr-xr-x | 84 | Wise | |
| d | rwxr-xr-x | 82 | Xdna | |
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | codonalign | |
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | motifs | |
| d | rwxr-xr-x | 54 | msf | |
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | phenotype | |
| - | rw-r--r-- | 582 | .coveragerc | |
| - | rw-r--r-- | 795 | biosql.ini.appveyor | |
| - | rw-r--r-- | 706 | biosql.ini.sample | |
| - | rw-r--r-- | 47,796 | common_BioSQL.py | |
| - | rw-r--r-- | 4,544 | common_BioSQL_online.py | |
| - | rwxr-xr-x | 27,167 | pairwise2_testCases.py | |
| - | rw-r--r-- | 1,212 | requires_internet.py | |
| - | rw-r--r-- | 936 | requires_wise.py | |
| - | rwxr-xr-x | 13,090 | run_tests.py | |
| - | rw-r--r-- | 7,130 | search_tests_common.py | |
| - | rw-r--r-- | 12,910 | seq_tests_common.py | |
| - | rw-r--r-- | 121,943 | test_Ace.py | |
| - | rw-r--r-- | 13,459 | test_Affy.py | |
| - | rw-r--r-- | 64,488 | test_AlignIO.py | |
| - | rw-r--r-- | 12,003 | test_AlignIO_ClustalIO.py | |
| - | rw-r--r-- | 15,347 | test_AlignIO_EmbossIO.py | |
| - | rw-r--r-- | 44,198 | test_AlignIO_FastaIO.py | |
| - | rw-r--r-- | 5,246 | test_AlignIO_MauveIO.py | |
| - | rw-r--r-- | 8,798 | test_AlignIO_PhylipIO.py | |
| - | rw-r--r-- | 3,643 | test_AlignIO_convert.py | |
| - | rw-r--r-- | 6,722 | test_AlignInfo.py | |
| - | rw-r--r-- | 4,331 | test_Application.py | |
| - | rw-r--r-- | 7,897 | test_BWA_tool.py | |
| - | rw-r--r-- | 784 | test_BioSQL_MySQLdb.py | |
| - | rw-r--r-- | 997 | test_BioSQL_MySQLdb_online.py | |
| - | rw-r--r-- | 802 | test_BioSQL_mysql_connector.py | |
| - | rw-r--r-- | 1,005 | test_BioSQL_mysql_connector_online.py | |
| - | rw-r--r-- | 779 | test_BioSQL_psycopg2.py | |
| - | rw-r--r-- | 999 | test_BioSQL_psycopg2_online.py | |
| - | rw-r--r-- | 2,587 | test_BioSQL_sqlite3.py | |
| - | rw-r--r-- | 1,067 | test_BioSQL_sqlite3_online.py | |
| - | rw-r--r-- | 1,056 | test_Blast_Record.py | |
| - | rw-r--r-- | 3,695 | test_CAPS.py | |
| - | rw-r--r-- | 1,159 | test_Chi2.py | |
| - | rw-r--r-- | 8,280 | test_ClustalOmega_tool.py | |
| - | rw-r--r-- | 11,923 | test_Clustalw_tool.py | |
| - | rw-r--r-- | 111,169 | test_Cluster.py | |
| - | rw-r--r-- | 35,128 | test_CodonTable.py | |
| - | rw-r--r-- | 4,222 | test_ColorSpiral.py | |
| - | rw-r--r-- | 4,004 | test_Compass.py | |
| - | rw-r--r-- | 7,061 | test_Consensus.py | |
| - | rw-r--r-- | 16,722 | test_Crystal.py | |
| - | rw-r--r-- | 4,721 | test_Dialign_tool.py | |
| - | rw-r--r-- | 3,074 | test_EMBL_unittest.py | |
| - | rw-r--r-- | 38,446 | test_Emboss.py | |
| - | rw-r--r-- | 12,601 | test_EmbossPhylipNew.py | |
| - | rw-r--r-- | 9,286 | test_EmbossPrimer.py | |
| - | rw-r--r-- | 8,187 | test_Entrez.py | |
| - | rw-r--r-- | 12,702 | test_Entrez_online.py | |
| - | rw-r--r-- | 579,876 | test_Entrez_parser.py | |
| - | rw-r--r-- | 6,340 | test_Enzyme.py | |
