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Command line: [exonerate -m protein2dna ../scer_cad1_prot.fa /media/Waterloo/Downloads/genomes/scer_s288c/scer_s288c.fa --bestn 3 --showcigar no --showvulgar no]
Hostname: [blackbriar]
C4 Alignment:
------------
Query: sp|P24813|YAP2_YEAST AP-1-like transcription activator YAP2 OS=Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) GN=CAD1 PE=1 SV=2
Target: gi|330443520|ref|NC_001136.10| Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IV, complete sequence:[revcomp]
Model: protein2dna:local
Raw score: 2105
Query range: 0 -> 409
Target range: 1319275 -> 1318048
1 : MetGlyAsnIleLeuArgLysGlyGlnGlnIleTyrLeuAlaGlyAspMetLysLy : 19
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MetGlyAsnIleLeuArgLysGlyGlnGlnIleTyrLeuAlaGlyAspMetLysLy
1319275 : ATGGGCAATATCCTTCGGAAAGGTCAGCAAATATATTTAGCAGGTGACATGAAGAA : 1319221
20 : sGlnMetLeuLeuAsnLysAspGlyThrProLysArgLysValGlyArgProGlyA : 38
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
sGlnMetLeuLeuAsnLysAspGlyThrProLysArgLysValGlyArgProGlyA
1319220 : GCAAATGTTGCTAAATAAAGATGGAACACCTAAGAGGAAGGTGGGCAGACCAGGCA : 1319164
39 : rgLysArgIleAspSerGluAlaLysSerArgArgThrAlaGlnAsnArgAlaAla : 56
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
rgLysArgIleAspSerGluAlaLysSerArgArgThrAlaGlnAsnArgAlaAla
1319163 : GAAAAAGGATTGACTCTGAAGCTAAGAGTAGGAGGACTGCCCAGAATAGGGCAGCT : 1319110
57 : GlnArgAlaPheArgAspArgLysGluAlaLysMetLysSerLeuGlnGluArgVa : 75
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GlnArgAlaPheArgAspArgLysGluAlaLysMetLysSerLeuGlnGluArgVa
1319109 : CAACGAGCGTTCCGAGATAGGAAAGAAGCCAAAATGAAGAGTTTGCAAGAGAGGGT : 1319053
76 : lGluLeuLeuGluGlnLysAspAlaGlnAsnLysThrThrThrAspPheLeuLeuC : 94
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
lGluLeuLeuGluGlnLysAspAlaGlnAsnLysThrThrThrAspPheLeuLeuC
1319052 : AGAGTTACTAGAACAGAAAGATGCGCAGAATAAGACTACCACGGACTTTTTACTAT : 1318996
95 : ysSerLeuLysSerLeuLeuSerGluIleThrLysTyrArgAlaLysAsnSerAsp : 112
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ysSerLeuLysSerLeuLeuSerGluIleThrLysTyrArgAlaLysAsnSerAsp
1318995 : GTTCTTTAAAAAGTTTACTGTCGGAAATTACAAAATATAGAGCTAAGAATTCTGAT : 1318942
113 : AspGluArgIleLeuAlaPheLeuAspAspLeuGlnGluGlnGlnLysArgGluAs : 131
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AspGluArgIleLeuAlaPheLeuAspAspLeuGlnGluGlnGlnLysArgGluAs
1318941 : GATGAAAGAATATTAGCCTTCCTCGATGATCTGCAAGAACAACAGAAAAGGGAAAA : 1318885
132 : nGluLysGlyThrSerThrAlaValSerLysAlaAlaLysGluLeuProSerProA : 150
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
nGluLysGlyThrSerThrAlaValSerLysAlaAlaLysGluLeuProSerProA
1318884 : CGAAAAAGGAACAAGTACAGCAGTTAGCAAGGCTGCAAAGGAATTGCCATCGCCTA : 1318828
151 : snSerAspGluAsnMetThrValAsnThrSerIleGluValGlnProHisThrGln : 168
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
snSerAspGluAsnMetThrValAsnThrSerIleGluValGlnProHisThrGln
1318827 : ATTCAGATGAAAACATGACTGTGAACACAAGTATAGAAGTACAGCCGCACACTCAA : 1318774
169 : GluAsnGluLysValMetTrpAsnIleGlySerTrpAsnAlaProSerLeuThrAs : 187
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GluAsnGluLysValMetTrpAsnIleGlySerTrpAsnAlaProSerLeuThrAs
1318773 : GAGAATGAGAAAGTTATGTGGAACATAGGCTCATGGAACGCTCCCAGTTTAACCAA : 1318717
188 : nSerTrpAspSerProProGlyAsnArgThrGlyAlaValThrIleGlyAspGluS : 206
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
nSerTrpAspSerProProGlyAsnArgThrGlyAlaValThrIleGlyAspGluS
