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.. (parent) |
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rw-r--r-- |
421 |
MutationalPatterns-defunct.Rd
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rw-r--r-- |
2,632 |
MutationalPatterns-package.Rd
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- |
rw-r--r-- |
2,020 |
bin_mutation_density.Rd
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rw-r--r-- |
723 |
binomial_test.Rd
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rw-r--r-- |
4,446 |
calculate_lesion_segregation.Rd
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rw-r--r-- |
1,184 |
cluster_signatures.Rd
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- |
rw-r--r-- |
4,323 |
context_potential_damage_analysis.Rd
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rw-r--r-- |
1,206 |
convert_sigs_to_ref.Rd
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rw-r--r-- |
611 |
cos_sim.Rd
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rw-r--r-- |
1,314 |
cos_sim_matrix.Rd
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rw-r--r-- |
1,245 |
count_dbs_contexts.Rd
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rw-r--r-- |
1,303 |
count_indel_contexts.Rd
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- |
rw-r--r-- |
1,111 |
count_mbs_contexts.Rd
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rw-r--r-- |
5,456 |
determine_regional_similarity.Rd
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rw-r--r-- |
1,820 |
enrichment_depletion_test.Rd
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rw-r--r-- |
2,295 |
extract_signatures.Rd
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rw-r--r-- |
1,572 |
fit_to_signatures.Rd
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rw-r--r-- |
3,390 |
fit_to_signatures_bootstrapped.Rd
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rw-r--r-- |
4,139 |
fit_to_signatures_strict.Rd
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rw-r--r-- |
4,410 |
genomic_distribution.Rd
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- |
rw-r--r-- |
1,084 |
get_dbs_context.Rd
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- |
rw-r--r-- |
1,664 |
get_indel_context.Rd
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- |
rw-r--r-- |
4,826 |
get_known_signatures.Rd
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- |
rw-r--r-- |
1,559 |
get_mut_type.Rd
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rw-r--r-- |
766 |
get_sim_tb.Rd
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rw-r--r-- |
1,867 |
lengthen_mut_matrix.Rd
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rw-r--r-- |
1,479 |
merge_signatures.Rd
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rw-r--r-- |
1,007 |
mut_192_occurrences.Rd
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rw-r--r-- |
706 |
mut_96_occurrences.Rd
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rw-r--r-- |
1,244 |
mut_context.Rd
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rw-r--r-- |
1,317 |
mut_matrix.Rd
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rw-r--r-- |
2,904 |
mut_matrix_stranded.Rd
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rw-r--r-- |
3,462 |
mut_strand.Rd
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- |
rw-r--r-- |
710 |
mut_type.Rd
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- |
rw-r--r-- |
1,027 |
mut_type_occurrences.Rd
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rw-r--r-- |
703 |
mutations_from_vcf.Rd
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rw-r--r-- |
1,579 |
plot_192_profile.Rd
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rw-r--r-- |
1,466 |
plot_96_profile.Rd
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- |
rw-r--r-- |
1,691 |
plot_bootstrapped_contribution.Rd
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rw-r--r-- |
2,384 |
plot_compare_dbs.Rd
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rw-r--r-- |
2,449 |
plot_compare_indels.Rd
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rw-r--r-- |
2,100 |
plot_compare_mbs.Rd
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rw-r--r-- |
2,501 |
plot_compare_profiles.Rd
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rw-r--r-- |
2,597 |
plot_contribution.Rd
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rw-r--r-- |
2,985 |
plot_contribution_heatmap.Rd
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rw-r--r-- |
1,305 |
plot_correlation_bootstrap.Rd
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rw-r--r-- |
3,100 |
plot_cosine_heatmap.Rd
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rw-r--r-- |
1,505 |
plot_dbs_contexts.Rd
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rw-r--r-- |
1,903 |
plot_enrichment_depletion.Rd
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rw-r--r-- |
2,252 |
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rw-r--r-- |
2,688 |
plot_lesion_segregation.Rd
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rw-r--r-- |
1,433 |
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rw-r--r-- |
1,516 |
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1,229 |
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|
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rw-r--r-- |
1,940 |
plot_original_vs_reconstructed.Rd
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rw-r--r-- |
1,800 |
plot_profile_heatmap.Rd
|
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rw-r--r-- |
1,723 |
plot_profile_region.Rd
|
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rw-r--r-- |
2,344 |
plot_rainfall.Rd
|
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rw-r--r-- |
3,099 |
plot_regional_similarity.Rd
|
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- |
rw-r--r-- |
1,198 |
plot_river.Rd
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rw-r--r-- |
1,279 |
plot_signature_strand_bias.Rd
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- |
rw-r--r-- |
2,815 |
plot_spectrum.Rd
|
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rw-r--r-- |
4,806 |
plot_spectrum_region.Rd
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- |
rw-r--r-- |
1,493 |
plot_strand.Rd
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- |
rw-r--r-- |
1,618 |
plot_strand_bias.Rd
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rw-r--r-- |
841 |
pool_mut_mat.Rd
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rw-r--r-- |
4,073 |
read_vcfs_as_granges.Rd
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rw-r--r-- |
1,471 |
region_cossim-class.Rd
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- |
rw-r--r-- |
2,500 |
rename_nmf_signatures.Rd
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rw-r--r-- |
404 |
show-region_cossim-method.Rd
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rw-r--r-- |
3,200 |
signature_potential_damage_analysis.Rd
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rw-r--r-- |
2,152 |
split_muts_region.Rd
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- |
rw-r--r-- |
1,775 |
strand_bias_test.Rd
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- |
rw-r--r-- |
1,312 |
strand_occurrences.Rd
|
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- |
rw-r--r-- |
1,216 |
type_context.Rd
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