| - | rw-r--r-- | 1,786 | test_ExPASy.py | |
| - | rw-r--r-- | 2,882 | test_FSSP.py | |
| - | rw-r--r-- | 6,071 | test_Fasttree_tool.py | |
| - | rw-r--r-- | 4,109 | test_File.py | |
| - | rw-r--r-- | 374,578 | test_GenBank.py | |
| - | rw-r--r-- | 47,386 | test_GenomeDiagram.py | |
| - | rw-r--r-- | 4,156 | test_GraphicsBitmaps.py | |
| - | rw-r--r-- | 39,165 | test_GraphicsChromosome.py | |
| - | rw-r--r-- | 2,680 | test_GraphicsDistribution.py | |
| - | rw-r--r-- | 2,594 | test_GraphicsGeneral.py | |
| - | rw-r--r-- | 5,711 | test_HMMCasino.py | |
| - | rw-r--r-- | 15,691 | test_HMMGeneral.py | |
| - | rw-r--r-- | 7,730 | test_KEGG.py | |
| - | rw-r--r-- | 9,819 | test_KEGG_online.py | |
| - | rw-r--r-- | 7,975 | test_KGML_graphics.py | |
| - | rw-r--r-- | 2,761 | test_KGML_graphics_online.py | |
| - | rw-r--r-- | 4,930 | test_KGML_nographics.py | |
| - | rw-r--r-- | 5,891 | test_KeyWList.py | |
| - | rw-r--r-- | 4,213 | test_LogisticRegression.py | |
| - | rw-r--r-- | 5,638 | test_MSAProbs_tool.py | |
| - | rw-r--r-- | 32,172 | test_MafIO_index.py | |
| - | rw-r--r-- | 7,527 | test_Mafft_tool.py | |
| - | rw-r--r-- | 23,261 | test_MarkovModel.py | |
| - | rw-r--r-- | 20,479 | test_Medline.py | |
| - | rw-r--r-- | 17,863 | test_Muscle_tool.py | |
| - | rw-r--r-- | 1,356,198 | test_NCBITextParser.py | |
| - | rw-r--r-- | 180,421 | test_NCBIXML.py | |
| - | rw-r--r-- | 21,461 | test_NCBI_BLAST_tools.py | |
| - | rw-r--r-- | 16,465 | test_NCBI_qblast.py | |
| - | rw-r--r-- | 5,068 | test_NMR.py | |
| - | rw-r--r-- | 4,239 | test_NaiveBayes.py | |
| - | rw-r--r-- | 42,007 | test_Nexus.py | |
| - | rw-r--r-- | 12,300 | test_PAML_baseml.py | |
| - | rw-r--r-- | 26,873 | test_PAML_codeml.py | |
| - | rw-r--r-- | 4,841 | test_PAML_tools.py | |
| - | rw-r--r-- | 7,208 | test_PAML_yn00.py | |
| - | rw-r--r-- | 5,572 | test_PDBList.py | |
| - | rw-r--r-- | 9,338 | test_PDB_DSSP.py | |
| - | rw-r--r-- | 2,184 | test_PDB_Dice.py | |
| - | rw-r--r-- | 3,675 | test_PDB_Disordered.py | |
| - | rw-r--r-- | 5,310 | test_PDB_Exposure.py | |
| - | rw-r--r-- | 1,322 | test_PDB_FragmentMapper.py | |
| - | rw-r--r-- | 7,776 | test_PDB_KDTree.py | |
| - | rw-r--r-- | 16,953 | test_PDB_MMCIF2Dict.py | |
| - | rw-r--r-- | 7,998 | test_PDB_MMCIFIO.py | |
| - | rw-r--r-- | 16,329 | test_PDB_MMCIFParser.py | |
| - | rw-r--r-- | 2,420 | test_PDB_NACCESS.py | |
| - | rw-r--r-- | 11,010 | test_PDB_PDBIO.py | |
| - | rw-r--r-- | 29,510 | test_PDB_PDBParser.py | |
| - | rw-r--r-- | 6,855 | test_PDB_Polypetide.py | |
| - | rw-r--r-- | 4,531 | test_PDB_ResidueDepth.py | |
| - | rw-r--r-- | 16,312 | test_PDB_SMCRA.py | |
| - | rw-r--r-- | 1,734 | test_PDB_StructureAlignment.py | |
| - | rw-r--r-- | 6,477 | test_PDB_Superimposer.py | |
| - | rw-r--r-- | 9,029 | test_PDB_internal_coords.py | |
| - | rw-r--r-- | 7,431 | test_PDB_parse_pdb_header.py | |
