1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
|
.. _subsample_fasta:
.. index:: subsample_fasta.py
*subsample_fasta.py* -- Randomly subsample sequences from a given fasta file
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
**Description:**
Subsample the seqs.fna file, randomly select 5% of the sequences:
**Usage:** :file:`subsample_fasta.py [options]`
**Input Arguments:**
.. note::
**[REQUIRED]**
-i, `-`-input_fasta_fp
Path to the input fasta file
-p, `-`-percent_subsample
Specify the percentage of sequences to subsample
**[OPTIONAL]**
-o, `-`-output_fp
The output filepath
**Output:**
**Example:**
::
subsample_fasta.py -i seqs.fasta -p 0.05
|
