package info (click to toggle)
python-pysam 0.15.4%2Bds-3
  • links: PTS, VCS
  • area: main
  • in suites: bullseye
  • size: 27,992 kB
  • sloc: ansic: 140,738; python: 7,881; sh: 265; makefile: 223; perl: 41

Folder: samtools

d .. (parent)
d d rwxr-xr-x 84 lz4
d d rwxr-xr-x 58 misc
d d rwxr-xr-x 117 test
- - rw-r--r-- 1,706 LICENSE
- - rw-r--r-- 4,030 README
- - rw-r--r-- 7,853 bam.c
- - rw-r--r-- 7,891 bam.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 20,627 bam.h
- - rw-r--r-- 31,533 bam2bcf.c
- - rw-r--r-- 31,598 bam2bcf.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 5,156 bam2bcf.h
- - rw-r--r-- 24,344 bam2bcf_indel.c
- - rw-r--r-- 24,472 bam2bcf_indel.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 16,690 bam2depth.c
- - rw-r--r-- 16,999 bam2depth.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 15,031 bam_addrprg.c
- - rw-r--r-- 15,249 bam_addrprg.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 2,556 bam_aux.c
- - rw-r--r-- 2,585 bam_aux.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 19,945 bam_cat.c
- - rw-r--r-- 20,226 bam_cat.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 4,951 bam_color.c
- - rw-r--r-- 4,980 bam_color.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 2,273 bam_endian.h
- - rw-r--r-- 35,829 bam_fastq.c
- - rw-r--r-- 36,191 bam_fastq.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 3,150 bam_flags.c
- - rw-r--r-- 3,368 bam_flags.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 7,556 bam_index.c
- - rw-r--r-- 7,729 bam_index.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 6,951 bam_lpileup.c
- - rw-r--r-- 7,025 bam_lpileup.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 2,059 bam_lpileup.h
- - rw-r--r-- 60,797 bam_markdup.c
- - rw-r--r-- 61,492 bam_markdup.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 18,140 bam_mate.c
- - rw-r--r-- 18,250 bam_mate.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 12,510 bam_md.c
- - rw-r--r-- 12,662 bam_md.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 2,126 bam_plbuf.c
- - rw-r--r-- 2,155 bam_plbuf.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 1,843 bam_plbuf.h
- - rw-r--r-- 58,768 bam_plcmd.c
- - rw-r--r-- 59,121 bam_plcmd.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 6,742 bam_quickcheck.c
- - rw-r--r-- 6,888 bam_quickcheck.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 19,916 bam_reheader.c
- - rw-r--r-- 20,197 bam_reheader.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 10,668 bam_rmdup.c
- - rw-r--r-- 10,805 bam_rmdup.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 7,510 bam_rmdupse.c
- - rw-r--r-- 7,557 bam_rmdupse.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 83,507 bam_sort.c
- - rw-r--r-- 83,761 bam_sort.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 21,369 bam_split.c
- - rw-r--r-- 21,470 bam_split.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 12,641 bam_stat.c
- - rw-r--r-- 13,273 bam_stat.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 19,736 bamshuf.c
- - rw-r--r-- 20,017 bamshuf.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 9,823 bamtk.c
- - rw-r--r-- 9,942 bamtk.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 7,743 bedcov.c
- - rw-r--r-- 7,871 bedcov.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 19,059 bedidx.c
- - rw-r--r-- 19,250 bedidx.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 1,767 bedidx.h
- - rw-r--r-- 28,070 coverage.c
- - rw-r--r-- 28,207 coverage.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 8,729 cut_target.c
- - rw-r--r-- 8,896 cut_target.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 5,195 dict.c
- - rw-r--r-- 5,341 dict.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 13,755 faidx.c
- - rw-r--r-- 13,946 faidx.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 24,940 padding.c
- - rw-r--r-- 25,464 padding.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 29,250 phase.c
- - rw-r--r-- 29,849 phase.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 4,911 sam.c
- - rw-r--r-- 4,985 sam.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 5,555 sam.h
- - rw-r--r-- 7,009 sam_opts.c
- - rw-r--r-- 7,065 sam_opts.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 4,122 sam_opts.h
- - rw-r--r-- 4,249 sam_utils.c
- - rw-r--r-- 4,341 sam_utils.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 34,211 sam_view.c
- - rw-r--r-- 34,483 sam_view.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 4,540 sample.c
- - rw-r--r-- 4,569 sample.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 1,560 sample.h
- - rw-r--r-- 2,064 samtools.h
- - rw-r--r-- 1,284 samtools.pysam.c
- - rw-r--r-- 938 samtools.pysam.h
- - rw-r--r-- 104,660 stats.c
- - rw-r--r-- 105,364 stats.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 8,075 stats_isize.c
- - rw-r--r-- 8,113 stats_isize.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 2,484 stats_isize.h
- - rw-r--r-- 13,738 tmp_file.c
- - rw-r--r-- 13,785 tmp_file.c.pysam.c
- - rw-r--r-- 3,642 tmp_file.h
- - rw-r--r-- 32 version.h