1318716 : TTCGTGGGATTCTCCCCCCGGAAATCGAACAGGTGCCGTTACCATCGGTGACGAAA : 1318660
207 : erIleAsnGlySerGluMetProAspPheSerLeuAspLeuValSerAsnAspArg : 224
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
erIleAsnGlySerGluMetProAspPheSerLeuAspLeuValSerAsnAspArg
1318659 : GTATTAATGGTAGTGAAATGCCAGATTTCAGTCTCGATCTTGTCTCCAATGATAGA : 1318606
225 : GlnThrGlyLeuGluAlaLeuAspTyrAspIleHisAsnTyrPheProGlnHisSe : 243
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GlnThrGlyLeuGluAlaLeuAspTyrAspIleHisAsnTyrPheProGlnHisSe
1318605 : CAGACTGGTCTAGAAGCTTTAGATTACGACATTCATAACTACTTTCCTCAGCACTC : 1318549
244 : rGluArgLeuThrAlaGluLysIleAspThrSerAlaCysGlnCysGluIleAspG : 262
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
rGluArgLeuThrAlaGluLysIleAspThrSerAlaCysGlnCysGluIleAspG
1318548 : TGAACGCCTGACCGCTGAAAAAATAGATACGTCAGCATGTCAATGTGAAATTGACC : 1318492
263 : lnLysTyrLeuProTyrGluThrGluAspAspThrLeuPheProSerValLeuPro : 280
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
lnLysTyrLeuProTyrGluThrGluAspAspThrLeuPheProSerValLeuPro
1318491 : AAAAGTATCTTCCATACGAGACAGAAGATGATACTTTATTCCCCAGCGTGCTTCCC : 1318438
281 : LeuAlaValGlySerGlnCysAsnAsnIleCysAsnArgLysCysIleGlyThrLy : 299
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LeuAlaValGlySerGlnCysAsnAsnIleCysAsnArgLysCysIleGlyThrLy
1318437 : CTTGCTGTAGGGAGCCAGTGTAATAATATTTGCAACCGCAAGTGTATCGGGACCAA : 1318381
300 : sProCysSerAsnLysGluIleLysCysAspLeuIleThrSerHisLeuLeuAsnG : 318
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
sProCysSerAsnLysGluIleLysCysAspLeuIleThrSerHisLeuLeuAsnG
1318380 : ACCATGTTCAAATAAGGAGATCAAATGCGACTTAATAACAAGCCACCTGTTGAATC : 1318324
319 : lnLysSerLeuAlaSerValLeuProValAlaAlaSerHisThrLysThrIleArg : 336
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
lnLysSerLeuAlaSerValLeuProValAlaAlaSerHisThrLysThrIleArg
1318323 : AGAAATCTCTAGCTTCGGTGCTTCCGGTGGCTGCTTCTCATACTAAAACAATTCGA : 1318270
337 : ThrGlnSerGluAlaIleGluHisIleSerSerAlaIleSerAsnGlyLysAlaSe : 355
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ThrGlnSerGluAlaIleGluHisIleSerSerAlaIleSerAsnGlyLysAlaSe
1318269 : ACCCAATCTGAAGCAATTGAACACATTAGCAGCGCCATATCGAATGGAAAAGCGTC : 1318213
356 : rCysTyrHisIleLeuGluGluIleSerSerLeuProLysTyrSerSerLeuAspI : 374
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
rCysTyrHisIleLeuGluGluIleSerSerLeuProLysTyrSerSerLeuAspI
1318212 : TTGCTACCACATTCTCGAAGAGATCTCCTCCCTACCAAAATATTCATCGTTGGACA : 1318156
375 : leAspAspLeuCysSerGluLeuIleIleLysAlaLysCysThrAspAspCysLys : 392
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
leAspAspLeuCysSerGluLeuIleIleLysAlaLysCysThrAspAspCysLys
1318155 : TAGATGATTTATGCAGCGAATTAATAATCAAGGCAAAATGTACAGATGACTGCAAA : 1318102
393 : IleValValLysAlaArgAspLeuGlnSerAlaLeuValArgGlnLeuLeu : 409
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IleValValLysAlaArgAspLeuGlnSerAlaLeuValArgGlnLeuLeu
1318101 : ATAGTAGTCAAAGCTCGCGACTTACAGAGTGCTCTGGTTAGACAGCTCCTG : 1318049
C4 Alignment:
------------
Query: sp|P24813|YAP2_YEAST AP-1-like transcription activator YAP2 OS=Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) GN=CAD1 PE=1 SV=2
Target: gi|330443688|ref|NC_001145.3| Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIII, complete sequence
Model: protein2dna:local
Raw score: 205
Query range: 28 -> 120
Target range: 253991 -> 254270
29 : ProLysArgLysValGlyArgProGlyArgLysArg<->IleAspSerGluAlaLysS : 47
||||||!:!|||! !.!!!:! !!.!!!:!|||!:! :!:||| !!|||.!!|||.
