1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
|
#!/usr/bin/env python
"""Provides Tests for pfold application controller.
IMPORTANT!!!!!
'dir' variable must be set in pfold app controller file for application to work!
"""
from os import remove
from cogent.util.unit_test import TestCase, main
from cogent.app.pfold import fasta2col,findphyl,mltree,scfg
__author__ = "Shandy Wikman"
__copyright__ = "Copyright 2007-2012, The Cogent Project"
__contributors__ = ["Shandy Wikman"]
__license__ = "GPL"
__version__ = "1.5.3"
__maintainer__ = "Shandy Wikman"
__email__ = "ens01svn@cs.umu.se"
__status__ = "Development"
class Fasta2colTest(TestCase):
"""Tests for fasta2col application controller"""
def setUp(self):
self.input = f2c_input
def test_stdout_input_as_lines(self):
"""Test fasta2col stdout input as lines"""
c = fasta2col(InputHandler='_input_as_lines')
res = c(self.input)
self.assertEqual(res['ExitStatus'],0)
assert res['StdOut'] is not None
res.cleanUp()
def test_stdout_input_as_string(self):
"""Test fasta2col stdout input as string"""
c = fasta2col()
f = open('/tmp/single.col','w')
txt = '\n'.join([str(i).strip('\n') for i in self.input])
f.write(txt)
f.close()
res = c('/tmp/single.col')
self.assertEqual(res['ExitStatus'],0)
assert res['StdOut'] is not None
res.cleanUp()
remove('/tmp/single.col')
def test_get_result_path(self):
"""Tests fasta2col result path"""
c = fasta2col(InputHandler='_input_as_lines')
res = c(self.input)
self.assertEqualItems(res.keys(),['StdOut','StdErr','ExitStatus'])
self.assertEqual(res['ExitStatus'],0)
res.cleanUp()
class FindphylTest(TestCase):
"""Tests for findphyl application controller"""
def setUp(self):
self.input = fp_input
def test_input_as_lines(self):
"""Test findphyl input as lines"""
fp = findphyl(InputHandler='_input_as_lines')
res = fp(self.input)
self.assertEqual(res['ExitStatus'],0)
assert res['StdOut'] is not None
res.cleanUp()
def test_input_as_string(self):
"""Test findphyl input as string"""
fp = findphyl()
f = open('/tmp/single.col','w')
txt = '\n'.join([str(i).strip('\n') for i in self.input])
f.write(txt)
f.close()
res = fp('/tmp/single.col')
self.assertEqual(res['ExitStatus'],0)
assert res['StdOut'] is not None
res.cleanUp()
remove('/tmp/single.col')
def test_get_result_path(self):
"""Tests findphyl result path"""
fp = findphyl(InputHandler='_input_as_lines')
res = fp(self.input)
self.assertEqualItems(res.keys(),['StdOut','StdErr','ExitStatus'])
self.assertEqual(res['ExitStatus'],0)
res.cleanUp()
class MltreeTest(TestCase):
"""Tests for Pfold application controller"""
def setUp(self):
self.input = ml_input
def test_input_as_lines(self):
"""Test mltree input as lines"""
m = mltree(InputHandler='_input_as_lines')
res = m(self.input)
self.assertEqual(res['ExitStatus'],0)
