1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
|
# Copyright 2017 by Francesco Gastaldello. All rights reserved.
#
# Converted by Francesco Gastaldello from an older unit test copyright 2004
# by Thomas Hamelryck.
#
# This file is part of the Biopython distribution and governed by your
# choice of the "Biopython License Agreement" or the "BSD 3-Clause License".
# Please see the LICENSE file that should have been included as part of this
# package.
"""Unit tests for the Bio.PDB.Superimposer module."""
import unittest
try:
import numpy
except ImportError:
from Bio import MissingPythonDependencyError
raise MissingPythonDependencyError(
"Install NumPy if you want to use Bio.PDB."
) from None
from Bio.PDB import Superimposer, Selection
from Bio.PDB import PDBParser
class SuperimposerTests(unittest.TestCase):
"""Test Superimposer module."""
def test_Superimposer(self):
"""Test on module that superimpose two protein structures."""
pdb1 = "PDB/1A8O.pdb"
p = PDBParser()
s1 = p.get_structure("FIXED", pdb1)
fixed = Selection.unfold_entities(s1, "A")
s2 = p.get_structure("MOVING", pdb1)
moving = Selection.unfold_entities(s2, "A")
rot = numpy.identity(3).astype("f")
tran = numpy.array((1.0, 2.0, 3.0), "f")
for atom in moving:
atom.transform(rot, tran)
sup = Superimposer()
sup.set_atoms(fixed, moving)
self.assertTrue(numpy.allclose(sup.rotran[0], numpy.identity(3)))
self.assertTrue(numpy.allclose(sup.rotran[1], numpy.array([-1.0, -2.0, -3.0])))
self.assertAlmostEqual(sup.rms, 0.0, places=3)
# Turn black code style off
# fmt: off
atom_list = ["N", "C", "C", "O", "C", "C", "SE", "C", "N", "C", "C",
"O", "C", "C", "O", "O", "N", "C", "C", "O", "C", "C",
"C", "C", "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "N", "C",
"N", "N", "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "O", "N",
"N", "C", "C", "O", "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C",
"N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "N", "N", "C",
"C", "O", "C", "C", "C", "O", "O", "N", "C", "C", "O",
"C", "C", "C", "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "C",
"C", "C", "C", "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "N",
"C", "N", "N", "N", "C", "C", "O", "C", "C", "O", "O",
"N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C",
"O", "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "N", "C", "C",
"O", "C", "C", "O", "O", "N", "C", "C", "O", "C", "C",
"C", "N", "C", "N", "N", "N", "C", "C", "O", "C", "C",
"C", "C", "C", "C", "C", "N", "C", "C", "O", "C", "C",
"C", "C", "C", "C", "C", "O", "N", "C", "C", "O", "C",
"C", "C", "C", "N", "N", "C", "C", "O", "C", "O", "C",
"N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "N", "C", "C",
"O", "C", "C", "C", "N", "C", "N", "N", "N", "C", "C",
"O", "C", "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "O", "O",
"N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "O", "N", "N", "C",
"C", "O", "C", "N", "C", "C", "O", "C", "O", "N", "C",
"C", "O", "C", "C", "C", "O", "N", "N", "C", "C", "O",
"C", "C", "C", "O", "O", "N", "C", "C", "O", "C", "C",
"C", "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "N", "N",
"C", "C", "O", "C", "C", "O", "N", "N", "C", "C", "O",
"C", "C", "C", "C", "N", "C", "C", "C", "C", "C", "N",
"C", "C", "O", "C", "C", "SE", "C", "N", "C", "C", "O",
"C", "O", "C", "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "O",
"O", "N", "C", "C", "O", "C", "O", "C", "N", "C", "C",
"O", "C", "C", "C", "C", "N", "C", "C", "O", "C", "C",
"C", "C", "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "N", "C",
"C", "O", "C", "C", "C", "O", "N", "N", "C", "C", "O",
"C", "C", "O", "N", "N", "C", "C", "O", "C", "N", "C",
"C", "O", "C", "C", "O", "N", "N", "C", "C", "O", "C",
"C", "C", "N", "C", "C", "O", "C", "C", "O", "O", "N",
"C", "C", "O", "C", "S", "N", "C", "C", "O", "C", "C",
"C", "C", "N", "N", "C", "C", "O", "C", "O", "C", "N",
"C", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "N", "C", "C", "O",
"C", "C", "C", "C", "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C",
"C", "N", "N", "C", "C", "O", "C", "N", "C", "C", "O",
"C", "C", "C", "C", "N", "C", "C", "O", "N", "C", "C",
"O", "C", "C", "C", "N", "C", "C", "O", "N", "C", "C",
"O", "C", "N", "C", "C", "O", "C", "O", "C", "N", "C",
"C", "O", "C", "C", "C", "C", "N", "C", "C", "O", "C",
"C", "C", "O", "O", "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C",
"O", "O", "N", "C", "C", "O", "C", "C", "SE", "C", "N",
"C", "C", "O", "C", "C", "SE", "C", "N", "C", "C", "O",
"C", "O", "C", "N", "C", "C", "O", "C", "N", "C", "C",
"O", "C", "S", "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "O",
"N", "N", "C", "C", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",
"O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",
"O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",
"O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",
"O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",
"O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",
"O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",
"O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",
"O", "O", "O", "O", "O", "O"]
# Turn black code style on
# fmt: on
sup.apply(moving)
atom_moved = []
for aa in moving:
atom_moved.append(aa.element)
self.assertEqual(atom_moved, atom_list)
if __name__ == "__main__":
runner = unittest.TextTestRunner(verbosity=2)
unittest.main(testRunner=runner)
|