ProLysLysLysGlySerLysThrSerLysLysGlnAspLeuAspProGluThrLysG
253992 : CCGAAGAAGAAGGGTAGCAAAACTAGCAAAAAGCAAGATTTGGATCCTGAAACTAAGC : 254049
48 : erArgArgThrAlaGlnAsnArgAlaAlaGlnArgAlaPheArgAspArgLysGluAl : 66
.!!:!|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||!!:|||||||||
lnLysArgThrAlaGlnAsnArgAlaAlaGlnArgAlaPheArgGluArgLysGluAr
254050 : AGAAGAGGACTGCCCAAAATCGGGCCGCTCAAAGAGCTTTTAGGGAACGTAAGGAGAG : 254106
67 : aLysMetLysSerLeuGlnGluArgValGluLeuLeuGluGlnLysAspAlaGlnAsn : 85
!|||||||||..!|||:!!:!!!:!|||:!! !||||||...! .!. !||||||
gLysMetLysGluLeuGluLysLysValGlnSerLeuGluSerIleGlnGlnGlnAsn
254107 : GAAGATGAAGGAATTGGAGAAGAAGGTACAAAGTTTAGAGAGTATTCAGCAGCAAAAT : 254163
86 : LysThrThrThrAspPheLeuLeuCysSerLeuLysSerLeuLeuSerGluIleThrL : 105
:!!..! !.!! !|||||| ! !..!|||! !!!|||:!!!:!|||:!!! !|
GluValGluAlaThrPheLeuArgAspGlnLeuIleThrLeuValAsnGluLeuLysL
254164 : GAAGTGGAAGCTACTTTTTTGAGGGACCAGTTAATCACTCTGGTGAATGAGTTAAAAA : 254223
106 : ysTyrArgAlaLysAsnSerAspAspGluArgIleLeuAlaPheLeu : 120
|||||||| !!:!!!..!!!:!!|||..!!:!:!:|||! !!:!|||
ysTyrArgProGluThrArgAsnAspSerLysValLeuGluTyrLeu
254224 : AATATAGACCAGAGACAAGAAATGACTCAAAAGTGCTGGAATATTTA : 254270
C4 Alignment:
------------
Query: sp|P24813|YAP2_YEAST AP-1-like transcription activator YAP2 OS=Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) GN=CAD1 PE=1 SV=2
Target: gi|330443688|ref|NC_001145.3| Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIII, complete sequence
Model: protein2dna:local
Raw score: 116
Query range: 355 -> 408
Target range: 255638 -> 255794
356 : CysTyrHisIleLeuGluGluIleSerSerLeuProLysTyrSerSerLeuAspIleA : 375
|||! .!.|||! !!!:..!|||!!!!!!! !||||||||||||..!:!!|||:!!|
CysSerGluIleTrpAspArgIleThrThrHisProLysTyrSerAspIleAspValA
255639 : TGTTCGGAAATTTGGGATAGAATAACAACACATCCGAAATACTCAGATATTGATGTCG : 255696
376 : spAspLeuCysSerGluLeuIleIleLysAlaLysCysThrAspAspCysLysIleVa : 394
||! !|||||||||||||||!!: !||||||||||||:!!!!: !:!!||
spGlyLeuCysSerGluLeuMetAlaLysAlaLysCysSerGluArg---GlyValVa
255697 : ATGGTTTATGTTCCGAGCTAATGGCAAAGGCAAAATGTTCAGAAAGA---GGGGTTGT : 255750
395 : lValLysAlaArgAspLeuGlnSerAlaLeuValArgGlnLeu : 408
|:!!!!.|||..!|||:!!|||! !|||||| !!:!!!.:!!
lIleAsnAlaGluAspValGlnLeuAlaLeuAsnLysHisMet
255751 : CATCAATGCAGAAGACGTTCAATTAGCTTTGAATAAGCATATG : 255794
-- completed exonerate analysis
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