assert res['StdOut'] is not None
res.cleanUp()
def test_input_as_string(self):
"""Test mltree input as string"""
m = mltree()
f = open('/tmp/single.col','w')
txt = '\n'.join([str(i).strip('\n') for i in self.input])
f.write(txt)
f.close()
res = m('/tmp/single.col')
self.assertEqual(res['ExitStatus'],0)
assert res['StdOut'] is not None
res.cleanUp()
remove('/tmp/single.col')
def test_get_result_path(self):
"""Tests mltree result path"""
m = mltree(InputHandler='_input_as_lines')
res = m(self.input)
self.assertEqualItems(res.keys(),['StdOut','StdErr','ExitStatus'])
self.assertEqual(res['ExitStatus'],0)
res.cleanUp()
class ScfgTest(TestCase):
"""Tests for scfg application controller"""
def setUp(self):
self.input = scfg_input
def test_input_as_lines(self):
"""Test scfg input as lines"""
s = scfg(InputHandler='_input_as_lines')
res = s(self.input)
self.assertEqual(res['ExitStatus'],0)
assert res['StdOut'] is not None
res.cleanUp()
def test_input_as_string(self):
"""Test scfg input as string"""
s = scfg()
f = open('/tmp/single.col','w')
txt = '\n'.join([str(i).strip('\n') for i in self.input])
f.write(txt)
f.close()
res = s('/tmp/single.col')
self.assertEqual(res['ExitStatus'],0)
assert res['StdOut'] is not None
res.cleanUp()
remove('/tmp/single.col')
def test_get_result_path(self):
"""Tests scfg result path"""
s = scfg(InputHandler='_input_as_lines')
res = s(self.input)
self.assertEqualItems(res.keys(),['StdOut','StdErr','ExitStatus'])
self.assertEqual(res['ExitStatus'],0)
res.cleanUp()
f2c_input = ['>seq1\n',
'GGCUAGAUAGCUCAGAUGGUAGAGCAGAGGAUUGAAGAUCCUUGUGUCGUCGGUUCGAUCCCGGCUCUGGC\n',
'\n']
f2c_stdout = ['; generated by fasta2col\n',
'; ============================================================\n',
'; TYPE RNA\n', '; COL 1 label\n',
'; COL 2 residue\n', '; COL 3 seqpos\n',
'; COL 4 alignpos\n', '; ENTRY seq1\n',
'; ----------\n', 'N G 1 1\n', 'N G 2 2\n',
'N C 3 3\n', 'N U 4 4\n', 'N A 5 5\n',
'N G 6 6\n', 'N A 7 7\n', 'N U 8 8\n',
'N A 9 9\n', 'N G 10 10\n', 'N C 11 11\n',
'N U 12 12\n', 'N C 13 13\n', 'N A 14 14\n',
'N G 15 15\n', 'N A 16 16\n', 'N U 17 17\n',
'N G 18 18\n', 'N G 19 19\n', 'N U 20 20\n',
'N A 21 21\n', 'N G 22 22\n', 'N A 23 23\n',
'N G 24 24\n', 'N C 25 25\n', 'N A 26 26\n',
'N G 27 27\n', 'N A 28 28\n', 'N G 29 29\n',
'N G 30 30\n', 'N A 31 31\n', 'N U 32 32\n',
'N U 33 33\n', 'N G 34 34\n', 'N A 35 35\n',
'N A 36 36\n', 'N G 37 37\n', 'N A 38 38\n',
'N U 39 39\n', 'N C 40 40\n', 'N C 41 41\n',
'N U 42 42\n', 'N U 43 43\n', 'N G 44 44\n',
'N U 45 45\n', 'N G 46 46\n', 'N U 47 47\n',
'N C 48 48\n', 'N G 49 49\n', 'N U 50 50\n',
'N C 51 51\n', 'N G 52 52\n', 'N G 53 53\n',
'N U 54 54\n', 'N U 55 55\n', 'N C 56 56\n',
'N G 57 57\n', 'N A 58 58\n', 'N U 59 59\n',
'N C 60 60\n', 'N C 61 61\n', 'N C 62 62\n',
