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.. (parent) |
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- |
rw-r--r-- |
924 |
test-bin_mutation_density.R
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- |
rw-r--r-- |
1,068 |
test-binomial_test.R
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- |
rw-r--r-- |
2,750 |
test-calculate_lesion_segretation.R
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- |
rw-r--r-- |
1,205 |
test-context_potential_damage_analysis.R
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- |
rw-r--r-- |
1,240 |
test-convert_sigs_to_ref.R
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- |
rw-r--r-- |
448 |
test-cos_sim.R
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- |
rw-r--r-- |
990 |
test-cos_sim_matrix.R
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- |
rw-r--r-- |
871 |
test-count_dbs_contexts.R
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- |
rw-r--r-- |
531 |
test-count_indel_contexts.R
|
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- |
rw-r--r-- |
493 |
test-count_mbs_contexts.R
|
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- |
rw-r--r-- |
3,316 |
test-determine_regional_similarity.R
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- |
rw-r--r-- |
1,830 |
test-enrichment_depletion_test.R
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- |
rw-r--r-- |
2,932 |
test-extract_signatures.R
|
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- |
rw-r--r-- |
1,517 |
test-fit_to_signatures.R
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- |
rw-r--r-- |
1,217 |
test-fit_to_signatures_bootstrapped.R
|
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- |
rw-r--r-- |
1,984 |
test-fit_to_signatures_strict.R
|
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- |
rw-r--r-- |
1,991 |
test-genomic_distribution.R
|
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- |
rw-r--r-- |
514 |
test-get_dbs_context.R
|
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- |
rw-r--r-- |
692 |
test-get_indel_context.R
|
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- |
rw-r--r-- |
3,542 |
test-get_known_signatures.R
|
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- |
rw-r--r-- |
1,661 |
test-get_mut_type.R
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- |
rw-r--r-- |
1,366 |
test-lengthen_mut_matrix.R
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- |
rw-r--r-- |
3,696 |
test-merge_signatures.R
|
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- |
rw-r--r-- |
2,998 |
test-mut_context.R
|
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- |
rw-r--r-- |
1,537 |
test-mut_matrix.R
|
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- |
rw-r--r-- |
2,445 |
test-mut_matrix_stranded.R
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- |
rw-r--r-- |
461 |
test-mut_type.R
|
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- |
rw-r--r-- |
1,258 |
test-mut_type_occurrences.R
|
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- |
rw-r--r-- |
1,599 |
test-mutations_from_vcf.R
|
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- |
rw-r--r-- |
797 |
test-plot_192_profile.R
|
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- |
rw-r--r-- |
739 |
test-plot_96_profile.R
|
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- |
rw-r--r-- |
573 |
test-plot_bootstrapped_contribution.R
|
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- |
rw-r--r-- |
957 |
test-plot_compare_dbs.R
|
|
- |
rw-r--r-- |
985 |
test-plot_compare_indels.R
|
|
- |
rw-r--r-- |
740 |
test-plot_compare_mbs.R
|
|
- |
rw-r--r-- |
905 |
test-plot_compare_profiles.R
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,378 |
test-plot_contribution.R
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,329 |
test-plot_contribution_heatmap.R
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- |
rw-r--r-- |
543 |
test-plot_correlation_bootstrap.R
|
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- |
rw-r--r-- |
1,826 |
test-plot_cosine_heatmap.R
|
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- |
rw-r--r-- |
524 |
test-plot_dbs_contexts.R
|
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- |
rw-r--r-- |
1,180 |
test-plot_enrichment_depletion.R
|
|
- |
rw-r--r-- |
678 |
test-plot_indel_contexts.R
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,275 |
test-plot_lesion_segregation.R
|
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- |
rw-r--r-- |
735 |
test-plot_long_profile.R
|
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- |
rw-r--r-- |
307 |
test-plot_main_dbs_contexts.R
|
|
- |
rw-r--r-- |
320 |
test-plot_main_indel_contexts.R
|
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- |
rw-r--r-- |
297 |
test-plot_mbs_contexts.R
|
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- |
rw-r--r-- |
994 |
test-plot_original_vs_reconstructed.R
|
|
- |
rw-r--r-- |
1,024 |
test-plot_profile_heatmap.R
|
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- |
rw-r--r-- |
2,076 |
test-plot_rainfall.R
|
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- |
rw-r--r-- |
1,132 |
test-plot_regional_similarity.R
|
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- |
rw-r--r-- |
640 |
test-plot_river.R
|
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- |
rw-r--r-- |
565 |
test-plot_signature_strand_bias.R
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- |
rw-r--r-- |
1,940 |
test-plot_spectrum.R
|
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- |
rw-r--r-- |
1,990 |
test-plot_spectrum_region.R
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- |
rw-r--r-- |
1,069 |
test-plot_strand.R
|
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- |
rw-r--r-- |
1,331 |
test-plot_strand_bias.R
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- |
rw-r--r-- |
430 |
test-pool_mut_matrix.R
|
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- |
rw-r--r-- |
6,080 |
test-read_vcfs_as_granges.R
|
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- |
rw-r--r-- |
3,304 |
test-rename_nmf_signatures.R
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- |
rw-r--r-- |
670 |
test-signature_potential_damage_analysis.R
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- |
rw-r--r-- |
2,015 |
test-split_muts_region.R
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- |
rw-r--r-- |
2,005 |
test-strand_bias_test.R
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- |
rw-r--r-- |
941 |
test-strand_occurrences.R
|
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- |
rw-r--r-- |
1,379 |
test-type_context.R
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