| - | rw-r--r-- | 9,409 | test_PDB_vectors.py | |
| - | rw-r--r-- | 7,265 | test_PQR.py | |
| - | rw-r--r-- | 8,528 | test_Pathway.py | |
| - | rw-r--r-- | 20,535 | test_Phd.py | |
| - | rw-r--r-- | 21,156 | test_Phylo.py | |
| - | rw-r--r-- | 29,821 | test_PhyloXML.py | |
| - | rw-r--r-- | 3,360 | test_Phylo_CDAO.py | |
| - | rw-r--r-- | 3,257 | test_Phylo_NeXML.py | |
| - | rw-r--r-- | 3,702 | test_Phylo_matplotlib.py | |
| - | rw-r--r-- | 1,180 | test_Phylo_networkx.py | |
| - | rw-r--r-- | 3,715 | test_PopGen_GenePop.py | |
| - | rw-r--r-- | 4,255 | test_PopGen_GenePop_EasyController.py | |
| - | rw-r--r-- | 7,647 | test_PopGen_GenePop_nodepend.py | |
| - | rw-r--r-- | 8,460 | test_Prank_tool.py | |
| - | rw-r--r-- | 3,900 | test_Probcons_tool.py | |
| - | rw-r--r-- | 10,798 | test_ProtParam.py | |
| - | rw-r--r-- | 8,071 | test_QCPSuperimposer.py | |
| - | rw-r--r-- | 2,534 | test_RCSBFormats.py | |
| - | rw-r--r-- | 24,000 | test_Restriction.py | |
| - | rw-r--r-- | 2,270 | test_SCOP_Astral.py | |
| - | rw-r--r-- | 3,408 | test_SCOP_Cla.py | |
| - | rw-r--r-- | 1,874 | test_SCOP_Des.py | |
| - | rw-r--r-- | 1,763 | test_SCOP_Dom.py | |
| - | rw-r--r-- | 1,318 | test_SCOP_Hie.py | |
| - | rw-r--r-- | 4,222 | test_SCOP_Raf.py | |
| - | rw-r--r-- | 2,353 | test_SCOP_Residues.py | |
| - | rw-r--r-- | 5,518 | test_SCOP_Scop.py | |
| - | rw-r--r-- | 637 | test_SCOP_online.py | |
| - | rw-r--r-- | 4,354 | test_SVDSuperimposer.py | |
| - | rw-r--r-- | 40,580 | test_SearchIO_blast_tab.py | |
| - | rw-r--r-- | 9,702 | test_SearchIO_blast_tab_index.py | |
| - | rw-r--r-- | 116,124 | test_SearchIO_blast_text.py | |
| - | rw-r--r-- | 173,860 | test_SearchIO_blast_xml.py | |
| - | rw-r--r-- | 38,090 | test_SearchIO_blast_xml_index.py | |
| - | rw-r--r-- | 61,701 | test_SearchIO_blat_psl.py | |
| - | rw-r--r-- | 2,610 | test_SearchIO_blat_psl_index.py | |
| - | rw-r--r-- | 106,578 | test_SearchIO_exonerate.py | |
| - | rw-r--r-- | 956 | test_SearchIO_exonerate_text_index.py | |
| - | rw-r--r-- | 969 | test_SearchIO_exonerate_vulgar_index.py | |
| - | rw-r--r-- | 140,595 | test_SearchIO_fasta_m10.py | |
| - | rw-r--r-- | 2,174 | test_SearchIO_fasta_m10_index.py | |
| - | rw-r--r-- | 21,901 | test_SearchIO_hhsuite2_text.py | |
| - | rw-r--r-- | 23,192 | test_SearchIO_hmmer2_text.py | |
| - | rw-r--r-- | 23,781 | test_SearchIO_hmmer2_text_index.py | |
| - | rw-r--r-- | 27,802 | test_SearchIO_hmmer3_domtab.py | |
| - | rw-r--r-- | 5,460 | test_SearchIO_hmmer3_domtab_index.py | |
| - | rw-r--r-- | 20,421 | test_SearchIO_hmmer3_tab.py | |
| - | rw-r--r-- | 4,505 | test_SearchIO_hmmer3_tab_index.py | |
| - | rw-r--r-- | 117,619 | test_SearchIO_hmmer3_text.py | |
| - | rw-r--r-- | 18,772 | test_SearchIO_hmmer3_text_index.py | |
| - | rw-r--r-- | 2,750 | test_SearchIO_interproscan_xml.py | |
| - | rw-r--r-- | 6,317 | test_SearchIO_legacy.py | |