'N G 63 63\n', 'N G 64 64\n', 'N C 65 65\n',
'N U 66 66\n', 'N C 67 67\n', 'N U 68 68\n',
'N G 69 69\n', 'N G 70 70\n', 'N C 71 71\n',
'; **********\n']
fp_input = f2c_stdout
fp_stdout = ['; generated by fasta2col\n',
'; ============================================================\n',
'; TYPE TREE\n', '; COL 1 label\n', '; COL 2 number\n', '; COL 3 name\n', '; COL 4 uplen\n',
'; COL 5 child\n', '; COL 6 brother\n',
'; ENTRY tree\n', '; root 1\n', '; ----------\n',
' N 1 seq1 0.000000 . .\n', '; **********\n',
'; TYPE RNA\n', '; COL 1 label\n',
'; COL 2 residue\n', '; COL 3 seqpos\n',
'; COL 4 alignpos\n', '; ENTRY seq1\n',
'; ----------\n', 'N G 1 1\n', 'N G 2 2\n',
'N C 3 3\n', 'N U 4 4\n', 'N A 5 5\n',
'N G 6 6\n', 'N A 7 7\n', 'N U 8 8\n',
'N A 9 9\n', 'N G 10 10\n', 'N C 11 11\n',
'N U 12 12\n', 'N C 13 13\n', 'N A 14 14\n',
'N G 15 15\n', 'N A 16 16\n', 'N U 17 17\n',
'N G 18 18\n', 'N G 19 19\n', 'N U 20 20\n',
'N A 21 21\n', 'N G 22 22\n', 'N A 23 23\n',
'N G 24 24\n', 'N C 25 25\n', 'N A 26 26\n',
'N G 27 27\n', 'N A 28 28\n', 'N G 29 29\n',
'N G 30 30\n', 'N A 31 31\n', 'N U 32 32\n',
'N U 33 33\n', 'N G 34 34\n', 'N A 35 35\n',
'N A 36 36\n', 'N G 37 37\n', 'N A 38 38\n',
'N U 39 39\n', 'N C 40 40\n', 'N C 41 41\n',
'N U 42 42\n', 'N U 43 43\n', 'N G 44 44\n',
'N U 45 45\n', 'N G 46 46\n', 'N U 47 47\n',
'N C 48 48\n', 'N G 49 49\n', 'N U 50 50\n',
'N C 51 51\n', 'N G 52 52\n', 'N G 53 53\n',
'N U 54 54\n', 'N U 55 55\n', 'N C 56 56\n',
'N G 57 57\n', 'N A 58 58\n', 'N U 59 59\n',
'N C 60 60\n', 'N C 61 61\n', 'N C 62 62\n',
'N G 63 63\n', 'N G 64 64\n', 'N C 65 65\n',
'N U 66 66\n', 'N C 67 67\n', 'N U 68 68\n',
'N G 69 69\n', 'N G 70 70\n', 'N C 71 71\n',
'; **********\n']
ml_input = fp_stdout
ml_stdout = ['; generated by fasta2col\n',
'; ============================================================\n',
'; TYPE TREE\n', '; COL 1 label\n',
'; COL 2 number\n', '; COL 3 name\n',
'; COL 4 uplen\n', '; COL 5 child\n',
'; COL 6 brother\n', '; ENTRY tree\n',
'; root 1\n', '; ----------\n',
' N 1 seq1 0.001000 . .\n', '; **********\n',
'; TYPE RNA\n', '; COL 1 label\n',
'; COL 2 residue\n', '; COL 3 seqpos\n',
'; COL 4 alignpos\n', '; ENTRY seq1\n',
'; ----------\n', 'N G 1 1\n', 'N G 2 2\n',
'N C 3 3\n', 'N U 4 4\n', 'N A 5 5\n',
'N G 6 6\n', 'N A 7 7\n', 'N U 8 8\n',
'N A 9 9\n', 'N G 10 10\n', 'N C 11 11\n',
'N U 12 12\n', 'N C 13 13\n', 'N A 14 14\n',
'N G 15 15\n', 'N A 16 16\n', 'N U 17 17\n',
'N G 18 18\n', 'N G 19 19\n', 'N U 20 20\n',
'N A 21 21\n', 'N G 22 22\n', 'N A 23 23\n',
'N G 24 24\n', 'N C 25 25\n', 'N A 26 26\n',
'N G 27 27\n', 'N A 28 28\n', 'N G 29 29\n',
'N G 30 30\n', 'N A 31 31\n', 'N U 32 32\n',
'N U 33 33\n', 'N G 34 34\n', 'N A 35 35\n',
'N A 36 36\n', 'N G 37 37\n', 'N A 38 38\n',
'N U 39 39\n', 'N C 40 40\n', 'N C 41 41\n',
