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.. (parent) |
 |
- |
rw-r--r-- |
937 |
add_taxa.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,127 |
adjust_seq_orientation.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
6,864 |
align_seqs.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
3,821 |
alpha_diversity.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
743 |
alpha_diversity_metrics.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,441 |
alpha_rarefaction.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,762 |
ampliconnoise.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
6,480 |
assign_taxonomy.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
4,404 |
beta_diversity.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,511 |
beta_diversity_metrics.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,042 |
beta_diversity_through_3d_plots.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
3,233 |
beta_diversity_through_plots.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,738 |
beta_significance.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,377 |
blast_wrapper.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,870 |
categorized_dist_scatterplot.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
4,671 |
check_id_map.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,566 |
cluster_quality.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
3,283 |
collate_alpha.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
4,752 |
compare_3d_plots.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,056 |
compare_alpha_diversity.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,219 |
compare_distance_matrices.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,085 |
consensus_tree.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,191 |
convert_otu_table_to_unifrac_sample_mapping.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,178 |
convert_unifrac_sample_mapping_to_otu_table.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
4,222 |
core_qiime_analyses.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,223 |
count_seqs.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,364 |
cytoscape_usage.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,966 |
denoise_wrapper.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
4,494 |
denoiser.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,850 |
denoiser_preprocess.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,388 |
denoiser_worker.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,331 |
dissimilarity_mtx_stats.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,625 |
distance_matrix_from_mapping.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
4,579 |
exclude_seqs_by_blast.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,241 |
extract_seqs_by_sample_id.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
3,326 |
filter_alignment.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
3,219 |
filter_by_metadata.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,721 |
filter_distance_matrix.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,997 |
filter_fasta.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
3,064 |
filter_otu_table.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,875 |
filter_otus_by_sample.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,665 |
filter_tree.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
897 |
fix_arb_fasta.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
5,989 |
identify_chimeric_seqs.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,097 |
identify_missing_files.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
120 |
index.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,055 |
inflate_denoiser_output.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
3,397 |
jackknifed_beta_diversity.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
4,893 |
make_2d_plots.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
9,756 |
make_3d_plots.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,220 |
make_bootstrapped_tree.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
4,786 |
make_distance_boxplots.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
5,039 |
make_distance_comparison_plots.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
4,217 |
make_distance_histograms.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,719 |
make_fastq.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,575 |
make_library_id_lists.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
3,599 |
make_otu_heatmap.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
3,851 |
make_otu_heatmap_html.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
6,041 |
make_otu_network.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,088 |
make_otu_table.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,625 |
make_per_library_sff.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,555 |
make_phylogeny.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
3,864 |
make_prefs_file.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,842 |
make_qiime_py_file.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
907 |
make_qiime_rst_file.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
4,074 |
make_rarefaction_plots.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,392 |
make_tep.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,312 |
merge_mapping_files.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,182 |
merge_otu_maps.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,481 |
merge_otu_tables.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
3,317 |
multiple_rarefactions.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,346 |
multiple_rarefactions_even_depth.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,700 |
neighbor_joining.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,131 |
nmds.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
14,335 |
otu_category_significance.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
3,262 |
parallel_align_seqs_pynast.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
3,234 |
parallel_alpha_diversity.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
3,616 |
parallel_assign_taxonomy_blast.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
3,334 |
parallel_assign_taxonomy_rdp.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
3,406 |
parallel_beta_diversity.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
3,094 |
parallel_blast.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
6,441 |
parallel_identify_chimeric_seqs.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
4,293 |
parallel_multiple_rarefactions.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
3,508 |
parallel_pick_otus_blast.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
4,342 |
parallel_pick_otus_uclust_ref.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,816 |
per_library_stats.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
15,991 |
pick_otus.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
3,021 |
pick_otus_through_otu_table.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,272 |
pick_reference_otus_through_otu_table.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
3,779 |
pick_rep_set.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,952 |
plot_rank_abundance_graph.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
3,009 |
plot_semivariogram.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
5,201 |
plot_taxa_summary.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,536 |
poller.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,549 |
poller_example.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,375 |
pool_by_metadata.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,675 |
preferences_file.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,193 |
principal_coordinates.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
920 |
print_qiime_config.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,564 |
process_iseq.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,343 |
process_qseq.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,547 |
process_sff.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,243 |
quality_scores_plot.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,993 |
shared_phylotypes.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
997 |
simsam.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,393 |
single_rarefaction.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,250 |
sort_otu_table.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,354 |
split_fasta_on_sample_ids.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
15,482 |
split_libraries.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,932 |
split_libraries_fastq.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,858 |
split_libraries_illumina.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,441 |
split_otu_table.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,006 |
split_otu_table_by_taxonomy.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,207 |
start_parallel_jobs.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,190 |
start_parallel_jobs_torque.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,802 |
submit_to_mgrast.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
885 |
subsample_fasta.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,493 |
summarize_otu_by_cat.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
4,612 |
summarize_taxa.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,091 |
summarize_taxa_through_plots.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
4,238 |
supervised_learning.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,955 |
transform_coordinate_matrices.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
2,300 |
tree_compare.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,025 |
trflp_file_to_otu_table.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,391 |
trim_sff_primers.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,810 |
truncate_fasta_qual_files.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,197 |
unweight_fasta.rst
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,817 |
upgma_cluster.rst
|
