1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
|
BASEML (in paml version 4.7, January 2013) Alignments/alignment.phylip TN93 dGamma (ncatG=5)
nparK: 4 K: 5
Frequencies..
T C A G
Homo_sapie 0.20270 0.16216 0.36937 0.26577
Pan_troglo 0.19820 0.16667 0.36937 0.26577
Gorilla_go 0.20721 0.15766 0.36937 0.26577
Pongo_pygm 0.20270 0.16216 0.36937 0.26577
Macaca_mul 0.19369 0.16667 0.37387 0.26577
Homogeneity statistic: X2 = 0.00092 G = 0.00092
Average 0.20090 0.16306 0.37027 0.26577
# constant sites: 218 (98.20%)
ln Lmax (unconstrained) = -316.049385
Distances: TN93 (kappa) (alpha set at 0.50)
This matrix is not used in later m.l. analysis.
Homo_sapie
Pan_troglo 0.0047(999.0000)
Gorilla_go 0.0047(999.0000) 0.0097(999.0000)
Pongo_pygm 0.0000(999.0000) 0.0047(999.0000) 0.0047(999.0000)
Macaca_mul 0.0093( 3.6925) 0.0145( 7.6730) 0.0145( 7.7118) 0.0093( 3.6925)
TREE # 1: (((1, 2), 3), 4, 5); MP score: 4.00
lnL(ntime: 7 np: 33): -320.889684 +0.000000
6..7 7..8 8..1 8..2 7..3 6..4 6..5
0.000004 0.000004 0.000004 0.004536 0.004545 0.000004 0.009206 21.546972 0.000010 0.999972 1.000048 0.999996 0.999997 0.167938 0.185800 0.200710 0.224976 0.173888 0.185280 0.203450 0.220151 0.179360 0.183138 0.201928 0.223833 0.189065 0.201222 0.200452 0.198364 0.200596 0.201005 0.215121 0.197472
tree length = 0.01830
(((Homo_sapie, Pan_troglo), Gorilla_go), Pongo_pygm, Macaca_mul);
(((Homo_sapie: 0.00000, Pan_troglo: 0.00454): 0.00000, Gorilla_go: 0.00454): 0.00000, Pongo_pygm: 0.00000, Macaca_mul: 0.00921);
Detailed output identifying parameters
Parameters (kappa) in the rate matrix (TN93) (Yang 1994 J Mol Evol 39:105-111):
21.54697 0.00001
rate: 0.99997 1.00005 1.00000 1.00000 0.99999
freq: 0.18272 0.19161 0.20444 0.21242 0.20881
transition probabilities between rate categories:
0.16794 0.18580 0.20071 0.22498 0.22058
0.17389 0.18528 0.20345 0.22015 0.21723
0.17936 0.18314 0.20193 0.22383 0.21174
0.18906 0.20122 0.20045 0.19836 0.21090
0.20060 0.20100 0.21512 0.19747 0.18581
|