'N U 42 42\n', 'N U 43 43\n', 'N G 44 44\n',
'N U 45 45\n', 'N G 46 46\n', 'N U 47 47\n',
'N C 48 48\n', 'N G 49 49\n', 'N U 50 50\n',
'N C 51 51\n', 'N G 52 52\n', 'N G 53 53\n',
'N U 54 54\n', 'N U 55 55\n', 'N C 56 56\n',
'N G 57 57\n', 'N A 58 58\n', 'N U 59 59\n',
'N C 60 60\n', 'N C 61 61\n', 'N C 62 62\n',
'N G 63 63\n', 'N G 64 64\n', 'N C 65 65\n',
'N U 66 66\n', 'N C 67 67\n', 'N U 68 68\n',
'N G 69 69\n', 'N G 70 70\n', 'N C 71 71\n',
'; **********\n']
scfg_input = ml_stdout
scfg_stdout = ['; generated by fasta2col\n',
'; ============================================================\n',
'; TYPE TREE\n', '; COL 1 label\n',
'; COL 2 number\n', '; COL 3 name\n',
'; COL 4 uplen\n', '; COL 5 child\n',
'; COL 6 brother\n', '; ENTRY tree\n',
'; root 1\n', '; ----------\n',
' N 1 seq1 0.001000 . .\n', '; **********\n',
'; TYPE RNA\n', '; COL 1 label\n',
'; COL 2 residue\n', '; COL 3 seqpos\n',
'; COL 4 alignpos\n', '; COL 5 align_bp\n',
'; COL 6 certainty\n', '; ENTRY seq1\n',
'; ----------\n', 'N G 1 1 . 0.8723\n',
'N G 2 2 71 0.5212\n', 'N C 3 3 70 0.5697\n',
'N U 4 4 69 0.5377\n', 'N A 5 5 68 0.5193\n',
'N G 6 6 67 0.4899\n', 'N A 7 7 . 0.6499\n',
'N U 8 8 . 0.9159\n', 'N A 9 9 . 0.7860\n',
'N G 10 10 . 0.4070\n', 'N C 11 11 . 0.3208\n',
'N U 12 12 . 0.4499\n', 'N C 13 13 . 0.5170\n',
'N A 14 14 . 0.8507\n', 'N G 15 15 . 0.8156\n',
'N A 16 16 . 0.8715\n', 'N U 17 17 . 0.8722\n',
'N G 18 18 . 0.7489\n', 'N G 19 19 . 0.7477\n',
'N U 20 20 . 0.7500\n', 'N A 21 21 . 0.7109\n',
'N G 22 22 . 0.3999\n', 'N A 23 23 . 0.3800\n',
'N G 24 24 . 0.3241\n', 'N C 25 25 . 0.3072\n',
'N A 26 26 . 0.7266\n', 'N G 27 27 . 0.5672\n',
'N A 28 28 . 0.4695\n', 'N G 29 29 41 0.5402\n',
'N G 30 30 40 0.5552\n', 'N A 31 31 39 0.5167\n',
'N U 32 32 38 0.4277\n', 'N U 33 33 . 0.4967\n',
'N G 34 34 . 0.7119\n', 'N A 35 35 . 0.7504\n',
'N A 36 36 . 0.8149\n', 'N G 37 37 . 0.6416\n',
'N A 38 38 32 0.4277\n', 'N U 39 39 31 0.5167\n',
'N C 40 40 30 0.5552\n', 'N C 41 41 29 0.5402\n',
'N U 42 42 . 0.4754\n', 'N U 43 43 . 0.6645\n',
'N G 44 44 . 0.7777\n', 'N U 45 45 . 0.8122\n',
'N G 46 46 . 0.6969\n', 'N U 47 47 . 0.6836\n',
'N C 48 48 . 0.5963\n', 'N G 49 49 . 0.4748\n',
'N U 50 50 . 0.5209\n', 'N C 51 51 . 0.4149\n',
'N G 52 52 . 0.3754\n', 'N G 53 53 . 0.4969\n',
'N U 54 54 . 0.7206\n', 'N U 55 55 . 0.7112\n',
'N C 56 56 . 0.5039\n', 'N G 57 57 . 0.5171\n',
'N A 58 58 . 0.5683\n', 'N U 59 59 . 0.6093\n',
'N C 60 60 . 0.5462\n', 'N C 61 61 . 0.3332\n',
'N C 62 62 . 0.3746\n', 'N G 63 63 . 0.3898\n',
'N G 64 64 . 0.3047\n', 'N C 65 65 . 0.2899\n',
'N U 66 66 . 0.3037\n', 'N C 67 67 6 0.4899\n',
'N U 68 68 5 0.5193\n', 'N G 69 69 4 0.5377\n',
'N G 70 70 3 0.5697\n', 'N C 71 71 2 0.5212\n',
'; **********\n']
if __name__ == '__main__':
main()
|