| - | rw-r--r-- | 67,765 | test_SearchIO_model.py | |
| - | rw-r--r-- | 9,465 | test_SearchIO_write.py | |
| - | rw-r--r-- | 12,732 | test_SeqFeature.py | |
| - | rw-r--r-- | 229,294 | test_SeqIO.py | |
| - | rw-r--r-- | 577,766 | test_SeqIO_AbiIO.py | |
| - | rw-r--r-- | 9,467 | test_SeqIO_FastaIO.py | |
| - | rw-r--r-- | 13,689 | test_SeqIO_Gck.py | |
| - | rw-r--r-- | 4,482 | test_SeqIO_Insdc.py | |
| - | rw-r--r-- | 2,178 | test_SeqIO_NibIO.py | |
| - | rw-r--r-- | 7,626 | test_SeqIO_PdbIO.py | |
| - | rw-r--r-- | 43,049 | test_SeqIO_QualityIO.py | |
| - | rw-r--r-- | 10,090 | test_SeqIO_SeqXML.py | |
| - | rw-r--r-- | 8,161 | test_SeqIO_SnapGene.py | |
| - | rw-r--r-- | 8,259 | test_SeqIO_Xdna.py | |
| - | rw-r--r-- | 56,795 | test_SeqIO_features.py | |
| - | rw-r--r-- | 30,117 | test_SeqIO_index.py | |
| - | rw-r--r-- | 3,615 | test_SeqIO_online.py | |
| - | rw-r--r-- | 10,747 | test_SeqIO_write.py | |
| - | rw-r--r-- | 22,654 | test_SeqRecord.py | |
| - | rw-r--r-- | 12,132 | test_SeqUtils.py | |
| - | rw-r--r-- | 41,151 | test_Seq_objs.py | |
| - | rw-r--r-- | 22,691 | test_SffIO.py | |
| - | rw-r--r-- | 81,457 | test_SubsMat.py | |
| - | rw-r--r-- | 158,018 | test_SwissProt.py | |
| - | rw-r--r-- | 6,990 | test_TCoffee_tool.py | |
| - | rw-r--r-- | 22,857 | test_TogoWS.py | |
| - | rw-r--r-- | 13,164 | test_TreeConstruction.py | |
| - | rw-r--r-- | 9,550 | test_Tutorial.py | |
| - | rw-r--r-- | 74,992 | test_UniGene.py | |
| - | rw-r--r-- | 6,588 | test_UniProt_GOA.py | |
| - | rw-r--r-- | 26,018 | test_Uniprot.py | |
| - | rw-r--r-- | 2,806 | test_Wise.py | |
| - | rw-r--r-- | 6,128 | test_XXmotif_tool.py | |
| - | rw-r--r-- | 28,575 | test_align.py | |
| - | rw-r--r-- | 140,084 | test_align_substitution_matrices.py | |
| - | rw-r--r-- | 16,510 | test_bgzf.py | |
| - | rw-r--r-- | 7,010 | test_cellosaurus.py | |
| - | rw-r--r-- | 17,360 | test_codonalign.py | |
| - | rw-r--r-- | 289,276 | test_geo.py | |
| - | rw-r--r-- | 3,468 | test_kNN.py | |
| - | rw-r--r-- | 1,292 | test_lowess.py | |
| - | rw-r--r-- | 10,422 | test_mmtf.py | |
| - | rw-r--r-- | 1,078 | test_mmtf_online.py | |
| - | rw-r--r-- | 134,981 | test_motifs.py | |
| - | rw-r--r-- | 1,707 | test_motifs_online.py | |
| - | rw-r--r-- | 844 | test_pairwise2.py | |
| - | rw-r--r-- | 792 | test_pairwise2_no_C.py | |
| - | rw-r--r-- | 85,813 | test_pairwise_aligner.py | |
| - | rw-r--r-- | 12,408 | test_phenotype.py | |
| - | rw-r--r-- | 2,480 | test_phenotype_fit.py | |
| - | rw-r--r-- | 2,515 | test_phyml_tool.py | |
| - | rw-r--r-- | 57,976 | test_prodoc.py | |
| - | rw-r--r-- | 197,123 | test_prosite1.py | |
| - | rw-r--r-- | 54,511 | test_prosite2.py | |
| - | rw-r--r-- | 4,774 | test_psw.py | |
| - | rw-r--r-- | 2,285 | test_raxml_tool.py | |
| - | rw-r--r-- | 10,799 | test_samtools_tool.py | |
| - | rw-r--r-- | 40,720 | test_seq.py | |
| - | rw-r--r-- | 3,287 | test_translate.py |
