package info
(click to toggle)
Folder: 1.1.1-2
| .. (parent) | ||||
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | .pc | |
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | debian | |
| d | rwxr-xr-x | 97 | doc | |
| d | rwxr-xr-x | 34 | genomes | |
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | indexes | |
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | reads | |
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | scripts | |
| d | rwxr-xr-x | 20 | third_party | |
| - | rw-r--r-- | 670 | AUTHORS | |
| - | rw-r--r-- | 5,207 | LICENSE | |
| - | rw-r--r-- | 69,387 | MANUAL | |
| - | rw-r--r-- | 80,747 | MANUAL.markdown | |
| - | rw-r--r-- | 9,905 | Makefile | |
| - | rw-r--r-- | 32,406 | NEWS | |
| - | rw-r--r-- | 6,258 | TUTORIAL | |
| - | rw-r--r-- | 6 | VERSION | |
| - | rw-r--r-- | 65,130 | aligner.h | |
| - | rw-r--r-- | 11,252 | aligner_0mm.h | |
| - | rw-r--r-- | 15,853 | aligner_1mm.h | |
| - | rw-r--r-- | 24,711 | aligner_23mm.h | |
| - | rw-r--r-- | 10,542 | aligner_metrics.h | |
| - | rw-r--r-- | 53,702 | aligner_seed_mm.h | |
| - | rw-r--r-- | 11,024 | alphabet.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 5,725 | alphabet.h | |
| - | rw-r--r-- | 535 | annot.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 1,175 | annot.h | |
| - | rw-r--r-- | 8,790 | assert_helpers.h | |
| - | rw-r--r-- | 605 | auto_array.h | |
| - | rw-r--r-- | 2,822 | binary_sa_search.h | |
| - | rw-r--r-- | 785 | bitpack.h | |
| - | rw-r--r-- | 11,439 | bitset.h | |
| - | rw-r--r-- | 29,722 | blockwise_sa.h | |
| - | rwxr-xr-x | 2,290 | bowtie | |
| - | rwxr-xr-x | 2,807 | bowtie-build | |
| - | rwxr-xr-x | 2,402 | bowtie-inspect | |
| - | rw-r--r-- | 1,415 | bowtie_build_main.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 15,828 | bowtie_inspect.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 1,386 | bowtie_main.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 627 | btypes.h | |
| - | rw-r--r-- | 13,594 | ccnt_lut.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 638 | chaincat.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 2,031 | color.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 404 | color.h | |
| - | rw-r--r-- | 9,173 | color_dec.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 1,012 | color_dec.h | |
| - | rw-r--r-- | 30,270 | diff_sample.h | |
| - | rw-r--r-- | 1,942 | ebwt.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 154,277 | ebwt.h | |
| - | rw-r--r-- | 23,218 | ebwt_build.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 106,383 | ebwt_search.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 104,525 | ebwt_search_backtrack.h | |
| - | rw-r--r-- | 1,112 | ebwt_search_util.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 12,246 | ebwt_search_util.h | |
| - | rw-r--r-- | 236 | edit.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 1,808 | edit.h | |
| - | rw-r--r-- | 2,997 | endian_swap.h | |
| - | rw-r--r-- | 6,940 | fast_mutex.h | |
| - | rw-r--r-- | 11,910 | filebuf.h | |
| - | rw-r--r-- | 978 | formats.h | |
| - | rw-r--r-- | 9,007 | hit.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 49,038 | hit.h | |
| - | rw-r--r-- | 1,928 | hit_set.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 9,656 | hit_set.h | |
| - | rw-r--r-- | 54 | log.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 421 | log.h | |
| - | rw-r--r-- | 453 | mm.h | |
| - | rw-r--r-- | 36,141 | multikey_qsort.h | |
| - | rw-r--r-- | 4,085 | pat.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 87,930 | pat.h | |
| - | rw-r--r-- | 8,647 | pool.h | |
| - | rw-r--r-- | 2,252 | processor_support.h | |
| - | rw-r--r-- | 3,283 | qual.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 5,347 | qual.h | |
| - | rw-r--r-- | 1,475 | random_source.h | |
| - | rw-r--r-- | 933 | random_test.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 1,053 | range.h | |
| - | rw-r--r-- | 15,414 | range_cache.h | |
| - | rw-r--r-- | 7,526 | range_chaser.h | |
| - | rw-r--r-- | 70,594 | range_source.h | |
| - | rw-r--r-- | 1,400 | ref_aligner.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 160,818 | ref_aligner.h | |
| - | rw-r--r-- | 8,658 | ref_read.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 7,743 | ref_read.h | |
| - | rw-r--r-- | 23,611 | reference.h | |
| - | rw-r--r-- | 1,408 | refmap.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 1,144 | refmap.h | |
| - | rw-r--r-- | 4,665 | row_chaser.h | |
| - | rw-r--r-- | 11,200 | sam.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 5,045 | sam.h | |
| - | rw-r--r-- | 1,667 | search_1mm_phase1.c | |
| - | rw-r--r-- | 878 | search_1mm_phase2.c | |
| - | rw-r--r-- | 1,340 | search_23mm_phase1.c | |
| - | rw-r--r-- | 1,138 | search_23mm_phase2.c | |
| - | rw-r--r-- | 1,706 | search_23mm_phase3.c | |
| - | rw-r--r-- | 746 | search_exact.c | |
| - | rw-r--r-- | 470 | search_globals.h | |
| - | rw-r--r-- | 2,311 | search_seeded_phase1.c | |
| - | rw-r--r-- | 2,976 | search_seeded_phase2.c | |
| - | rw-r--r-- | 4,387 | search_seeded_phase3.c | |
| - | rw-r--r-- | 2,832 | search_seeded_phase4.c | |
| - | rw-r--r-- | 5,397 | sequence_io.h | |
| - | rw-r--r-- | 691 | shmem.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 4,319 | shmem.h | |
| - | rw-r--r-- | 414 | str_util.h | |
| - | rw-r--r-- | 647 | threading.h | |
| - | rw-r--r-- | 1,651 | timer.h | |
| - | rw-r--r-- | 8,506 | tinythread.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 21,220 | tinythread.h | |
| - | rw-r--r-- | 1,093 | tokenize.h | |
| - | rw-r--r-- | 2,588 | word_io.h | |
| - | rw-r--r-- | 1,983 | zbox.h |
